![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
progenesНедавно в дискуссии меня попросили прокомментирвать свежую новость про трансплантацию генома бактерий. Для полного понимания, что на самом деле произошло, необходимо углубиться в личность человека, который это сделал. Основная масса ученых рутинно разгребает горизонтальные пласты, накапливая критическую массу знаний для прорывов. Но есть люди, которые как раз и делают вертикальные прорывы в науке и которых можно пересчитать на пальцах. "Ставить наивные вопросы как раз и есть главный метод продвижения вперед" - Craig Venter.
Крэйг Вентер, институт которого на днях рапортовал о той самой трансплантации генома микоплазмы, согласно рейтингу Time один из сотни наиболее влиятельных людей мира. Ему 60 лет, у него резкий характер и он все еще не .
В 1990 году в Америке стартовал большой Human Genome Project, спонсорированный правительством США и многими неправительственными организациями. Туда было вложено много делег и сил. Метод прочитки генома, "genomе walking" (прогулка по хромосоме), который существовал на то время, даже по самым оптимистически прогнозам требовал не менее 10 лет. Принцип этого метода заключается в том, что за один присест прочитывается очень небольшой кусок, затем из этого уже известного куска выбирается затравка и после этого прочитывается следующий кусок и так далее. Хромосомы человека делились между разными организациями и институтами и начиналась рутинная работа.
Но тут появился Вентер (на тот момент от возглавлял частную компанию Celera Genomics) и предложил принципиально новый метод прочитки "shortgun". Принцип метода заключается в том, что всю ДНК режут разными ферментами в лапшу на короткие куски. И все куски прочитывают (прочитать короткий кусок это вообще не проблема) , но так, чтобы геном "перекрылся" несколько раз. Затем все последовательности закидываются в комьютер, который сбивает их в одну кучу, узнавая перекрывающиеся участки. (Для специалистов: это уже рутинная процедура, называемая assembling into contigs).
Идея проста, как все гениальное. Секвенирование генома завершилось в рекордные сроки, при этом более половины последовательностей ДНК принадлежали самому Вентеру (о своих находках в собственной ДНК Вентер собирается рассказать в книге "А Life Decoded", а я собираюсь рассказать немного попозже в этом блоге). После этого прорыва, Вентер со скандалом уходит из Celera Genomics, оставив рутинщикам дальше ковыряться в других геномах.
Однако очень быстро Вентер ставит перед собой очередной наивный вопрос. А что если процедить пару кубометров океанической воды, выделить из улова ДНК и посмотреть, что там плавает? Вентер организовывает экспедицию на шикарной яхте-лаборатории Sorcerer II и чтобы окончательно насладиться моментом, практически повторяет маршрут Дарвина на Beagle. Про него в то время пишут: "Venter is one of the first to get serious about exploring that world in its totality. This is a guy who thinks big and acts accordingly." Результат экспедиции: открыты и описаны более, чем 1000 новых микроорганизмов и сотни тысяч новых врусов. Работайте рутинщики!
Ах да, про вирусы. Вентера без преувеличения можно назвать прикладным креативным антикреационистом. Тот самый функциональный действующий вирус PhiX174, который собрался из отдельных молекул искусственно в пробирочке, следали как раз в лаборатории Вентера. Но искусственный вирус это все еще не живой организм. Таким образом мы видим, что Вентер взял уверенно курс на "синтетическую биологию" и его определенно занимает идея создания жизни de novo.
С 1992 года Вентер возглавляет The Institute for Genomic Research (TIGR), а в 2004 организовывает The J. Craig Venter Institute(JCVI), и уже в 2007 под его крылом обустраивается Joint Technology Center and the Institute for Biological Energy Alternatives (IBEA), Center for the Advancement of Genomics (TCAG) и The J. Craig Venter Science Foundation. Вот уж действительно thinks big and acts accordingyl!
Именно там был сделан последний прорыв: трансплантация генома бактерии. Зачем это надо? Это все очередные ступеньки к тому самому созданию жизни de novo. Еще относительно недавно, Вентер, со своим другом Смитом (Нобелевским лауреатом) сделали вот что. Они взяли бактерию, кажется это тоже была микоплазма, и стали удалять из нее по очереди "лишние" гены, для того, чтобы определить, что собой представляет "минимальный" геном, который все еще способен вопроизводиться. Это им конечно-же удалось. Минимальный набор содержал 517 генов. Понимаете теперь к чему все эти трансплантации? Получается, что такой (или подобный) геном сожно собрать самому, причем добавить туда по желанию новые гены и придать организму желательные свойства и качества (тут можно пофантазировать какие, например то же производство новых видов топлива. А что может получиться плохое, пусть уже рассуждают этики).
Вопросы для вечерних размышлений: а что будет, если взять этот искусственный геном и трансплантировать в искусственный липидный микропузырь с "первичным" бульоном? "Заработет" ли он, будет ли размножаться? Тогда есть один нюанс: где взять рибосомы (то, что рибосомы могут синтезировать белок на ДНК в пробирке мы уже проходили)? А может существовали эволюционно ранние системы безрибосомального синтеза белка и они просто "потерялись во время эволюции"? А может Вентер что-то похожее уже выловил в океане и что-то знает?
