Винегрет

[progenes]

1. О КПД:
Знаете ли вы, что из всех спонсорированных бигфрма индустрией клинических исследований по лечению рака публикуется только 5.9%. Из этих 5.9% - 75% сообщают о каких-либо позитивных результатах. Вот, теперь будете знать. Это случается потому, что журналы неохотно публикуют результаты "не получилось", и ученым тоже западло публиковать то, то не получилось. А это надо знать хотя бы потому, чтобы следующий ученый не наступил на те же грабли.

Опять таки, об этом здесь. Отличнейший пример научпопа : просто, иронично, четко и понятно. И вывод оптимистичный: God help us all.

Это я отдохнула после прочтения топ-20 научпопа конкурса Биомолтекст.

2. Кстати, помните, мы там статью разоблачали с копипейстом? Редакция молчит пока. Ну так вот, есть такой блог японский ретракшн вотч. Так там каждый день (!) такие статьи японские раскапывают. И без знания японского можно картинки посмотреть и ужаснуться.

3. Ученые, они вообще изобретательные. Сваяли такую мини чашку Петри с культурой клеток, а над ней присобачили айфон, как камеру. Запихнули это все в инкубатор, подключили к компьютеру и смотрят, как оно в чашке растет. Ляпота! Статья здесь. Видео здесь.
Главное, чтобы в процессе эксперимента не позвонил друган с целью позвать на пиво. А то потом будет или п.1 или п.2.

Это я такой урожай собрала с любименького сайта Лаборжурнала.

Comments

[bret.livejournal.com]

вот ценности последнего изобретения я так и не понял. Оно, конечно, круто смотрится, наверное - батарея айфонов в инкубаторе (мне сложно представить эксперимент, где будут сделаны ценные выводы из наблюдения за единственной чашкой без параллельных контролей) - но что это даёт в реальной практике?

[progenes.livejournal.com]

Ну что там они пишут? low-cost and automated microscopy solution. Все ж дешевле и компактнее, чем микроскоп с камерой. И разрешение приличное.

[bret.livejournal.com]

да, на первый взгляд выглядит хорошо - но в реальности, по-моему, абсолютно непрактично. Микроскоп в большинстве случаев применяют для двух вещей. Наиболее часто - рутинный контроль состояния клеток - взял чашку, посмотрел, поставил обратно. Как доросли до нужного нам состояния - добавляем вещество/плазмиду/т.п., как переросли - рассаживаем. Ну и как тут поможет их устройство? на каждую чашку его налеплять? и каждый раз снимать-одевать? Второй вариант - когда нужно пронаблюдать состояние одной культуры в динамике - wound-healing, миграцию и т.п. Здесь такой девайс более оправдан, не нужно микроскоп занимать всё время. Но если для обычного средней руки эксперимента мы используем, скажем, единственную 6- или 12- луночную плашку, то здесь нам понадобится соответствующее количество айфонов! я уж не касаюсь того, как долго смогут айфоны прожить в атмосфере инкубатора...

[progenes.livejournal.com]

У них в динамике деление клеток и дифференциация.

[the-egghead.livejournal.com]

думаю очень просто научить это устройство самостоятельно определять, когда клетки доросли до нужного состояния. и вообще, новых возможностей очень много получается и с экономической точки зрения очень интересно,в 21 веке неприемлемо тратить время дорогостоящих биолухов на переставление чашек с места на место...
То, что у них есть сейчас - это конечно очень грубый прототип, слепленный из того, что было под рукой - отсюда и подставка из лего, и гуглофон в роли подсветки. Если идея будет работать, найдут инвестора и разработают промышленный образец под себя, при массовом производстве должно очень дешево получиться, тем более что решения наверное будут применяться совсем другие, не лего и не гуглофон точно.

[vitus_wagner]

Видимо, исследование проспонсировано фирмой Apple. Иначе я не могу себп представить почему ивпользуется дорогущий айфон вместо 5-баксовой USB-камеры или хотя бы 50-баксовйо wi-fi веб-камеры.

[progenes.livejournal.com]

5ти баксовая какое разрешение дает? Я не в курсе.

[vitus_wagner]

Их сотни моделей. Наверняка можно подобрать с требуемым разрешением и все равно на порядок дешевле айфона.

