![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
progenesЯ сейчас не могу писать о научных открытиях, сама долблюсь со своим. Это похоже на американские горки: с утра ничего обнадеживающего - после обеда какие-то волнующие результаты, похоже на детектив. Задним числом могу сказать, что в основном применялся .
Лет пять (а может шесть-семь) назад в нашей лаборатории практически случайно наткнулись на неизвестный ген у ячменя с интересными свойствами. Случайно - это означает действительно случайно. На биочипе засветился странный сигнал, очень сильно и выразительно, причем только в одной ткани семени и в короткий промежуток времени. Посмотрели, что за ген, оказалось, что "неизвестная науке фигня". Тут надо добавить, что если на биочипе появляется интересный сигнал, то это как правило "неизвестная науке фигня". Надо ли говорить, что подобных вышеупомянутому сигналу, было в тот раз довольно много, но руководствуясь какими-то своми интуитивными соображениями (как оказалось в последствии, ошибочными), этот ген выбрали из сотен других и дали мне с приземленной, прагматичной и исключительно технической целью наработать из него белок.
Я взяла последовательность ген и стала его клонировать в вектор и встраивать в бактерии Е.соli. Обычное дело. Белок часто в бактериях нарабатывают. У меня не получилось. Потом опять не получилось. Потом не получилось много раз. Но у меня было чуть-чуть опыта, чтобы догадаться, что это не у меня руки кривые, а что-то с геном не то. И еще было чуток опыта, чтобы придумать, как проверить, чего это он не клонируется. Это я сейчас думаю, что я знала, тогда я случайно решила проверить. Оказалось, что те бактерии, которые несут вставку, благополучно дохнут. Немного повозившись, я таки его добила и наработала белок. На этом, собственно, моя задача и закончилась. Я занялась другими делами.
В это же время работу с геном продолжил коллега. Обычный в таких случаях следующий этап работы - включить или выключить этот ген в растениях. Пока возились с выключением гена в ячмене (а это длительный процесс), решили быстренько включить его в табаке и посмотреть, что получится. Уже было ясно, что ген возможно токсичен, поэтому коллега соорудил хитрую конструкцию. Ген включался только тогда, когда табак напоить алкоголем. Итак, вырос табак. Табак, как табак. Коллега взял лейку с горячительным и полил растение.
Ничего странного не произошло, но табак немного погрустнел и опустилуши листья. "Странно",- подумал коллега, "куда-то подевался тургор". И неаккуратно схватил растение за чуб, чтобы повнимательнее рассмотреть. Растение оказалось в руке и оказалось, что корни у него фактически растворились. Корни первыми хлебнули алкоголя, где и включился зловредный ген. Стало особенно интересно, что это за "едкий" ген, который работает в нормальном здоровом семени ячменя?
Еще интереснее, что подобных этому гену у других растений нет. Сравнительная геномика разводила руками, а поисковый алгоритм утверждал, что если и есть отдаленное сходство, ну очень отдаленное, то скорее с ядом скорпиона. Более того, позже оказалось, что даже не всякий ячмень несет этот ген. Это был почти удар.
Мы помним, что уже начались эксперименты по выключению гена в ячменя, а как можно выключить то, чего, вероятно, нет? После бессонной ночи в холодном поту коллега проверяет, есть ли вообще этот ген в том сорте, который выбрали для экспериментов по выключению? Сорт выбирали по одному признаку - способность к генетической трансформации. Случайно оказывается, что этот сорт все-таки несет этот ген. Эксперименты продолжились.
В общем, кому интересен финал истории, то может посмотреть статью на эту тему. Я не об этом. У меня появился личный челлендж, найти что-то похожее у двудольных растений. Например, у гороха.
Продолжение следует...
Лет пять (а может шесть-семь) назад в нашей лаборатории практически случайно наткнулись на неизвестный ген у ячменя с интересными свойствами. Случайно - это означает действительно случайно. На биочипе засветился странный сигнал, очень сильно и выразительно, причем только в одной ткани семени и в короткий промежуток времени. Посмотрели, что за ген, оказалось, что "неизвестная науке фигня". Тут надо добавить, что если на биочипе появляется интересный сигнал, то это как правило "неизвестная науке фигня". Надо ли говорить, что подобных вышеупомянутому сигналу, было в тот раз довольно много, но руководствуясь какими-то своми интуитивными соображениями (как оказалось в последствии, ошибочными), этот ген выбрали из сотен других и дали мне с приземленной, прагматичной и исключительно технической целью наработать из него белок.
