![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
Entry tags:
Продолжение марлезонского балета.
Напомню, в сентябре этого года академическое научное комьюнити выманило на открытую дискуссионную арену борца с ГМО Ирину Ермакову и отвесило ей увесистых опелеух. Казалось, что тема исчерпана, академические дискуссии переносятся на странички СМИ и все опять становится скучно и академично. Но не тут-то было.
Открываем последний номер Nature Biotechnology. Мама дорогая! Все выглядит как вполне приличная ЖЖ дискуссия, и взаимные обвинения, и оправдания, наезды на Ермакову, на журнал, на эдиторов и пр. Но все .
Первым делом Ермаковой дали слово на броневичке для оправданий.Там многа букв Вкратце, пламенный спич Ермаковой следующий (я выбрала несколько показательных пунктов оправдательного процесса):
1. Эдитор указал, что ГМ-соя, которую указывает Ермакова в статье, указанной фирмой не рассылается, на что Ермакова показала картинку ПЦР, которая подтверждает трансгенность сои.
2. Затем она дополнительно разъясняет дизайн эксперимента и сравнивает его с дизайном, описанным у Brake and Evenson с целью показать, что дизайн несравниваемый по конечным целям.
3. На претензию эдитора, что она смешала все результаты в кучу, Ермакова отвечает, что в клинических исследованиях человеческой популяции только так и делают, чтобы получить более достоверные статистические результаты.
4. Более того, Ермакова заявляет, что они старались приблизить экспериментальные условия к естественным.
Ермакова на едкие комментарии эдиторов за словом в карман не лезет: "I would also like to point out that Chassy et al. misquote me as describing the study by the UK's Advisory Committee of Novel Foods and Process as "funny." To the contrary, I actually said this was the most serious critique of my work."
Впрочем, Ермакова из всего потока критики выбрала наиболее объяснимые с ее точки зрения места и разъяснила только их. На этом оправдлательная часть спича заканчивается и начинается обвинительная:
I also have several serious concerns about other parts of the editorial process.
В переписке журнала с Ермаковой выяснилось, что она выслала им новые, неопубликованные результаты в виде статьи, но журнал не принял полную версию, предложив напечатать где-нибудь в другом месте. Однако вместо публикации статьи, Nature Biotechnology found it quite acceptable to assemble and publish a Feature which consisted of a brutal attack on my results.
Тут я, пожалуй, разъясню. Если Ермакова отсылает подобную статью в Nature Biotechnology, она подвергается обычной процедуре анонимного ревьюирования и она получает это все назад с пометкой "отклонить". То есть вся порка, свидетелем которой мы были, остается за кулисами, а Ермакова в очередном интервью будет заявлять: сговор! и ничего не изменится. Фактически это был логичный, хоть и не очень джентельменский ход журнала, выманить из Ермаковой результаты и показать научному комьюнити с кем имеем дело. Причем это было скорее журналистским расследованием, чем серьезной научной публикацией.
Впрочем, это не помешало Ермаковой несколькими абзацами ниже заявить: "I have already sent papers into peer-reviewed journals (one paper was submitted a year ago). And what they fail to acknowledge is the difficulty that I have encountered in publishing this work in the peer-reviewed literature—perhaps reflecting the reluctance of the predominantly industry-funded agbiotech community to condone the publication of studies that detail negative effects of GMOs." Это уже даже не смешно. Дальше все в том же духе - эмоционально, заносчиво и ненаучно.
На этом спич заканчивается и начинается...порка. 7 (семь!) статей. Некоторые укоряют журнал в грубом обращении сженщинами учеными. Типа, ну так нельзя, некрасиво и все такое. Некоторые заявляют, что наконец-то поставили на место Ермакову. Но самое вкусненькое это конечно ответ группы эдиторов на оправдания и наезды Ермаковой. Уж лучше бы она молчала.
Итак вернемся к оправдательным пунктам.
1. Ермакова показала картинку ПЦР, которая подтверждает трансгенность сои.
Ответ Эдитора: "The PCR results she reports in Figure 1 do not demonstrate that the so-called GM soybean was 100% transgenic" Более того, ей как ребенку, объясняют, где у нее тут прокол. Буквально на пальцах. И так ласково подсовывают протокол на будущее "Guidelines describing the proper methods of preparing crop materials for animal studies were published this year by the International Life Sciences Instituteand are free online"
2. Ермакова разъясняет дизайн эксперимента и сравнивает его с дизайном, описанным у Brake and Evenson с целью показать, что дизайн несравниваемый по конечным целям.
Ответ Эдитора: Ermakova mentions that her protocol was different from that of Brake and Evenson. Затем Эдитор объясняет, почему важно придерживаться протокола Brake and Evenson: they studied four generations and, contrary to Ermakova's claim, animals were exposed to soy throughout the life cycle.
3. Ермакова считает, что в клинических исследованиях человеческой популяции только и делают смешивание результатов, чтобы получить более достоверные статистические результаты.
Ответ Эдитора: "Ermakova compared her animal study with human-based clinical trials. Humans are not genetically homogenous and as a rule produce results showing considerable variation. Тhe inbred laboratory rat is quite the opposite of a human in this regard; it has been developed to perform studies that will result in small variances of the measured variables."
4. Ермакова заявляет, что они старались приблизить экспериментальные условия к естественным.
Ответ Эдитора: "Laboratory animal studies are not intended to mimic nature. The white laboratory rat does not exist in nature: it was bred in a laboratory to be used in very standardized studies designed to reduce variability and minimize uncontrolled variation that might confound the results."
5. Ермакова возмущается: корпорации зажимают независимые исследования!
Ответ Эдитора: " Ermakova's remarks that there is an industry conspiracy to criticize and suppress articles containing evidence of the negative effects of GMOs is refuted by Ermakova herself when she cites published work on GMOs (albeit flawed) that shows negative effects. Rather than a worldwide conspiracy, we deduce there are few publications showing harm because GM soy is safe and does not cause harm."
Повторюсь, это только выдержки из целого ряда оправданий и наездов.
Завершается очередной раунд публичной порки объяснением редактора Andrew Marshall , который всю эту кашу заварил. Все разложено по-полочкам, взвешено и корректно.
Тake-home lessons от Маршалла "I believe many of the misunderstandings here have arisen due to a wrong perception—both by Ermakova and other correspondents to this journal—that the September Feature is a peer-reviewed research paper, rather than journalistic content...Although I regret that Ermakova misunderstood our publication process, at no time did I indicate that she would be given full authorship of the Feature or that she would see the critiques of the researchers or learn their identities." После чего Маршалл дает линк на всю электронную переписку с Ермаковой, чтобы все желающие могли ознакомиться с качеством переговорного процесса и сделать самостоятельные выводы.
Ждем продолжения.
Журнал требует подписки. Желающим могу выслать оригиналы.
Открываем последний номер Nature Biotechnology. Мама дорогая! Все выглядит как вполне приличная ЖЖ дискуссия, и взаимные обвинения, и оправдания, наезды на Ермакову, на журнал, на эдиторов и пр. Но все .
Первым делом Ермаковой дали слово на броневичке для оправданий.
1. Эдитор указал, что ГМ-соя, которую указывает Ермакова в статье, указанной фирмой не рассылается, на что Ермакова показала картинку ПЦР, которая подтверждает трансгенность сои.
2. Затем она дополнительно разъясняет дизайн эксперимента и сравнивает его с дизайном, описанным у Brake and Evenson с целью показать, что дизайн несравниваемый по конечным целям.
3. На претензию эдитора, что она смешала все результаты в кучу, Ермакова отвечает, что в клинических исследованиях человеческой популяции только так и делают, чтобы получить более достоверные статистические результаты.
4. Более того, Ермакова заявляет, что они старались приблизить экспериментальные условия к естественным.
Ермакова на едкие комментарии эдиторов за словом в карман не лезет: "I would also like to point out that Chassy et al. misquote me as describing the study by the UK's Advisory Committee of Novel Foods and Process as "funny." To the contrary, I actually said this was the most serious critique of my work."
Впрочем, Ермакова из всего потока критики выбрала наиболее объяснимые с ее точки зрения места и разъяснила только их. На этом оправдлательная часть спича заканчивается и начинается обвинительная:
I also have several serious concerns about other parts of the editorial process.
В переписке журнала с Ермаковой выяснилось, что она выслала им новые, неопубликованные результаты в виде статьи, но журнал не принял полную версию, предложив напечатать где-нибудь в другом месте. Однако вместо публикации статьи, Nature Biotechnology found it quite acceptable to assemble and publish a Feature which consisted of a brutal attack on my results.
Тут я, пожалуй, разъясню. Если Ермакова отсылает подобную статью в Nature Biotechnology, она подвергается обычной процедуре анонимного ревьюирования и она получает это все назад с пометкой "отклонить". То есть вся порка, свидетелем которой мы были, остается за кулисами, а Ермакова в очередном интервью будет заявлять: сговор! и ничего не изменится. Фактически это был логичный, хоть и не очень джентельменский ход журнала, выманить из Ермаковой результаты и показать научному комьюнити с кем имеем дело. Причем это было скорее журналистским расследованием, чем серьезной научной публикацией.
Впрочем, это не помешало Ермаковой несколькими абзацами ниже заявить: "I have already sent papers into peer-reviewed journals (one paper was submitted a year ago). And what they fail to acknowledge is the difficulty that I have encountered in publishing this work in the peer-reviewed literature—perhaps reflecting the reluctance of the predominantly industry-funded agbiotech community to condone the publication of studies that detail negative effects of GMOs." Это уже даже не смешно. Дальше все в том же духе - эмоционально, заносчиво и ненаучно.
На этом спич заканчивается и начинается...порка. 7 (семь!) статей. Некоторые укоряют журнал в грубом обращении с
Итак вернемся к оправдательным пунктам.
1. Ермакова показала картинку ПЦР, которая подтверждает трансгенность сои.
Ответ Эдитора: "The PCR results she reports in Figure 1 do not demonstrate that the so-called GM soybean was 100% transgenic" Более того, ей как ребенку, объясняют, где у нее тут прокол. Буквально на пальцах. И так ласково подсовывают протокол на будущее "Guidelines describing the proper methods of preparing crop materials for animal studies were published this year by the International Life Sciences Instituteand are free online"
2. Ермакова разъясняет дизайн эксперимента и сравнивает его с дизайном, описанным у Brake and Evenson с целью показать, что дизайн несравниваемый по конечным целям.
Ответ Эдитора: Ermakova mentions that her protocol was different from that of Brake and Evenson. Затем Эдитор объясняет, почему важно придерживаться протокола Brake and Evenson: they studied four generations and, contrary to Ermakova's claim, animals were exposed to soy throughout the life cycle.
3. Ермакова считает, что в клинических исследованиях человеческой популяции только и делают смешивание результатов, чтобы получить более достоверные статистические результаты.
Ответ Эдитора: "Ermakova compared her animal study with human-based clinical trials. Humans are not genetically homogenous and as a rule produce results showing considerable variation. Тhe inbred laboratory rat is quite the opposite of a human in this regard; it has been developed to perform studies that will result in small variances of the measured variables."
4. Ермакова заявляет, что они старались приблизить экспериментальные условия к естественным.
Ответ Эдитора: "Laboratory animal studies are not intended to mimic nature. The white laboratory rat does not exist in nature: it was bred in a laboratory to be used in very standardized studies designed to reduce variability and minimize uncontrolled variation that might confound the results."
5. Ермакова возмущается: корпорации зажимают независимые исследования!
Ответ Эдитора: " Ermakova's remarks that there is an industry conspiracy to criticize and suppress articles containing evidence of the negative effects of GMOs is refuted by Ermakova herself when she cites published work on GMOs (albeit flawed) that shows negative effects. Rather than a worldwide conspiracy, we deduce there are few publications showing harm because GM soy is safe and does not cause harm."
Повторюсь, это только выдержки из целого ряда оправданий и наездов.
Завершается очередной раунд публичной порки объяснением редактора Andrew Marshall , который всю эту кашу заварил. Все разложено по-полочкам, взвешено и корректно.
Тake-home lessons от Маршалла "I believe many of the misunderstandings here have arisen due to a wrong perception—both by Ermakova and other correspondents to this journal—that the September Feature is a peer-reviewed research paper, rather than journalistic content...Although I regret that Ermakova misunderstood our publication process, at no time did I indicate that she would be given full authorship of the Feature or that she would see the critiques of the researchers or learn their identities." После чего Маршалл дает линк на всю электронную переписку с Ермаковой, чтобы все желающие могли ознакомиться с качеством переговорного процесса и сделать самостоятельные выводы.
Ждем продолжения.
Журнал требует подписки. Желающим могу выслать оригиналы.
no subject
no subject
no subject
no subject
То есть, если у тебя есть 100 семян и всего 50 из них трансгенные, а ты для анализа взял две штучки и тебе повезло и обе были трансгенные, то ты получишь позитивный результат в виде жирных полос, который не отображает реального количественного содержания трансгенов в семенной смеси. С мукой еще хуже. Достаточно взять горсть нормальной сои и добавить туда одно семечко трансгена и все это перемолоть в муку, как ты получишь позитивный ПЦР результат. Где-то так. Или проще написать?
no subject
no subject
Ложь
no subject
есть т.н. realtime PCR, которая дает количественный ответ, но результат такого опыта выглядит не как гель
no subject
no subject
no subject
Три вопроса:
1. можете ли ещё выслать оригиналы, я желающий
2. Ермаковой сделали качественный ПЦР? На наличие конкретного трансгена? Она могла заказать-получить количественный ПЦР? Если допустить, что тестируются не зёрна, а однородная мука (предположим, да, что у Ермаковой вся партия ТГ-сои -- это большой мешок с однородной мукой), и количественный анализ показывает 100%, то в чём невозможность и неправильность такого результата?
