Да, слово "вещество" я употреблял тут в более широком смысле, а не в смысле конкретного чистого вещества с определённой формулой.

Но смысл-то был в том, чтобы ответить, почему "синтетическая молекула - фи, натуральная молекула - ах!". Как раз потому, что молекулы-то и чистые вещества одинаковые будут, конечно. Но вещество в более общем смысле, то же эфирное масло - нет.

Из-за примесей, из-за упрощения и выкидывания "ненужных" компонентов для удешевления производства - по тыщи причин. Можно рассуждать, получится ли хуже или вдруг лучше для конечного пользователя, если ему, особенно, не с чем сравнить. Но повод противопоставлять натуральное (и любить его) и синтезированное, все-таки, есть.