Я тут гены на биочипах смотрю, какие включились, а какие выключились. Раньше образцы на фирму отправляли, но с некоторые пор у нас завелись приборы хитромудрые, так что сами химичим. Должна сказать, что в последнее время технология рванула, хоть и требует прилежания и аккуратности, но все такое стандартизированное, нано-пренано. Сливаю по микролитрам, что-то там в махоньких пробирочках инкубирую и наношу в микродозах на микростекла в стерильных безпылевых безозоновых лабораторих.


А сверху накрываюRead more... )
Попробуем теперь разобраться с задачками. В комментарии наведывались суровые статистики, у которых формулы математицкие. Я попробую объяснить логику рассуждений для тех, кто с формулами не дружит. Кое в чем и сама, наконец, разобралась.

Под катом таблички. Следите за руками. )
Сова приложила ухо к груди Буратино.
-- Пациент скорее мертв, чем жив, -- прошептала она и отвернула
голову назад на сто восемьдесят градусов.
Жаба долго мяла влажной лапой Буратино. Раздумывая, глядела выпученными глазами сразу в разные стороны. Прошлепала большим ртом:
-- Пациент скорее жив, чем мертв...
Народный лекарь Богомол сухими, как травинки, руками начал дотрагиваться до Буратино.
-- Одно из двух, -- прошелестел он, -- или пациент жив, или он умер. Если он жив -- он останется жив или он не останется жив. Если он мертв -- его можно оживить или нельзя оживить.
-- Шшшарлатанство, -- сказала Сова, взмахнула мягкими крыльями и улетела на темный чердак
.


[livejournal.com profile] kondybas Задачку подогнал замечательную. Я немного переиначу, но суть останется та же.

Задачка 1. Известно о наличии редкого наследственного заболевания, которое встречается у 1го деревянного пациента на 10000 , то есть 0.01%. Консилиум врачей решил превентивно проскринировать кукольную популяцию, допустим, померять уровень целлюлазы. Известно, что 95% больных этим наследственным заболеванием демонстрируют повышенную активность целлюлазы. Добавлю еще, что и у 5% здоровых тоже наблюдается повышение. Допустим, у Буратино тест обнаружил такой эффект. Какова вероятность, что он болен?

Ответ: 0.19%

Задачка 2. Известно, что это заболевание наследственное, причем доминантное. У Буратино есть брат, который точно болен. Посчитать вероятность, что дети унаследовали это заболевание от папы Карло. Вероятность, что Буратино тоже унаследовал этот ген 50%. Вы решили проскринировать всех Буратиновых братьев, которых, допустим тысяча, тестом из задачки выше. Не забывайте, что наличие гена еще не гарантирует развитие болезни. Проскринировали и у Буратино нашли повышенную активность. Какова вероятность, что Буратино болен?

Ответ: 95%

Задачка 3. Мы ничего не знаем о происхождении Буратино и о его братьях. Но Буратино поташнивает, нос размягчился и опустился вниз и Сова, немного подумав, интуитивно предполагает, что где-то на 30% он скорее болен этим редким наследственным заболеванием, оттуда и симптомы. Делает тест на уровень целлюлазы, как в задачке 1 и он оказывается позитивный. Какова вероятность, что Буратино болен?

Ответ: 89%

Задачка 4. Мы опять знает отягощенную наследственность Буратино (50%) и делаем тест, хоть симптомов пока нет. Тест показывает настолько аномальный высокий уровень целлюлазы, который встречается у 99,5% точно больных. Какова вероятность, что Буратино болен?

Ответ: 99.5%
Неугомонный любознательный [livejournal.com profile] neuraum находит в сети всякие занимательные штучки. Отвлекает от работы.

На этот раз: Видекурс "Выдели свою ДНК сам".


Линк на Ютуб

Решила и я показать, вдруг действительно для кого-то будет откровением. Вообще-то в самом начале смешной комментарий был "why are u guys showing this? weveryone learns this in middle and hgihschool so wtf??" , что в общем-то правда. После чего последовала короткая дискуссия "Фейк или не фейк", некоторых стошнило, некоторые умилились, впрочем, теперь все ждут продолжения "cloning tutorial".

В любом случае вам пригодится метод выделение стволовых клеток з плаценты в домашних условиях. У кого завалялась лишняя плацента в холодильнике, можете приступать.
Я тут ставлю один протокол в лаборатории, надо мне. Меряю одну хитрую активность. Протокол, надо сказать, от наших соотечественников в Швеции, хороших коллег. Ну, чтобы поставить реакцию, беру все, как у них, и ткань такую же. Прибор чуток другой и реактивы от другого поставщика. Растираю, экстрагирую, сливаю, калибрую, меряю флуоресценцию, пересчитываю моли-меремоли. Получаю ризалтс в молях отщепленного субстрата за минуту. Смотрю теперь в их статью: тютелька в тютельку!!! Вот это и я понимаю воспроизводимость.
Тут у нас докторант-бедолага бодается с чужими трансгенами. Вроде точняк трансгены. Проверили саузерном - вставка есть. В рамках кооперации решено отправить растения в дружественную лабораторию, а оттуда любезно запросили в довесок к растениям праймеры для проверки трансгенности ПЦРом. Праймеры, это такие короткие последовательности ДНК (можно даже на бумажке буковки). А ПЦР это ПЦР. Ну вот докторант придумал праймеры и тестирует ПЦР. Прогнал форез и жалуется на результаты.

