![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
progenesПока вы тут в интернетах прохлаждаетесь, я сначала прошвырнулась по делам в Мюнхен, а затем сюда на горку с детьми покататься. Так что теперь, посвежевшая и отдохнувшая на четвереньках, с синяками и дрожащими коленями, но способная свернуть горы одной лыжной палкой, опять в эфире.
Тем временем из мутных вод поднялись на поверхность микроРНК. Вот док пишет, а тут Денис. Люди волнуются, как бы опять ГМО не приплели. Я сейчас отведу подозрения и переключу внимание. Смотрите, что там кроме пчел понаходили - микроРНК бактерий и грибов. Догадываетесь, куда клоню? Это ж паразиты! Плесень! Эти микроРНК вполне способны вдохнуть в антипаразитарное народное движение новую живительную силу.
Если серьезно, то статья в PlosONE взывает сильное разочарование. Я сейчас объясню .почему
Я не зря предсказывала, что сейчас туда ломанется народ. Это очень интересная тема, но при этом технически довольно простая. Надо образец ткани, выделить из нее микроРНК (это несложно, хоть и требует прилежания и аккуратности, но возможно даже студенту), отдать на прочитку (тоже несложно, это уже сервис за деньги) и прочитанные результаты собрать воедино и поанализировать с помощью головы биоинформатика. Это тоже не очень сложно.
Весь цимес должен заключаться в элегантности гипотезы и дизайне эксперимента. А что у нас на выходе в статье? Дизайна никакого нет. Есть 9 образцов плазмы крови, причем часть образцов от раковых пациентов. Вы спросите, причем тут рак? Я вам скажу почему. Потому что скорее всего искали маркерные раковые микроРНК. Но в процессе поиска уже при сложении паззла кучу нуклеотидных последовательностей выбрасывали как непонятные, подозрительные на техническую ошибку и просто неопределенные. На сей раз просто решили присмотреться повнимательнее и обнаружили там кучу бактериальных кусков. (Подумаешь, у нас вон геном зверобоя читают. Там столько генома кишечной полочки начитали, что пора скрытую камеру в туалете ставить). В общем, помудрили с фильтром так и сяк и решили, что это не загрязнение.
Я, кстати, верю, что не все техническое загрязнение, но доказательные методы в статье не совсем убедительные. Например, To eliminate the possibility of bacteria and fungi contamination during plasma preparation and handling, we generated sequencing libraries from other types of samples including human tissue (commercially obtained normal lung RNA), bovine milk (commercial whole milk), and mouse plasma (C57BL/6J), and proceeded through the same analysis scheme. Поверьте мне на слово, если взять 10 совершенно одинаковых образцов одной и той же ткани и одновременно выделять РНК одним и тем же методом, то все-равно почти наверняка одна проба будет пустая, в одной РНК повалится, а в одной не растворится. Немного преувеличиваю, но такое тоже случается. То есть можно и нужно перепроверять, но это вовсе не будет полностью eliminate the possibility of contamination, а всего лишь немного снижать такую вероятность.
Допустим, нашли какие-то конкрентные микроРНК и появилась гипотеза про коммуникацию микробиома с организмом. Очень замечательная гипотеза. Но надо ж проверить? Давай проверять экспрессию генов. Для этого взяли.. Нет, не организм, а клеточную культуру. Нет, не человека, а мышки. Нет, не нормальной, а мутированной по хитрому гену, который процессирует эти микроРНК. И проверили экспрессию 44 тыщ генов этой клеточной мышиной линии на микрочипе. Один раз. Без технических и биологических повторов. Поэтому в материалах и методах этот технический подход как бы описан, а результатов нет. Я многое уже видела, но в журнале такого уровня - впервые.
