Вот попробуйте только не прочитать. Это ужасно интересно! Значительно интереснее проблем образования.
Тут коллеги [livejournal.com profile] imbg пишут в ЖЖ, что просеквенирован геном пшеницы. Я уже давно собиралась сказануть на эту тему. Геном пшеницы не прочитан полностью. То есть прочитан, но не расшифрован. Статья в Нейчер осторожно озаглавлена как "Анализ генома мягкой пшеницы с помощью секвенирования". Проблема в том, что это очень сложный геном. Triticum aestivum это гексаплоид (шесть наборов хромосом, не шесть штук, а шесть наборов в каждом по семь хромосом. То есть всего 42 хромосомы. Назовем эти наборы ААBBDD ). Я только напомню, что нормальному организму достаточно два набора хромосом, чтобы нормально существовать. Ой, что будет, что будет.

Возник этот гибрид предположительно 8 тысяч лет тому назад. Сначала где-то полмиллиона лет тому назад случилась гибридизационная аномалия между Triticum urartu (геном АА) с неизвестным зверем, но предположительно это был какой-то Sitopsis (геном ВВ). Получилась тетраплоидная полба Triticum dicoccum (ААВВ). Затем эта тетраплоидная полба скрестилась с диплоидным эгилопсом Aegilops tauschii (геном DD) и тоже там хромосомы не разошлись по домам, а получился такой вот гексаплоидный монстр AABBDD. Затем ее заметили людишки и решили приручить. Вот, решила немного добавить в этом месте. Не исключено, что возожность такой гибридизации обусловлена тем, что людишки уже травки осознанно культивировали. Вот и встретились на полях полба и эгилопс. И согрешили. В результате вот что получилось. Геномы диких трав такие все из себя стройные и последовательные, если речь идет о том, какой ген за каким расположен. Это все эволюционно отточено и законсервировано. Органик-преорганик.

А вот в гибридных геномах уже такого наворочено. Там эти стройные порядки пошли лесом, после доместикации куча генов вообще пропали, а от некоторых остались одни ошметки. Только в одной хромосоме из всех последовательностей - 80% нуклеотидных повторов и всяких транспозонов. Свалка какая-то, причем это ж не просто так себе ДНК, это набор мигрантов, которые шляются по геному и вырубают гены.

Повторы - это большая проблема для секвенирования. То есть прочитать это все можно, но сложить воедино очень сложно, почти невозможно. Смотрите. Чтоб прочитать ДНК, ее режут в хлам и читают по кускам. Допустим по 100 - 500 нуклеотидов. Потом биоинформатики сидят и склеивают это все воедино. Как это примерно выглядит. У нас на выходе куски c похожестью на концах:

ATGACTACGACTACGATA

GATAGTACTAGCATGCAT

GCATCATACGATCAGAGTC

Предполагается, что эта похожесть - это концы одного и того же гена. Вот по ним склеивают и называют это ессемблинг. Это очень упрощенная схема, на самом деле похожие куски длиннее, алгоритм сложнее, но суть такая. Теперь представьте, что в геноме повторы. Алгоритмы эти повторы не распознают и в основном склеивают всякие химеры от фонаря. Поэтому за основу реконструкции берут геномы ближайших родственных диких трав и других злаковых родственников, вроде риса и кукурузы. И пытаются склеивать, подглядывая за другими матрицами. Что оказалось?

В целом, кроме того, что потеряно много генов, некоторые полезные гены "размножились", причем это гены преимущественно из генома эгилопса. Среди них в пшеничном хозяйстве пригодились детальки от фотосинтетической машины, запасные белки, транспозонов горсть, несколько систем защиты и пыльцевые аллергенчики (уууу). Транспозоны тоже без дела не сидели, и попрыгали хорошенечко, вырубив гены и переведя их в статус молчащих псевдогенов. Но геном тоже не дурак, он важные гены - факторы транскрипции, забэкапил, чтоб была функциональная копия на всякий случай. За последние 50 лет это все еще хорошенечко побомбили химическими мутагенами и радиацией, и вуаля! - получилась булочка.

