![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
progenesПо следам китайской публикации решила еще раз сказануть. Что следует знать о микроРНК и как следует относиться к научным публикациям вообще.
Как все начиналось.
История открытия микроРНК еще довольно свежа. Что известно о них? Напомню, с ДНК считывается мРНК (не микроРНК, а просто мРНК, то есть матричная! ), с которой считывается белок.
Но обнаружили хитрую матричную РНК, которая сначала выглядит как" нормальная" матричная РНК, но которая не транслируется (с нее не считывается белок). Обнаружить таку мРНК довольно просто: если загнать нуклеотидную последовательность в программу перевода в аминокислотную, то никакого белка не получается - сплошные точки (стоп-кодоны). Позже обнаружили, что участки такой мРНК (которая одноцепочечная), "схлопываются" комплементарно, образуя короткие двуцепочечные шпильки, режется (процессируется) и для чего-то такие шпильки вероятно нужны. Назвали их микро РНК (ну шпильки короткие, поэтому микро). Этого момента читаем внимательно и перестаем путать мРНК и микроРНК.
Позже открыли целый молекулярный путь с участием многих компонентов. В одном из вариантов эти шпильки "подплывают" (простите за безбожное упрощение) к нормальной мРНК, но не просто какой-то, а к целевой, к которой они способны комплементарно "прилипнуть", причем не сами "подплывают", а в компании целым белковым комплексом по имени RISC. После прилипания происходит деградация целевой мРНК и белок с нее считываться не может. Примерно вот так (подвалила к хорошей мРНК компания белков с детектором-микроРНК, распознала и убила):
Как определить целевую мРНК, которую собирается разрушить микроРНК? Очевидно, что у целевой мРНК и микроРНК должны быть комплементарные участки. Это можно попробовать предсказать с помощью компьютерных программ. Предсказали целую кучу, пронумеровали, создали список и проверяют теперь по одному. Вот с указанной в рисовой статье MIR168a были непонятки. Мишенью MIR168a предположительно считался ген, который регулирует саму машинерию распознавания целевого гена. На картинке комплекс RISC (внизу, серый такой). Там есть белок Argonaute. Вот считалось, что MIR168a "убивает" мРНК этого Argonaute и регулирует свою же машинку, хотя вопрос, что же она еще может регулировать оставался открытым.
Предположительная реконструкция событий.
В опциях сравнительного анализа последовательностей в геномных базах даных по дефолту гордо на первом месте стоит геном человека, мышей, дрозофилы и другой нечисти. Нам, бедным растительным родственникам, надо бдить и ставить галочки в окошко "сравнить с растительными геномами". Другой раз в спешке забываешь и созерцаешь волшебные результаты сравнения фотосинтетических генов в человеческими. Ну так вот. Теперь вот у меня есть предположение, что какой-то любопытный (или просто неаккуратный) студент взял и сравнил последовательность рисовой MIR168a с базой данных человеческих генов. Другой бы чертыхнулся, плюнул и "перебластил" (это так называется). А этот смотрит - йоооо, рисовый MIR168a "узнает" какой-то человеческий ген! Присмотрелся... йооо. Липопротеиновый рецептор! А что, если...??? Начался эксперимент, результаты которого мы могли созерцать в статье.
Как тут пришел док и чуть все не испортил.
Что же обнаружилось (помимо всего прочего)? Это о картинке из-за котрой разгорелся сыр-бор. Гипотеза: рисовые MIR168a узнают мРНК рецепторов липопротеинов у мышей и разрушают ее. Эксперимент: Покормили мышей нормальной диетой, дали рис с какой-то РНК (как контроль - инъекция в кровь) и дали рис с РНК (инъекция), которая по идее "уничтожает" MIR168a. Проверили количество белка рецепторов липопротеинов. Нормальная диета - рецепторы на месте, рис - рецепторов мало, рис с контрольной РНК - рецепторов мало, рис с РНК, которая "уничтожает" MIR168a - рецепторы опять на месте. Все хорошо, но надо контроль общего количества белка. В даном случае - актин. Контроль в статье оказался "чужой", так что ставились под сомнения все выводы. Теперь, после того, как док строго ткнул пальцем, как бы опять правильный. Скептиками предлагается сходить на сайт и посмотреть еще много таких результатов и убедиться, что в статье поместили самый лучший и красивый.
Откровенно говоря шансов, что статью отзовут по такому "незначительному" поводу было мало. Во-первых, в корне идея сама по себе здравая и китайцы свое первенство вряд ли отдадут. Кроме того, мало кто обратил внимание, что в том же номере опубликована статья двух французов, где воспевается ода вышеупомянутой китайской статье. Это как бы цемент в фундамент.
Но можем лы мы верить этой статье?