Но все ж, из 44 тыщ генов что-то там как-то не так экпрессировалось. Затем это (неизвестно, что) как бы перепроверили количественным ПЦРом 3 (три) гена (из 44 тыщ). Уже даже три повтора есть, при этом пишут, что независимый как бы повтор, но технический или биологический - умалчивают. Что за гены - непонятно. То есть я знаю, что за гены, но в контексте дискуссии это вообще никак не обсуждается. Даные представлены в виде логарифмированной разницы. То есть абсолютные замеры спрятаны так, что их уже не найти. Откровенно говоря, вообще непонятно, зачем было упоминать использование биочипа и зачем вообще был этот ПЦР.
Короче, если убрать лишние спекуляции, то выводы статьи такие - есть какие-то чужеродные микроРНК в человеческой плазме крови. Часть из них явно не загрязнение. На мышиной клеточной культуре какие-то гены меняют экспрессию в ответ на присутствие трех разных микроРНК. Все. То есть это побочная отрыжка от каких-то левых исследований без ощутимого познавательного эффекта.
Тем не менее, прекрасная идея лежит на поверхности, но требует немного воображения и старания. Известно, что наборы микрофлоры у людишек подчиняются каким-то конкретным правилам. Те, кто сахар жрет, у тех одни бактерии вроде Prevotella преобладают, а те, кто на белки налегает, у тех Bacteroides. Вот взять бы пациентов осмысленно, побольше, чтобы статистически убедительно. Покормить их подольше конкретной диетой. Пособирать у них кровь регулярно много раз. Посмотреть, как оно меняется в динамике и меняется ли вообще. Это было бы интересно.
Тем временем из мутных вод поднялись на поверхность микроРНК. Вот док пишет, а тут Денис. Люди волнуются, как бы опять ГМО не приплели. Я сейчас отведу подозрения и переключу внимание. Смотрите, что там кроме пчел понаходили - микроРНК бактерий и грибов. Догадываетесь, куда клоню? Это ж паразиты! Плесень! Эти микроРНК вполне способны вдохнуть в антипаразитарное народное движение новую живительную силу.
Если серьезно, то статья в PlosONE взывает сильное разочарование. Я сейчас объясню .почему
Я не зря предсказывала, что сейчас туда ломанется народ. Это очень интересная тема, но при этом технически довольно простая. Надо образец ткани, выделить из нее микроРНК (это несложно, хоть и требует прилежания и аккуратности, но возможно даже студенту), отдать на прочитку (тоже несложно, это уже сервис за деньги) и прочитанные результаты собрать воедино и поанализировать с помощью головы биоинформатика. Это тоже не очень сложно.
Весь цимес должен заключаться в элегантности гипотезы и дизайне эксперимента. А что у нас на выходе в статье? Дизайна никакого нет. Есть 9 образцов плазмы крови, причем часть образцов от раковых пациентов. Вы спросите, причем тут рак? Я вам скажу почему. Потому что скорее всего искали маркерные раковые микроРНК. Но в процессе поиска уже при сложении паззла кучу нуклеотидных последовательностей выбрасывали как непонятные, подозрительные на техническую ошибку и просто неопределенные. На сей раз просто решили присмотреться повнимательнее и обнаружили там кучу бактериальных кусков. (Подумаешь, у нас вон геном зверобоя читают. Там столько генома кишечной полочки начитали, что пора скрытую камеру в туалете ставить). В общем, помудрили с фильтром так и сяк и решили, что это не загрязнение.
Я, кстати, верю, что не все техническое загрязнение, но доказательные методы в статье не совсем убедительные. Например, To eliminate the possibility of bacteria and fungi contamination during plasma preparation and handling, we generated sequencing libraries from other types of samples including human tissue (commercially obtained normal lung RNA), bovine milk (commercial whole milk), and mouse plasma (C57BL/6J), and proceeded through the same analysis scheme. Поверьте мне на слово, если взять 10 совершенно одинаковых образцов одной и той же ткани и одновременно выделять РНК одним и тем же методом, то все-равно почти наверняка одна проба будет пустая, в одной РНК повалится, а в одной не растворится. Немного преувеличиваю, но такое тоже случается. То есть можно и нужно перепроверять, но это вовсе не будет полностью eliminate the possibility of contamination, а всего лишь немного снижать такую вероятность.