Я вам скажу, что генные инженеры по сравнению с последствиями этого монстрозного процесса доместикации пшеницы - они просто дети. Ну вот если бы кому взбрело в голову встроить парочку аллергенчиков с целью улучшить, скажем опыляемость, так забили бы камнями. А если представить себе, что такого мутанта вдруг сконструировали искуственно и предложили скушать, то мировое народное восстание поднялось бы.

А так вообще это геномное косое монстрище теперь священная корова у гринписа - дескать, не трожьте генноинженеры, это Хлеб, это святое.
Детей стоит заводить, чтобы еще раз сходить в школу. Сегодня делим дроби как шестиклассники. Дочке надо доклад в школу, думаю, гляну какие-то интересные примеры в интернетах.

В последнее время слышны стоны о том, какое образование потеряли. Не знаю, когда началась эта потеря, но остались действительно куски. Напоминаю, как это выглядит в учебниках.



Правило: Для того, чтобы разделить некоторое число на дробь, необходимо умножить это число на обратную дробь.

Вызубрил и пользуйся. Не математики, а вы в курсе почему так? Оно нам надо?Математики, скажите, вам в жизни важно знать - почему для деления дроби нам необходимо умножить это число на обратную дробь?

Смотрю методические примеры уроков, включая видеоурок и разработки открытых уроков: Раз, два, три, четыре, пять и т.д. Практически нигде не упоминается, почему это мы такие странные финтеля с дробями проворачиваем. Перевернули, умножили и алохомора!

Более того, нет примеров, зачем вообще делить дробь на дробь. Где примеры вроде: марьиванна собрала 5 3/4 кило клубники и раскладывает ягоды в туесочки. А в туесок помещается 1/4 кило клубники. Сколько надо марьиванне туесков?

Кстати, вторая интересная тема - скорость света. Это ж надо, насколько это интересно! Подумайте сами, вот он свет, есть. Светло и все тут. Насколько надо быть гениальным, чтобы додуматься, что у этого света, который вот он, вокруг, есть скорость. А насколько надо быть гениальными, что прикинуть эту скорость, наблюдая затмение спутника Юпитера 350 лет тому назад. Методические рекомендации учителю должны выглядеть так: ворваться взлохмаченным на урок с выпученными глазами и орать в экстазе - Все бросаем и идем искать на небе Нептун Юпитер и его Иа Ио!
ГМО или не ГМО? (Подзаголовок из комментариев: не пойман - не ГМО).
Нет ничего увлекательнее наблюдать, когда буквоеды-бюрократы начинают объяснять смысл и блуждают в трех соснах. Не важно, это EFSA ли какая, европейская комиссия или небезразличный какой блогер с заевшей клавишей капслок и болд и заявляющий безаппеляционно: Различные определения ГМО объединяет главное - это организмы, полученные ИСКУССТВЕННЫМ путём методами ГЕННОЙ ИНЖЕНЕРИИ причем со всей ответственностью можно заявить - ни половое размножение, ни селекция, ни даже мутагенез к последним не относятся (авторская стилистика сохранена).

Тем временем )
С гербицидами мы в прошлый раз более-менее разобрались. Теперь разберемся с селекционерами, фермерами и семенами. Все еще встречаются опасения, что ГМО плохо, потому что монополисты заставят покупать семена каждый год. Сейчас мы посмотрим на актуальные законы, регулирующие взаимоотношения фермеров и селекционеров-семеноводов. )
Не раз встречала, в последнее время в основном только этот аргумент и вижу, дескать ГМО это зло, потому что гербициды, раундап, все такое. Раундапа потребляют все больше, появляются супер-устойчивые сорняки. Это все от ГМО такое зло. А если больше ГМО, значит больше гербицидов - это любому горожанину ясно, особенно тем, у кого есть немножко дачного опыта. )
Учусь рисовать табличку. Вы знаете, как убрать этот дурацкий пробел? Или это только я еговижу? )
Про цветы.

Действительно забыла. Вспомнила, когда увидела пост [livejournal.com profile] plantarum о том, как красят хризантемы. )
Недавно смотрела передачу про охоту в Германии и сильно удивилась, насколько я отстала от жизни.

Было ж время, достаешь из шкафа блузочку с рюшечками тельник, штаны юзаные, камуфляжик. Подперезываешь это дело портупеей и идешь на прогулку в резиновых сапогах, смотреть в бинокль на природу. Вот так примерно.



Теперь телевизор мне природу заменил. Смотрю, как немецкие охотники охотятся. И что я вижу? )
Попробуем теперь разобраться с задачками. В комментарии наведывались суровые статистики, у которых формулы математицкие. Я попробую объяснить логику рассуждений для тех, кто с формулами не дружит. Кое в чем и сама, наконец, разобралась.

Под катом таблички. Следите за руками. )
Неугомонный любознательный [livejournal.com profile] neuraum находит в сети всякие занимательные штучки. Отвлекает от работы.

На этот раз: Видекурс "Выдели свою ДНК сам".


Линк на Ютуб

Решила и я показать, вдруг действительно для кого-то будет откровением. Вообще-то в самом начале смешной комментарий был "why are u guys showing this? weveryone learns this in middle and hgihschool so wtf??" , что в общем-то правда. После чего последовала короткая дискуссия "Фейк или не фейк", некоторых стошнило, некоторые умилились, впрочем, теперь все ждут продолжения "cloning tutorial".

В любом случае вам пригодится метод выделение стволовых клеток з плаценты в домашних условиях. У кого завалялась лишняя плацента в холодильнике, можете приступать.
Тэк-с, пейпа сабмиттыд, можно и отвлечься. Сегодня будет про хлоропластики зеленыя такия, но не про фотосинтез, а про геномы. Тут к нам с гастролями лекцией тот самый Ральф Бок приезжал. Много интересного рассказал.

У животных клетках есть два генома. Один ядерный, а другой митохондриальный. У растений аж три - ядерный, митохондриальный и хлоропластный. Ядерный - это родной геном, а вот митохондрии и хлоропласты - приживальцы. Есть разные гипотезы, как это могло получиться, но пока самая вменяемая теория симбиогенеза. Идея в симбиогенеза в том, что когда-то в клетку попали бактерии и водоросли, но не переварились, а прижились. Кое-что приобрели (вторую мембрану), а кое-что потеряли (целую кучу генов). Между прочим, теорию симбиогенеза Мережковский Константин Сергеевич развивал. Тогда это считалось ересью, а теперь находит экспериментальное подтверждение, особенно сейчас, когда научились геномы читать. Вот сейчас об этих геномах и поговорим, что там начитали. А там такое! )
По следам китайской публикации решила еще раз сказануть. Что следует знать о микроРНК и как следует относиться к научным публикациям вообще. )
Небольшой отрезвляющий пост для любителей транскриптома. Подобную информацию уже где-то раньше встречала, но не помню где и, кажется, неполную. А тут опять наткнулась в Genom express. Пусть теперь тут лежит.

Поситали, значит, мРНКу и белочки, которые с нее считываются. Вот что обнаружилось (прошу прощения за корявый перевод, некогда возиться):


Как мы видим, выраженная в цифрах скорость транскрипции в этой эпической картине занимает весьма скромное место: происходит медленно, быстро валится, а при этом трансляция разворачивается во всей своей красе. Самое вкусненькое, конечно же, происходит между тыщами белочков , которые находятся в один момент в клетке (не перестаю удивляться: куда это все помещается?!), что-то делают: синтезируют, передают сигналы и молекулы, строят комплексы, что-то разрушают, куда-то встраиваются, катализируют, связываются, транспортируются из клетки, в клетку, в разные части клетки и тыды и тыпы.

В этом смысле, регуляция трансляции привлекает все больше внимания.

По материалам Schwanhausser, B. et al. (2011) Global quantification of mammalian gene expression control. Nature
В третий раз меня просят прокомментировать вот эту статью в Cell Reserch. Четвертого раза ждать не буду, прокомментирую быстренько. Почему то считается, что там каким-то боком ГМО, ну хотя бы косвенно. )
Я понимаю, что уже задолбала всех своим ГМО, уж простите.