Послушайте Вентера, человека, который thinks big and acts accordingy, раз у нас есть такая возможность.
Крэйг Вентер, институт которого на днях рапортовал о той самой трансплантации генома микоплазмы, согласно рейтингу Time один из сотни наиболее влиятельных людей мира. Ему 60 лет, у него резкий характер и он все еще не .
В 1990 году в Америке стартовал большой Human Genome Project, спонсорированный правительством США и многими неправительственными организациями. Туда было вложено много делег и сил. Метод прочитки генома, "genomе walking" (прогулка по хромосоме), который существовал на то время, даже по самым оптимистически прогнозам требовал не менее 10 лет. Принцип этого метода заключается в том, что за один присест прочитывается очень небольшой кусок, затем из этого уже известного куска выбирается затравка и после этого прочитывается следующий кусок и так далее. Хромосомы человека делились между разными организациями и институтами и начиналась рутинная работа.
Но тут появился Вентер (на тот момент от возглавлял частную компанию Celera Genomics) и предложил принципиально новый метод прочитки "shortgun". Принцип метода заключается в том, что всю ДНК режут разными ферментами в лапшу на короткие куски. И все куски прочитывают (прочитать короткий кусок это вообще не проблема) , но так, чтобы геном "перекрылся" несколько раз. Затем все последовательности закидываются в комьютер, который сбивает их в одну кучу, узнавая перекрывающиеся участки. (Для специалистов: это уже рутинная процедура, называемая assembling into contigs).
Идея проста, как все гениальное. Секвенирование генома завершилось в рекордные сроки, при этом более половины последовательностей ДНК принадлежали самому Вентеру (о своих находках в собственной ДНК Вентер собирается рассказать в книге "А Life Decoded", а я собираюсь рассказать немного попозже в этом блоге). После этого прорыва, Вентер со скандалом уходит из Celera Genomics, оставив рутинщикам дальше ковыряться в других геномах.
Однако очень быстро Вентер ставит перед собой очередной наивный вопрос. А что если процедить пару кубометров океанической воды, выделить из улова ДНК и посмотреть, что там плавает? Вентер организовывает экспедицию на шикарной яхте-лаборатории Sorcerer II и чтобы окончательно насладиться моментом, практически повторяет маршрут Дарвина на Beagle. Про него в то время пишут: "Venter is one of the first to get serious about exploring that world in its totality. This is a guy who thinks big and acts accordingly." Результат экспедиции: открыты и описаны более, чем 1000 новых микроорганизмов и сотни тысяч новых врусов. Работайте рутинщики!
Ах да, про вирусы. Вентера без преувеличения можно назвать прикладным креативным антикреационистом. Тот самый функциональный действующий вирус PhiX174, который собрался из отдельных молекул искусственно в пробирочке, следали как раз в лаборатории Вентера. Но искусственный вирус это все еще не живой организм. Таким образом мы видим, что Вентер взял уверенно курс на "синтетическую биологию" и его определенно занимает идея создания жизни de novo.
С 1992 года Вентер возглавляет The Institute for Genomic Research (TIGR), а в 2004 организовывает The J. Craig Venter Institute(JCVI), и уже в 2007 под его крылом обустраивается Joint Technology Center and the Institute for Biological Energy Alternatives (IBEA), Center for the Advancement of Genomics (TCAG) и The J. Craig Venter Science Foundation. Вот уж действительно thinks big and acts accordingyl!
Именно там был сделан последний прорыв: трансплантация генома бактерии. Зачем это надо? Это все очередные ступеньки к тому самому созданию жизни de novo. Еще относительно недавно, Вентер, со своим другом Смитом (Нобелевским лауреатом) сделали вот что. Они взяли бактерию, кажется это тоже была микоплазма, и стали удалять из нее по очереди "лишние" гены, для того, чтобы определить, что собой представляет "минимальный" геном, который все еще способен вопроизводиться. Это им конечно-же удалось. Минимальный набор содержал 517 генов. Понимаете теперь к чему все эти трансплантации? Получается, что такой (или подобный) геном сожно собрать самому, причем добавить туда по желанию новые гены и придать организму желательные свойства и качества (тут можно пофантазировать какие, например то же производство новых видов топлива. А что может получиться плохое, пусть уже рассуждают этики).
Вопросы для вечерних размышлений: а что будет, если взять этот искусственный геном и трансплантировать в искусственный липидный микропузырь с "первичным" бульоном? "Заработет" ли он, будет ли размножаться? Тогда есть один нюанс: где взять рибосомы (то, что рибосомы могут синтезировать белок на ДНК в пробирке мы уже проходили)? А может существовали эволюционно ранние системы безрибосомального синтеза белка и они просто "потерялись во время эволюции"? А может Вентер что-то похожее уже выловил в океане и что-то знает?
Послушайте Вентера, человека, который thinks big and acts accordingy, раз у нас есть такая возможность.
Tags:
