![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
progenesЯ тут за работой всех нобелей-шнобелей пропустила. Но у меня есть другие новости.
Геномы секвенировать все еще модно. Создаются консорциумы, которые делят куски генома между собой, секвенируют и празднуют потом. Наш институт тоже отхватил пару хромосом ячменя на прочитку и страшно доволен. Каждый новый прочитанный геном это событие. Результаты пробуют втиснуть в Нейчур - это престижно. Дальше я буду говорить о растительных геномах - мне это ближе.
Пафосный геном
Буквально недавно картофельный консорциум отчитался о прочитке генома картофана. Летом похвастались об этом в Нейчур.
Зачем нам геном картошки:The potato genome sequence provides a platform for genetic improvement of this vital crop.
Геном, как пиар
Где-то год назад прочитан геном какао. Фирма Марс прочитала. Та, которая шоколадные батончики, ну вы в курсе. И что интересно, фирма выложила геном в открытый доступ, что для фирм вроде Марса не совсем характерно. Правда, чтобы получить доступ, надо поклясться, что (внимание, это важно!) слямзив оттуда кусок генома, никто не будет его потом патентовать. В общем это такой симпатичный жест от фирмы с целью предотвратить генное патентование вообще.
Зачем нам геном какао:The release of the cacao genome sequence will provide researchers with access to the latest genomic tools, enabling more efficient research and accelerating the breeding process, thereby expediting the release of superior cacao cultivars.
Геном, как хобби
В тем временем фирма Medicinal Genomics без лишнего шума и помпы и без каких-либо пафосных междусобойчиков прочитала геном конопли. Думаете они в Нейчур написали? А вот и нетушки. Они написали об этом в Amazon, куда выложили в открытый доступ всем любителям конопли. Правда это всего-лишь четыреста миллионов не сбитых в кучу коротких кусков. Хобби-биоинформатики могут сами поковыряться в этом паззле и собрать геном. Есть также вариант предварительного ессемблинга. А если у кого еще есть терпение, то может подождать - осенью обещают выпустить в виде Apps для айпеда.
Зачем нам геном конопли: McKernan hopes his company’s data will help scientists explore a few of the others, and perhaps guide plant breeding programs to generate new Cannabis strains.
Удачи!
Геномы секвенировать все еще модно. Создаются консорциумы, которые делят куски генома между собой, секвенируют и празднуют потом. Наш институт тоже отхватил пару хромосом ячменя на прочитку и страшно доволен. Каждый новый прочитанный геном это событие. Результаты пробуют втиснуть в Нейчур - это престижно. Дальше я буду говорить о растительных геномах - мне это ближе.
Пафосный геном
Буквально недавно картофельный консорциум отчитался о прочитке генома картофана. Летом похвастались об этом в Нейчур.
Зачем нам геном картошки:The potato genome sequence provides a platform for genetic improvement of this vital crop.
Геном, как пиар
Где-то год назад прочитан геном какао. Фирма Марс прочитала. Та, которая шоколадные батончики, ну вы в курсе. И что интересно, фирма выложила геном в открытый доступ, что для фирм вроде Марса не совсем характерно. Правда, чтобы получить доступ, надо поклясться, что (внимание, это важно!) слямзив оттуда кусок генома, никто не будет его потом патентовать. В общем это такой симпатичный жест от фирмы с целью предотвратить генное патентование вообще.
Зачем нам геном какао:The release of the cacao genome sequence will provide researchers with access to the latest genomic tools, enabling more efficient research and accelerating the breeding process, thereby expediting the release of superior cacao cultivars.
Геном, как хобби
В тем временем фирма Medicinal Genomics без лишнего шума и помпы и без каких-либо пафосных междусобойчиков прочитала геном конопли. Думаете они в Нейчур написали? А вот и нетушки. Они написали об этом в Amazon, куда выложили в открытый доступ всем любителям конопли. Правда это всего-лишь четыреста миллионов не сбитых в кучу коротких кусков. Хобби-биоинформатики могут сами поковыряться в этом паззле и собрать геном. Есть также вариант предварительного ессемблинга. А если у кого еще есть терпение, то может подождать - осенью обещают выпустить в виде Apps для айпеда.
Зачем нам геном конопли: McKernan hopes his company’s data will help scientists explore a few of the others, and perhaps guide plant breeding programs to generate new Cannabis strains.
Удачи!
Tags:
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2011-10-07 09:45 am (UTC)no subject
Date: 2011-10-07 09:56 am (UTC)no subject
Date: 2011-10-07 11:49 am (UTC)no subject
Date: 2011-10-07 11:53 am (UTC)no subject
Date: 2011-10-07 11:56 am (UTC)no subject
Date: 2011-10-07 12:18 pm (UTC)no subject
Date: 2011-10-07 09:47 am (UTC)Надо было уж тогда сразу под GPL (http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html). 8)) Даёшь Free Open Source Genome!
no subject
Date: 2011-10-07 09:56 am (UTC)no subject
Date: 2011-10-07 10:06 am (UTC)no subject
Date: 2011-10-07 09:50 am (UTC)no subject
Date: 2011-10-07 09:55 am (UTC)no subject
Date: 2011-10-07 09:57 am (UTC)Мне тут недавно рассказали, что потребление генномодифицированной пищи плохо отражается на геноме потомства, поэтому в Европе все ГМО запрещены к продаже и культивированию.
