Птичку жалко!

Вот если и есть чего доселе неизведанного о в биологии, чего я не хотела бы знать, то это сравнительный анализ транскрипции генов в мозге певчих и не певчих птиц с целью узнать, почему одни певчие (попугай, скажем), а другие (колибри) - нет. Во-первых, для того, чтобы это узнать, надо птицу убить, достать из нее мозг, растереть в кашу и выделить из нее РНК. Во-вторых, сравнительный анализ транскрипции генов не то, что не ответит, а даже вряд ли приблизит к ответу. В-третьих, разве мы не можем пожить еще несколько столетий без ответа на этот вопрос, пока мы не придумаем какие-то другие способы узнать?

Это я читаю рассылку позиций .
Начну издалека. Тема исследования Сералини за последние две недели ушла в новое русло. Дескать, журналистика падкая на сенсацию и все такое. Вроде как есть эффект "одиночного исследования". Если появляется совершенно новое сенсационное, то есть шанс его повыгоднее продать в медиа, а очень часто такие исследования требуют дополнительных перепроверок и при таких перепроверках сенсация не подтверждается. Вместе с тем интересные удивительные исследования совсем рядом. Я сейчас об одном таком расскажу.

Все знают, что в процессе фотосинтеза в листьях из воды и углекислого газа получается сахар. Из листьев этот сахар поступает в запасающие органы растения, где преобразуется в сложные сахара или служит скелетом для синтеза аминокислот. Все помнят еще со школы, что у растения есть для транспорта сахара и питательных веществ проводящие ткани - флоэма (сахар) и ксилема (вода и минеральные соли). А знаете ли вы, что еще до прошлого года никто толком не знал, как именно сахар проникает из клеток листьев в околоклеточное пространство, а оттуда во флоэму. Это было настоящее белое пятно. И это очень удивительно, потому что мы все как бы выживаем за счет употребления запасающих органов растений. Вся селекция направлена на то, чтобы они получались покрупнее и побольше. А как это происходит транспорт на уровне клетки - непонятно.

Транспортеры сахара В клетку нашли уже давно. Но это все не добавляло ясности к вопросу транспорта сахара ИЗ клетки. Ведь должен он как-то оттуда обратно выбираться? В некоторых случаях сахар движется по плазмодесмам, таким межклеточным соединениям. Но не всюду и не всегда. Ясно было одно, что должны быть такие молекулярные ворота для сахара из клетки, но как их найти?

И вот Вольф Фроммер начал масштабный проект по поиску таких ворот. Меня восхищает подход, это очень красивая и кропотливая работа. Предполагалось, что это должны быть мембранные белки. Для этого собрали коллекцию всех генов из Арабидопсиса, которые кодируют мембранные белки и эти гены вставили в человеческие клетки линии HEK293T. Кроме всего прочего, эти клетки известны тем, что сами по себе не транспортируют сахар наружу. Затем к этому всему добавили оптические молекулярные сенсоры сахара. Сенсор хитро сконструирован: посредине белок, который способен связывать сахар, а по бокам различные флюоресцирующие белки. Когда эта конструкция хватает сахар, то происходит конформационный сдвиг, который изменяет флюресценцию (которую можно померять). Так вот, соорудили коллекцию человеческих клеток, каждая из которых экспрессировала мембранный белок и давай тестировать каждую этими сенсорами. В общем, это могло не получиться из-за целой кучи причин, но это получилось. Обнаружились такие белки-ворота сахара. И оказалось, что это не новые, а давно полуизвестные гены. То есть известно, что они есть, что они задействованы в ответе растения на заражение микробами и давно известны в патогенезе. Только никто толком не знал, что они делают.

А обнаружилось вот что. Бактерия (или грибы), заражают растение, посылают туда свои специальные молекулы, которые "включают" синтез этих сахарных ворот. Растение начинает поставлять сахар из клетки, а голодным патогенам только этого и надо. Потом обнаружилось, что и симбионты так промышляют. Затем обнаружилось целое семейство этих генов, которые вовсе в патогенном ответе не задействованы, а в нормальном здоровом организме транспортируют сахар из клеток в разных частях растения. Разве это не чудо?