Нууу... Научные результаты всегда надо рассматривать в контексте. Во-первых, пока не доказано обратное или не перепроверено еще кем-то, то в этом промежутке времени у нас нет другого выхода, нежели принять эти результаты как рабочие с определенной долей скепсиса. Дальше происходит вот что. Научный поиск - это как рост дерева. Кто-то "выращивает" новые пути, кто-то готовит "меристему" для этой новой ветки, а кто-то просто загущает крону. Каждая новая статья с новыми результатами вплетается дискуссией в старые ветки. Если идея оказалась тупиковой, то ветка отсыхает - статью просто не цитируют в лучшем случае. В худшем - результаты опровергают. Иногда некоторые направления просто "забываются" - было модно одно, но вдруг все ломанулись ковыряться в миРНК. Случается, нахожу "забытые" гены, к которым утрачен интерес много лет назад, их больше никто не исследует и никто о них не пишет, хотя функция не изучена совершенно. Приоритеты часто определяются авторитетностью ученого, шансами получить финансирование, присобачить открытие на практике и просто модой. Иногда целое стадо ученых летит в тупик с большой скоростью, иногда один делает вдруг открытие, которое долго торчит голой веткой, незаслуженно не распознанное другими. Значит его время еще не пришло, а может и вовсе никогда не придет.
На мой взгляд идея с растительными миРНК, которые регулируют работу наших генов довольно здравая, даже если эти результаты не выглядят достаточно убедительными. Возможно, что после перепроверок они никогда не будут выглядеть так, как в этой статье, а как-то иначе. Вполне вероятно, что это тоже тупик. Но сейчас туда ломанется стадо ученых (гарантирую) и примерно лет через 5-6 мы увидим 5% результатов клинических исследований, из которых 75% будут положительными.
Как все начиналось.
История открытия микроРНК еще довольно свежа. Что известно о них? Напомню, с ДНК считывается мРНК (не микроРНК, а просто мРНК, то есть матричная! ), с которой считывается белок.
Но обнаружили хитрую матричную РНК, которая сначала выглядит как" нормальная" матричная РНК, но которая не транслируется (с нее не считывается белок). Обнаружить таку мРНК довольно просто: если загнать нуклеотидную последовательность в программу перевода в аминокислотную, то никакого белка не получается - сплошные точки (стоп-кодоны). Позже обнаружили, что участки такой мРНК (которая одноцепочечная), "схлопываются" комплементарно, образуя короткие двуцепочечные шпильки, режется (процессируется) и для чего-то такие шпильки вероятно нужны. Назвали их микро РНК (ну шпильки короткие, поэтому микро). Этого момента читаем внимательно и перестаем путать мРНК и микроРНК.
Позже открыли целый молекулярный путь с участием многих компонентов. В одном из вариантов эти шпильки "подплывают" (простите за безбожное упрощение) к нормальной мРНК, но не просто какой-то, а к целевой, к которой они способны комплементарно "прилипнуть", причем не сами "подплывают", а в компании целым белковым комплексом по имени RISC. После прилипания происходит деградация целевой мРНК и белок с нее считываться не может. Примерно вот так (подвалила к хорошей мРНК компания белков с детектором-микроРНК, распознала и убила):
Как определить целевую мРНК, которую собирается разрушить микроРНК? Очевидно, что у целевой мРНК и микроРНК должны быть комплементарные участки. Это можно попробовать предсказать с помощью компьютерных программ. Предсказали целую кучу, пронумеровали, создали список и проверяют теперь по одному. Вот с указанной в рисовой статье MIR168a были непонятки. Мишенью MIR168a предположительно считался ген, который регулирует саму машинерию распознавания целевого гена. На картинке комплекс RISC (внизу, серый такой). Там есть белок Argonaute. Вот считалось, что MIR168a "убивает" мРНК этого Argonaute и регулирует свою же машинку, хотя вопрос, что же она еще может регулировать оставался открытым.
Предположительная реконструкция событий.
В опциях сравнительного анализа последовательностей в геномных базах даных по дефолту гордо на первом месте стоит геном человека, мышей, дрозофилы и другой нечисти. Нам, бедным растительным родственникам, надо бдить и ставить галочки в окошко "сравнить с растительными геномами". Другой раз в спешке забываешь и созерцаешь волшебные результаты сравнения фотосинтетических генов в человеческими. Ну так вот. Теперь вот у меня есть предположение, что какой-то любопытный (или просто неаккуратный) студент взял и сравнил последовательность рисовой MIR168a с базой данных человеческих генов. Другой бы чертыхнулся, плюнул и "перебластил" (это так называется). А этот смотрит - йоооо, рисовый MIR168a "узнает" какой-то человеческий ген! Присмотрелся... йооо. Липопротеиновый рецептор! А что, если...??? Начался эксперимент, результаты которого мы могли созерцать в статье.
