Апдейт.

[progenes]

Я тут с головой в работе, не до блогов. В трансгенном горохе наработали человеческие антитела против горохового гормона. Получилось, что антитела хватают этот гормон и в горохе получается его дефицит. Таким образом пытаемся понять, что этот гормон делает и как выглядит горох, если его мало. Как раз написали и отправили статью. Если примут (тьху-тьху-тьху), то напишу об этом подробее. Просто интересно.

Чтобы вы не скучали, решила написать в блог о плазмидах и ГМО на пальцах. Написала давно, только сейчас дошли руки.

«На мой взгляд, самый страшный метод встраивания гена – с использованием плазмид (кольцевых ДНК) агробактерий.»

Ирина Ермакова

Как-то посмотрела опять ГМО страшилку с Ермаковой. В этот раз глобальное зло Ермаковой – плазмиды. Это получается еще хуже чем вирусы, а прионы так вообще меркнут над этом фоне. Кому охота погуглить, просто наберите «Ермакова» и «плазмиды», а я просто разберу по пунктам, где правда, а где не очень.

Comments

[progenes.livejournal.com]

Не спрашивайте меня откуда цифра. Подсмотрела в хайдельбергской рассылке позиций. В анонсе позиции было исследование этих 500 000, которые непонятно что, но известно, что мобильные и известно, что смахивают на промоторы. Может это какие новые и неизведанные?

[galicarnax.livejournal.com]

Это наверняка про L1-элементы. Их как раз немногим более 500 тыщ, и у них промотор для полимеразы-2, наряду с двумя ORF-ами.

[progenes.livejournal.com]

Посмотрела и уточнила "long terminal repeats“ (LTRs) ретровирусов HERV. Цель посмотреть инициируют ли HERV-LTRs какую-то транскрипцию в злокачественных образованиях.

[galicarnax.livejournal.com]

А, понятно. Речь, значит, об LTR-транспозонах (Alu, L1, SVA и др. - это non-LTR транспозоны). По данным на 2009 год, транспозоны LTR-типа неактивны в геноме человека, в отличие от non-LTR, которые были зафиксированы в образовании некоторых раков и не только. Видимо, нашлись намеки, что и LTR-ы все-таки активны.

[progenes.livejournal.com]

Вы мне просто целый мир сейчас открываете. Меня 500 000 впечатлили, а на "больше миллиона" я вообще ошашела.

[galicarnax.livejournal.com]

В арабидопсисе разве повтров намного меньше? Или в том же горохе? (Вы ж вроде по растениям в основном)

Идентифицированные повторы составляют около 45% генома человека. Но их наверняка больше, т.к. многие мутировали до неузнаваемости. Наиболее многочисленны non-LTR ретротранспозоны, особенно Alu-повторы - около 1050000 штук, причем они характерны только для приматов.

Надо будет популярно выложить, как руки дойдут. Мне казалось, это широко известные вещи :)

[progenes.livejournal.com]

В арабидопсисе меня транскрипты привлекают, а это уже геномные последыши. Гороховый геном никто в глаза не видел. Если и просеквенируют, то уже после пшеницы. Теоретически я знаю, что есть повторы, а практически никогда не здумывалась. Ужасно интересно. Жду, когда у Вас дойдут руки.

[galicarnax.livejournal.com]

А можно поинтересоваться, что за рассылка позиций?

[progenes.livejournal.com]

На мой взгляд это самый полный базовый сервер, который фильтрует позиции биологии и медицины в Германии из разных источников. http://listserv.uni-heidelberg.de/science-jobs-de/sjd-e.html

Я просто подписалась на мейл-рассылку здесь http://listserv.uni-heidelberg.de/science-jobs-de/sjd-e.html

Но вроде там встречаются не только немецкие позиции.

[progenes.livejournal.com]

Посмотрела в профиле Ваше месторасположение. Смеюсь.

[galicarnax.livejournal.com]

:)