[progenes.livejournal.com]

Там ниже открыли глаза http://progenes.livejournal.com/138340.html?replyto=6601572

[fflyingdutchman.livejournal.com]

скорее так: если исследование пойдёт по п. 1, можно скосить ништяков от Эппла :)))

Re: 1. О КПД

[v-s-c.livejournal.com]

По моей практике, если 1 идея из 3-4 срабатывает - это очень хорошо. Я против публикации отрицательных результатов. Крайне сложно разобраться, почему не сработало: то ли руки кривые, то ли идея нерабочая. ;-) Лучше, чтобы много людей независимо попробовали какой-нибуль путь. У одного из многих из-за какой-нибудь незаметной мелочи в методах может сработать. ;-)

Re: 1. О КПД

[bret.livejournal.com]

отрицательные результаты - это ведь не только когда "не сработало". Смотрят, скажем, корреляцию чего-то с чем-то (например, полиморфизма с болезнью) - и нет её. Для публикации это не очень интересно, поэтому такие результаты публикуют обычно "за компанию" с чем-то положительным. Да даже если не сработало - на то и есть "Материалы и методы", чтобы можно было сравнить да посмотреть. В общем, я скорее "за" - а то обидно бывает потратить кучу времени на ненужную возню, чтобы потом узнать случайно в личной беседе, что до тебя ровно то же (и тоже зря) делали другие.

Re: на то и есть "Материалы и методы"

[v-s-c.livejournal.com]

В "Материалах и методах", даже когда все получилось, всего не опишешь, типа: а вот здесь я эту железку держал двумя пальцами и тянул чуть на себя и против часовой стрелки, если смотреть со стороны носа животного, а наш аспирант вот этот винтик крутил с такой-то скоростью. ;-)

Re: на то и есть "Материалы и методы"

[shvarz.livejournal.com]

Это применимо ко всем исследованиям, даже к тем, что сработали.

Re: 1. О КПД

[progenes.livejournal.com]

Да ясно, что сложно разобраться почему не сработало. А я бы от такого склада негодных вещей не отказалась: вот мы сделали так-то и так-то и у нас не получилось вообще. Может быть плохой дизайн эксперимента, может руки кривые, может идея нерабочая - хотите сами разбирается и повторяйте.

Re: 1. О КПД

[tari-bird.livejournal.com]

ну да! иначе это уж просто бездарное разбазаривание времени и сил

я прям даже возмущена :)))

[anitka-rr.blogspot.com (from livejournal.com)]

они из лего подставку сделали!? :))

[progenes.livejournal.com]

ДА!

[anitka-rr.blogspot.com (from livejournal.com)]

cool! :)

[sapsilma.livejournal.com]

да, я вот тоже умилилась :-) надо ребенку показать, что ли.

[k-e-s-a-k-k-o.livejournal.com]

Я, конечно, совсем не специалист ни в айфонах, ни в выращивании бактерий...но... Почему они телефон камерой вверх положили? Они что снимают в итоге? Маленькую чашечку или сам инкубатор?

[progenes.livejournal.com]

Я еще меньше понимаю "We used the LED screen of a smartphone as the scanning light source."

[bret.livejournal.com]

дык, они же не смартфоном снимали, а микрокамерой (5 мегапиксельной, вот этой моделью (http://www.aptina.com/products/image_sensors/mt9p031i12stc/#overview)). А смартфон им был нужен только в качестве подсветки - просто потому, что обычные источники - точечные, и дают неравномерный поток света.

[progenes.livejournal.com]

Фигасе "лампочка".

[toothedgoo.livejournal.com]

Не просто лампочка, а подвижная лампочка без движущихся частей.

[k-e-s-a-k-k-o.livejournal.com]

"Семён-Семёёёёёёныч" =) И всё равно, дороговата как-то подсветочка

[vitus_wagner]

Тоже непонятно, зачем брать такой дорогой смартфон. Сгодилась бы любая китайская поделка на андроиде или симбиане. В том числе и устаревшая на несколько лет. Или даже устаревший на десяток лет ноутбук, который либо находится на чердаке у кого-то бесплатно, либо берется на ближайшем flea market за 5 баксов.

[bret.livejournal.com]

эммм... запихивать ноутбук в инкубатор это как-то чересчур :)

[toothedgoo.livejournal.com]

Им как раз точечный был нужен, но подвижный, для их хитрооптического метода.

[racoonbear.livejournal.com]

Главное не забыть эту культуру в чашке Петри. А то можно дождаться, что она сама позвонит и на пиво пригласит )

[progenes.livejournal.com]

Ага. Был когда-то смешной комикс. Ученый заглядывает в микроскоп и кричит "АААА!!! Клетки!". А с предметного стекла реплика "АААА!!Глаза!"