Гены называются Sweet. Это одна из самых моих любимых ботанических историй.
«Природа не признаёт и не терпит тождественных повторений. В своем творчестве новых форм она дает бесконечное разнообразие живых организмов и никогда не допускает полного повторения».

«Мы живем в одном из этапов времени безостановочного создания природой новых форм живых организмов и лишь по своей близорукости не замечаем этого».

«Мы должны уничтожить время и вызвать к жизни существа будущего, которым для своего появления надо было бы прождать века, века медленной эволюции, которая дала бы им необходимое развитие, намного превышающее строение существующих форм…»

И. В. Мичурин

Протопоп Христофор Потапьев, окончивший духовную академию и слывший в Козлове за умного и красноречивого проповедника, посетил питомник Мичурина через месяц после отъезда Салова, и потребовал от него прекращения опытов со скрещиванием растений, о чём Иван Владимирович потом неоднократно вспоминал как о забавном случае из своей жизни.

«Твои скрещивания, — заявил протопоп, — отрицательно действуют на религиозно-нравственные помыслы православных… Ты превратил сад божий в дом терпимости!"

Апд: еще нашла в другой книжке "Чиновники из департамента кричали на меня:"Не сметь!"
Вы знаете, кто такая Доротея Кристиана Эркслебен-Лепорин? Сейчас расскажу. Через 2 недели мы будет отмечать 250 лет ее смерти. )
Tags:
Чесслово, куча дел (рубит себя ладонью по шее). Но я скоро исчезну в отпуск, а вам летнее задание - нюхать и классифицировать цветочные ароматы. Я сейчас расскажу как.
Половина духов на прилавках основаны на цветочных ароматах. Раньше, так вообще было, что ни духи, так солифлоры. Солифлоры - это парфюмерные композиции, которые базируются на запахе одного цветка, но при этом еще содержат несколько парфюмерный "бантиков". Однако химический состав солифлоры может состоять из множества отдельных компонентов.
При этом есть 8 базовых молекул, которые в разной комбинации могут давать запах розы, ландыша, жасмина, гиацинта и сирени. Если кому прийдет в голову поэкспериментировать дома, то записывайте:
2-фенилэтанол , 7-гидроксигидроцитронеллаль, бензилацетат, фенилацетатальдегид, цитронелол, 2-гексилциннамаль, альфа-терпинеол и индол. В любом случае есть прекрасная возможность щегольнуть. Понюхали жасмин и с умным видом комментируете: ах, какой выразительный фенилэтанол в сопровождении метилжасмоната. Но имейте в виду, не тот жасмин, который чубушник (Philadélphus), а тот, который Jasminum. Ну в зеленом чае, вы знаете.

Но есть цветочные запахи, которые не так просто сложить в кучу. Цветочные ароматы это результат коэволюции опылителей и растений. Причем чем специфичнее эти взаимоотношения, тем интереснее и необычнее цветочный аромат. Другими словами - чем изощреннее цветок подстраивается под одного конкретного опылителя, тем индивидуальнее его ароматный состав.

Цветочные ароматы - это продукты вторичного метаболизма растения.
Первичный метаболизм - это все, что необходимо для жизнедеятельности клетки. Синтез и развал запасных веществ, поставка энергии и так далее. Вторичный метаболизм - это синтез небольших биологических активных молекул, которые необходимы для коммуникации растений между собой и с окружающей средой: травить, отпугивать, привлекать. Туда относятся алкалоиды, терпеноиды, фенольные соединения и пр. Так вот, ароматы тоже продукты вторичного метаболизма.

Их с горем пополам поклассифицировали и вырисовалась интересная закономерность. )
Однажды мне позвонил журналист Сноба Илья Колмановский и сказал: «У меня есть предложение, от которого ты не сможешь отказаться. Ты поедешь в Швейцарию и встретишься с одним человеком, а потом нам об этом расскажешь. Я вышлю тебе статью о нем. Ты разберешься и я уверен, что это будет интересно».

В моей повседневной жизни возможность таких приключений случается крайне редко и я вдруг согласилась. Так началось одно из самых удивительных путешествий.

