ГМО-дайджест

[progenes]

Кому опять охота почитать про актуальные проблемы ГМО жмет сюда.

1. Африка, Кения, засуха, голод и ГМО.

В Кении опять жарко, сильнейшая засуха за последние 60 лет. Цены на кукурузу подпрыгнули на 160%. Народ натурально голодает. Однако в 2009 году Кения приняла анти-ГМО закон. Не-ГМ кукуруза может завозиться с соседних африканских стран, но денег нет. Можно покупать ГМ-кукурузу дешевле на 30%, но есть закон. Кенийский парламент недавно разрешил ввоз ГМО кукурузы в виду голода. Понятно, что такое решение вызвало кучу возражений. Вот, что об этом думает кенийский science journalist Kimani Chege. Примечательны комментарии к заметке: опять дают ссылки на ермаковских хомяков.

Один из анти-ГМО аргументов - опять таки зловредная Монсанта, которую хлебом не корми, дай кого-то поработить с помощью ГМО. “Farmers demand a stop to importation of GM maize. Patented seeds and chemical fertilizers threaten the livelihood of smallholders”, said Lavi. И дальше... Нет, вы почитайте! Это просто замечательно, какой дальше черт спрятался в мелочах. Цитирую...

"Meanwhile, in America, Monsanto opened its newest corn breeding facility today in Othello, WA on Wednesday July 6. The new 15,000 square-foot facility, which employs five full-time and approximately 100 part-time and seasonal workers, is the first of its kind for Monsanto in the United States. The breeding station will be devoted exclusively to using double haploid advanced breeding technology to help Monsanto’s breeders provide better corn seeds for farmers. Within the next 10 years, about 50 percent of new corn lines in North America will have gone through Othello."

Вот какой вывод напрашивается неискушенному читателю? Ну, типа, нам, африканцам, всякое ГМО подсовывают с целью заставлять ежегодно покупать семена, а сами хороший advanced newest corn breeding facility безо всякого ГМО. Так вот, знаете, что такое double haploid и зачем он? Это чистая линия, которая используется для скрещивания для проявления в первом поколении эффекта гетерозиса, о котором я раньше писала. "better corn seeds for farmers" - это гетерозисные семена, которые что? Надо покупать каждый год.

2. Бразилия и ГМО.
Аграрии Бразили взяли уверенный курс на интродукцию ГМО в сельском хозяйстве. На поля допущено 3 вида растений с 16тью модификациями. Только в этом году разрешение получили 5 новых трансгенных сорта. За четыре года площади с трансгенной кукурузой удвоились. А в этом году труженики Бразилии достигли новых рекордных показателей в посевах ГМО. В процентах от всех площадей 82,7% засеяно трансгенной соей, 64,9 % трансгенной кукурузой (в 2008 году 5%) и 39,7% трансгенным хлопчатником. Использование достижений современной биотехнологии позволило удвоить годовую продукцию зерновых и повысить благосостояние трудящихся: 90% фермеров, возделывающих ГМО культуры содержат мелкие фермерские хозяйства.

3. А в это время в Германии...
за первенство в борьбе против ГМО схлестнулись две партии - "зеленые" и NPD (ультра-националисты). Дело происходит на Саксонщине в округе Майсен, где в местный парламент 5 мест в предвыборной борьбе отвоевали бравые национал-демократы, обогнав при этом на одно место зеленых. В тяжелой предвыборной борьбе в 2008 году зеленые подняли на знамена запрет трансгенной кукурузы на Саксощине. Впрочем, им пришлось посостязаться на этом электоральном поле, поскольку национал-демократы тоже как бы против трансгенной кукурузы на Саксонщине. Мало того, уже будучи в парламенете, NPD перехватили инициативу и выдвинули законопроектик. И тут случился казус - благородный порыв национал-демократов никто в местном парламенте не поддержал. В связи с этим национально-озабоченные парламентарии написали гневную статью в свою газету, где призывают "зеленых" к ответу. Статья называется "GRÜNE im Kreistag Meißen offensichtlich für den Anbau gentechnisch veränderter Lebensmittel" "Зеленые в парламенте Майсена очевидно ЗА возделывание ГМО".

