1. Для клеточных перепрограммистов нет ничего святого. Из мочи выделили клетки и перепрограммировали их в нейрональные. Спрашиваете, что это за клетки в моче? Эпителиальные случаются. В этот раз использовали технологию из серии 4, когда гены-факторы перепрограммирования не встраиваются в геном, а просто болтаются в цитоплазме, закодированные в эписомальном векторе. Эпителиальные клетки перерограммировались в плюрипотентную, которую посадили расти на коктейль, способствующий дифференциации в астроциты. Говорят, что эта уринотерапия (из комментов) при лечении, как его, Альцгеймера может пригодиться.

Вот еще успешный пример. Клетки имунной системы перепрограммировали с помощью вируса почти СПИДа и вылечили лейкемию. Биг фарма, такие дела.

2. Редактор журнала Plant physiliology отобрал статью генноинженерных лоббистов, которые рассуждают на тему "поломаем ли мы геном, нарушим ли мы его стабильность, если встроим туда какой левый ген и как это будет выглядить в сравнении с нормальной хорошей естественной селекцией". Это такой базовый обзор текущих представлений и знаний о геноме и того, что там происходит. Можно брать за основу лекции студентам. Вкратце - геном вообще очень пластичный, там постоянно что-то случайно мутирует, гомологично и негомологично рекомбинирует, перескакивает с места на место. Подискутировали даже любимую пугалку анти ГМО борцов 35S промотор, у которого обнаружился потенциальный сайт рекомбинации. Таких потенциальных сайтов у нормальной хорошей пшеницы приблизительно миллион, а к хлопка 40 тысяч.

Если притягивать за уши аналогию, то она будет приблизительно такая (несколько утрирую): с неба валится камнепад огромными булыжниками, а мы стоим под ним и дискутируем, каков риск получить конъюктивит от попадания пылинки в глаз.

3. Годовой отчет успехов сельского хозяйства Германии в картинках. К сожалению, на немецком, но если кто интересуется  темой (особенно некоторые директора агрохолдингов), то стоит переводить и читать. Текст простой, картинки ясные. Буквально несколько примеров.
В сельском хозяйстве прямо или опосредовано задействовано 11% всех трудящихся Германии.
Продуктивность сельского хозяйства за 20 лет возросла в два раза.
В 1900 году один фермер кормил четырех человек, в 1950 - 10 человек, в 2010 году -131 человек.
Потребление: в 1900 году на питание уходило половина доходов, а в 2010 - 14,7% (без учета деликатесов - 11,5%).
Экологически ориентированное хозяйство занимает 6,1% всех площадей. Из всех ЕС стран Германия стоит на третьем месте после Испании и Италии. Переход на экологическое земледелие выгодно только в одном случае - если продукты продавать намного дороже. Расходы на пестициды уменьшаются, возрастает в два раза стоимость персонала, на треть уменьшается добыча молока (я знаю, что не добыча, просто так смешнее), в два раза урожайность пшеницы (при этом стоимость этой же пшеницы вырастает в два раза). Мнения потребителей тщательно изучается и на первом месте стоит мнение потребителей, что это намного здоровее. Так что теперь под этим соусом и будем потреблять.

В отчете также обзор мировых сельхоз рынков по культурам, а также прогнозы импорта-экспорта в свете общей экономической ситуации. Что интересно, Россия - третий по значимости торговый партнер Европы после Китая, причем из России в Европу экспортируется на 90 миллиардов евро больше, чем импортируется туда.

Апд. И чтоб два раза не вставать.
4. Геномщики еще раз согласны с этнографами, что цыгане родом из северозападной Индии, откуда они свалили полторы тысячи лет тому назад.
5. Зеленый чай со всех сторон хорош. Поверьте на слово.
6. Земля ночью. Просто красивая картинка о том, кто будет за собой последним выключать свет.
7. Камчатский вулкан Плоский Толбачик с космоса.
8. Британский food minister Owen Paterson весь такой за ГМО. Уэльским борцам против ГМО будет против чего бороться.

Induced pluripotent stem (iPS) cells.

