Тогда МЫЛО тебе точно не пойдёт, оно для коротких ридов.
Мирой мои данные прилично собрались, но сама программа, гм, не для средних умов. Поэтому собирала не я, а отдельный биоинформатик :)
CAP3 я сама пользовалась, вполне успешно, но имхо, на 454 данных он затребует слишком много памяти (он был сделан лет 20 назад, для сэнгеровских данных).
А чего Newbler не попробовать? Он достаточно простой и родной для 454.
Кстати, вот: http://www.biomedcentral.com/1471-2164/11/571