Comments

[kodusass.livejournal.com]

На людях исследуют? Пишут там "Ожидается, что натуральный консервант выйдет на рынок через три года, после того как получит одобрение со стороны американского Управления по контролю над пищевыми продуктами и медикаментами (FDA). "
в то же время здесь http://elementy.ru/news/430256 напиано
"По имеющимся оценкам, в кишечнике взрослого человека присутствует более 1 кг микроорганизмов, относящихся к сотням различных видов. В точности их видовой состав неизвестен. Микробиологи знают «в лицо» лишь несколько десятков типичных представителей, которых можно вырастить на искусственных средах. Как выяснилось сравнительно недавно (и это открытие стало шоком для микробиологов), большинство существующих в природе микроорганизмов на искусственных средах не растет."
"В «явном виде» по генам рибосомной РНК удалось идентифицировать лишь 72 разновидности бактерий (из них 60 некультивируемых и 16 новых для науки) и один вид архей (метаноген Methanobrevibacter smithii), однако авторы обосновали статистически, что, если бы работа по секвенированию ДНК из тех же самых проб была продолжена, число выявленных разновидностей микробов составило бы не менее 300."

Менее трети возможных известно и тем не менее расчитывают через три года пустить в производство. Это не ГМО, это опасность возможно явная.
"Бактерии влияют на формирование поведения в процессе развития организма, при этом они регулируют содержание ряда нейромедиаторов и контролируют активность около 40 генов в нейронах мозга."
http://news.mail.ru/society/5753323/

[progenes.livejournal.com]

Это вы правильно за свою кишечную флору волнуетесь. Можете уже сейчас сделать ей приятное - в дополнение к сладкой булочке съешьте что-нибудь с клетчаткой и пектином.

[kodusass.livejournal.com]

Откуда Вам ведомо чего моим не хватает? :-)Вкусы человеков думаю те бактерии и определяют: чего организму не хватает он запрашивает от желудка а тамошняя живность выбирает булочку или мясо чтобы заказ выполнить в виде переработанной субстанции.

[crustgroup.livejournal.com]

Скопирую сюда свой вопрос из поста "Судьба ДНК в пищеварительном тракте":

Уважаемый автор может пояснить, что она подразумевала под вероятностью 10 в минус 13 степени для акта встраивания гена устойчивости к антибиотику в бактерию?
Если речь идет о вероятности единичного события - то это, на самом деле - очень и очень много.
У человека в норме в кишечнике около двух килограммов симбионтов, то есть - триллионы бактерий.
Человекеров уже в природе несколько миллиардов.
А дальше - можно поиграться с умножением малых вероятностей на большие цифры и посмотреть, что получится в итоге...

Ведь уже сейчас в той же Японии до 30% взрослого населения - аллергики, в том числе, возможно - и в связи с изменениями в кишечной флоре

это я - недовольно шмыгая носом на амброзию.... ;)

[progenes.livejournal.com]

внесем в эту эпическую картину два факта.
во-первых, отбор и фиксирование приобретенных признаков на фоне условий. Допустим, бактерия встроила ген антибиотикоустойчивости. Со следующим актом дефекации она попала туда, куда ей и дорога. Вы скажете, а перед этим она размножилась и теперь там все такие антибиотикоустойчивые. Однако признак фиксируется на фоне окружающей среды. Если в среде нет антибиотика, то такие бактерии преимущества перед другими не получают и признак не фиксируется.

во-вторых, каждый день мы съедаем с немытой морковкой кучу антибиотикоустойчивых бактерий, которые в норме присутствуют в окружающей среде. Вероятность переноса гена из бактерии в бактерию на много порядков больше, чем и ГМ-кукурузы в бактерию.

