Не, я имел в виду две РНК, на которых записана одна и та же последовательность, но в противоположном порядке. Т.е. белки будут иметь одинаковую первичную структуру, но синтезированы в разном порядке. Будут ли они иметь одинаковую вторичную структуру и далее?

Вопрос этот возник ещё во времена увлечения программами фолдинга белков. Там обычно берут полипептид, помещают его целиком в среду, развёрнутым в линию, и пытаются найти глобальный экстремум энергии связи. При этом история синтеза не учитывается, т.е. неважно, в каком порядке была синтезирована последовательность, что происходило со свободным концом во время синтеза и т.п. А ведь может оказаться, что во время синтеза на свободном конце возникают узлы или блоки, которых простым "отжигом" не получить, и которые фактически заводят фолдинг в локальный экстремум. Это как вязание на спицах: носок фолдингом не получить, нужна последовательная вязка.