progenes: (Default)
progenes ([personal profile] progenes) wrote2009-06-09 05:45 pm
Entry tags:

ГМО. Часть 3. Нестабильная стабильность

Часть 1. Вступление.
Часть 2. Фирмы и фермеры.

Постепенно переходим к теме, близкой потребителю. Возможные мутации и последствия. Это довольно разносторонняя тема. Тут и возможное влияние на личный геном, геном поколений, опасность случайного возникновения токсичных, например, белков. Будем рассматривать по-порядку.

Сегодня будет один из распространенных вопросов:

Сорта, которые вывелись нашими предками, уже как бы эволюционно адаптированы и прошли многовековой тест на съедобность и безопасность. Зачем тестировать новое на себе? Нас устраивает веками проверенное.

Возможно, сейчас я отберу у вас немного уверенности, если скажу, что те сорта, которые вывели наши предки, имеют мало общего с тем, что сейчас произрастает на полях и с тем, что мы употребляем в пищу. Мутационные процессы происходят и сейчас, а селекционный процесс непрерывно продолжается. Недавно слушала научный доклад сотрудников крупнейшего европейского генетического банка культурных растений.

В подобных генбанках растения (виды, сорта), ежегодно высаживаются на поля, тщательно изолируются от возможного переопыления, и уже семена нового урожая отправляются в хранилища. Без пересадки и «освежения» семенного материала, теряется всхожесть, хотя самые первые оригинальные семена, которые поступили в банк, не выбрасываются, а точно так же хранятся уже многие десятки лет.

Кроме хранения, генбанки проводят различные научные исследования по биологическому и генетическому разнообразию. Например, изучают генетические профили экземпляров в коллекциях, сравнивают их. Все, наверное, слышали про методы генетических «отпечатков пальцев», который используется в криминалистике, где каждый конкретный индивидуум имеет свой оригинальный генетический профиль? Я не буду вдаваться в детали, но скажу, что подобные методы используются и для паспортизации сортов. Так вот, наконец-то кому-то пришла в голову очевидная на первый взгляд идея, сравнить генетические профили растений из семян, которые поступили в коллекцию очень давно, и тех, которые ежегодно скурпулезно высаживались, но одного и того же сорта.
И в общем-то, вполне предсказуемо обнаружилось, что уже за несколько десятков лет накопилось достаточное количество изменений в геноме растений, которое отразилось и на генетическом профиле. То есть генетически эти растения уже очень сильно отличаются. Причин этому много – это и мутационный эффект окружающей среды, и миграция по геному мобильных элементов, и спонтанный мутагенез, и вирусные инфекции. Мы наблюдаем факт, что уже через несколько поколений без нашего дополнительного вмешательства в обычной традиционной кукурузе, пшенице, горохе, которые вывели наши предки, происходят изменения в геноме, которые отражаются в фенотипе, биохимическом составе, или каких либо качествах растения – устойчивости или времени цветения. Вы спросите, почему мы их не замечаем? Во-первых, не все мутации проялвяются вообще, если они касаются третьего нуклеотида в кодоне. Во-вторых, далеко не все мутации зримо проявляются в фенотипе. Очень часто это незаметные глазу изменения состава белков или углеводов, или изменения времени цветения, или расстояние между почками, или длина корешков, или длительность созревания. Это те признаки, которые могут быть интересными только для специалиста. И наконец, очень редко мутации ощутимо влияют на жизнеспособность.

Тех, кого действительно взволновала нестабильность растительного генома, я сейчас успокою. Особенность растений, в отличии от животных, в том, что они неспособны «убежать» от неблагоприятных условий окружающей среды. Именно этим объясняют наличие у растений оргомного числа различных обходных биохимических путей, компенсирующих «поломки». Я много работаю с трансгенными растениями, в общем-то моя работа и заключается в том, чтобы какие-то гены «включать» или «выключать» в растениях и смотреть, как это внешне или внутренне проявляется с целью определить их функцию. Должна сказать, что в подавляющем количестве случаев вообще незаметно никакого эффекта и только скурпулезный биохимический анализ метаболитов и работы всех известных генов, показывает, что «хитрое» растение включило обходной путь в ответ на поломку.

Таким образом, пора забыть о том, что предки вывели и протестировали на себе хорошие сорта, а нам не стоит улучшать и экспериментировать. Процесс селекции непрерывный, он продолжается и мы тестируем на себе его результаты, независимо от того, традиционный ли это сорт, или ГМО. В этом смысле ГМО даже лучше. Почему? Потому что мы хотя бы знаем, что там поменялось.

