если коротко - инфекционное заболевание имеет место тогда, когда имеет место инфекционный процесс, а для наличия инфекционного процесса необходимо присутствие возбудителля. например, при хроническом вирусном гепатите В вирус этого самого гепатита присутствует в организме, или "персистирует"; это определяет терапевтический подход, то есть - противовирусную терапию.
проблемы с сердцем и суставами могут остаться после перенесенного заболевания, то есть когда инфекционного процесса больше, так сказать, нет. То есть, возбудитель повозбуждал, нанес ущерб, удалился (или его "удалили"), оставил после себя повреждения тканей разной степени обратимости. Такие состояния можно называть "остасточные явления после перенесенного ЛБ" (например, post –Lyme disease symptoms), но не хронический ЛБ.
В течении лайм-боррелиоза существуют так называемые поздние проявления болезни - у части как правило нелеченных в острый период болезни пациентов. До сих пор не удалось подтвердить наличие хронической боррелиозной инфекции у пациентов, которых считают (или они, пациенты, сами считали себя) больными "хроническим ЛБ";
подробнее можете почитать, например, в NEJM - A Critical Appraisal
of “Chronic Lyme Disease” http://content.nejm.org/cgi/content/full/357/14/1422

>> статью об свежеоткрытой нами патогенной боррелии писать, соавтор в NEJM планирует <<
а зачем сразу в медицинском издании публиковать?
>> не похоже на анамнестические антитела (будем разбираться) <<
разберитесь, конечно - хотя диагностический золотой стандарт в этом случае - это определение B. burgdorferi в полученном от пациента материале.