Серия 1. 2007 год Начало.
Серия 2. 2008 год. Не четыре надо гена, а два.
Серия 3. 2009 год. Да и эти гены можно потом удалить.
Серия 4. 2009 год. А можно и вовсе не встраивать.
Серия 5. 2009 год. Перепрограммировать в стволовую, а затем в эмбрион.
Серия 6.2011 Ну наконец-то. Клетку кожи в клетку сердечной мышцы.
Серия 7. 2011 Повалило. Добавили в репрограммирование микроРНК и обнаружили первые баги.
2012 - Нобелевская премия уходит Yamanaka и Gurdon, который пересаживал ядра в лягушачью икру в прошлом веке, чем подготовил почву для клонирования.

Некоторые пытливые читатели блога болели за Yamanaka еще два года назад.

Здесь можно посмотреть весь сериал еще раз в виде timeline.

Новости

Jun. 7th, 2012 05:01 pm
progenes: (Default)
1. Новость первая. Роспотребнадзор читает мой ЖЖ. Помнится был у меня пост с финальным аккордом: Чтоб не есть страшное чужое ГМО, свое надоть делать.

Читатели принесли чудесные ссылочки.

"Это все импортные продукты. А хотелось бы, чтобы эту нишу заполнили продукты, биотехнологии российского производства", – отметил начальник отдела Роспотребнадзора Геннадий Иванов.

2. Новость вторая, бурно празднуется сегодня, хотя прорыв скорее технологический, чем научный. Ученые из Вашингтонскаго университета придумали просеквенировать геном плода, причем никаких эмбриональных жидкостей и сложных заборов материала не понадобилось. Взяли просто кровь беременной мамы и мазок изо рта папы. Готово.

Вы спросите, причем тут папа а где эмбрион? Объясняю, еще раньше обнаружилось, что в крови у мамы плавает ДНК ребеночка. Не клетки, а просто куски ДНК. Вроде до 13% доходит. Взяли, значит, кровь мамы и выделили всю ДНК (и мамину и ребеночка в кучу). Теперь вы должны спросить, причем тут папа. И мамина, и папина ДНК нужны, чтобы потом разобраться, которая ДНК у мамы в крови папина, то есть похожа на ребеночкину.

В сторону: беременные, знаете ли вы, что в вашей кровушке плавает половина ДНК точь точь как у супруга?

Все это взяли и просеквенировали, то есть прочитали. На этом работа биологов закончилась. Пришли биоинформатики, оба, кстати, Graduate Studentы



И собрали это все в кучу. При этом получилось увидеть около 36 свеженьких мутаций. Пока еще для этого метода надо глубокий тщательный сиквсенс материнского и отцовского геномов, но уже не надо никого колоть и резать.
Сова приложила ухо к груди Буратино.
-- Пациент скорее мертв, чем жив, -- прошептала она и отвернула
голову назад на сто восемьдесят градусов.
Жаба долго мяла влажной лапой Буратино. Раздумывая, глядела выпученными глазами сразу в разные стороны. Прошлепала большим ртом:
-- Пациент скорее жив, чем мертв...
Народный лекарь Богомол сухими, как травинки, руками начал дотрагиваться до Буратино.
-- Одно из двух, -- прошелестел он, -- или пациент жив, или он умер. Если он жив -- он останется жив или он не останется жив. Если он мертв -- его можно оживить или нельзя оживить.
-- Шшшарлатанство, -- сказала Сова, взмахнула мягкими крыльями и улетела на темный чердак
.


[livejournal.com profile] kondybas Задачку подогнал замечательную. Я немного переиначу, но суть останется та же.

Задачка 1. Известно о наличии редкого наследственного заболевания, которое встречается у 1го деревянного пациента на 10000 , то есть 0.01%. Консилиум врачей решил превентивно проскринировать кукольную популяцию, допустим, померять уровень целлюлазы. Известно, что 95% больных этим наследственным заболеванием демонстрируют повышенную активность целлюлазы. Добавлю еще, что и у 5% здоровых тоже наблюдается повышение. Допустим, у Буратино тест обнаружил такой эффект. Какова вероятность, что он болен?

Ответ: 0.19%

Задачка 2. Известно, что это заболевание наследственное, причем доминантное. У Буратино есть брат, который точно болен. Посчитать вероятность, что дети унаследовали это заболевание от папы Карло. Вероятность, что Буратино тоже унаследовал этот ген 50%. Вы решили проскринировать всех Буратиновых братьев, которых, допустим тысяча, тестом из задачки выше. Не забывайте, что наличие гена еще не гарантирует развитие болезни. Проскринировали и у Буратино нашли повышенную активность. Какова вероятность, что Буратино болен?

