Лабораторные байки

[progenes]

Я тут гены на биочипах смотрю, какие включились, а какие выключились. Раньше образцы на фирму отправляли, но с некоторые пор у нас завелись приборы хитромудрые, так что сами химичим. Должна сказать, что в последнее время технология рванула, хоть и требует прилежания и аккуратности, но все такое стандартизированное, нано-пренано. Сливаю по микролитрам, что-то там в махоньких пробирочках инкубирую и наношу в микродозах на микростекла в стерильных безпылевых безозоновых лабораторих.


А сверху накрываю

стеклом,на котором примерно 2 на 4 см нанесено 500 тыщ нано-гено-точек. Вот таким


Это вступление, чтоб представить, какое оно все ми-ми-мишное.

Но что характерно, что в процессе протокола такого всего точного, хрупкого, отточеного и аккуратного, встречаются чудовищные баги. Например, после нанесении проб на стекла и упаковки чипа в такой металлический контейнер (это все не дыша, не дотрагиваясь до краев и не дрожащей рукой, быстро и точно),


этот контейнер надо взять крепко в руку и изо всех сил шарахнуть (именно, что шарахнуть) им об твердую поверхность, чтобы воздушные пузыри, которые там образовались, оторвались от края и стали свободно плавать. По столу стучать нельзя, там сканер. Поэтому для этого дела используется центрифуга, которая стоит под столом. Хотели уже убрать центрифугу, но оказалось, что нет более подходящего места для избиения контейнеров.

Или, например, современные приборы для анализа нуклеиновых кислот, вроде биоаналайзера. Там пробы
заливаются в такой вот чип
.


Согласно инструкции от производителя, все просто

На самом же деле, чип надо подготовить и залить туда 9 микролитров геля под давлением из шприца. Это искусство. Я каждый раз, когда заливаю, не перестаю удивляться. Надо шприцом создать давление (плавно, но сильно). Зафиксировать поршень на 30 секунд (быстро), потом отпустить фиксаж (очень быстро), но поршень держать пальцем еще ровно 5 секунд (зачем-то). Потом отпустить поршень (нежно), который под давлением будет возвращаться в исходное положение (медленно). Но в исходную точку он сам возвратиться не может (почему-то) и последние 8 миллиметров ему надо помочь (медленно, но не очень). Так в протоколе.

Comments

[gegmopo4.livejournal.com]

Мне кажется, у этого протокола то же происхождение, что и у обычая шарахать контейнером по центрифуге.

[progenes.livejournal.com]

Кстати да, одна фирма.

[timyr-lan.livejournal.com]

Это не баг, это фича такая (с)

Может вам наковальню заказать?

[progenes.livejournal.com]

А что! Новый аксессуар от производителя. Надо посмотреть в каталоге, может уже есть такая?

[misha-makferson.livejournal.com]

и киянку. Деревянную с резиновой накладкой.

[aaluck.livejournal.com]

Сильно напоминает первые еропланы или первые автомобили (ну те у которых руль был ещё рычагом, как и тормоз).

[progenes.livejournal.com]

О нееееет. Первые аэропланы были не такими.
Вместо стекла был кусок бумаги, на которую от силы наносилось 5 тыщ генов. Первобытные варианты вообще вручную, а потом уже роботом, но смешным. Вместо флюоресцентных красителей - радиоактивная проба. Гибризизовались в бутылке, потом сканировались и потом глючным софтом считали пиксели, а екселем сортировали статистику.

А это вполне себе уже нормальный такой пассажирский самолет. Еще не ракета, но уже очень приличный. Софт прекрасный, просто чудо, какой софт. Не считая нескольких рычагов, вообще даже ничего.

[elisapeyron.livejournal.com]

ой мимими ^______^

[progenes.livejournal.com]

Да! МИМИМИ!!!

[velta-1.livejournal.com]

Центрифуга ОЧЕНЬ большая?
Мне интуитивно кажется, что от такого шараханья сканер пострадает меньше центрифуги. Достаточно небольшого разбаланса - и она зашагает по лаборатории со страшным грохотом. Ты не разу не видела, как Spinco 40000 rpm гуляет по коридору?
Я один раз встретила - до сих пор помню. Уже лет 20...