Вопрос меня интересует ещё и в том аспекте, что в ряде статей проскакивает фраза "проанализировали продукт на % содержания ГМО". Насколько эта фраза истинна-лжива?
3. Ответите на вопрос?
http://progenes.livejournal.com/68149.html?thread=10159413#t10159413
no subject
2. Могла ли она заказать количественный ПЦР? Наверное могла бы. Но в статье качественный, а не количественный ПЦР. Покажите, в статью, где проскочила фраза "проанализировали продукт на % содержания ГМО". Разумеется можно проанализировать продукт на % содержания ГМО.
3. поясните, что Вы имели в виду под "линией" в применении к ГМО.
Гомозиготный по трансгену продукт, причем результат независимой процедуры трансформации. При каждой такой трансформации вставка может происходить в разные локусы, на разные хромосомы, что может вызывать спектр эффектов от "молчания" трансгена, случайного выключания какого-то гена, различной эффективности экспрессии и т.д.
no subject
1. К сожалению, "The website is under construction"
2. Не ваши статьи я имел в виду, а всякую антинаучную писанину, да вот недавно "свеженького" видео понюхал с сайта Ермаковой, http://www.youtube.com/watch?v=FohR3SxAUtk
От того я вопрос и задал про возможность -- ибо Вы про количественный ПЦР не пишете (или я не нашёл), а в статье википедии "ПЦР" про применимость его к определению % содержанию ГМО ничего нет.
3. Стало понятней, но:
3.1 не понял термина "независимой процедуры трансформации". От чего независимой? Бывают "зависимые"?
3.2 а как получают гомозиготный по трансгену продукт? Это ж, получается, надо в обе хромосомы одинаковые изменения внести, в один локус, вероятность такого совпадения мала?
3.3 гомозиготный по трансгену, а аллели должны быть доминантными или рецессивными? (если я не бред спрашиваю)
no subject
2. http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9F%D0%A6%D0%A0_%D0%B2_%D1%80%D0%B5%D0%B0%D0%BB%D1%8C%D0%BD%D0%BE%D0%BC_%D0%B2%D1%80%D0%B5%D0%BC%D0%B5%D0%BD%D0%B8
3. 1 "независимая процедура трансформации" - из одной трансформированной клетки получится каллюс, а из него можно регенерировать много генетически идентичных растений. Если эту процедуру повторить с самого начала еще раз, то получится растение, которое генетически не идентично первому, но тоже трансгенное.
3.2 Самоопылением и отбором в последующих поколениях.
3.3 Трансген всегда доминантен.
no subject
2. понял. Типа применимо. Причём на поиск каждой ГМО линии надо запускать этот процесс отдельно, так?
3.1. т.е. "независимая процедура трансформации" -- это уникальный эксперимент, который начинается с процесса трансформации
3.2. понял
3.3. понял. А есть объяснение факту "Трансген всегда доминантен"?
no subject
no subject
а откуда вообще берутся у генов рецессивные аллели? Их появление -- это результат мутаций? Есть ли закон, что рано или поздно у каждого гена появится его рецессивный вариант?
Или в каждом виде есть примерный процент генов, имеющих рецессивный аллель?
no subject
Да.
>Есть ли закон, что рано или поздно у каждого гена появится его рецессивный вариант?
Нет. Может получиться, а может и нет.
Но есть закон распределения аллелей в популяции.
>Или в каждом виде есть примерный процент генов, имеющих рецессивный аллель?
Что такое "примерный процент"? В каждом виде есть гены, имеющие рецессивный аллель.
no subject
> Что такое "примерный процент"?
примерный процент -- ну мало ли. Вдруг, как в природе бывает, оказывается, процент генов, имеющих рецессивный аллель, пляшет около какого-нибудь золотого сечения (стремится к этому соотношению). Или же это функция от того, насколько это старый вид.
и ещё один вопросик (уже оффтопик, конечно), а бывают такие варианты аллелей с отношениями доминантности:
p->q, q->r, r->p (циклы)
p->q1, p->q2 (одна доминанта, несколько рецессивных)
и т.п.