Ответ: 95%

Задачка 3. Мы ничего не знаем о происхождении Буратино и о его братьях. Но Буратино поташнивает, нос размягчился и опустился вниз и Сова, немного подумав, интуитивно предполагает, что где-то на 30% он скорее болен этим редким наследственным заболеванием, оттуда и симптомы. Делает тест на уровень целлюлазы, как в задачке 1 и он оказывается позитивный. Какова вероятность, что Буратино болен?

Ответ: 89%

Задачка 4. Мы опять знает отягощенную наследственность Буратино (50%) и делаем тест, хоть симптомов пока нет. Тест показывает настолько аномальный высокий уровень целлюлазы, который встречается у 99,5% точно больных. Какова вероятность, что Буратино болен?

Ответ: 99.5%
Неугомонный любознательный [livejournal.com profile] neuraum находит в сети всякие занимательные штучки. Отвлекает от работы.

На этот раз: Видекурс "Выдели свою ДНК сам".


Линк на Ютуб

Решила и я показать, вдруг действительно для кого-то будет откровением. Вообще-то в самом начале смешной комментарий был "why are u guys showing this? weveryone learns this in middle and hgihschool so wtf??" , что в общем-то правда. После чего последовала короткая дискуссия "Фейк или не фейк", некоторых стошнило, некоторые умилились, впрочем, теперь все ждут продолжения "cloning tutorial".

В любом случае вам пригодится метод выделение стволовых клеток з плаценты в домашних условиях. У кого завалялась лишняя плацента в холодильнике, можете приступать.
В третий раз меня просят прокомментировать вот эту статью в Cell Reserch. Четвертого раза ждать не буду, прокомментирую быстренько. Почему то считается, что там каким-то боком ГМО, ну хотя бы косвенно. )
1. Один швейцарский исследователь Francis Schwarze из Swiss Federal Laboratories for Materials Testing and Research придумал обрабатывать древесину грибком. Грибок чуток разлагал клеточные стенки в древесине, истончая их. А швейцарский скрипочный мастер Michael Rohnheimer взял и сделал из такой древесины скрипку. Пригласили 180 экспертов и провели им слепую сравнительную демонстрацию звучания скрипки Страдивари "Chaconne" и биотехнологического продукта "Opus 58". 113 экспертов решили, что "Opus 58" это и есть Страдивари.

2. Уганда создала свой трансгенный банан. В него встроили ген HRAP из зеленого перца, чтобы защищать банан от бактериальной инфекции Xanthomonas. Патент тайванский. Первые полевые испытания продемонстрировали 100%-ю устойчивость, ждут результатов новых масштабных исследований. Другие исследования показывают, что внедрению болезне-резистентных ГМ-бананов будет еще противостоять политическая резистентность в Уганде. Это сообщение о том, что не все ГМО - Монсанта.

3. А монсанта купила фирмочку Sapphire Биофьюел из водорослей. Но не для фьюела, а для быстрого тестирования важных для растительного селького хозяйства генов. Теперь дело по захвату генов пойдет быстрее.

4. И в заключение свежак, сообщили днями на 7мом конгрессе по изучению мумии. В этот раз изучили ДНК содержимого мумифицированного желудка первобытного человека Эци. Оказалось, что за пару часов до смерти человек употребил мяско козы и семена злаков. Мяско козы, вероятно, перед употреблением термически обработалось, хотя шкуру сдирали не аккуратно, а ели вместе с шерстью.
Из New Scientist via [livejournal.com profile] giggster Evolution's X factor: Shuffling up new species
Поскольку статья требует подписки, то я пошуршала по сусекам и обнаружила, что ее уже успели стащить на растерзание в форум. Тут ее можно найти в полном доступе.

Затравка: Darwin described the creation of new species as the "mystery of mysteries". Could the solution be found in a single gene?

Речь идет об истории открытия одного гена с прозаическим названием Prdm9. Этот ген, похоже, предотвращает межвидовое скрещивание у млекопитающих. Сам факт, что эволюция этого гена приводит к гибели гибридного потомста, уже удивителен. Гены, они ж эгоистичные и эволюция гена как бы должна идти в ногу с повышенной выжываемостью потомства. А тут как раз случай навыворот. Что это за ген, что за продукт он кодирует, как он приводит к предотвращению переопления межвидовых скрещиваний и что еще нашли про него интересного - читайте в статье. Лучше я не напишу, а переводить сейчас некогда.
Кто еще не видел, спешите. В "Троицком варианте" статья Михаила Гельфанда (он же [livejournal.com profile] prahvessor) Геном другого человека.

