Верхній пост.

[progenes]

Прийшов час поновити верхній пост.

Цьому блогу на момент переїзду на dreamwidth (тобто в 2017 році) виповнилось 10 років. За цей час тут назбиралась чимала колекція пізнавальних дописів, як все ще пізнавальні, хоч з битими лінками і зображеннями. Блог починався російською мовою, а останні декілька років дописи або двома мовами, або українською. В майбутньому блог буде тільки українською.

З самого початку концепція цього блогу була переважно науково-популярна. Такою ми її і залишим. Оскільки я непогано розбираюсь в рослинній біології, то будем вважати це основним фаховим профілем. Приблизно орієнтуватись можна по тегам. 

З часом винесу сюди найважливіші і найцікавіші статті.

А це нехай тут поки що полежить, поки я придумаю, куди його подіти.
Guidance for risk assessment of food and feed from genetically modified plants (EFSA Panel on Genetically Modified Organisms) pdf
Approvals of GMOs in the European Union (Analysis • Global Comparison • Forward Projection • Impacts • Improvements) pdf
A decade of EU-funded GM research  pdf
Transgenic Plants for Food Security in the Context of Development (Study Week on Invitation of the Pontifical Academy of Sciences, Vatican City, May 15 – 19, 2009) pdf
The Impact of Genetically Engineered Crops on Farm Sustainability in the United States  web
The monitoring report of the biotechnology adopted in the 2011/12 crop period in Brazilia pdf
GMO compass  web
GM Approval database ISAAA (the International Service for the Acquisition of Agri-biotech Applications)

Comments

[sowetnik-p.livejournal.com]

Мой френд mc_publisher к мнению коего я прислушиваюсь, посоветовал почитать и зафрендить умных блоггеров-учёных.
Я художник Ёкабака, вот себя изобразил на картинке



Может, правда, нам стоит взаимозадружиться, что на это скажете?

[mr-bison.livejournal.com]

Здравствуйте.
Я тут собирал материал для научной фантастики и с удивлением выяснил, что вопрос о том, зачем с эволюционной точки зрения нужны самцы еще не решен. Или мне неизвестно, что он решен. Основное, что удалось нарыть по этому вопросу это 4-я глава из книги Matt Ridley "The Red Queen" вот тут ее перевод notabenoid.com/book/19422/63793/ready .

Ну и пару статей нарыл вроде:

rspb.royalsocietypublishing.org/content/279/1734/1865
sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519396900892

И если по вопросу полового размножения есть более менее внятные теории en.wikipedia.org/wiki/Evolution_of_sexual_reproduction то с самцами все кажется совсем плохо))

Но я не специалист и поэтому хотел спросить, могли бы Вы прокомментировать эту тему в данном блоге или хотя бы посоветовать пару другую статей последнего времени, где об этом можно было бы почитать?

[lana-il.livejournal.com]

Спасибо за журнал, очень интересный.

[pharmakiller.livejournal.com]

работаю на стрф и давно тусю в ЖЖ, но к сожалению, ваш блог нашел только сейчас.
Приятно познакомиться. Алексей.

[hatmedicine.livejournal.com]

Приятно с Вами познакомиться. Я профессор офтальмолог. Сейчас все представители наук пишут о Хаосе, фракталах. Оказалось, что в основе всех явлений на Земле лежат законы Хаоса. Мы рассматриваем эти законы с точки зрения возникновения заболеваний. Почему при насморке исчезают боли в спине. Почему болит голова и проходит желудок. Почему анальгин лечит от головной боли, а в больших дозах вызывает язву желудка. Те же законы Хаоса у нас и в мышлении и в социальной жизни. Надеюсь на сотрудничество.

[whiskymaker.livejournal.com]

А почему при насморке исчезают боли в спине?

[friendlystrnger.livejournal.com]

И про палитегу: Зеленым капут (http://www.bbc.co.uk/russian/blogs/2013/09/130917_blog_esipov_germany_elections_meat.shtml) - првада что-ли или журналист преувеличивает? :)

[progenes.livejournal.com]

Журналист не то, чтобы преувеличивает, просто не договаривает. Рейтинги зеленых действительно в подвале, но не только из-за одного веганского дня, хотя из-за него тоже. Зеленые еще решили налоги поднять. Ну и сейчас на них ушат помоев вылит по поводу педофильского лобби сто лет назад. Не успеют отмыться до выборов.

[whiskymaker.livejournal.com]

Вопрос 18 - ссылка не работает ((

[barsa-carta.livejournal.com]

и 15 тоже.

[benedict-5265-1.livejournal.com]

Добрый день!
Меня зовут Таня, живу в Киеве. С удовольствием Вас читаю уже пару месяцев. Спасибо, очень интересно.
(Со мной можно не дружить, я не пишу, а только читаю)

[kozlenkoa.livejournal.com]

Добрый день.
Я Козленко Александр, биолог из Киева, http://www.kozlenkoa.narod.ru/.
Один знакомый подкинул задачку, над которой я повозился некоторое время, и решил поделиться с профессионалом)). Есть два варианта условия этой задачи: http://znanija.com/task/3431958 и http://otvet.mail.ru/question/96686038, мало отличающиеся друг от друга.
Я лично считаю ее некорректной по длинному списку причин (во-первых и главных, GURT-технология не использовалась для перекрестно опыляемых растений), но автор, наверное, имеет свое представление о правильных ответах, опирающееся на формальную генетику, которые хотел бы увидеть.
Вариант с цитоплазматическим наследованием придется сразу отвергнуть, так как пыльцой ген ТЕР+ не передавался бы вообще и все обсуждения о проценте перелетевшей пыльцы были бы бессмысленны.
Рассуждаю. У трансгенных организмов аллель ТЕР+ есть, так как его туда вставили, а у растений исходного типа его нет. Аллеля ТЕР- нет вообще. Поэтому признак, обусловленный геном ТЕР+, должен сразу проявляться, т.е. однозначно вести себя как доминантный (хотя, конечно, тут ближе аналогия с истинно сцепленным с полом признаком у гетерогаметного пола). А раз так, то все носители хотя бы одной версии аллеля ТЕР+ стерильны. Но тогда вопрос 1Б ("Если в 2013 г. у Мигеля погибло 75% урожая") невозможен, если не считать невозможных версий посева купленных и своих семян разом.
По косвенным признакам я предполагаю, что автор исходит из рецессивности аллеля ТЕР+ и его действия только в гомозиготе (иначе не понятно, почему произошла эта история: "Компания N провела анализ ДНК на поле Родриго и выявила у части растений ген TER. На основании этого обоих фермеров пытались обвинить в нелицензионном воспроизводстве генетически-модифицированной кукурузы, и иск пришлось забрать из суд"), и все расчеты надо строить именно на этом предположении...
Что скажете?
Заранее большое спасибо)

[progenes.livejournal.com]

Не задачка, а черти что.
>Рассуждаю. У трансгенных организмов аллель ТЕР+ есть, так как его туда вставили, а у растений исходного типа его нет. Аллеля ТЕР- нет вообще. Поэтому признак, обусловленный геном ТЕР+, должен сразу проявляться, т.е. однозначно вести себя как доминантный

Совершенно верно. Трансгенный признак всегда доминантный, поскольку парного аллеля у него нет.

>GURT-технология не использовалась для перекрестно опыляемых растений.

Тут вы не совсем правы. Во-первых, GURT-технология разработана преимущественно для злаковых.

Задачка смешная потому, что действительно автор исходит из моногенного наследоания рецессивного аллеля ТЕР+ и его действия только в гомозиготе.

На самом деле GURT-технология предусматривает встраивание двух-трех генов. Обычно их лелеят в родительских линиях, а потом скрещивают в гибридное потомство (иначе как эти стерильные линии размножать?). Есть вариант с тремя генами (помимо нужного хозяйственно полезного): собственно терминатор, (который "активируется" рекомбиназой), рекомбиназа, (которая репрессируется репрессором) и репрессор рекомбиназы, которая стоит под химически-индуцибельным промотором.

Если пыльца с этой байдой улетит на другое поле, то в следующем поколении будет расщепление по каждому из этих генов (по отдельности сам ген терминатора работать не будет). Судьба дальнейшего поколения зависит от перераспределения генов ТЕР (перманентно выкл), РЕК (вкл в момент запасания) и РЕП (активируется тетрациклином), а перераспределение зависит от того, на каких хромосомах и как далеко друг от дружки на одной хромосоме эта вся байда расположена, то есть от частоты рекомбинации.

Если в F1 у соседа на поле даже и будет обнаружен ген ТЕР (который перманентно выкл) от Монсанты, то все последующие поколения не будут стерильны до скончания века, если их не переопылять с растениями, у которых есть ген РЕК (вкл в момент запасания). Сам по себе ген РЕК тоже стерильности не вызывает.
А и если еще учесть третьего игрока - химически индуцированного репрессора, то надо будет уже смотреть, что там в поколении накомбинировалось.

Но и это еще не все. В условии задачи два взаимоисключающих условия." В 2013 году кукуруза выросла, но ближе к осени выяснилось, что зерна в початках не завязались" и "При этом зародыш семени погибает, но пыльца остается жизнеспособной. "
Зародыш у кукурузы - это только небольшая часть зерна. При использовании GURT технологии зерна нормально завязываются в початках, хоть зародыш и погибает. Просто они потом не прорастают (при условии, что все генетические компоненты имеются в наличии и активированы).

[progenes.livejournal.com]

Это в некотором роде бессмысленное занятие. Потому что fastq это текстовая последовательность сиквенсов. А .bam (бинарная версия от sam, что расшифровывается как Sequence alignment/map ) это текстовая последовательность предварительно сравненных между собой сиквенсов. Поэтому, чтобы получить .bam из fastq, надо взять какую-то программку, например вот эту http://samtools.sourceforge.net/ которая делает alignment, ипортировать в нее fastq, запустить алгоритм сравнивания и сохранить в формате .bam.

[workcour.livejournal.com]

Фантастика!

[sempire.livejournal.com]

Спасибо большое за ваш журнал. Пришёл к вам от Маркова, кажется, по недавнему перепосту.