[crustgroup.livejournal.com]

А зачем малярийному комару жгутики малярийного плазмодия?
Естественному отбору во многих случаях наплевать на то, что записано в ДНК - лишь бы признак не вредил напрямую жизнедеятельности организма. Поэтому фиксироваться могут вообще-то любые невредные гены.

Пример с почвенными бактериями тоже интересен - во многих исследованиях постулируется, что современные аллергии и прочие аутоиммунные состояния как раз и есть результат недостаточного контакта человекеров с естественной флорой и злоупотребления антибиотиками.

Ведь это обычная сейчас картина - лечим бактерию, получаем размножение грибка, лечим грибок - получаем аллергию.
Использование ГМ-пищи просто добавляет ещё один канал воздействия на наших собственных симбионтов. Надо просто его дополнительно исследовать - а не говорить "вероятность исчезающе мала, нечего туда даже и копать"...

[progenes.livejournal.com]

Слушайте, вам делать нечего? Начните с этой статьи http://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_drift

После этого вот эту прочитайте http://en.wikipedia.org/wiki/Allele_frequency

Тут все с ног сбились, вероятность даже посчитали. Используя эту вероятность и формулы, полученные с верхних двух статей, посчитайте вероятность фиксирования мутации в популяции вашей бактериальной флоры. Не сидите без дела.

Я же не специалист ;)

[crustgroup.livejournal.com]

На моём, обывательском, школьном и непрофессиональном уровне, если вероятность единичного события посчитана, как 10 в -13 степени, а таковых событий у нас имеется хотя бы 10 в 14 степени, то можно считать, что интегральная вероятность такого события уже единица.
То есть - это маловероятное событие произойдет с вероятностью, близкой к 1.

По поводу закрепления признака - опять таки "мнение здравого смысла".
Почему антибиотико-устойчивость закрепилась именно у почвенных бактерий?
А ответ прост - грибов вокруг полно, вот и пришлось бороться с природным пенициллином.

В доиндустриальную эру беспокоиться о устойчивости бактерий к антибиотикам было глупо - ну не использовали их столь массово с поводом и без повода.

А в современном мире благоприятные условия для закрепления какой-нибудь E.coli устойчивости к антибиотику возникнут ровно в тот момент, когда человекер заболеет обычным осенним ринитом.

Кстати, насколько я помню, патогенная E.coli у американских коров, которых кормят кукурузой - уже обычное явление. Не так много времени и понадобилось, чтобы вырастить in vivo весьма специфического симбионта...

Пища всё же не остатки грязи на морковке....

[crustgroup.livejournal.com]

Дьявол - он ведь в деталях.
Вряд ли кто-либо ел по килограмму грязи (в которой будет несколько десятков граммов антибиотико-устойчивых бактерий ) каждый день. ;)
А вот пищу надо есть регулярно, иначе можно кони двинуть...

Re: Пища всё же не остатки грязи на морковке....

[progenes.livejournal.com]

Вы ошиблись на несколько порядков.

Re: Пища всё же не остатки грязи на морковке....

[crustgroup.livejournal.com]

В каком из допущений я ошибся?
Нам не нужен килограмм пищи в день?
Или в количестве (по весу) антибиотико-устойчивых бактерий в килограмме грязи?
Современная диета, пожалуй, не оперирует даже десятками граммов антибиотико-устойчивых бактерий (на немытой морковке).
А вот ГМО-пища - это, как не крути, 100% "белки, жирки и углеводики", то есть - мертвые клетки чего-либо, 100% начиненныё чьей-то ДНК.

Поэтому, если я ошибся в "100 раз" минимум, подскажите, где.

Re: Пища всё же не остатки грязи на морковке....

[progenes.livejournal.com]

в количестве (по весу) антибиотико-устойчивых бактерий в килограмме грязи на одной немытой морковке

http://www.sciencemag.org/content/320/5872/100.abstract

http://www.sciencemag.org/content/321/5887/365.full#xref-ref-8-1

http://www.sciencemag.org/content/311/5759/374.full#F1

Я был бы Вам признателен...