Любопытная дискуссия на эту тему развернулась у [livejournal.com profile] ivanov_petrov.
Иногда наблюдаю скрытые интересные диалоги, которые разворачиваются во френдоленте, но при этом незаслуженно ускользают от внимания публики. Надо просто собрать их как паззл воедино, что я сейчас и сделаю.

Например, недавно в блоге [livejournal.com profile] ivanov_petrov обсуждалась лекция Татьяны Черниговской о языке и сознании. Помимо всего прочего, упомянуты генетические различия человека и шимпанзе. Не буду пересказывать, просто процитирую выдержки из лекции.

"...Споры о языке идут именно между сильными сторонами, у каждой из которых есть тонны аргументов. К чему сводится этот спор? В итоге он сводится к следующему. Есть все жители этой планеты, потом есть некий провал. И тогда начинается человек. Есть ли этот провал? Если он есть, значит люди действительно - вообще другие. Что это значит? Другие – это кто? В августе 2006-го года были опубликованы исследования, в рамках которых сравнивались геномы человека и шимпанзе. Те, кто этим занимались, пытались найти участки ДНК, в которых за 5 млн. лет произошли такие сильные изменения, которые отдалили нас от шимпанзе. Нашли несколько таких участков. В этих участках темпы изменения были существенно выше, чем в среднем по геному. Их оказалось 49. Я не генетик. Поэтому эту информацию комментировать научно я не возьмусь. Причем в некоторых участках изменения происходили в 70 раз быстрее, чем в среднем. Это огромная цифра. Почему такое ускорение произошло?

Тут есть множество спекуляций, правда, вне генетики. Хомский считает, что произошла макромутация, то есть взрыв, который привел к возникновению языка. Стивен Пинкер с некоторых пор занимает другую позицию. Общее у них в том, что есть модуль языка. Но Пинкер занимает более эволюционную позицию, говоря, что была серия микромутаций, которые привели к языку. Участки этих изменений разбросаны по всему геному. Встает вопрос: какие функции эти участки выполняют? Начали разбираться и выделили ген, который претерпел наиболее значительные изменения. Это небольшой ген, который называется HAR1, который входит в группу HAR1F, что означает Human accelerated region 1 forward. Он кодирует маленькую РНК. Но в нем содержится 118 различий между человеком и шимпанзе. Для сравнения: разница между шимпанзе и птицами – 2 различия. То есть был какой-то взрывной процесс. Это исследование было выполнено в Калифорнии целой группой людей. Этот HAR1F влияет на развитие нейронов новой коры между седьмой и девятнадцатой неделями развития плода. Это критичный период для миграции нейронов и специализации нейронов в коре. Это очень важно. И сразу было объявлено, что это ген мышления."

Эту цитату лаконично прокомментировал [livejournal.com profile] galicarnax : Это как бы ошибка. Вся длина гена HAR1F - 118 нуклеотидов, из них между человеком и шимпанзе отличаются 18, а между шимпанзе и птицами - два.

А уже у себя дал развернутое и исключительно интересное сообщение об этой некодирующей РНК HAR1F .

Еще раз процитирую:
"Возможно, самым примечательным событием в геномике последних лет стало обнаружение некодирующих консервативных последовательностей - участков, которые не несут информацию о белках, но сохранаются в течение эволюции позвоночных не хуже (а порой и лучше), чем кодирующие экзоны. В геноме человека 1.5% нуклеотидов кодируют белки. Но доля консервативных участков составляет около 5%. Часть некодирующих 3.5% составляют зоны, регулирующие экспрессию генов, а также участки, с которых копируются функциональные молекулы РНК (прежде всего рРНК и тРНК) - они также похожи у всех организмов. Каковы функции оставшихся консервативных "записей", составляющих в сумме около 5 миллионов оснований - загадка. А функции у них, несомненно, есть, и крайне важные, судя по их сохранности. В среднем длина этих загадочных участков составляет 50-200 оснований."