Допустим, нашли какие-то конкрентные микроРНК и появилась гипотеза про коммуникацию микробиома с организмом. Очень замечательная гипотеза. Но надо ж проверить? Давай проверять экспрессию генов. Для этого взяли.. Нет, не организм, а клеточную культуру. Нет, не человека, а мышки. Нет, не нормальной, а мутированной по хитрому гену, который процессирует эти микроРНК. И проверили экспрессию 44 тыщ генов этой клеточной мышиной линии на микрочипе. Один раз. Без технических и биологических повторов. Поэтому в материалах и методах этот технический подход как бы описан, а результатов нет. Я многое уже видела, но в журнале такого уровня - впервые.
Но все ж, из 44 тыщ генов что-то там как-то не так экпрессировалось. Затем это (неизвестно, что) как бы перепроверили количественным ПЦРом 3 (три) гена (из 44 тыщ). Уже даже три повтора есть, при этом пишут, что независимый как бы повтор, но технический или биологический - умалчивают. Что за гены - непонятно. То есть я знаю, что за гены, но в контексте дискуссии это вообще никак не обсуждается. Даные представлены в виде логарифмированной разницы. То есть абсолютные замеры спрятаны так, что их уже не найти. Откровенно говоря, вообще непонятно, зачем было упоминать использование биочипа и зачем вообще был этот ПЦР.
Короче, если убрать лишние спекуляции, то выводы статьи такие - есть какие-то чужеродные микроРНК в человеческой плазме крови. Часть из них явно не загрязнение. На мышиной клеточной культуре какие-то гены меняют экспрессию в ответ на присутствие трех разных микроРНК. Все. То есть это побочная отрыжка от каких-то левых исследований без ощутимого познавательного эффекта.
Тем не менее, прекрасная идея лежит на поверхности, но требует немного воображения и старания. Известно, что наборы микрофлоры у людишек подчиняются каким-то конкретным правилам. Те, кто сахар жрет, у тех одни бактерии вроде Prevotella преобладают, а те, кто на белки налегает, у тех Bacteroides. Вот взять бы пациентов осмысленно, побольше, чтобы статистически убедительно. Покормить их подольше конкретной диетой. Пособирать у них кровь регулярно много раз. Посмотреть, как оно меняется в динамике и меняется ли вообще. Это было бы интересно.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2013-02-11 02:12 pm (UTC)no subject
Date: 2013-02-11 02:49 pm (UTC)no subject
Date: 2013-02-12 07:52 am (UTC)Какие-то безответственные учоные.
no subject
Date: 2013-02-12 10:51 am (UTC)Смейтесь пока можете.
no subject
Date: 2013-02-12 10:55 am (UTC)В 85% случаев когда собутыльники убивают друг друга на столе обязательно есть огурцы, и никаких помидоров.
Сколько вам заплатили огурцы за эти комменты?
no subject
Date: 2013-02-12 10:59 am (UTC)no subject
Date: 2013-02-12 11:16 am (UTC)no subject
Date: 2013-02-11 02:31 pm (UTC)Ну держитесь ГМОшники :)
no subject
Date: 2013-02-11 02:47 pm (UTC)no subject
Date: 2013-02-11 02:32 pm (UTC)no subject
Date: 2013-02-11 02:45 pm (UTC)http://uncle-doc.livejournal.com/308079.html і потрєбовали у едітора об"яснєній.