Тут я расскажу еще одну историю из экспериментальной практики. Поступил нам в работу мутант ячменя с дефектом развития семени. Десять лет тому назад. За 10 лет тщательно рассмотрели по дням с момента опыления развитие семени под микроскопом. Описали. Изучили у него, какие гены включаются, а какие выключаются в различных тканях семени с того самого первого дня. Изучили вдоль и поперек метаболизм всех возможных биохимических путей. Уже все знаем. Не знаем одного – какой ген мутировал. И не узнаем, потому что с помощью этих подходов найти мутацию невозможно. А раз так, то мы и не узнаем, как выглядит тот мутировавший белок. А может он аллерген? А может он токсичный? А может, наоборот, полезный? Или нейтральный. Мы ничего о нем не знаем, кроме того, что его дефектная работа вызывает серьезные поломки в структуре семени, о которых мы уже знаем почти все.

Таким образом, мы можем допустить, что в результате спонтанного мутагенеза или мутагенеза, используемого в классической селекции, постоянно возникают белки с возможно новой конфигурацией, которые могут быть потенциальными аллергенами. Проблема в том, что мы не искали, мало того, мы даже не знаем, что искать. Мы можем приблизительно протестировать на потенциальную аллергенность. Мы также можем попытаться найти среди тысяч различных потенциальных аллергеных именно тот, который вызывает аллергическую реакцию. Я буквально на днях наткнулась на интересную работу по поиску белка с аллергенными свойствами в пыльце оливкого дерева. Это очень сложная работа, белок определили, но вот роль его совершенно не ясна.

И несомненное преимущество ГМО в том, что это как раз тот случай, что мы не просто знаем, что мы встроили и куда мы встроили, можем проверить его на аллергенность, токсичность, мы можем его отследить в поколениях и определить наличие в продуктах. Поэтому никого не должны смущать различные статьи об эффекте ГМО на организм, изучение его влияния, как потенциальный индуктор воспаления, например. Это нужные и правильные работы, возможно действительно обнаружится негативный эффект о котором мы будем знать и впредь делать выводы, дискутировать на эту тему и продолжать изучать. Но мы должны помнить, что эти работы существуют только по одной причине – мы знаем что искать.

В эту же тему отличная статья из economist.com: "Today scientists use thermal neutrons, X-rays, or ethyl methane sulphonate, a harsh carcinogenic chemical—anything that will damage DNA—to generate mutant cereals. Virtually every variety of wheat and barley you see growing in the field was produced by this kind of “mutation breeding”. No safety tests are done; nobody protests. "

Не поленитесь, ознакомьтесь с современными методами селекции. Там же есть ссылки на фото, как это выглядит в жизни.


В следующей серии мы более внимательно рассмотрим то, что уже известно о ГМО. Обладают ли они какими-то качествами, которые принципиально отличают их традиционных сортов. Это какая-то другая ДНК? Как их исследуют?

Продолжение. Часть 4. Судьба ДНК в пищеварительном тракте и горизонтальный перенос генов.

[identity profile] ursula-w.livejournal.com 2009-06-10 09:17 am (UTC)(link)
*посыпает голову пеплом*
Генту, конечно генту.

[identity profile] kondybas.livejournal.com 2009-06-10 09:19 am (UTC)(link)
Спасибо, мне хватает фрей :)
Но все равно, если мне что-то непонятно, мне достаточно почитать...

[identity profile] ursula-w.livejournal.com 2009-06-10 09:26 am (UTC)(link)
Одно меня огорчает - для основной части бытовых противников ГМО здесь слишкаммногабукоф :( Довод "это не естественно" куда короче и (потому?) им гораздо ближе.

[identity profile] zlob-o-zlob.livejournal.com 2009-06-10 09:32 am (UTC)(link)
Ура, продолжение!

[identity profile] ursula-w.livejournal.com 2009-06-10 09:57 am (UTC)(link)
В принципе да - программирование выгодно отличается тем, что все это когда-то было создано вполне определенным человеком, каждый кусок кода имеет автора, и уж как минимум автор-то знает (хотя бы примерно), что он там наворотил :)

Re: Спасибо огромное!

[identity profile] progenes.livejournal.com 2009-06-10 10:00 am (UTC)(link)
Профессионально есть немного тут http://www.plosbiology.org/article/info:doi/10.1371/journal.pbio.0040072

А на пальцах и доступно я как-нибудь напишу позже.

[identity profile] progenes.livejournal.com 2009-06-10 10:02 am (UTC)(link)
ДА! Отличная поправка!