Для полноты картины у меня еще один кусочек паззла в рукаве про загадочные участки. Дискуссия у того же [livejournal.com profile] ivanov_petrov о темной материи генома. В даном случае речь идет пересмотре масштабов некодирующей, но транскрибирующейся части генома, которая непонятно, что делает. Согласно новым исследованиям их транскрибируется несколько меньше, чем ранее предполагалось, но тем не менее мы наблюдаем кучу непонятной считанной информации, смысл которой далеко еще непонятен. Но вот с HAR1F немножечко, совсем чуть-чуть, проблескивает хотя бы структура.
Александр Марков красиво и грамотно обозрел предыдущую новость про палец Денисова на "Элементах" с иллюстрациями и выводами. Всем читать!

Сегодня запускают коллайдер в прямом эфире. Лично я оторваться не могу, как интересно.

Прямо сейчас довели напряжение до 3,5 TeV. И вообще, отличный повод припасть к источнику знаний.
CERN на твиттере
(Читать снизу вверх, ощущая весь накал и драматизм ситуации)
ПС: какие эти физики оказывается темпераментные, а?

# Nature does it all the time with cosmic rays (and with higher energy) but this is the first time this is done in Laboratory!!
# First time in the history!!!!!!!!!!!! World record!!!!!!!!
# Experiment have seen collisions!!!!!!!!!!!
# Now stabilizing the beams
# Collapsed!!
# Final sequence for collapsing is starting!
# Beams will be collapsed soon! Then a new stabilization will be needed before experiments will be able to observe the first collisions.
# Operators are stabilizing the beams... yes, we'll attempt to collide them soon!
# 3,5 TeV at the #LHC... Adjusting the beams now.
# The ramp is successfully completed! Beams are now accelerated to 3.5 TeV, the highest energy! Preparing for collisions now!!
# 3 TeV at the #LHC. Almost 3,5 TeV... v
# Physicists hold their breath in the control room of the #LHC
# Half of today's energy at the #LHC: 1,75 TeV! All lights are green!
# Ramping up now!
# Beams look really good this time. Preparing for energy ramp!
# Beams are in again! Now, cross your fingers! We want to go for collisions here!
# Live webcast restarting at 12:00 - Twitter is always on!

При встрече в черной дыре напомните мне, чтобы я рассказала о суперплодоносных томатах с геном гетерозисного эффекта SINGLE FLOWER TRUSS
Геном неандертальца расшифрован и анализируется. А тут новые ископаемые остатки подоспели.

На Алтае есть пещера Денисова (51°40′N; 84°68′E). Там нашли кости. Выделили из них ДНК. Просеквенировали пока только митохондриальную, по которой привыкли происхождение устанавливать. Посмотрели на генеалогическое древо, что за фрукт.




Оказалось, что это не неандерталец, и не кроманьонец, а какой-то вообще новый пришелец Homo. Причем, вроде как все эти кроманьонцы и неандертальцы, и "денисовцы" жили приблизительно в одно и то же время.

На "Элементах" еще не отписались? Ждем развернутую статью от специалистов [livejournal.com profile] macroevolution или[livejournal.com profile] afranius . Я в палеонтологии не сильно разбираюсь.
Провеквенированы геномы сразу четырех человек, семьи - родителей и двоих детей. У детей сразу две врожденные генетическии аномалии: синдром Миллера и синдром Картагенера. У родителей аномалий нет, они носители соответствующих генов в гетерозиготном состоянии. Вероятность, что эти два синдрома встретятся в одной особи в популяции 1 на 10 миллиардов.
Выводы интересные, в частности передача мутаций детям ниже, чем ожидалось. Но об этом надо рассказывать подробнее, а у меня нет времени.
С большим удивлением обнаружила сегодня в новостях ликование про полное секвенирование генома сои. Думаю, что за фигня - месяца три как последовательности открыты и в свободном доступе для всех жаждущих, а может и раньше, чем три месяца, но раньше мне дела до них не было. Я уже успела натягать оттуда нужных мне сиквенсов и докторант даже гены по ним наклонировал. А теперь оказывается это в Нейчер наконец опубликовали. Ну что ж, вполне логичный ход событий: сначала последовательности, потом научная публикация, потом ликование в прессе.