Как тут пришел док и чуть все не испортил.
Что же обнаружилось (помимо всего прочего)? Это о картинке из-за котрой разгорелся сыр-бор. Гипотеза: рисовые MIR168a узнают мРНК рецепторов липопротеинов у мышей и разрушают ее. Эксперимент: Покормили мышей нормальной диетой, дали рис с какой-то РНК (как контроль - инъекция в кровь) и дали рис с РНК (инъекция), которая по идее "уничтожает" MIR168a. Проверили количество белка рецепторов липопротеинов. Нормальная диета - рецепторы на месте, рис - рецепторов мало, рис с контрольной РНК - рецепторов мало, рис с РНК, которая "уничтожает" MIR168a - рецепторы опять на месте. Все хорошо, но надо контроль общего количества белка. В даном случае - актин. Контроль в статье оказался "чужой", так что ставились под сомнения все выводы. Теперь, после того, как док строго ткнул пальцем, как бы опять правильный. Скептиками предлагается сходить на сайт и посмотреть еще много таких результатов и убедиться, что в статье поместили самый лучший и красивый.
Откровенно говоря шансов, что статью отзовут по такому "незначительному" поводу было мало. Во-первых, в корне идея сама по себе здравая и китайцы свое первенство вряд ли отдадут. Кроме того, мало кто обратил внимание, что в том же номере опубликована статья двух французов, где воспевается ода вышеупомянутой китайской статье. Это как бы цемент в фундамент.
Но можем лы мы верить этой статье?
Нууу... Научные результаты всегда надо рассматривать в контексте. Во-первых, пока не доказано обратное или не перепроверено еще кем-то, то в этом промежутке времени у нас нет другого выхода, нежели принять эти результаты как рабочие с определенной долей скепсиса. Дальше происходит вот что. Научный поиск - это как рост дерева. Кто-то "выращивает" новые пути, кто-то готовит "меристему" для этой новой ветки, а кто-то просто загущает крону. Каждая новая статья с новыми результатами вплетается дискуссией в старые ветки. Если идея оказалась тупиковой, то ветка отсыхает - статью просто не цитируют в лучшем случае. В худшем - результаты опровергают. Иногда некоторые направления просто "забываются" - было модно одно, но вдруг все ломанулись ковыряться в миРНК. Случается, нахожу "забытые" гены, к которым утрачен интерес много лет назад, их больше никто не исследует и никто о них не пишет, хотя функция не изучена совершенно. Приоритеты часто определяются авторитетностью ученого, шансами получить финансирование, присобачить открытие на практике и просто модой. Иногда целое стадо ученых летит в тупик с большой скоростью, иногда один делает вдруг открытие, которое долго торчит голой веткой, незаслуженно не распознанное другими. Значит его время еще не пришло, а может и вовсе никогда не придет.
На мой взгляд идея с растительными миРНК, которые регулируют работу наших генов довольно здравая, даже если эти результаты не выглядят достаточно убедительными. Возможно, что после перепроверок они никогда не будут выглядеть так, как в этой статье, а как-то иначе. Вполне вероятно, что это тоже тупик. Но сейчас туда ломанется стадо ученых (гарантирую) и примерно лет через 5-6 мы увидим 5% результатов клинических исследований, из которых 75% будут положительными.
Tags:
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2011-11-10 10:39 am (UTC)Я последнее время постоянно беру на себя роль такого специального сонного дурака, который ходит и объясняет всем умным людям, чего, с его точки зрения, может показаться непонятным в их рассказах. Так вот, мне кажется, что тут есть вот какая опасность запутать читателей: человек, когда видит в первой строчке слово "микроРНК", а потом сразу "мРНК", может сначала подумать, что это одно и то же
no subject
Date: 2011-11-10 10:43 am (UTC)no subject
Date: 2011-11-10 10:56 am (UTC)no subject
Date: 2011-11-10 11:05 am (UTC)оффтопик
Date: 2011-11-11 05:47 am (UTC)На последнем слове вспомнил название группы Einstürzende Neubauten.
Re: оффтопик
Date: 2011-11-11 05:49 am (UTC)Re: оффтопик
Date: 2011-11-11 05:59 am (UTC)Re: оффтопик
Date: 2011-11-11 06:01 am (UTC)Педивикия гласит "Название «Einstürzende Neubauten» переводится как «обрушивающиеся новостройки» или «разрушающиеся новостройки»." Что б мы без неё делали :)
Re: оффтопик
Date: 2011-11-11 06:16 am (UTC)Re: оффтопик
Date: 2011-11-18 02:53 pm (UTC)no subject
Date: 2011-11-10 12:35 pm (UTC)no subject
Date: 2011-11-10 01:48 pm (UTC)Верно, но...