Мой путь лежит в городок Дюбендорф неподалеку от Цюриха в один из многочисленных филиалов крупнейшей в мире швейцарской компании Givaudan, которая специализируется на разработке ароматов для парфюмерной и пищевой промышленности. На железнодорожном перроне дождливым утром меня встречает невысокий, немного сутулый пожилой человек с копной белоснежных седых волос, как у Альберта Эйнштейна. На нем мягкими складками черный сюртук, накинутый на белоснежную рубашку. Это Роман Кайзер – один из самых известных в мире химиков-парфюмеров, специалист в реконструкции цветочных ароматов. Я немного робею. Согласитесь, не каждый день меня встречают на перроне выдающиеся парфюмеры, похожие на волшебников. Мы следуем в научно-исследовательский центр, где в1968 он начал карьеру химиком-лаборантом, а в 1995 году получил почетную степень доктора наук в Швейцарской высшей технической школе Цюриха.



О чем поведал мне Роман Кайзер можно узнать в статье Лаборатория исчезающих ароматов. Конечно же, в статье поместилось только несколько примеров. А я теперь могу рассказывать о ароматах вечно. Более того, Роман Кайзер поистине энциклопедический кладезь и натуралист, каких сейчас мало. Так что спрашивайте, если кому чего интересно.
[livejournal.com profile] ya_solntse взяла интервью у Джеймса Уотсона, которое можно почитать Lente.ru

Кроме того Ирина Якутенко написала вольный пересказ лекции Джеймса Уотсона, которую он прочитал 15 июня на Биофаке МГУ и о чем можно прочитать также на Lente. ru.

Всем читать, а также писать [livejournal.com profile] ya_solntse в комментарии "Вот так молодец! Ну и ну! " Взять интервью в Уотсона это круто.
В редакцию пишут: "Прокомментируйте пожалуйста в своём блоге эксперимент в Craig Venter Institute, Maryland; по созданию исскуственного генома и выращивании «two small species of Mycoplasma». Я не думаю что вы сможете пройти мимо такого события в генетике. А читать ваши комментарии всегда интересно — вы популярно объясняете."

Я действительно не могу пройти мимо такого события в генетике и попробую изложить если не интересно, то хотя бы понятно. )
George Church и J. Craig Venter провели короткий курс синтетической геномики в рамках третьей культуры Edge для ученых, журналистов и культурных импресарио. С видео и короткими откликами участников тут.


О Крэйге Вентере я уже писала, а имя Джоджа Черча больше известно специалистам-молекулярщикам по первому методу секвенирования ДНК, который он разрабатывал вместе с Wally Gilbert.

Синтетическия геномика - новая область биологических исследований, комбинирующая науку и инженерию с целю получить новые биологические функции и системы. Синтетическая геномика все еще на стадии звездных карт, хотя она становится чем-то вроде Google Earth быстрее, чем думает большинство людей.
Вопросы, которые рассматривались на курсе (из откликов): )
В то время, как рядовой украинец гадает будет ли дефолт или не будет, академия наук Украины выбрала новых академиков. Волну на порочную в корне структуру гнали уже давно. В 2006 году высказались даже в Nature о надеждах на перемены в украинской науке. Вроде как с такой трибуны шансы больше докричаться. Однако с тех пор ничего не поменялось, а кое-что даже ухудшилось. Например, в этом году выборы в академию проходили без предварительного опубликования списков кандидатов.

Хотя здоровые силы еще есть и теплятся они тут. Как раз вышла замечательная статья об оценке качества академии и академиков исходя из индекса цитирования, как критерия. Результаты плачевны.
Судя по индексу цитирования статей украинских ученых на душу населения мы практически позади планеты всей. Если завтра, например, провести черту по индексу цитирования и отрезать все, что ниже (не скажу ниже чего), но останется примерно 10%, вклад которых в процесс мирового начного познания ощутим, а потерю остальных 90% мир не заметит совершенно. Можно спорить, насколько индекс цитирования достоверный критерий, но хотя бы факт публикации в реферируемом журнале необходимое условие для внесения идей в мировой дискуссионный процесс. В общем, любителям рейтинов можно посмотреть на уровень академиков и сделать соответствующие выводы. Хотя там даже есть чем гордиться и это не гуманитарные науки.