Смотрю - маркеры на месте, контрольная полоска с плазмидкой - есть. Дальше начинается бардак. В диком типе - полоска (а не должно быть) , в двух трансгенах - полосок нет (а должны). Зато есть жирнющая полоска правильного размера в совсем негативном контоле, содержащем воду.

Да, -говорит. Для контроля воду брал отдельно, чтобы не загрязнить плазмидой, наносил на гель на расстоянии от плазмиды, чтобы из кармана не перетекло. Воду перед этим проавтоклавировал.Говорю, ну знаешь, бывает и фальш-позитивные, и фальш-негативные, но чтобы в одном эксперименте было и то, и другое, такого не видела. В воде вообще замечательно. Посоветовала попроситься на работу к Люку Монтанье.

Напомню, Люк Монтанье это нобелевский лауреат за ВИЧ. Говорят, последнее время спятил и, видимо, хочет еще одну премию - шнобелевскую. Утверждает, что вода помнит ДНКу. Вот,- говорю,- ты с этим ПЦРом это экспериментально и докажешь.

И в завершение бонус. Одно уважаемое издание попросило цитату о новых технологиях. Поскольку цитата не подошла - разрешу ее себе опубликовать здесь. Даже две.
"To live, to err, to fall, to triumph, to recreate life out of life" . "Портрет художника в юности" Джеймса Джойса, кто не в курсе. Спрашиваете, причем тут технологии? Ну это Вентер пошалил и процитировал Джойса в геноме бактерии микоплазма.

Еще одна цитата, оттуда же (из генома микоплазмы): "What I cannot build, I cannot understand" - Ричард Фейнман.
Ну тут Вентер оскандалился, потому что оригинальная цитата Фейнмана такая:
“What I cannot create, I do not understand."
Когда Вентеру указали на ошибку, он ответил следующее: "We agreed what was on the Internet was wrong, so we’re going back to change the genetic code to correct it".

Короче, поменял докторант праймеры, все получилось как надо.
Технология работы с генами подошла к такому рубежу, перед которым соображения об опасности "конвернциональных" ГМО выглядят как детский лепет.

Например, я сейчас занята анализом более чем 50ты тысяч генных последовательностей одновременно. Как это делается. Я выделила из растительных тканей РНК. Это несложно. Затем с помощью фермента обратной транскриптазы я "переписала" их в последовательности ДНК. Это называется кДНК. Это тоже несложно. Затем я отправила их на секвенаторную фирму для прочитки. На выходе я получаю обычный текстовой файл, который простой и незамысловатый. Выглядит вот так подсмотреть в замочную скважину за молекулярщиками )
Думаю, что стоит кое-что прояснить, а то туман. Экономические обозреватели волнуются: "

30 октября Тимошенко заявила, что в Украине лабораторно подтверждены 11 случаев заболевания гриппом А/H1N1.

Снова повторим вопрос - 11 человек это эпидемический порог для страны с населением 46 миллионов человек?

И еще одна цитата оттуда же " Получается, его определили на обычном микроскопе?" И действительно, как они его определили?

Давайте поговорим о лабораторной диагностике вируса гриппа. )
ДНК из клубники в домашних условиях мы уже выделяли.

Но пытливым нет предела! Если вы ждете вот-вот отпрыска и надеетесь, что наука вот-вот рванет так, что научится выращивать из стволовых клеток органы, то предлагаю вашему вниманию в рамках курса "Сделай сам" выделение стволовых клеток з плаценты в домашних условиях. С картинками. Красочными. Те, кого тошнит от вида крови, лучше воздержитесь от просмотра и поверьте на слово, что это не сложнее, чем печь плюшки.

Вам понадобится немногим более сноровки, чем в опытах с клубникой, и еще парочку реактивов и приборчик, который наверняка можно одолжить в любой лаборатории. Особенно продвинутым можно организовать мини-лабораторию на дому и выделять клетки под заказ. С нетерпением ожидается новый курс: омоложение стволовыми клетками в домашних условиях. А мы то думали, что это сложно.
Полимеразная цепная реакция (ПЦР) - это альфа и омега молекулярной биологии. Если бы не этот метод, то ничего бы мы не знали про гены толком, не могли бы их клонировать нормально и вообще, читаешь "молекулярная биология", понимаешь ПЦР.

С помощью ПЦР диагностируют наследственные и вирусные заболевания, в криминологии именно этот метод лежит в основе «генетических отпечатков пальцев» и определении отцовства, также с его помощью клонируют гены и секвенируют (читают) ДНК, а также определяют наличие генномодифицированных продуктов в супермаркете. В общем как мы видим метод нужный, полезный и шорокораспространенный. И главное, простой до безобразия. Так что теперь решайте сами, хотите ли вы об этом знать или нет )
Итак, сегодня как раз время достать пробирочку из коробки и продолжить с ней работу. Будем мерять, сколько у нас получилось ДНК и смотреть ее невооруженным глазом )
Я думаю, это должно быть интересно, посмотреть под руки лабораторным трудящимся и понаблюдать за рутинным процессом выделения ДНК из растений. Итак, выделение ДНК в картинках. )

Profile

progenes: (Default)
progenes

July 2017

S M T W T F S
      1
2 345678
9101112131415
16171819202122
23242526272829
3031     

Syndicate

RSS Atom

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Sep. 22nd, 2017 10:22 pm
Powered by Dreamwidth Studios