Перепись населения

[progenes]

Небольшой отрезвляющий пост для любителей транскриптома. Подобную информацию уже где-то раньше встречала, но не помню где и, кажется, неполную. А тут опять наткнулась в Genom express. Пусть теперь тут лежит.

Поситали, значит, мРНКу и белочки, которые с нее считываются. Вот что обнаружилось (прошу прощения за корявый перевод, некогда возиться):


Как мы видим, выраженная в цифрах скорость транскрипции в этой эпической картине занимает весьма скромное место: происходит медленно, быстро валится, а при этом трансляция разворачивается во всей своей красе. Самое вкусненькое, конечно же, происходит между тыщами белочков , которые находятся в один момент в клетке (не перестаю удивляться: куда это все помещается?!), что-то делают: синтезируют, передают сигналы и молекулы, строят комплексы, что-то разрушают, куда-то встраиваются, катализируют, связываются, транспортируются из клетки, в клетку, в разные части клетки и тыды и тыпы.

В этом смысле, регуляция трансляции привлекает все больше внимания.

По материалам Schwanhausser, B. et al. (2011) Global quantification of mammalian gene expression control. Nature

Comments

[crustgroup.livejournal.com]

И попутно вопрос - скорость транскрипции на картинке - 2 мРНК/час или 2 m(illion)RNAs/hour?

[progenes.livejournal.com]

2 штуки мРНК/час с одного гена

[progenes.livejournal.com]

а генов приблизительно 5 тыщ включено одномоментно.

[crustgroup.livejournal.com]

Ну, тогда картинка на настолько отдаёт пичалькой. :)
10 тыщ активных мРНК (минимум, а по-хорошему все 45 000 исходя из "периода полураспада") в час продуцируют (потенциально) 400 000 копий белка в час.
Даже если за сутки половина беков деградирует, много чего останется.

Кроме того, ещё один вопрос - 16 000 уникальных видов белков? И, наверное, не все продуцируются только в специфицеской клетке?

[progenes.livejournal.com]

16000 ОДНОГО вида белка (в среднем).

[murrka.livejournal.com]

ну это если считать по максимуму выработки, а на самом деле на максимуме мало какой белок работает и ограниченое время (глобинов там подкинуть или интерферонов наклепать). То что трансляция летит вперед паровозом это отлично, и там куча всякой регуляции (которой я надеусь заняться через год), но бутылочное горлышко нуклеиновых кислот (которыми я занимаюсь последние лет 10) все-таки рулит процессом. Кстати, тема сплайсинга не раскрыта, а ведь там тоже черт ногу сломит :)

[progenes.livejournal.com]

Это не по максимуму, а среднее. В статье пишут, что есть белки по 100 копий и это на пределе измерения. Я вот еще прозрела на счет того, что трансляция это тожу бутылочное горло. Нашли какой-то перспективный мутант, ячмень кажется. Урожайность хорошая. Промаркировали регион на хромосоме, позиционным клонированием вычислили ген. Какой-то фактор элонгации оказался. Помню, пожала плечами, причем тут фактор элонгации. А оно вон что. Опять таки, какой транскриптом не возьми, там здоровенная порцайка рибосомальных белков с дифференциальными профилями. Я обычно даже и не пробую дискутировать о них, такой это мрак.

[crustgroup.livejournal.com]

... то ли у бактерий или архей!
Никаких тебе мучений с мРНК, никакого вырезания интронов, прилепления всяких "кэпов" и прочей муйни, чтобы рибосома-таки смогла захватить мРНК!
Всё в дело, всё сразу в белок!

Проблема только в том, что организм уж очень простой по факту получается, действует по принципу - "Бьют - беги, дают - бери". ;)

[shvarz.livejournal.com]

Именно что среднее. Как температура по больнице :)

[murrka.livejournal.com]

да, мрак однозначно. Хотя в принципе, если копнуть, любая из этих машин - мрак. Ты пробовала как-нить пересчитать компоненты сплайсозомы? Где-то посреди моего доктората вышла статья, где сплайсозому разобрали и засунули в масспек. Там туева хуча (с) белков. А вот того белка над которым я работала в списке даже намека не оказалось, даже среди неопознанных подходящей величины нет. Потом до меня дошло что они собирали сплайсозому, которая независима от деятельности моего белка (он сильно регуляторный), поэтому ни его, ни дальше по цепочке они не выудили. А он там есть, хотя бы иногда. А ведь сплайсозома завязана физически и на транскрипцию, и на каппинг, и даже рибозомы где-то там на горизонте. Все это очень сложно.