Я взяла последовательность ген и стала его клонировать в вектор и встраивать в бактерии Е.соli. Обычное дело. Белок часто в бактериях нарабатывают. У меня не получилось. Потом опять не получилось. Потом не получилось много раз. Но у меня было чуть-чуть опыта, чтобы догадаться, что это не у меня руки кривые, а что-то с геном не то. И еще было чуток опыта, чтобы придумать, как проверить, чего это он не клонируется. Это я сейчас думаю, что я знала, тогда я случайно решила проверить. Оказалось, что те бактерии, которые несут вставку, благополучно дохнут. Немного повозившись, я таки его добила и наработала белок. На этом, собственно, моя задача и закончилась. Я занялась другими делами.
В это же время работу с геном продолжил коллега. Обычный в таких случаях следующий этап работы - включить или выключить этот ген в растениях. Пока возились с выключением гена в ячмене (а это длительный процесс), решили быстренько включить его в табаке и посмотреть, что получится. Уже было ясно, что ген возможно токсичен, поэтому коллега соорудил хитрую конструкцию. Ген включался только тогда, когда табак напоить алкоголем. Итак, вырос табак. Табак, как табак. Коллега взял лейку с горячительным и полил растение.
Ничего странного не произошло, но табак немного погрустнел и опустил
Еще интереснее, что подобных этому гену у других растений нет. Сравнительная геномика разводила руками, а поисковый алгоритм утверждал, что если и есть отдаленное сходство, ну очень отдаленное, то скорее с ядом скорпиона. Более того, позже оказалось, что даже не всякий ячмень несет этот ген. Это был почти удар.
Мы помним, что уже начались эксперименты по выключению гена в ячменя, а как можно выключить то, чего, вероятно, нет? После бессонной ночи в холодном поту коллега проверяет, есть ли вообще этот ген в том сорте, который выбрали для экспериментов по выключению? Сорт выбирали по одному признаку - способность к генетической трансформации. Случайно оказывается, что этот сорт все-таки несет этот ген. Эксперименты продолжились.
В общем, кому интересен финал истории, то может посмотреть статью на эту тему. Я не об этом. У меня появился личный челлендж, найти что-то похожее у двудольных растений. Например, у гороха.
Продолжение следует...
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2010-10-06 08:15 am (UTC)no subject
Date: 2010-10-06 08:16 am (UTC)no subject
Date: 2010-10-06 09:56 am (UTC)А это, оказывается, лакмусовая бумажка, только мегапиксельная :)
no subject
Date: 2010-10-06 10:01 am (UTC)no subject
Date: 2010-10-06 08:15 am (UTC)no subject
Date: 2010-10-06 09:57 am (UTC)no subject
Date: 2010-10-06 11:09 am (UTC)no subject
Date: 2010-10-06 08:56 am (UTC)no subject
Date: 2010-10-06 09:02 am (UTC)no subject
Date: 2010-10-06 08:58 am (UTC)no subject
Date: 2010-10-06 09:00 am (UTC)no subject
Date: 2010-10-06 09:04 am (UTC)no subject
Date: 2010-10-06 09:22 am (UTC)no subject
Date: 2010-10-06 09:25 am (UTC)no subject
Date: 2010-10-06 09:36 am (UTC)no subject
Date: 2010-10-06 09:41 am (UTC)"Еще интереснее, что подобных этому гену у других растений нет."
(глянув в БЛАСТе)
А вот вроде есть один:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/51038093
И если из него взять кусок, который как раз похож на кусок вашего ячменного белка, то он попадается почаще:
YTKCMKQTAGHDACVKQCMNPHGKCFFGCRRKSTPSMMALADHVNPDRDEDTMTVAAEGA
FLRIMNAVEDHDDYFVQKRNAAGLIGFSCHQKVTAAMRQLAYGIAADALDEYLGIAESTA
FLRIMNAIEDHDDYFVQKRNAAGLIGFSCHQKVTAAMRQLAYGIAADALDEYLGIAESTA
FLRIYDAIKRHDNYFVQRRDGVGKLGLSGLQKMTAAFRMLAYGVPADSTDEYIKIGESTA
FIRVAQAVEAANPYFVQRPDATGKMGLTCLQKCTAANRQLAYGTAADATDEYVRLSESTA
(первый - ваш, потом этот из риса, еще парочка растительных и комарик)
no subject
Date: 2010-10-06 09:53 am (UTC)