Разнообразие прокариот не удивительно. Они гораздо дольше эволюционировали, чем эукариоты, причем "поколение" у них очень короткое. И к тому же вытеснены эукариотами "на обочины жизни" (высокая температура, высокая соленость, эфемерное существование как у многих цианобактерий, хемоавтотрофность и т.д.), где условия очень разнообразны. Что делает в разных случаях оптимальными сильно разные решения. В сходных условиях вовсю идет конвергенция и-или вымирание всех вариантов, кроме самого оптимального. В разнообразных этого нет.

А ферментные системы, пишете, очень сложные? Сложнее чем у эукариот?

Я, может, по невежекству, надеюсь, что дожили до наших времен какие-то примитивные организмы, близкие "к тому с чего начиналось". У которых все функционирует просто, по крайней мере, заметно проще чем у более продвинутых. Или нету таких? Все очень далеко ушли, только все по-разному?