![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
progenesСижу разбираюсь с алгоритмами для сбивки де ново секвенирования. Читаю статьи, мало чего смыслю, пробую разобраться. В Nature methods обзор алгоритмов и что я вижу? Ссылаются на википедию! А вы говорите!
Черт, кто мне может в терминологии, приближенной к олигофренам, объяснить разницу между
1. SOAPdenovo (Bruijn graph short read Assembler) пайплайн
2. TGICL c встроенным CAP3 assembler,
3. также особенности ассемблера MIRA.
Черт, кто мне может в терминологии, приближенной к олигофренам, объяснить разницу между
1. SOAPdenovo (Bruijn graph short read Assembler) пайплайн
2. TGICL c встроенным CAP3 assembler,
3. также особенности ассемблера MIRA.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2011-06-07 04:10 pm (UTC)Мирой мои данные прилично собрались, но сама программа, гм, не для средних умов. Поэтому собирала не я, а отдельный биоинформатик :)
CAP3 я сама пользовалась, вполне успешно, но имхо, на 454 данных он затребует слишком много памяти (он был сделан лет 20 назад, для сэнгеровских данных).
А чего Newbler не попробовать? Он достаточно простой и родной для 454.
Кстати, вот: http://www.biomedcentral.com/1471-2164/11/571