[identity profile] polryby3.livejournal.com 2009-06-10 10:31 am (UTC)(link)
Спасибо за ответ. Вотс такими акцентами уже начинаешь бояться селекционеров, а до тогот было не страшно:)
<мутируют и базисные гены> Мутируют-то они все, но с разной частотой. Например, мутации генов цикла Кребса не регистриуются, т.к. такие мутанты дохнут на стадии одной клетки. Возможно ли, что та туева хуча генов, задействованных в синтезе крахмала и запасных белочков, тоже не так часто меняется, как другие?
<Только одних генов, регулирующих синтез и развал крахмала вагон и маленькая тележка.>
Про то, что в образовании крахмала или зеина задействована туева хуча генов - это понятно. Вопрос в том, насколько критично их изменение - хитин-то всяко не получится, так ведь?
<Ингибиторы протеаз> - ну есть они в фасоли, а в рыбе есть тиаминаза - в любой еде что-то да есть, для нас неполезное. Вопрос в количестве.
А вот что касается вских малых молекул, это уже гораздо существеннее для поедателя - так и отравиться можно.
Я так чувствую, что следующая редакция твоей статьи на ту же тему будет включать оценку рисков отравиться при питании ГМО и традиционными сортами. Наверное, ее кто-то уже сделал?

(Anonymous) 2009-06-10 10:50 am (UTC)(link)
Ну Вы уже поняли разницу между ГМ-вставкой и плазмидой? Безусловно ГМ-вставки можно обнаружить в микрофлоре кишечника. Там вообще всё что мы едим можно обнаружить. Потому что микрофлора кишечника кушает вместе с нами и в ее "желудках" находится перевариваемая пища. Максимум что может получится неприятного из комбинации ГМ-вставок и кишечных палочек, за счет того самого горизонтального переноса, это устойчивость кишечных палочек к антибиотику канамицину (устаревший антибиотик I-поколения, сейчас ограничено используется только при лечении туберкулеза). А есть картофель и томаты, ядовитые растения продуцирующее соланин и соответственно максимум - кишечная палочка обучившаяся тому же. Запрещаем? Переходим на питание одной водкой пшеничной? Дык и в ней родимой, можно наверно сильно постаравшись найти гены лектинов сосны или березы. Ужос, ужос... как страшно жить.

Процесс нашего пищеварения не ограничивается ЖКТ. Не зря у нас есть печень, почки, лимфоциты итп итд Не надо быть британским ученым, чтобы знать что какие-то элементы пищи попадают нам в кровь без изменения. Иначе бы мы не травились бледными поганками и консервами с ботулизмом. Кроме токсинов для нас опасность представляют вирусы. Вирусы это не плазмиды, вирусы это специально приспособленные за миллиарды лет эволюции к паразитизму паразиты. Среди них есть поражающие человека. Среди последних есть те кто умеет встраиваться в хромосомы. Известно что последнее иногда приводит к появлению у потомства новых ретротранспозонов. У нас чуть ли не половина генома состоит из транспозонов, а у пшеницы как брешут ~90%

[identity profile] progenes.livejournal.com 2009-06-10 11:03 am (UTC)(link)
<Например, мутации генов цикла Кребса не регистриуются,> ХЕ-ХЕ! Навскидку:" The mitochondrial NAD+-dependent isocitrate dehydrogenase (EC 1.1.1.41) is a key enzyme in the Krebs cycle of most organisms. The role of the IDH-II subunit of this protein in Arabidopsis thaliana was investigated using an idh-II knockout mutant where the IDH-II gene was disrupted by the Dissociation, (Ds), insertion element. These mutant plants showed no detectable differences in growth and development compared to wildtype Landsberg plants. " О чем я и говорила. Растения, они, сволочи, живучие.

Хитин не получится. Получится возможно что-то другое, но тоже плохоперевариваемое. Но тут я уже действительно спекулирую.

Оценку рисков травануться традиционными сортами глобально никто не проводил.

Так летальные мутанты все сдохли сразу. А эти - нелетал

[identity profile] polryby3.livejournal.com 2009-06-10 11:52 am (UTC)(link)
Да, неправа я. Про болезни, связанные с циклом Кребса, нам рассказывали, конечно, про людей. Так тогда и генетический анализ не делали...

Re: Так летальные мутанты все сдохли сразу. А эти - нелет

[identity profile] progenes.livejournal.com 2009-06-10 12:11 pm (UTC)(link)
Конечно, есть и у растений критические для жизнеспособности гены, спору нет. Но в даном случае я не ставлю задачу писать креш-курс генетики растений, а показываю, что в общем-то по сравнению с традиционной селекцией, ГМО куда более изучабельный даже. Только что с семинара, аналитики докладывались. В общем, треть метаболитов вообще неизучены никак: роль, состав и гены, их регулирующие.