[crustgroup.livejournal.com]

... если бы всё же просто приводили в качестве своей аргументации показательный абзац из приведенных Вами статей.
Сами статьи ведь лежат в виде полного текста в платном доступе на Science Magazine(по $15 за каждую), а я пока не готов ради уточнения веса антибиотико-устойчивых бактерий на одной немытой морковке заплатить сразу $45. :)

Просто в Вашей логике, если с весом антибиотико-устойчивых бактерий в килограмме грязи я ошибся "на несколько порядков", оценив их, как "несколько десятков грамм", то тогда "немытая морковка" просто таки состоит сплошь из антибиотико-устойчивых почвенных бактерий.

И, опять таки, мой вопрос не касался впрямую этих милых созданий.
Вопрос был не по поводу любимой всеми E. coli, которая, в отличии от пришельцев-сапрофитов очень хорошо живёт внутри нас.

Мои же данные о количестве почвенных жителей могут опираться, например, на это утверждение:

"Оказывается, на квадратном метре почвы и примерно на 2 метра в глубину обитают пять килограммов микроорганизмов"
http://www.gardenia.ru/pages/vodoem007.htm

Средний удельный вес почвы - 1,5-2,5 тонны на м3.
На глубину 2 метра на площади в 1м3 почва весит 3-5 тонн.
Значит - микроорганизмов там 0,1-0,2% по массе.
В килограмме грязи - 1-2 грамма.

Сколько из них антибиотикоустойчивых? ;)
И сколько грязи на Вашей морковке? ;)

Re: Я был бы Вам признателен...

[progenes.livejournal.com]

А эта статья открывается? http://www.sproutnet.com/Research/occurrence_of_antibiotic.pdf

Re: Я был бы Вам признателен...

[crustgroup.livejournal.com]

Эта - открывается. Спасибо.

Имеем, согласно приведенным в статье данным 10*4-10*7 КОЕ/грамм бактерий. Из них - 0-10*5 КОЕ/грамм - антибиотикоустойчивых.
То есть - антибиотикоустойчивых форм у нас - от 0 до 1% от общей массы бактерий.

Учитывая, что масса одной бактерии - около 10-13 грамма, то на одном грамме морковки (правда, из текста статьи не понятно, какой степени помытости - указано лишь, что овощи покупались в полиэтиленовой упаковке в супермаркетах, наверное - всё же немытые ;))
будет 0,00001 грамма бактерий, в том числе - 0,000001 грамма - антибиотикоустойчивых.

В килограмме немытой морковки таких бактерий наберётся целых 0,0001 грамма, то есть, поедая немытую морковку, мы получаем в свой организм в 10 миллионов раз меньше ДНК с антибиотическими последовательностями, нежели треская на завтрак, обед и ужин варёную ГМО-морковь с данным свойством.

Для меня это свидетельствует лишь о том, что эксперименты таки надо ставить! Разница всё же на семь порядков.

Re: Я был бы Вам признателен...

[progenes.livejournal.com]

таак. двигаемся дальше.
бактериальный геном 4,600,000 баз, растительный 16,000,000,000 (пшеница). Берем сценарий - на одну клетку - одна копия гена устойчивости (у бактерия может быть больше). Есть разница, 2 тыщи баз (длина гена) на 5 млн общей длины генома и 2 тыщи на 16000 млн? три порядка, сталобыть, уже скостили.

У бактерий, к тому же, он (ген антибиотикоустойчивости) может находиться в плазмиде, которая "заточена" под горизонтальный перенос и уже содержать готовый промотор. А у растений - нет. Перенос бактерии-бактерии куда эффективнее, чем растения - бактерии. там будет не три порядка, а пяток точно.

Биологи - такие биологи!

[crustgroup.livejournal.com]

Извините, но вы неправильно считаете порядки. :(
Порядок - это вообще то разница в ДЕСЯТЬ раз.
Три порядка - это ТЫСЯЧА раз - или 10 в 3й степени.
Если у пшеницы длина генома 16 млн оснований, а у бактерии - 5 млн оснований, то разница в их геномах - 3 РАЗА, но никак не в три ПОРЯДКА.

