progenes: (Default)
progenes ([personal profile] progenes) wrote2010-09-02 09:24 am
Entry tags:

Апдейт.

Я тут с головой в работе, не до блогов. В трансгенном горохе наработали человеческие антитела против горохового гормона. Получилось, что антитела хватают этот гормон и в горохе получается его дефицит. Таким образом пытаемся понять, что этот гормон делает и как выглядит горох, если его мало. Как раз написали и отправили статью. Если примут (тьху-тьху-тьху), то напишу об этом подробее. Просто интересно.

Чтобы вы не скучали, решила написать в блог о плазмидах и ГМО на пальцах. Написала давно, только сейчас дошли руки.

«На мой взгляд, самый страшный метод встраивания гена – с использованием плазмид (кольцевых ДНК) агробактерий

Ирина Ермакова


Как-то посмотрела опять ГМО страшилку с Ермаковой. В этот раз глобальное зло Ермаковой – плазмиды. Это получается еще хуже чем вирусы, а прионы так вообще меркнут над этом фоне. Кому охота погуглить, просто наберите «Ермакова» и «плазмиды», а я просто разберу по пунктам, где правда, а где не очень.

[identity profile] ravcheyev.livejournal.com 2010-09-02 07:40 am (UTC)(link)
«На мой взгляд, самый страшный метод встраивания гена – с использованием плазмид (кольцевых ДНК) агробактерий.»
Кольцевые ДНК агробактерий (!!!) - просто воплощение зла. Я рыдаю от смеха! Хотя тут скорее плакать надо. Это мне смешно, а "среднестатистический россиянин" слышит страшное слово "плазмида" (хрен знает что, но похоже на "плазма", а плазма это чего-то такое, что все сжигает) и начинает нервно трястись от страха.
Все-таки Ермакова не дура, и знает, как профит зарабатывать. Этим и опасна.

[identity profile] progenes.livejournal.com 2010-09-02 07:47 am (UTC)(link)
Когда-то давно я пыталась сама объяснить Ермаковой особенности плазмидной трансформации. Во-всяком случае мне показалось, что если не убедила, то заронила зерно сомнения. Но прошли годы, а "плазмидная паранойя" прогрессирует. Опять эти "спрятавшиеся неотработанные плазмиды" фигурируют в видео-проповедях. Я где-то понимаю, что вопрос "куда они деваются?" вполне закономерный. Более того, ответ на этот вопрос вполне может быть "а черт его знает". Но мы точно знаем, если такая плазмида где и затесалась, то мы ее все-равно "увидим".

[identity profile] ravcheyev.livejournal.com 2010-09-02 08:00 am (UTC)(link)
Но прошли годы, а "плазмидная паранойя" прогрессирует.
Вот у меня ощущение, что это не пранойя, а просто черный пиар. Да, в статье Вы очень хорошо подметили, что заражение растения, и заражение человека - "две большие разницы".

Еще вот заметил:
Допустим, в этом молекулярном мотке длиной 3,2 млрд где-то есть (если вообще есть) «спящий» ген, длиной, скажем 2 тыщи.
Маловато будет ))) Мы ж не бактерии какие, чтобы гены в две тысячи нуклеотидов пользовать )

[identity profile] progenes.livejournal.com 2010-09-02 08:47 am (UTC)(link)
Маловато? Ок. Давайте на 10 тыщ ген придумаем.

[identity profile] ravcheyev.livejournal.com 2010-09-02 07:40 am (UTC)(link)
Да, Вам огромнейшее спасибо за Ваши заметки о ГМО.

[identity profile] giggster.livejournal.com 2010-09-02 07:43 am (UTC)(link)
а от мені цікаво – ця єрмакова вона працює на гранти? яка її мотивація? чи це звичайний побутовий фанатизм – вибирала стати баптисткою чи боротися з гмо, вибрала случяйно гмо.

[identity profile] progenes.livejournal.com 2010-09-02 07:48 am (UTC)(link)
У мене враження, що вона сама в це палко вірить. В небезпеку плазмід. В це дійсно можна повірити, коли не знаєш деталей, як це все працює. Просто це брак знань.

[identity profile] giggster.livejournal.com 2010-09-02 07:49 am (UTC)(link)
а навіщо ж знання, якщо вогонь в грудях.
ясно, значить, типова істерія.

[identity profile] vigna.livejournal.com 2010-09-02 08:37 am (UTC)(link)
Что там плазмиды, я видела текст какого-то очередного мегаучОного, который утверждал, что всё зло от митохондрий. Интересовался методами борьбы с митохондриями!

[identity profile] progenes.livejournal.com 2010-09-02 08:47 am (UTC)(link)
Ого! Даже не знаю, что сказать.

[identity profile] potan.livejournal.com 2010-09-02 08:50 am (UTC)(link)
Не академик Скулачав случайно? :-)

[identity profile] progenes.livejournal.com 2010-09-02 09:25 am (UTC)(link)
Какая прелесть!

[identity profile] potan.livejournal.com 2010-09-02 09:28 am (UTC)(link)
Нас спасает только то, что митохотдриального ДНК мало осталось. А то страшно представить что оно бы с нашим ядром сделало!