[identity profile] choana.livejournal.com 2009-06-10 12:37 pm (UTC)(link)
Ne smeshno no smeshno :-) i tak vsexDA...(

[identity profile] pogorily.livejournal.com 2009-06-10 02:16 pm (UTC)(link)
Вы правы.
Ну не ботаник я, допускаю некорректные с точки зрения ботаники выражения.

Хотя то такое соцветие, знаю. И что у подсолнуха не одиночные цветки, а соцветия, тоже знаю.

Re: Спасибо огромное!

[identity profile] pogorily.livejournal.com 2009-06-10 02:19 pm (UTC)(link)
С лактозой - в любой человеческой популяции есть люди с пониженным выделением лактазы.
Вопрос, сколько их. В разных народах от единиц процентов до 80%.
Там, где 80%, молоко не считается съедобным продуктом.

[identity profile] pogorily.livejournal.com 2009-06-10 02:33 pm (UTC)(link)
Это вы ошибаетесь.
Автор нередко через пару лет настолько забывает ранее сделанное, что ему проще сделать по новой, чем разбираться в сделанном им же, из-за забывания не более знакомом, чем сделанном кем-то посторонним.
По своему опыту знаю.

Это уж не говоря от том, что человек смертен.

[identity profile] pogorily.livejournal.com 2009-06-10 02:38 pm (UTC)(link)
В наше время риск на эту тему минимален.
Так что не вымоет.

[identity profile] ursula-w.livejournal.com 2009-06-10 02:56 pm (UTC)(link)
Предлагаю не утрировать. Все равно логика написания кода человеческая, написанный лично код при желании можно разобрать, и отсутствие такого желания - отдельный разговор, к _возможности_ отношения не имеющий. А что касается смертности... Так давно принято вести нормальную документацию, особенно при совместной разработке, что те, кто померли - земля им пухом, но их программы уже либо неактуальны, либо задокументированы.

[identity profile] a-bronx.livejournal.com 2009-06-11 02:40 am (UTC)(link)
А вторичная структура не зависит от направления синтеза протеина? Т.е. если одну и ту же последовательность прочитать сначала спереду-назад, а потом задом-наперёд? Белок не начинает сворачиваться уже на середине процесса, когда "хвост" ещё не вышел?

[identity profile] sha-lun.livejournal.com 2009-06-12 03:24 am (UTC)(link)
Вот приведу вам наглядный пример. На всем известном ЮжМаше до сих пор используется для прочностных расчетов система конечноэлементного анализа "ИСКРА". Это аналог таких программ как NASTRAN и ANSYS если вам что-то говорят эти названия. Так вот, исходников комплекса нет, они утеряны. Оно досовское. Судя по некоторым особенностям exe-файлов написано на паскале. Авторство, цитирую, "НПО ВНИИСтройдормаш. 1988"

[identity profile] ursula-w.livejournal.com 2009-06-14 08:49 am (UTC)(link)
Ок. Но есть мнение, что если ЮжМаш задумает модернизировать свои расчеты, то перейдет на другие системы. Это дорого и муторно, но реально. Поэтому невосстановимость исходника тех экзешек некритична. Отказаться же от тех или иных процессов метаболизма человечеству затруднительно, поэтому хочешь-не хочешь, разбирать приходится.

[identity profile] sha-lun.livejournal.com 2009-06-14 09:23 am (UTC)(link)
А есть еще принцип "Работает? Не трогай!"
Переход на другие системы в некоторых сферах деятельности связан с огромным объемом работы. А зачем тогда переходить на новое если прекрасно справляется старое?

[identity profile] ursula-w.livejournal.com 2009-06-14 09:37 am (UTC)(link)
Например, если старое уже не справляется. Тем не менее переход с программы на программу возможен, а переход с С3-фотосинтеза на САМ-метаболизм я себе в пределах вида или даже семейства не очень представляю.

[identity profile] sha-lun.livejournal.com 2009-06-14 10:03 am (UTC)(link)
Это просто называется "сменить программу" - то же самое что "сменить организм". Это просто, выкинули один организм, взяли другой. Организм более похож на такую программу, без исходника и документации.

[identity profile] holdsveiki.livejournal.com 2009-06-14 10:37 am (UTC)(link)
А с этим ничего не поделаешь. Можно только забить ударной пропагандой/рекламой того же уровня. "Новое поколение выбирает ГМО!". Соответственно, на тёмной стороне силы всегда будут сплетни типа "ну а хлеб теперь из рыбьей чешуи".

Page 3 of 4