Насчёт того, насколько плазмида бактерии более удобный генетический транспорт, нежели генетические последовательности пшеницы - прокомментировать не могу, ибо не биолог.

Понимаете, уважаемая progenes, вот этим меня биологи и пугают. :(
Не дружат они часто с математикой, теорией вероятностей и прочими абстрактными категориями.

Поэтому - я и пытаюсь вам доказать, что здраво размыслив, стоит признать, что:

1) Горизонтальный перенос возможен, причём - вне зависимости от родства видов. Впервые его нашли вообще сравним геномы оппосума и его паразита - кровососущего жука. Про малярийного комара и плазмодия я уже писал.
2) Пищевая цепочка вполне может быть воротами такового переноса
3) Интегральная вероятность такового события, учитывая количество объектов, могущих быть "донорами" и "реципиентами" переноса, несмотря на низкую вероятность единичного события, может быть достаточно велика.
4) В ГМО-растениях содержатся гены, которые могут быть полезны для симбионтов человека в условиях массового использования человечеством антибиотиков.
5) Выяснить вероятность такового процесса можно лишь экспериментом - "на пальцах" можно только показать, что это возможно, опровергнуть это "в уме" не получится (ну, если хотите, есть тут "презумпция виновности")
6) Эксперименты эти пока не проведены - следовательно - есть риск превратить людей (вольно или невольно) в инкубаторы по выведению устойчивых к антибиотикам штаммов бактерий.
А дальше - смотри практику венерологии касательно "лечения сифилиса в узком кругу". Потом такие формы ничем не лечатся. :(

Re: Биологи - такие биологи!

[progenes.livejournal.com]

Я сейчас ставлю точку на разговоре, потому что я биолог, а вы дурак.

5 млн и 16000 млн. Берем указку в руку и считаем нули. Потом извиняемся.

Re: Биологи - такие биологи!

[crustgroup.livejournal.com]

А оскорблять-то зачем? :) Я Вас не оскорблял и дурой не называл.
Мне кажется, Вы сердитесь. Почему?
Согласен, если речь идёт о 16 млрд. оснований и 5 млн оснований - разница в 3 порядка.
Куда деваем оставшиеся 4 порядка разницы между потреблением немытой и ГМО-морковки?
Может быть, всё таки стоит поставить эксперимент?
Или такая постановка вопроса, всё-таки, кому-то невыгодна и Вам, например, на такое исследование денег просто не дадут?

Я просто уже много раз сталкивался с тем, что под некоторые темы гранты просто не дают - и всё тут. Ну нет такой проблематики. Неинтересна она корпорациям или государству.

Re: Биологи - такие биологи!

[crustgroup.livejournal.com]

Решил выяснить для себя длину генома различных растений и бактерий:

Растения
Пшеница - 17 000 млн. пар оснований
Подсолнечник - 2 800 млн. пар оснований
Кукуруза - 2 300 млн. пар оснований
Соя - 1 000 млн. пар оснований
Рис - 389 млн. пар оснований


Бактерии
Mycoplasma genitalium (наименьший геном)- 0,5 млн. пар оснований
E. coli (кишечная палочка)- 5 млн. пар оснований
Миксобактерии (самый большой геном)- 12 млн. пар оснований

Популярно о размере генома можна посмотреть тут:
http://biomolecula.ru/content/745/

У некоторых амёб геном просто-таки жутких размеров - 700 000 млн. пар оснований, в 230 раз больше генома человека.

Вопрос в том, что по факту у эукариот (а особенно - у растений) на кодирующие части генома, в отличии от прокариот (бактерий), приходится лишь малая часть генома, а всё остальное в геноме - различные бессмысленные последовательности, которые никак не влияют на жизнедеятельность организма.

Поэтому, конечно, по-хорошему, надо сравнивать количество кодирующих последовательностей, попадающих в кишечник вместе с ГМО-пищей и количество кодирующих последовательностей, в норме поступающих к нам с "немытой морковкой".

