Перепись населения

[progenes]

Небольшой отрезвляющий пост для любителей транскриптома. Подобную информацию уже где-то раньше встречала, но не помню где и, кажется, неполную. А тут опять наткнулась в Genom express. Пусть теперь тут лежит.

Поситали, значит, мРНКу и белочки, которые с нее считываются. Вот что обнаружилось (прошу прощения за корявый перевод, некогда возиться):


Как мы видим, выраженная в цифрах скорость транскрипции в этой эпической картине занимает весьма скромное место: происходит медленно, быстро валится, а при этом трансляция разворачивается во всей своей красе. Самое вкусненькое, конечно же, происходит между тыщами белочков , которые находятся в один момент в клетке (не перестаю удивляться: куда это все помещается?!), что-то делают: синтезируют, передают сигналы и молекулы, строят комплексы, что-то разрушают, куда-то встраиваются, катализируют, связываются, транспортируются из клетки, в клетку, в разные части клетки и тыды и тыпы.

В этом смысле, регуляция трансляции привлекает все больше внимания.

По материалам Schwanhausser, B. et al. (2011) Global quantification of mammalian gene expression control. Nature

Comments

[progenes.livejournal.com]

1. В клетке дофига всего.
2. Все сложно.
3. Если кто-то с умным видом рассуждает об экспрессии генов, можно с не менее умным видом заявить, что от экспрессии до функции белка большая такая пропасть. п.1 и п.2.
4. Обыватель, береги свои белки!

[crustgroup.livejournal.com]

Обыватель, береги свои белки!
...а также жирки и углеводики.

[maus-san.livejournal.com]

Спасибо! ^___________^

[crustgroup.livejournal.com]

По п.3.
Экспрессия гена всё же подразумевает появление продуктов транскрипции и трансляции, как ни крути.
Другой вопрос, что не факт, что эти продукты - особенно белки - обязательно в данной конкретной клетке смогут на что-либо влиять.
Например, я слабо себе представляю, на что могут повлиять белки-опсины на что-либо в функционале обычных клеток печени. :)

Хотя, насколько я понимаю, те генетики их уже активно используют в своей работе, например, вот так:
http://elementy.ru/news/431615

[carbophos.livejournal.com]

Мораль, наверное, такова, что в системе "живой организм" выбор итогового решения - на любом уровне уровне, включая мышление - осуществляется не строгими высокоэффективными алгоритмами, а суперпозицией одновременно принимаемых многочисленных решений ))) А критерий эволюционного отбора - достаточная критическая масса эффективных решений в "контрольном пакете" ситуаций.

[progenes.livejournal.com]

красиво сказали.

[carbophos.livejournal.com]

Спасибо. Вообще, это базовый принцип функционирования любых сложных самоорганизующихся систем ))))

[dmitry shamshurin (from livejournal.com)]

К пункту 3. От концентрации белка до функции уже пропасть, а здесь пробовали только с концентрацией белка увязать, о функциональных тестах ничего не было. С концентрациями белка в этой работе тоже не все чисто. Измеряют относительные количества, а в графики ставят число белков на клетку (абсолютные количества). Сложно увязать, что на самом деле в клетке, а что в спектрах. Mann недавно пытался связать абсолютные и количественные данные (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21964433), уже там минимальная погрешность анализа 20%. А в рассматриваемой Вами статье есть замечательная фраза, что погрешность измерений мала, и мы ею пренебрежем. В общем, опять среднее по больнице. Особенно радуют графики в статье. Рисунок 2, правая часть. Большинство мРНА меньше 100 копий, если взглянем на зависимость белка от мРНА при мРНА меньше 100, то получим случайное распределение (R^2 = 0.37 это с учетом копий больше 100, что позволяет хоть какую-то зависимость вытянуть). Для меня главный ответ: пока методы не позволяют связывать геномы и не то, что с функциями, а даже с "банальной" концентрацией белков.