Из хороших новостей. В ЖЖ опять объявился палеонтолог, эволюционист и хороший ученый Александр Марков [livejournal.com profile] macroevolution. Кто еще не зафрендил, то я не понимаю почему.
Занимательная дискуссия о Докинзе у avva, оттуда ссылка на обсуждение у shvarz и ссылки на старинные дискуссии у ivanov_petrov. В дискуссии пишут люди умные и эрудированные. Однако по факту у меня остался неприятный осадок, потому что дискуссия постепенно сводится к разговору, почему кого-то раздражает Докинз, кто-то клеймит редукционизм, а кто-то даже благодарит, что вовремя предупредили, а то чуть было не прочитал.
Мое мнение - Докинза надо взять и прочитать. Я сейчас вкратце напою почему. )

Вначале этого месяца по новостным каналам прошло сообщение о том, что ученым Мичиганского университета под руководством Ричарда Ленски (Richard Lenski) удалось смоделировать процесс эволюции в лабораторных условиях. Соответствующая статья была опубликована в июньском номере журнале Proceedings of National Academy of Science.

Привожу краткий конспект статьи замечательного популяризатора науки Карла Циммера, а англоязычным рекомендую не размениваться и читать сразу оригинал. Ленивые жмут сюда )

Этот проект основали еще в 2005 году, но сообщение об окончательном варианте появилось только вчера. Итак, со вчерашнего дня в сети выложены все имеющиеся рукописи Дарвина.

darwin2
Сразу видно, что почерк у Дарвина был отвратительный, зато рисовал тщательно. Там же можно узнать о меморандуме Дарвина касаемо брака, датированом 1838 годом.
"Reasons for not marrying: freedom to go where one liked; choice of Society & little of it. - Conversation of clever men at clubs - Not forced to visit relatives, & to bend in every trifle. - to have the expense & anxiety of children - perhaps quarrelling - Loss of time. - cannot read in the Evenings - fatness & idleness - Anxiety & responsibility - less money for books."

Впрочем, уже в 1839 году Чарльз женился на Эмме и нашел для этого оправдание: "Children - (if it Please God) - Constant companion, (& friend in old age) who will feel interested in one, - object to be beloved & played with. - better than a dog anyhow." Впоследствии у Дарвина родилось 10 детей.

Новость широко празнуется в прессе: ВВС , Daily Telegraph
Я как-то обещала про Сиднея Бреннера рассказать, так я слово сдержала, хотя на самом деле получилось о червячке Ценорабдитис, а должно было быть про системную нейробиологию. А ведь еще в начале года в Нейчер было интересное интервью с Сиднеем Бреннером, где он продолжает упорно отрицать преимущества системной биологии и интересно рассказывать об эволюции человека и его мозге.

Я все интервью переводить не стану, а остановлюсь на нескольких моментах, которые мне показались особенно интересными )
Tags:
С неуописуемым ощущение гордости сообщаю всем читателям ЖЖ, что у нашего дорогого и любимого френда [livejournal.com profile] shao_s буквально только что вышла статья в Science. Ура, товарищи!!! Молодец, [livejournal.com profile] shao_s! Так держать!
Сидела я как-то работала читала новости в Штерне. Случано кликнула на баннер (да-да, случайно), не успела даже посмотреть, что за баннер. И привел он меня на официальный вебсайт фирмы Bayer. Уже собиралась было закрыть окно браузера, как смотрю, ба! знакомые все лица. Расценила я это как знак и решила, что пришло время об этом написать. Так что сегодня мы заглянем на кухню растительной генетики )
Итак, все уже в курсе, кто вдруг пропустил, Джеймс Уотсон, тот самый Нобелевский лауреат, который в 1953 году вместе с пятерыми между прочим (!) соавторами открыл структуру ДНК, на этой неделе еще открыл ящик Пандорры.

Он заявил, что пора посмотреть правде в глаза и наконец признать, что негры глупее, чем белые:"All our social policies are based on the fact that their intelligence is the same as ours - whereas all the testing says not really". Более того, это свое высказывание он обосновал в новой книге, которая должна днями выйти в Англии.

