>Если ген не встраивается вообще, то почему он встроится при обработке антибиотиками внутри? Антибиотик для фиксации признака, а не для встраивания.

А вот тут и есть один тонкий момент.
Я не нашёл, к сожалению, никаких серьёзных работ по-поводу горизонтального переноса генов in vivo, в природных условиях.
Эта проблема, кстати, очень тесно смыкается с самой эволюционной парадигмой - откуда и как берутся новые виды и на основании чего они эволюционируют.
"Классика" Дарвина, как Вы, наверное, знаете, не объясняет фактический темп эволюции - он гораздо выше, нежели можно себе представить из простого расхождения признаков и фиксации их в изолированных популяциях.

Условно говоря, сейчас современная эволюционная теория опять возвращается к неоламаркизму хотя, конечно, на ином, молекулярно-генетическом уровне.

В приведенном Вами эксперименте антибиотик и гены устойчивости к антибиотику присутствовали в популяции бактерий раздельно по времени. То есть - сначала мышей кормили генным материалом, а потом брали какашки и высевали их в чашки Петри.

Условно говоря, бактерия не знала, что данный ген ей понадобится в ближайшее время. Может быть, поэтому и не спешила его встраивать себе в геном. :)

Точно так же и вид - пока не попадёт в стрессовые условия - не эволюционирует.
А вот в кризисе эволюционирует безумно быстро.