![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
Надо же
Сижу разбираюсь с алгоритмами для сбивки де ново секвенирования. Читаю статьи, мало чего смыслю, пробую разобраться. В Nature methods обзор алгоритмов и что я вижу? Ссылаются на википедию! А вы говорите!
Черт, кто мне может в терминологии, приближенной к олигофренам, объяснить разницу между
1. SOAPdenovo (Bruijn graph short read Assembler) пайплайн
2. TGICL c встроенным CAP3 assembler,
3. также особенности ассемблера MIRA.
Черт, кто мне может в терминологии, приближенной к олигофренам, объяснить разницу между
1. SOAPdenovo (Bruijn graph short read Assembler) пайплайн
2. TGICL c встроенным CAP3 assembler,
3. также особенности ассемблера MIRA.
no subject
no subject
no subject
Мирой мои данные прилично собрались, но сама программа, гм, не для средних умов. Поэтому собирала не я, а отдельный биоинформатик :)
CAP3 я сама пользовалась, вполне успешно, но имхо, на 454 данных он затребует слишком много памяти (он был сделан лет 20 назад, для сэнгеровских данных).
А чего Newbler не попробовать? Он достаточно простой и родной для 454.
Кстати, вот: http://www.biomedcentral.com/1471-2164/11/571