С этого момента открывается новая страничка в научной этике генетиков, в истории которых уже фигурировала евгеника. В принципе этого следовало бы ожидать. Расшифровка человеческого генома открывает кое-какие тайны, с которыми человечество еще должно научиться жить. И возможно это даже и к лучшему, что это призошло именно сейчас, когда расшифрованы пока два человеческих генома: того же Уотсона и Крейга Вентера. К слову сказать, сам Уотсон воздерживается от опубликования результатов своего секвенирования. Видимо есть, что скрывать.

Итак, научное и ненаучное мировое сообщество оказалось лицом к лицу с фактами: )
Норман Борлог, американский аграрный ученый, отец зеленой революции, лауреат нобелевской премии мира 1970 года видит биотехнологию как важный инструмент для борьбы с голодом. Сегодня ему почти 93 года, но он ведет активную научную и общественную жизнь.



В газете "Die Weltwoche" днями опубликовано большое интервью сБорлогом под заголовком "Мать природа - генный инженер". Это на мой взгляд очень своевременное интервью с убедительными аргументами. К вашему книманию корявый перевод )
Когда я писала про Крэйга Вентера, который руководил частью проекта расшифровки человеческого генома, я еще тогда пообещала рассказать вкратце о том, что он там увидел в геноме (напомню, частично речь шла о его собственном). Я тогда еще не особенно представляла, что писать, потому что Вентер пока разбрасывался обещаниями все рассказать.

Прошло совсем немного времени и Вентер сдержал свое обещание. Теперь я не только могу рассказать, но и показать, поскольку днями весь геном Вентера выложен в интернете в виде интерактивного постера.

Чтобы не отвлекать вас от увлекательного просмотра буковок вентеровской ДНК, я все же вкратце скажу, что же он увидел. Потому что без сенсации конечно же не обошлось. Итак, ДНК Вентера не просто прочитана. Она прочитана очень аккуратно. Более того, он смог сравнить свою ДНК с ДНК его родителей. Вывод: мы не похожи друг на друга на 99.9% как оценивалось раньше, а только на 99%, а то и на 98%. Это существенно меняет дело.

Новые технологические приемы позволяют осуществить прочитку индивидуального генома за 100 000 долларов. В 2008 году ожидается прочитка последующих 20-30 геномов и это открывает новую эру индивидуальной геномики.

То, что его геном доступен к рассмотрению в интернете, Вентера волнует мало. Он скорее ощущает себя как пионер: "Я хотел показать: смотрите, я не боюсь своего генетического кода и готов выложить его в интернет". Со своим геномом у него особые счеты. Сразу после прочитки генома Вентер стал принимать лекарства для понижения холестерина. Что же он там увидел? При анализе его генома ученые обнаружили около 300 известных генов, способствующих развитию различных болезней, 4000 неизученных вариантов из 25 000 известных генов человека. У Вентера нет страха узнать свои будущие болезни из генома. Скорее наоборот. " Было бы ужасно однажды узнать, что ты мог дожить до 90-то, если бы в 20 начал что-то предпринимать против развития болезни", -говорит Вентер.

Оригинальная научная статья Вентера о его геноме в онлайн-журнале PLoS biology находится здесь. Там же сегодняшняя статья о Вентере.
Я всегда замечала, что стоит только о чем-то серьезно поразмышлять, как тут удивительным образом в руки начинают попадать нужные книжки, а в жизни появляться правильные люди. Стоило мне задуматься про структуру реальности и тут в четкой определенной последовательности на меня начали валиться сначала, как биологу, Докинз, потом, как чайнику, Хокинг, затем это все" просуммировал" Дойч и "заполировал" Метцингер. Я это все запротоколировала в журнальчике, как пожалуйста. Обо всем этом просто, доступно, понятно и в одной простой и красивой статье написал Олег Крышталь. К статье я вернуть чуть попозже. Сначала об авторе. )
Tags:

Profile

progenes: (Default)
progenes

June 2017

S M T W T F S
    123
45678910
11121314151617
181920 21222324
252627282930 

Syndicate

RSS Atom

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jun. 23rd, 2017 05:10 am
Powered by Dreamwidth Studios