Но бывает и по-другому. Тут мне в комментариях подсказывают, намедни секвенировали россиянина (в прошлом году было это намедни). Вроде дело было в РНЦ «Курчатовский институт» в центре конвергентных нано-био-инфо-когнитивных (НБИК) наук и технологий. Так вот, поулюлюкали эти нано-био-инфо, а статьи научной нет, как нет и доступа до геномных последовательностей. Селяви.
Не могла пройти мимо, делюсь.

Сначала загляните к [livejournal.com profile] copperkettle78. Там о генах, которые обнаружили у человека и которые отсуствуют у обезьян. Судя по всему эти гены "образовались" из некодирующих участков "обезяньего" генома. Пока таких обнаружено три. Один из них активируется при хронической лимфоцитарной лейкемии, два других пока еще не изучены.

Кроме того, там же ссылка на википедийную статью о зонах ускоренного развития у человека. Это такие сегменты генома, которые у позвоночных больших изменений не претерпевали, а человека они мутируют скорее.

Но и это еще не все. В конце прошлого месяца в PloS вышла статья об возможном объяснении закреплении мутации, которая привела к появлению в человеческой популяции явления переваривания лактозы. До сих пор было непонятно, когда именно появилась и каким образом закрепилась эта мутация, теперь можно поспекулировать. В статье комбинируют генетические находки, узоры на археологических черепках и методы построения комьютерных моделей. В конце статьи есть видео с моделями, как распространялась мутация. Формат электронной статьи позволяет демонстрировать и такие фичи.

Я до сих пор думала, что все человечество изначально переваривало цельное молоко, а потом "разучилось". Оказалось, что не так. До того, как ген эволюционировал, человек переваривал молоко где-то до пятилетнего возраста, а потом его начинало поташнивать. Считается, что смысл в том, чтобы отпрыски отучивались таким образом от груди. Потом, где-то 7 с половиной тысяч лет тому назад, где-то в момент, когда приручились окончательно молочные животные, появилась и закрепилась мутация "усвоения лактозы". Сначала предполагали, что закрепление произошло у северных народов в связи с потребностью в витамине Д, однако новые модели с учетом керамических черепков из неолита говорят, что это случилось где-то между Балканами и Центральной Европой.

Оригинал.
Ссылки на освещение этой темы в различных популярных ресурсах, часто с веселыми коментариями.
Занудные блогеры придираются к деталям. Это самое интересное.
George Church и J. Craig Venter провели короткий курс синтетической геномики в рамках третьей культуры Edge для ученых, журналистов и культурных импресарио. С видео и короткими откликами участников тут.


О Крэйге Вентере я уже писала, а имя Джоджа Черча больше известно специалистам-молекулярщикам по первому методу секвенирования ДНК, который он разрабатывал вместе с Wally Gilbert.

Синтетическия геномика - новая область биологических исследований, комбинирующая науку и инженерию с целю получить новые биологические функции и системы. Синтетическая геномика все еще на стадии звездных карт, хотя она становится чем-то вроде Google Earth быстрее, чем думает большинство людей.
Вопросы, которые рассматривались на курсе (из откликов): )
Очень часто встречаю мнение, что все мутации для особи смертельны. Мутанты - синоним уродов, мутировавший ген - обязательно что-то вредоносное, а понятие "полезные мутации" воспринимается с большими оговорками. На самом деле большинство мутаций нейтральные. Ген, как и все в этом мире, переживает рождение и смерть. Если мутация действительно несовместима с жизнью особи - ген исчезает навсегда. Но это происходит не так часто. Бывает, что мутация в гене никак не влияет на успешность дальнейшего размножения. Тогда в нем накапливается такое количество мутаций, что рано или поздно ген выключается, но остается погребенным в геноме. Ген умер - родился псевдоген.

Анализ человеческого генома вскрыл большое кладбище псевдогенов, которые когда-то служили нашим предкам верой и правдой. Например, по мере развития зрения, уменьшалось количество обонятельных рецепторов. И сейчас в человеческом геноме из около 1000 генов, кодирующих обонятельные рецепторы, 600 являются псевдогенами, а работают только 400. То есть наш геном носит в себе потенциально 600 обонятельных рецепторов, а мы о них и не догадываемся.

Псевдогены интенсивно изучаются, составляются базы даных с целью изучить когда и по какой причине эти гены выключились. Вообще в геноме около 12 тысяч молчащих генов.