Вышла вторая серия энтомологических войн. Это краткий обзор сражений на полях оценки экологических рисков в контексте опасности для нецелевых насекомых, которые от ГМО дохнуть не должны. Но я все-же предлагаю освежить тему и начать с первой серии, а то будет непонятно, откуда пляски.

Хоть последний номер весь и космический, но биологи, они завсегда пролезут что-то сказать. Например [livejournal.com profile] shvarz написал «10 важнейших фактов о ВИЧ и СПИДе», а у себя в блоге расширил список до 20ти пунктов.

И чтоб два раза не вставать, когда-то давно со мной побеседовала редакция strf.ru, получилось много бла-бла-бла. Кто меня читает, тот и так читает, вряд ли он что-то новое узнает, но пусть уж тут висит.
Сейчас я надену белый халатик, нацеплю дозиметр на лацкан, надену перчатки и пойду в изотопку метить ДНК зонд радиоактивным фосфором. А вы тем временем разберитесь, пожалуйста, в единицах измерения радиационного излучения. Я подскажу кое-что, ибо видеть этот поток рентгенов нет сил. )
По следам одной дискуссии я вдруг решила, что пора поговорить про ботанику. Материал приблизительно шестого класса, спорим, вы проходили, но я гарантирую, что многие из вас сейчас удивятся опять. Восполняем пробелы. )
Пожалуй, это самая любимая моя тема в молекулярной биологии вообще.

[livejournal.com profile] asena сходила на лекцию Северинова, все аккуратно законспектировала для потомков и опубликовала в SRTF.

Для более эффективного усвоения предлагаю освежить понятие "Ген". Картинки станут во многом понятнее.

В лекции также упоминается еще одна моя любимая тема сахарозной репрессии и регуляция экспрессии генов в ответ на голодуху. Зачем, справшивается нам это знать? Так вот, нечто подобное есть и у человека и я об этом рассказывала на примере механизма регуляции сжигания жира.

Я считаю, что в ожидании весны "похудательная" тема для некоторых (влючая меня) весьма актуальна. Приобретенные знания позволят нам все сделать по науке. Посему напоминаю, чтобы переключить экспрессию генов на обслуживание процессов сжигания жира, организму необходимо подать алармистский сигнал - дефицит калорий плюс избыток продуктов распада энергетически емких молекул АТФ, а именно циклического аденозинмонофосфата, цАМФ. Это можно сделать легко и просто с помощью физических упражнений. А также уменьшить количество еды, которую употреблять следует чаще.
Пост про современное понятие гена поднял целый пласт новых вопросов. В крайнем варианте возражения можно просуммировать так: ну раз там так все сложно, есть ли у нас основания вообще ставить ген краеугольным камнем развития признака? Может пора отменить формулу "один ген - один признак"?

Попробую навести порядок в определениях и немного разложить по полочкам. В конце концов ген, как краеугольный камень в развити признака, нам важен прежде всего в его предсказательной силе. И есть примеры, когда мы можем точно предсказать, будет ли признак наследоваться, а иногда это сложно сделать. И я объясню почему. )
В новый год с новыми знаниями и вопросами. Ушедшая декада нового тысячелетия ознаменовалась новыми (очередными) попытками сформулировать понятие ген и оно оказалось весьма запутанным. Сейчас разберемся с генами там, где это еще возможно. Я уже делала попытки об этом написать в самом начале ведения блога, но мне оказалось сложно подобрать слова, чтобы не загрузить текст кучей специальных терминов, которые знать вовсе необязательно. В этот раз я постараюсь обойтись без них (хаха!)

Если меня спросить, что такое ген, то я немного невнятно помычу, закатывая глаза, почешу затылок, а потом скажу что-то вроде, что ген - это «комплекс причинно-следственных молекулярных событий, где определенный участок дезоксирибонуклеиновой кислоты играет ключевую роль». Но это моя личная интерпретация.

Немного истории. Под катом много текста с кривыми картинками. )

Profile

progenes: (Default)
progenes

July 2017

S M T W T F S
      1
2 345678
9101112131415
16171819202122
23242526272829
3031     

Syndicate

RSS Atom

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jul. 23rd, 2017 12:41 pm
Powered by Dreamwidth Studios