Date: 2011-11-10 02:33 pm (UTC)Re: Верно, но...
Date: 2011-11-10 02:36 pm (UTC)Re: Верно, но...
Date: 2011-11-10 02:40 pm (UTC)Гормоны, антитела, даже глюкоза какая-нибудь - это, конечно, все тоже информация в некотором смысле. Но их действие в значительной мере опосредовано реакцией иммунной, эндокринной, пищеварительной систем.
Re: Верно, но...
Date: 2011-11-10 02:44 pm (UTC)Re: Верно, но...
Date: 2011-11-10 03:21 pm (UTC)Целых два шага. И каждый со своей системой регуляции, включающей десятки молекул. И реакция будет типовая на разные сигналы.
А тут одна непосредственная молекуляраня цель.
Меняет ли это что-то в корне, не знаю, конечно. Посмотрим.
Re: Верно, но...
Date: 2011-11-10 03:26 pm (UTC)no subject
Date: 2011-11-10 12:42 pm (UTC)Кстати, а что есть почитать про генетику, написанное в стиле "для-чайников-со-свистком"? Я бы с удовольствием освежила знания.
no subject
Date: 2011-11-10 01:50 pm (UTC)no subject
Date: 2011-11-10 02:57 pm (UTC)"Как тут пришел док и чуть все не испортил."
"Покормили мышей нормальной диетой, дали рис с какой-то РНК (как контроль - инъекция в кровь)"
Рис с РНК - ненормальная диета? Значит нормальная - просто рис, без РНК? РНК какого типа (мРНК, микроРНК, или еще какая, или неважно?) Иньекция в кровь чего? Контроль чего?
"Нормальная диета - рецепторы на месте, рис - рецепторов мало"
Вывод - рис уменьшает кол-во рецепторов? Почему?
"надо контроль общего количества белка" - всего белка - или какого-то определеного(актина?) в клетке, или где?
Если дело просто в подмене контроля - имхо можно было более схематично обрисовать сам опыт (контроль он и в любом другом опыте контроль).
no subject
Date: 2011-11-10 03:13 pm (UTC)Нормальная диета - не рис, а, скажем, "разнообразное полноценное питание". Все рецепторы на месте.
Рис (напомню, в нем микроРНК по умолчанию) - уже опыт. Рецепторов меньше.
Рис плюс какая-то некодирующая РНК в кровь - еще один контроль для чего, сейчас скажу. Рецепторов по прежнему меньше.
Рис плюс анти-микро-РНК в кровь - опять опыт. Эта анти-микро-РНК по идее убирает микроРНК из крови, которые попали туда вместе с рисом. Опять все рецепторы на месте.
Вывод 1: вероятно "нечто" (предположительно микроРНК) в рисе приводит к уменьшению количества рецепторов.
вывод 2. Эффект этого "нечто" убирается с помощью целевых анти-микроРНК агентов.
вывод 3. Вероятно, что микроРНК и есть это "нечто".
no subject
Date: 2011-11-10 03:28 pm (UTC)no subject
Date: 2011-11-10 05:49 pm (UTC)А вы скажите мне, братья-граждане (С)...
Date: 2011-11-10 02:13 pm (UTC)Re: А вы скажите мне, братья-граждане (С)...
Date: 2011-11-10 02:30 pm (UTC)Re: А вы скажите мне, братья-граждане (С)...
Date: 2011-11-10 02:58 pm (UTC)Re: А вы скажите мне, братья-граждане (С)...
Date: 2011-11-10 03:57 pm (UTC)Re: А вы скажите мне, братья-граждане (С)...
Date: 2011-11-10 02:34 pm (UTC)no subject
Date: 2011-11-10 02:54 pm (UTC)no subject
Date: 2011-11-10 03:04 pm (UTC)no subject
Date: 2011-11-10 03:28 pm (UTC)no subject
Date: 2011-11-10 07:49 pm (UTC)no subject
Date: 2011-11-11 08:51 am (UTC)no subject
Date: 2011-11-11 02:04 pm (UTC)no subject
Date: 2011-11-11 02:18 pm (UTC)no subject
Date: 2011-11-12 08:34 am (UTC)Предположительная реконструкция событий.
Date: 2011-11-11 09:11 pm (UTC)Они сначала "нашли" в человеке эту растительную микроРНК, а потом проверили несколько кандидатов, с которыми она имела хоть немного сходства.
no subject
Date: 2013-12-12 07:24 pm (UTC)Правда речь не о печени, а о фибробластах и HCMV. Но было бы желание.