С точки зрения биологов - ничем, кроме точности, не отличается. С точки зрения юридических формулировок разница в том, настколько вообще детектируемы изменения в геноме и насколько они могут отличаться от "естественных".

Редактирование генома делают с помощью генноинженерных методов. При этом заменяют буквально несколько нуклеотидов. Подобные мутации теоретически могут возникнуть естественным путем. Во многих странах это не подпадает под формулироваку ГМО.

ГМО первого поколения (то, что здесь "генная инженерия") подразумевают встраивание какого-то конкретного участка, который легко детектируется и теоретически не может перенестись в геном естественным путем. Это считается ГМО.