Интересовался методами борьбы с митохондриями!

[identity profile] mfreidin.livejournal.com 2010-09-02 11:57 am (UTC)(link)
Передавить их всех пальцем. Они ж крохотные ))

поделилась бы со страждущим

[identity profile] zloradskij.livejournal.com 2010-09-02 12:29 pm (UTC)(link)
говорят, цианистый калий помогает :)

[identity profile] galicarnax.livejournal.com 2010-09-02 08:57 am (UTC)(link)
***Но у меня для вас есть сюрприз. Человеческий геном сам по себе содержит 500 000 предсказанных мобильных элементов генома со всеми признаками промоторов.***

Ой ли 500 тыщ? Одних только Alu больше миллиона, а они тоже с промоторами... правда, для полимеразы-3.

[identity profile] progenes.livejournal.com 2010-09-02 09:00 am (UTC)(link)
Не спрашивайте меня откуда цифра. Подсмотрела в хайдельбергской рассылке позиций. В анонсе позиции было исследование этих 500 000, которые непонятно что, но известно, что мобильные и известно, что смахивают на промоторы. Может это какие новые и неизведанные?

[identity profile] galicarnax.livejournal.com 2010-09-02 09:05 am (UTC)(link)
Это наверняка про L1-элементы. Их как раз немногим более 500 тыщ, и у них промотор для полимеразы-2, наряду с двумя ORF-ами.

[identity profile] progenes.livejournal.com 2010-09-02 09:19 am (UTC)(link)
Посмотрела и уточнила "long terminal repeats“ (LTRs) ретровирусов HERV. Цель посмотреть инициируют ли HERV-LTRs какую-то транскрипцию в злокачественных образованиях.

[identity profile] galicarnax.livejournal.com 2010-09-02 10:24 am (UTC)(link)
А, понятно. Речь, значит, об LTR-транспозонах (Alu, L1, SVA и др. - это non-LTR транспозоны). По данным на 2009 год, транспозоны LTR-типа неактивны в геноме человека, в отличие от non-LTR, которые были зафиксированы в образовании некоторых раков и не только. Видимо, нашлись намеки, что и LTR-ы все-таки активны.

[identity profile] progenes.livejournal.com 2010-09-02 10:42 am (UTC)(link)
Вы мне просто целый мир сейчас открываете. Меня 500 000 впечатлили, а на "больше миллиона" я вообще ошашела.

[identity profile] galicarnax.livejournal.com 2010-09-02 11:43 am (UTC)(link)
В арабидопсисе разве повтров намного меньше? Или в том же горохе? (Вы ж вроде по растениям в основном)

Идентифицированные повторы составляют около 45% генома человека. Но их наверняка больше, т.к. многие мутировали до неузнаваемости. Наиболее многочисленны non-LTR ретротранспозоны, особенно Alu-повторы - около 1050000 штук, причем они характерны только для приматов.

Надо будет популярно выложить, как руки дойдут. Мне казалось, это широко известные вещи :)

[identity profile] progenes.livejournal.com 2010-09-02 12:29 pm (UTC)(link)
В арабидопсисе меня транскрипты привлекают, а это уже геномные последыши. Гороховый геном никто в глаза не видел. Если и просеквенируют, то уже после пшеницы. Теоретически я знаю, что есть повторы, а практически никогда не здумывалась. Ужасно интересно. Жду, когда у Вас дойдут руки.

[identity profile] galicarnax.livejournal.com 2010-09-02 09:08 am (UTC)(link)
А можно поинтересоваться, что за рассылка позиций?

[identity profile] progenes.livejournal.com 2010-09-02 09:16 am (UTC)(link)
На мой взгляд это самый полный базовый сервер, который фильтрует позиции биологии и медицины в Германии из разных источников. http://listserv.uni-heidelberg.de/science-jobs-de/sjd-e.html

Я просто подписалась на мейл-рассылку здесь http://listserv.uni-heidelberg.de/science-jobs-de/sjd-e.html

Но вроде там встречаются не только немецкие позиции.

[identity profile] progenes.livejournal.com 2010-09-02 09:37 am (UTC)(link)
Посмотрела в профиле Ваше месторасположение. Смеюсь.

[identity profile] galicarnax.livejournal.com 2010-09-02 10:24 am (UTC)(link)
:)

[identity profile] elisapeyron.livejournal.com 2010-09-02 09:16 am (UTC)(link)
спасибо!

[identity profile] progenes.livejournal.com 2010-09-02 09:25 am (UTC)(link)
Не за что!

[identity profile] ddodo.livejournal.com 2010-09-02 09:39 am (UTC)(link)
ооо, страшные злые плазмиды агробактерий... :)

[identity profile] progenes.livejournal.com 2010-09-02 10:43 am (UTC)(link)
О, да. Я как погуглила, то просто ошалела о масштабов.

[identity profile] alexey-rom.livejournal.com 2010-09-02 05:09 pm (UTC)(link)
Ей Bioshock (компьютерная игра такая) никто не подсунул случайно? А то там плазмиды как оружие используются :)