[shao-s.livejournal.com]

Это случается потому, что журналы неохотно публикуют результаты "не получилось", и ученым тоже западло публиковать то, то не получилось.

Есть на эту тему выход. И давно. Просто многие леняться поискать :о)

1. Journal of Negative Results (http://www.jnr-eeb.org/index.php/jnr)

2. Journal of Negative Results in BioMedicine (http://www.jnrbm.com/)

[progenes.livejournal.com]

Черт, а я только что придумала название журнала "Журнал негативных результатов или Мусорник".

[fp7-bio-ru.livejournal.com]

Упс, опередили.

Воя в печали.

[sgustchalost.livejournal.com]

1. Знаете ли вы, что в случае спонсорированных индустрией клинических исследований стандартный договор предусматривает разрешение спонсора на опубликование результатов? И на негативные - они оочень редко дают.
Можно пойти на принцип и устроить войнушку, но есть опасность попасть в черный список.
поэтому если фарма ведет себя минимально прилично (как она обычно и делает) и не двигает дальше неудачное лекарство - этим и довольствуются, увы.

2. О япошках. Как они там фудзияму-то мочат! Любо!

3. Нэнавижу! Загрыз бы их всех стертыми зубами!! Я сам такие камерки делал и time-lapse фильмы снимал. Только в 70-х снимальный киноагрегат весил 100 кг, состоял из 1000 требующих наладки частей, а пленку 35 мм надо было на Мосфильме проявлять. А в 80-х, когда я был временно богатенький, нужный видеомагнитофон делали по спецзаказу в Англии фунтов так за 20000 минимум.

Re: Воя в печали.

[progenes.livejournal.com]

1. Ладно там бигфарма с разрешениями. И без бигфарма все как-то странно: Only 17.6% were published, but 64.5% of those reported positive results.
2. О да.
3. Да, понты, согласна. Мы, кстати, для измерения арабидопсисных семян обычный сканер приспособили. Так я скажу не хуже любого микроскопа, а в чем-то даже и лучше.

Re: Воя в печали.

[sgustchalost.livejournal.com]

Я в 90-х ИФА-плашки на ксероксе снимал.
Если надо только полож и отр - отлично разрешаются при правильно поставленных настройках.
1 сек - и разом десяток плашек померяны и задокументированы.

[kirrr.livejournal.com]

только это, на минуточку, не айфон, а гуглфон (Nexus S). А держатель из Лего это круто!
А про негативные результаты это да, но зря он только журналы за это гнобит, заказчики тоже того. Но это нам, физикам, хорошо, не нашел ничего в эксперименте, дык хоть upper (lower) limit посчитал :-)

[kondybas.livejournal.com]

Народ из ЛЕГО такие вещи сооружает - уму нерастяжимо. Нынешний ЛЕГО - это не только кубики, там еще и приводы, датчики и программируемые контроллеры.

[kirrr.livejournal.com]

о да! Мои дети Лего-фильмы на Ютюбе очень любят (ну и я тоже :-))

[cn-mangetsu.livejournal.com]

О, статейка от Голдакра! Спасибо.

[progenes.livejournal.com]

Да-да, Голдакр это сила.

[polryby4.livejournal.com]

Для фармы интересны не столько публикации, сколько разрешения к применению. При этом соответствующие authorities разбирают все имеющие отношение данные по косточкам - анализ гораздо более глубокий, чем при публикации в журнале. Фарме самой выгодно остановить разработку неработающего препарата как можно раньше, чтобы не тратить лишние деньги на разработку препарата, который все равно быстренько отзовут с рынка при наличии проблем.

[toothedgoo.livejournal.com]

Разоблачение - это про китайцев? Так вроде бы еще до него китайцы признались редакции, что перепутали картинки, а редакция кому-то из жаловавшихся.

[progenes.livejournal.com]

да, но редакция в таких случаях должна что-то вроде эратума тиснуть. А то нехорошо получается.

[klavr.livejournal.com]

В статье Глаголева про стволовые клетки порадовало "печатание органов на струйном принтере".

Journal of Negative Results in BioMedicine

[fp7-bio-ru.livejournal.com]

Journal of Negative Results in BioMedicine is an open access, peer-reviewed, online journal that promotes a discussion of unexpected, controversial, provocative and/or negative results in the context of current tenets.
http://www.jnrbm.com/

Re: Journal of Negative Results in BioMedicine

[progenes.livejournal.com]

Было выше