Иногда случается, что "умершие" гены восстают из мертвых. Так случилось с геном Immunity-related GTPase (IRG), который играет важную роль в защите от внутриклеточных патогенов. Анализ этого гена у обезьян показал, что этот ген был "выключен" ретротранспозоном Alu около 50ти миллионов лет назад, а 20 миллионов лет назад восстановился другим элементом ERV9.

Коль скоро гены могут сами восставать из мертвых, то уж точно их можно и разбудить. В этом смысле становятся интересными "спящие" гены устойчивости против болезней. Обнаружилось, что человечество понесло утрату в виде гена дефензина, котрый стал псевдогеном 7 миллионов лет назад в результате мутации. Восстановление гена у лабораторных условиях показало, что ген может сильно пригодится в борьбе с ВИЧ.

UPD: бонус об эволюционных фокусах и причудах полового отбора у стебельчатоглазых мух от [profile] nature_wonder .
UPD1: еще один жирный бонус о том, как целые вирусы восстанавливают, которые существовали 4 млн лет тому назад. от [livejournal.com profile] shvarz 
В феврале этого года под колеса городской электички в Мюнхене бросился человек. Его труп доставили в институт судебной медицины для рутинного обследования. В том числе образцы ткани были отправлены на анализ ДНК. Тоже рутинный.
Результаты были ошеломляющие: анализ показал два различных ДНК профиля, причем один из них был... женский. Давай уточнять. "Женский" ДНК-профиль был в клетках крови, а все остальные ткани принадлежали мужчине. Оказалось, что самоубийце за несколько лет до суицида пересадили "женские" стволовые клетки костного мозга, которые и продуцировали клетки крови. Казалось бы, все стало на свои места, хоть и случай явно неожиданный.
Однако судмедэксперты схватились за голову. ДНК анализ следов крови с мест преступления значительно более чувствительный метод, чем отпечатки пальцев. Но если мы не знаем, есть ли в медицинской истории исследуемого случая факт пересадки костного мозга, то по результатам анализа следов крови мы вообще не може судить, кому эта кровь принадлежит. Вот так то.
Я уже писала о технических возможностях анализа человеческого генома. Совсем недавно завершился еще один масштабный проект анализа геномных различий у европейцев - Population Reference Sample POPRES: исследовались одновременно около 500 тыс отдельных различий в ДНК (single nucleotide polymorphism SNP) у около 3 тыс европейцев. После того, как эти различия были зафиксированы, ими занялись математики, которые с помощью метода главных компонент сгруппировали различия по двум координатам. В результате образовались паттерны "подобных различий". И что вы думаете? Они чудесным образом совпали с...внимание, большая картинка )
Я сначала подумала, что это шутка, в потом вчиталась, все-таки нет, не шутка.
Итак, в 2006 году в International Journal of Neuroscience вышла статья "EVIDENCE FOR “UNER TAN SYNDROME” AS A HUMAN MODEL FOR REVERSE EVOLUTION" о семье из Турции, большинство членов которой передвигаются на четвереньках. Помимо необычного способа передвижения, для членов этой семьи характерна редуцированная, до около 100 слов, речь, зажимание пальцев при попытках прямостояния и нетипичное соотношение длины рук к длине ног. Ученым удалось найти не только еще одну семью в Бразилии и еще одну в Ираке, но даже и определить вероятную причину такого необычного хождения.
Оказалось, что члены семьи имеют мутацию одного гена VLDLR, ответственного за миграцию нейробластов в коре головного мозга. Это все позволило автору статьи поспекулировать на тему обратной эволюции, которую он придумал называть ""деволюция". Это вызвало оживленные дискуссии в научном обществе, которые сначала освещались в СМИ. Дело в том, что для спекуляций об эволюционной судьбе гена недостаточно показать его мутацию только в особей с необычной деградацией. Хорошо бы еще посмотреть в каком состоянии находится этот ген у других особей в популяции.
А уже в этом месяце вышли сразу две статьи в PNAS. И действительно, уже нашлись прямохожденные носители мутации, а ходящие на четвереньках другие семьи имеют другие генетические отличия. Так что считается, что бегание на четвереньках явно кодируется не одним, а целым комплексом генов. И это хорошо!

Profile

progenes: (Default)
progenes

July 2017

S M T W T F S
      1
2 345678
9101112131415
16171819202122
23242526272829
3031     

Syndicate

RSS Atom

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jul. 23rd, 2017 12:42 pm
Powered by Dreamwidth Studios