Лабораторные байки

[progenes]

Я тут гены на биочипах смотрю, какие включились, а какие выключились. Раньше образцы на фирму отправляли, но с некоторые пор у нас завелись приборы хитромудрые, так что сами химичим. Должна сказать, что в последнее время технология рванула, хоть и требует прилежания и аккуратности, но все такое стандартизированное, нано-пренано. Сливаю по микролитрам, что-то там в махоньких пробирочках инкубирую и наношу в микродозах на микростекла в стерильных безпылевых безозоновых лабораторих.


А сверху накрываю

стеклом,на котором примерно 2 на 4 см нанесено 500 тыщ нано-гено-точек. Вот таким


Это вступление, чтоб представить, какое оно все ми-ми-мишное.

Но что характерно, что в процессе протокола такого всего точного, хрупкого, отточеного и аккуратного, встречаются чудовищные баги. Например, после нанесении проб на стекла и упаковки чипа в такой металлический контейнер (это все не дыша, не дотрагиваясь до краев и не дрожащей рукой, быстро и точно),


этот контейнер надо взять крепко в руку и изо всех сил шарахнуть (именно, что шарахнуть) им об твердую поверхность, чтобы воздушные пузыри, которые там образовались, оторвались от края и стали свободно плавать. По столу стучать нельзя, там сканер. Поэтому для этого дела используется центрифуга, которая стоит под столом. Хотели уже убрать центрифугу, но оказалось, что нет более подходящего места для избиения контейнеров.

Или, например, современные приборы для анализа нуклеиновых кислот, вроде биоаналайзера. Там пробы
заливаются в такой вот чип
.


Согласно инструкции от производителя, все просто

На самом же деле, чип надо подготовить и залить туда 9 микролитров геля под давлением из шприца. Это искусство. Я каждый раз, когда заливаю, не перестаю удивляться. Надо шприцом создать давление (плавно, но сильно). Зафиксировать поршень на 30 секунд (быстро), потом отпустить фиксаж (очень быстро), но поршень держать пальцем еще ровно 5 секунд (зачем-то). Потом отпустить поршень (нежно), который под давлением будет возвращаться в исходное положение (медленно). Но в исходную точку он сам возвратиться не может (почему-то) и последние 8 миллиметров ему надо помочь (медленно, но не очень). Так в протоколе.

Comments

[gegmopo4.livejournal.com]

Мне кажется, у этого протокола то же происхождение, что и у обычая шарахать контейнером по центрифуге.

[progenes.livejournal.com]

Кстати да, одна фирма.

[timyr-lan.livejournal.com]

Это не баг, это фича такая (с)

Может вам наковальню заказать?

[progenes.livejournal.com]

А что! Новый аксессуар от производителя. Надо посмотреть в каталоге, может уже есть такая?

[aaluck.livejournal.com]

Сильно напоминает первые еропланы или первые автомобили (ну те у которых руль был ещё рычагом, как и тормоз).

[anitka-rr.livejournal.com]

Должна быть. Под цвет и дизайн контейнера и с логотипом компании. Эргономичного и не травматогенного дизайна плюс.

[progenes.livejournal.com]

О нееееет. Первые аэропланы были не такими.
Вместо стекла был кусок бумаги, на которую от силы наносилось 5 тыщ генов. Первобытные варианты вообще вручную, а потом уже роботом, но смешным. Вместо флюоресцентных красителей - радиоактивная проба. Гибризизовались в бутылке, потом сканировались и потом глючным софтом считали пиксели, а екселем сортировали статистику.

А это вполне себе уже нормальный такой пассажирский самолет. Еще не ракета, но уже очень приличный. Софт прекрасный, просто чудо, какой софт. Не считая нескольких рычагов, вообще даже ничего.

[elisapeyron.livejournal.com]

ой мимими ^______^

[progenes.livejournal.com]

Там еще один баг есть. Пробы надо наносить в те кармашки, которые на первом рисунке. Но наносить так, чтобы проба лежала большой каплей и не касалась краев карманов. Только так получится накрыть эти капли так, чтобы они не перетекли в соседний карман.

[kondybas.livejournal.com]

А пробы не из одного шприца вносятся?

[velta-1.livejournal.com]

Центрифуга ОЧЕНЬ большая?
Мне интуитивно кажется, что от такого шараханья сканер пострадает меньше центрифуги. Достаточно небольшого разбаланса - и она зашагает по лаборатории со страшным грохотом. Ты не разу не видела, как Spinco 40000 rpm гуляет по коридору?
Я один раз встретила - до сих пор помню. Уже лет 20...

[progenes.livejournal.com]

Нет, все пробы разные.

[kondybas.livejournal.com]

Кстати, прямой резон стекло между кармашками покрыть супергидро- и олеофобным покрытием.

[progenes.livejournal.com]

Патентуй и продавай Аджиленту!

[progenes.livejournal.com]

Довольно большая. К счастью, ею почти не пользуются.
У нас недавно у настольной центрифуги крышку не зафиксировали. Кусок ротора снесло. Вот это было зрелище!

[progenes.livejournal.com]

Да! МИМИМИ!!!

[progenes.livejournal.com]

Опять таки, это не просто сканер, это (с придыханием) скаааанер для этих самых чипов. Там тоже есть прикол. Купили, значит, гибридизационную духовку на 20 контейнеров, сканер (с кареткой на 50 чипов) , штук 24 самих контейнеров. Ну, значит, чтоб с размахом гибридизовать. Лимитирующих факторов оказалось два - термомиксер на 24 пробы (три чипа), одна штука. Ну, и еще пока нанесешь пробы - в глазах от напряжения темнеет и руки начинают дрожать. В день больше 6ти чипов не поднять и это лимит для опытной лаборантки. Я и этого не могу.

[mfreidin.livejournal.com]

Как-то раз я передавил немного чип для биоаналайзера, там даже эти капилляры внутри лопнули. Но прогнал и все получилось ))))

Переходите на Биорадовский эквивалент. Не помню, как называется. Там чип прессуется специальной машинкой без рук пользователя.

[progenes.livejournal.com]

>Как-то раз я передавил немного чип для биоаналайзера, там даже эти капилляры внутри лопнули. Но прогнал и все получилось ))))

Хахахаха! Все смешно! Особенно финал. Оценила. Да мы уже не будем никуда переходить, насобачились на биоаналайзере.

[elisapeyron.livejournal.com]

а детей на работу берешь?
как же я обожала у бабушки в стоматологическом кабинете набирать все эти иглы, стеклышки и мышьяк ^________^

[progenes.livejournal.com]

Сын приходил. Но как-то не очень вдохновился. В этом году даже приплатила на каникулах, чтоб мне пробы гороховые гомогенизировал. Дочка просится, но сейчас нет подходящей работенки, все плазмидные минипрепы студенты разобрали. Вот защитят дипломы, может какой эксперимент подоспеет, где безопасно.

[anitka-rr.livejournal.com]

тады нужна марка-мишень :))

[kondybas.livejournal.com]

Так а я тут при чем?

[progenes.livejournal.com]

ну идея ж твоя. Патентуй идею. А Аджилент жирная компашка. И там явно надо усовершенствование.

[anitka-rr.livejournal.com]

не совсем не в тему, но по аналогии :) как раз сегодня увидела