Вот я до сих пор в шоке и ужасе. Что знакома с Вами - работником категорически запрещенной области.
no subject
Date: 2011-10-08 12:35 pm (UTC)no subject
Date: 2011-10-07 11:03 am (UTC)no subject
Date: 2011-10-07 04:08 pm (UTC)Можно, но зачем?
Лучше вносить изменения в уже работающий, проверенный хороший геном.
Примерно так поступают при создании новой техники (самолеты, автомобили, компьютерная техника и т.д.) Не с нуля разрабатывают, а, изучив имеющиеся модели, берут из них хорошие решения. Очень часто - берут существующую модель и вносят в нее изменения. Это гораздо дешевле, чем все с нуля. И вероятность успеха много выше.
no subject
Date: 2011-10-08 03:37 am (UTC)Про истребители
Date: 2011-10-10 06:55 am (UTC)Например, пока допетрили до "правила площадей", делали корпуса самолётов цилиндрическими, и лишь потом пришли к форме фюзеляжа с сужением, а-ля "бутылка от кока-колы".
no subject
Date: 2011-10-10 12:22 pm (UTC)Сделали Як-15 - Як-3, у которого двигатель заменен на реактивный.
Потом МиГ-9 - уже сразу реактивный. На нем намучились, в частности, выяснили, что при 37-мм пушке, чей ствол выступает вперед, стрельба из пушки может привести к тому, что двигатель глохнет вследствие попадания в воздухозаборник пороховых газов.
Потом МиГ-15.
Развитие МиГ-15 - МиГ-17.
И, наконец, следующая модификация - МиГ-19 - превысила скорость звука.
no subject
Date: 2011-10-10 01:57 pm (UTC)no subject
Date: 2011-10-11 05:55 am (UTC)Потому что себе дороже потом разбираться - работает таки оно - или нет.
А вот если уже более-менее понятно откуда и докуда расположена кодирующая последовательность для белка - тогда её можно снабдить соответствующими кусками для встравания, запуска, отработки конца гена и т.п.
Поэтому, насколько я понимаю, процесс пересборки генома скорее похож на крупноузловую сборку автомобиля.
Хотите салон из кожи? Цвет чёрный металлик?
Да, сейчас, совершенно не проблема.
Двигатель помощнее?
Можно, только надо ещё коробку передач заменить...
Вместо седана сделать хэтчбек?
Блин, сколько же всяких штампов кузова надо переделать... :)
no subject
Date: 2011-10-07 05:47 pm (UTC)хорошая
идея
!
no subject
Date: 2011-10-07 10:15 am (UTC)no subject
Date: 2011-10-07 10:52 am (UTC)Фауст, Фауст...
Date: 2011-10-07 11:51 am (UTC)а вот если пяткой в лоб?
no subject
Date: 2011-10-07 12:11 pm (UTC)no subject
Date: 2011-10-07 01:06 pm (UTC)а на вторую из чертополоха.
no subject
Date: 2011-10-07 12:48 pm (UTC)"Фантазия нашего народа безгранична. Может быть все, что угодно. Гарантий, что в недрах ненаркотической конопли не будут выращивать наркотическую коноплю, никто не даст", - сказал главный нарколог Минздравсоцразвития РФ.
Смотрите оригинал материала на http://www.interfax.ru/society/news.asp?id=211142
тиобромин на стероидах
Date: 2011-10-07 01:13 pm (UTC)Re: тиобромин на стероидах
Date: 2011-10-07 01:17 pm (UTC)проще тогда уже амфетамин сразу
no subject
Date: 2011-10-07 01:20 pm (UTC)Это вот в книжечке такой нашлось, да.
http://www.amazon.de/Biopunk-Scientists-Hack-Software-Life/dp/1617230022/
no subject
Date: 2011-10-07 07:48 pm (UTC)Это если новые геномы читать.
А вот для повторных прочтений - самое оно. Например, индивидуальные геномы читать, искать корреляции вариаций с болезнями, всякое такое. Хотя, большие перестройки напрямую не увидишь.
no subject
Date: 2011-10-07 07:37 pm (UTC)Первый геном рептилии, однако.
no subject
Date: 2011-10-07 07:39 pm (UTC)http://pinegenome.org/
no subject
Date: 2011-10-07 07:55 pm (UTC)Ёлку примерно в 20 гиг оценивают :-/
Их них процентов 90 - повторы...
Амёбу, амёбу расшифруйте!
Date: 2011-10-10 06:59 am (UTC)Re: Амёбу, амёбу расшифруйте!
Date: 2011-10-11 12:15 am (UTC)no subject
Date: 2011-10-08 06:17 pm (UTC)no subject
Date: 2011-10-11 06:09 am (UTC)http://www.nature.com/ng/journal/v43/n10/full/ng.919.html
Но вообще, больше всего я бы хотела однажды увидеть сообщение "учёные определили полную последовательность ядерного генома Paris japonica" :)