Перепись населения

[progenes]

Небольшой отрезвляющий пост для любителей транскриптома. Подобную информацию уже где-то раньше встречала, но не помню где и, кажется, неполную. А тут опять наткнулась в Genom express. Пусть теперь тут лежит.

Поситали, значит, мРНКу и белочки, которые с нее считываются. Вот что обнаружилось (прошу прощения за корявый перевод, некогда возиться):


Как мы видим, выраженная в цифрах скорость транскрипции в этой эпической картине занимает весьма скромное место: происходит медленно, быстро валится, а при этом трансляция разворачивается во всей своей красе. Самое вкусненькое, конечно же, происходит между тыщами белочков , которые находятся в один момент в клетке (не перестаю удивляться: куда это все помещается?!), что-то делают: синтезируют, передают сигналы и молекулы, строят комплексы, что-то разрушают, куда-то встраиваются, катализируют, связываются, транспортируются из клетки, в клетку, в разные части клетки и тыды и тыпы.

В этом смысле, регуляция трансляции привлекает все больше внимания.

По материалам Schwanhausser, B. et al. (2011) Global quantification of mammalian gene expression control. Nature

Comments

[oude-rus.livejournal.com]

...и при этом вся эта красотищща на 90% продвигается благодаря броуновскому движению, т.е. по своей фундаментальной природе совершенно случайна!

[progenes.livejournal.com]

Нууу, не совсем. Там градиенты внутри клетки всякие. Кислотность поменялась - комплекс развалился. Транспорты активные есть, требующие энергии. Сигнальные последовательности направляют белки в нужные компартменты.

[crustgroup.livejournal.com]

Интересно, а как вирусы умудряются всё это броуновское движение не только побороть, но и возглавить?

[crustgroup.livejournal.com]

И попутно вопрос - скорость транскрипции на картинке - 2 мРНК/час или 2 m(illion)RNAs/hour?

[progenes.livejournal.com]

знают куда обращаться

[progenes.livejournal.com]

2 штуки мРНК/час с одного гена

[progenes.livejournal.com]

а генов приблизительно 5 тыщ включено одномоментно.

[maus-san.livejournal.com]

А мораль для обывателя?

[crustgroup.livejournal.com]

Ну, тогда картинка на настолько отдаёт пичалькой. :)
10 тыщ активных мРНК (минимум, а по-хорошему все 45 000 исходя из "периода полураспада") в час продуцируют (потенциально) 400 000 копий белка в час.
Даже если за сутки половина беков деградирует, много чего останется.

Кроме того, ещё один вопрос - 16 000 уникальных видов белков? И, наверное, не все продуцируются только в специфицеской клетке?

[progenes.livejournal.com]

1. В клетке дофига всего.
2. Все сложно.
3. Если кто-то с умным видом рассуждает об экспрессии генов, можно с не менее умным видом заявить, что от экспрессии до функции белка большая такая пропасть. п.1 и п.2.
4. Обыватель, береги свои белки!

[crustgroup.livejournal.com]

Обыватель, береги свои белки!
...а также жирки и углеводики.

[progenes.livejournal.com]

16000 ОДНОГО вида белка (в среднем).

[tapka.livejournal.com]

А в каком номере? (хочу оригинальную картинку)

[progenes.livejournal.com]

http://www.genomxpress.de/content/ausgaben/GenomXPress-2011-3.pdf

страница 10

[tapka.livejournal.com]

нашла

[tapka.livejournal.com]

спасибо :)

[maus-san.livejournal.com]

Спасибо! ^___________^

[potan.livejournal.com]

Итересно, хоть одна клетка додумалась хранить мРНК что бы по сигналу нужный белок синтезировать?

[crustgroup.livejournal.com]

По п.3.
Экспрессия гена всё же подразумевает появление продуктов транскрипции и трансляции, как ни крути.
Другой вопрос, что не факт, что эти продукты - особенно белки - обязательно в данной конкретной клетке смогут на что-либо влиять.
Например, я слабо себе представляю, на что могут повлиять белки-опсины на что-либо в функционале обычных клеток печени. :)

Хотя, насколько я понимаю, те генетики их уже активно используют в своей работе, например, вот так:
http://elementy.ru/news/431615

[oude-rus.livejournal.com]

разумеется, транспорты есть, и энергия тратится (иначе бы кушать не хотелось). и кинезин направленно работает. но тем не менее -- дофига всего совершенно случайно.

как при этом мы не развалились - для меня загадкО.
(я понимаю, что размеры клетки наиболее приспособлены для броуновского движения, но тем не менее)

[murrka.livejournal.com]

ну это если считать по максимуму выработки, а на самом деле на максимуме мало какой белок работает и ограниченое время (глобинов там подкинуть или интерферонов наклепать). То что трансляция летит вперед паровозом это отлично, и там куча всякой регуляции (которой я надеусь заняться через год), но бутылочное горлышко нуклеиновых кислот (которыми я занимаюсь последние лет 10) все-таки рулит процессом. Кстати, тема сплайсинга не раскрыта, а ведь там тоже черт ногу сломит :)

[murrka.livejournal.com]

навалом. Белки которые надо по первому писку синтезировать, например при реакции на заражение вирусом.

[crustgroup.livejournal.com]

А как их хранить? РНК достаточно нестойкая структура, любой худо-бедно активный фермент её быстро разрушает. :(
Для того же ДНК и придумала жизнь, чтобы с РНК не париться.

Хотя вирусы РНК в качестве носителя вовсю используют, но у них код короткий, ему лишние перестановки и искажения часто только на пользу идут - отбор быстро фиксирует нужное и отсекает нежизнеспособные варианты.

А вот бактерии и особенно эукариоты пошли по другому пути - для них важно позасовывать в ДНК побольше всяких возможностей, а потом их управляемо оттуда извлекать.

[potan.livejournal.com]

Деградация ДНК - процесс управляемый. Можно связывать ее с белком, который защитит от ферментов и рибосом, а по сизналу будет отцепляться.

[murrka.livejournal.com]

полураспад РНК глобина более 24-х часов