Потім ще китайські автори оправдувались, що у них копі-пейст случайно появився.
no subject
Date: 2013-02-11 02:54 pm (UTC)злі ви, намагаєтся підірвати фундаменти китайської науки :-)
ЗИ. китайці зі своїми мікро РНКами реально за****ли, стільки хламу за останні пару років випустилося звідти..
no subject
Date: 2013-02-11 02:59 pm (UTC)А інші б сказали - іш ти, диви який горизонтальний перенос! Прямо з гівна в звіробій. І сразу в плос.
no subject
Date: 2013-02-11 03:02 pm (UTC)радянських газеткитайських статей і журнала плосno subject
Date: 2013-02-11 05:53 pm (UTC)no subject
Date: 2013-02-11 06:59 pm (UTC)no subject
Date: 2013-02-11 02:49 pm (UTC)no subject
Date: 2013-02-11 03:10 pm (UTC)no subject
Date: 2013-02-11 03:13 pm (UTC)no subject
Date: 2013-02-11 03:23 pm (UTC)no subject
Date: 2013-02-11 03:25 pm (UTC)no subject
Date: 2013-02-11 06:51 pm (UTC)no subject
Date: 2013-02-12 09:49 am (UTC)no subject
Date: 2013-02-11 03:24 pm (UTC)Я ем всякое мясо, всяку рыбу, разные овощи, руки мою, но не стерилизую.
Сколько видов накидало в мою кровь свою микроРНК?
А в воздухе летающие микроорганизмы и споры при вдыхании в кровь не попадают своими компонентами?
no subject
Date: 2013-02-11 03:26 pm (UTC)no subject
Date: 2013-02-11 04:04 pm (UTC)"Ученые обнаружили, что вызывающие проказу бактерии Mycobacterium leprae способны превращать глиальные (шванновские) клетки мозга в стволовые и использовать их для распространения по организму. Работа опубликована в журнале Cell, а ее краткое содержание приводит NatureNews."
http://lenta.ru/news/2013/01/18/leprae/
no subject
Date: 2013-02-11 03:39 pm (UTC)А вот царапины-ссадины и прочие порезы - это да. Поплаваешь в море среди рифов - иди проверяться на микроРНК Hydrozoa-Anthozoa.
no subject
Date: 2013-02-11 04:31 pm (UTC)я по себе замечала, что бывают периоды, когда я по каким-то причинам алегаю на белковую пищу - и тогда сладкого практически не хочется, зато мяса\молочки хочется ещё больше. а бывает, что начну сладкое употреблять регулярно - и уже вечером хожу и не могу без конфетки к чаю). интересно, это у меня микрофлора то в одну, то в другую сторону качается?)
no subject
Date: 2013-02-11 05:18 pm (UTC)no subject
Date: 2013-02-12 09:33 am (UTC)no subject
Date: 2013-02-12 09:35 am (UTC)no subject
Date: 2013-02-11 05:51 pm (UTC)Объясни мне, тёмному, в чём разница?
no subject
Date: 2013-02-11 07:40 pm (UTC)1. vzjala odnu probu, vydelila RNA odin raz, razdelila RNA na 3 probirki i sdelala 3 PCR - technical repeats;
2. vzjala 3 proby iz 3 raznyh osobej, iz kazhdoj vydelila RNA i sdelala 3 independent PCR - biological repeats.
no subject
Date: 2013-02-12 09:22 am (UTC)С другой стороны чипы сами по себе хоть и отлажены (ха-ха, уже три месяца Аджилент не может контроль качества добить), но тоже там баги встречаются. Поэтому строго говоря, технические повторы должны проводиться для контроля каждой отдельной манипуляции, но это дорого и это обходят стандартизацией шагов и левыми контролями нормализации.
Только после этого мы начинаем искать биологическую закономерность. В идеале для этого надо не просто скажем, три мыши (ткани) взять, а плюс еще три раза независимо выращенные и соответственно экспериментально обработанные мыши. Этого тоже никто не делает из-за соображений цены, а обычно увеличивают выборку (в лучшем случае). В конце концов, народ старается не портить карму т-тестами с таким дизайном и я в последнее время наблюдаю явный бум непараметрических инструментов.
С этой точки, один раз гибризидация на чипе это вообще не повод для разговоров. Кроме того, результаты количественного ПЦРа в статье с очень подозрительно с малым разбросом (судя по балкам отклонения от среднестатистического).
no subject
Date: 2013-02-13 01:27 pm (UTC)