15. How Are Memories Stored and Retrieved? Как мозг хранит и "читает" воспоминания.
Эта ссылка почему-то не работает.
Может это временно, я потом ещё попробую.

[yugarenritsuo.livejournal.com]

=)

[ariksu.livejournal.com]

Битый линк "кто из учёных ударился в шаманство" должен вести на http://progenes.livejournal.com/tag/новости%20мракобесия. Видимо жж поменял систему кодирования тэгов с момента публикации поста.

P.S. Спасибо вам за ваш блог.

[apotapov777.livejournal.com]

предлагаю взаимную дружбу

[progenes.livejournal.com]

очень надо взаимную? Расскажите о себе.

[mr-bison.livejournal.com]

Если вдруг у Вас окажется немного свободного времени может Вы сможете мне помочь?
Суть вопроса.

Суть такая - между эмбрионом и матерью существует конфликт (http://elementy.ru/news/430816).
----------------------------------------
Предполагается, что геномный импринтинг развился из-за конфликта интересов между полами. У млекопитающих между самкой и ее детенышем во время внутриутробного развития складываются отчасти антагонистические отношения. Говоря упрощенно, эмбрион старается высосать из матери побольше соков, а мать старается сохранить силы и здоровье, чтобы в будущем иметь возможность родить и других детей. Самец в этом конфликте в общем случае — на стороне детеныша. Других детей самка еще неизвестно от кого родит, а этот — свой. Поэтому самцы отключают в своих сперматозоидах те гены, которые защищают мать от чрезмерных притязаний эмбриона, а матери, напротив, отключают в своих яйцеклетках те гены, которые могут эти притязания усилить. Действительно, большинство генов, подвергающихся родительскому импринтингу, так или иначе связаны с внутриутробным развитием, строением плаценты и т. п.

Например, человеческий зародыш получает и от отца, и от матери по одной копии гена IGF2, который кодирует белок, способствующий быстрому росту. В норме отцовская копия этого гена активна, а материнская отключена. В данном случае, как и во многих других, геномный импринтинг работает в точном соответствии с теорией. Мать, отключая в своих яйцеклетках ген IGF2, старается притормозить рост ребенка и тем самым облегчить себе жизнь во время беременности, родов и грудного вскармливания. Отец, снабжая ребенка активной копией гена, напротив, старается ускорить рост эмбриона вопреки «корыстным» интересам матери.
------------------------------------------

Источников по этому делу полно. Но возник такой вопрос. Если плод развивается как-то не так, то организм матери провоцирует выкидыш. Это логично. Зачем тратить кучу ресурсов, чтобы на выходе получить нежизнеспособного или мало-жизнеспособного ребенка? Лучше потом попробовать еще раз и еще лучше с другим здоровым мужиком. Очевидно, что по причине выделенной выше - мужские гены в эмбрионе должны выкидышу активно сопротивляться и пытаться его блокировать. Но что-то я не могу в гугл сколар статей на эту тему найти. Вероятно что-то не так делаю с поисковыми запросами. Может Вы подскажете?

В любом случае спасибо за Ваш блог.

[progenes.livejournal.com]

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19878407

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1420-9101.2009.01874.x/full

Поисковые слова: Genomic imprinting selective abortion

[gegmopo4.livejournal.com]

«новости науки и техники, популяризация науки» в вашем списке уже всё.

Лучше добавьте очень хороший сайт «Антропогенез.ру (http://antropogenez.ru/)» (представительство в ЖЖ — chieffff). Для «Элементы.ру (http://elementy.ru/)» можете добавить трансляцию в ЖЖ: elementy_news.

[progenes.livejournal.com]

Спасибо, добавлю. Они вообще большие молодцы, я их на фб читаю.

[sonia-schneider.livejournal.com]

Замечательно пишете. Часто пользуюсь вашими постами в спорах по научным вопросам.

[anatoligreen.livejournal.com]

Советую в список включить.
http://botalex.livejournal.com/

[yra111.livejournal.com]

Правда что в германии настолько все плохо?
http://www.childfreeplanet.com/forum/viewtopic.php?f=4&t=1056

[naume8.livejournal.com]

Читаю с интересом, спасибо. Зафрендил.

[freverni.livejournal.com]

Сколько можно молчать? Если нашим правителям всё мало власти, денег и народной любви, то при чём тут мы, рядовые хомяки?

[loudurr.livejournal.com]

скажіть, чи у вас раптом не з'явилося фейсбуку?)

Технический вопрос

[alexander papuga (from livejournal.com)]

Добрый вечер, Руслана!

Вы, как человек, имеющий свой Живой журнал и активно в нём пишущий, не подскажете ли, что следует делать, чтобы уничтожить в рамках Интернета вот эту падаль:
http://the-third-way.livejournal.com/ ?

Если не понимаете, то посмотрите на название того журнала.

[lik-mi.livejournal.com]

Добрый день! Очень благодарна редкции, обратившей внимние на ваш интереснейший блог. Спасибо за то, что вы делаете в журнале, хочу вас читать и добавляю в друзья. Удачи вам и прекрасного настроения!