"В скрытом состоянии он полезен чем-то еще и поэтому не пал жертвой естественного отбора."

Естественный отбор туп как ..., ну не знаю даже с чем сравнить. Как любое природное явление.
И отбирает скорее "приемлемые" варианты, чем "оптимальные".
Так что сплошь и рядом не отбраковываются гены просто потому что "не сильно вредные", не мешают выживанию (в первую очередь популяции).

В частности, по современным представлениям, популяционные (в частности, расовые) особенности - скорее результат случайного наличия их у предков, а не приспособительные. А уж насчет наличия случайных признаков у групп проблем нет, происхождение народов, этнических групп, рас от весьма малочисленных групп - явление типичное.