При этом, конечно, надо учитывать, что эукариотическая клетка той же пшеницы, например, в 1000 раз больше единичной E.coli, поскольку несёт в себе ещё кучу всяких дополнительных органелл.

Поэтому, если принять, что единичная бактерия весит 1*10-13 грамма и их у нас "от 0-10*5 КОЕ/грамм немытого овоща", а клетка растения 1*10-10 грамма - имеем при 1 кг пищи и 1 кг немытой морковки следующие количества кодирующих генов:

1 кг ГМО-пищи: около 10 в 13 генетических последовательностей для единичного гена
1 кг немытой моркови: от 0 до 10 в 8 генетических последовательностей для единичного гена

Разница - всё таки в пять порядков. И не в пользу ГМО.

Поэтому - я всё-таки за более детальные эксперименты на мышах. ;)

Re: Биологи - такие биологи!

[progenes.livejournal.com]

И вообще, вы меня порядком разозлили. Я на вас битый час уже потратила, а вы нули не способны посчитать. Экспериментов уже провели тучу. Крыс не только картофаном трансгенным кормили, им и чистую плазмидную ДНК в клювик, и из картофана выделенную с геном устойчивости. Проверяли все какашки до единой. Не встраивается.

Даже взяли крысиную флору и в самых что ни на есть оптимальных лабораторных условиях втюхивали крысиным бактериям ДНК из трансгенного картофана так, чтоб уже наверняка встроилось. И что? И не встроилось.

Да, есть вероятность, отличная от нуля. О ней все знают. Сейчас ни один новый трансген никакой антибиотикоустойчивости уже не несет. Но есть намного более вероятное событие получение антибиотикоустойчивости НЕ из ГМО.

Нет, талдычат про инкубаторы по выведению устойчивых к антибиотикам штаммов бактерий, хоть кол на голове теши! Руки пойдите помойте.

Re: Биологи - такие биологи!

[crustgroup.livejournal.com]

Как тогда объяснить горизонтальный перенос из малярийного плазмодия в комара и из жука в оппосума?
Ну не святым же духом эти гены в животинок встроились?
Значит - есть механизмы, просто учёные пока в лабораторных условиях не воссоздали необходимых условий.

А если новые трансгены антибиотикоустойчивости уже не несут - ну что ж, я рад за современный мир. Значит, шумиха, поднятая вокруг ГМО, приносит не только вред, но и пользу - корпорации вынуждены задумываться о результатах своих действий.

А вообще - был ли такой дизайн эксперимента?

[crustgroup.livejournal.com]

Берем обычных лабораторных мышей - делим их на четыре группы.
Две группы кормим ГМО-модифицированной пшеничкой с геном устойчивости к антибиотику, две группы - обычной пшеницей.
Соотвественно, в каждой из групп одну группу дополнительно лечим курсом антибиотиков.
Так повторяем в ритме обычных сезонных инфекций, с поправкой на короткую жизнь мышиных хомикадзе.

Потом делаем всем четырем группам хомикадзе харакири и высеваем в чашки Петри их кишечную флору.

Ну а дальше - смотрим, сколько бактерий выработали устойчивость к антибиотику по каждой из групп. ;)

Пример с малярийным комаром

[crustgroup.livejournal.com]

Кстати, нашёл занятный пример с малярийным комаром - длительное "сожительство" с малярийным плазмодием привело к появлению в геноме малярийного комара генов, кодирующих бактериальные жгутики. Как это повлияло на способности клеток насекомого - неясно, но факт переноса генов между очень отдалёнными группами живых существ, как я понимаю, можно считать доказанным. :)

[russian-o.livejournal.com]

Ну а теперь прикиньте количество микробов которое надо подавить в продуктах питания, и количество микробов в вашем кишечнике. Да чтобы там хоть какой-то эффект был, консерванты надо литрами пить.

Да и ФДА справки за здорово живешь не выдает. Будьте спокойны, там с производителей три шкуры сдерут, прежде чем на рынок выпустят что-то новое.