[progenes.livejournal.com]

Довольно большая. К счастью, ею почти не пользуются.
У нас недавно у настольной центрифуги крышку не зафиксировали. Кусок ротора снесло. Вот это было зрелище!

[mfreidin.livejournal.com]

Как-то раз я передавил немного чип для биоаналайзера, там даже эти капилляры внутри лопнули. Но прогнал и все получилось ))))

Переходите на Биорадовский эквивалент. Не помню, как называется. Там чип прессуется специальной машинкой без рук пользователя.

[progenes.livejournal.com]

>Как-то раз я передавил немного чип для биоаналайзера, там даже эти капилляры внутри лопнули. Но прогнал и все получилось ))))

Хахахаха! Все смешно! Особенно финал. Оценила. Да мы уже не будем никуда переходить, насобачились на биоаналайзере.

[wordsmsdnua.livejournal.com]

ой не доведет до добра вся эта ваша наука.

[theinterference.livejournal.com]

Ёшкин кот!

Такая наука и такие дурацкие действия надо делать?! Я прям удивлена!!! :))) так я вот такое дурацкое не люблю :)))

[progenes.livejournal.com]

Вот, теперь вы знаете.

[alex besogonov (from livejournal.com)]

А ещё не забываем эти #$*@(*$&#@ упаковки с гелями, которые надо _тисками_ раскалывать.

[progenes.livejournal.com]

А потом прогнать через колонку, аликвотировать, добавить туда краски, вортексовать, потом открутить 10 минут и держать в темноте до момента возни со шприцом.

[kozhev.livejournal.com]

По-моему, даже у ремонтников инструмент для выдавливания чего-либо (герметика там) удобнее. Может, есть какие-то автоматизированные / программируемые шприцы?

[progenes.livejournal.com]

Выше пишут, что у других фирм бывают и автоматы. Но в этой только этот идиотский шприц и без этого никак.

[bash-i-buzuk.livejournal.com]

Вот как меня кризис среднего возраста покарает, брошу IT и пойду переучиваться на микробиолога :)

[progenes.livejournal.com]

Не говорите потом, что я вас не предупреждала.

[cherez-chas.livejournal.com]

прэлестно)

[gsm-sms.livejournal.com]

http://gsm-sms.livejournal.com/80480.html (http://gsm-sms.livejournal.com/80480.html)

Маша - дипломница. Красавица и, вообще, хороший человек!

[progenes.livejournal.com]

Шарман. А могли бы быть не только розовые, но и с блесточками!

[phyloxena.livejournal.com]

Да... Первые еропланы были не такие...

[klavr.livejournal.com]

Спасибо, Руслана, порадовали описанием рукоприкладства!

А вот по поводу
"Зафиксировать поршень на 30 секунд (быстро), потом отпустить фиксаж (очень быстро), но поршень держать пальцем еще ровно 5 секунд (зачем-то). Потом отпустить поршень (нежно), который под давлением будет возвращаться в исходное положение (медленно). "
Даже простое пипетирование для точного смешивания аликвот объёмом 10-50 мкл для ПЦР, биохимии, и прочего - это настоящее искусство. Я это понял, когда стал программировать эти процедуры для пипетирующего робота. Если ему написать просто ОТОБРАТЬ-ДОБАВИТЬ-ПЕРЕМЕШАТЬ, то на выходе получается ужос. Всё то, что опытный капальщик делает практически на автомате с хорошим результатом, занимает много строк программирования!

[progenes.livejournal.com]

О! У нас есть такие аналоговые лаборантки, что никакой робот цифровой с ними по качеству не сравнится.

[faina-kaplan.livejournal.com]

Я прослухала - по роботі нада було - курс "Вступ до генетики і еволюції" і тепер твої робочі пости мені в 50 раз інтересніші. Я даже буду навoдящі вопроси задавать, коли время буде. І з Дньом тебе!

[progenes.livejournal.com]

Бач! Задавай, але учті, шо я не все на світі знаю. Пасіба!

[bespechnoepero.livejournal.com]

можно вибратором прикоснуться к стеклышку и пузырьки оторвутся :)
это если у вас нет ультразвуковой ванночки.

[evfratov.livejournal.com]

Сколько внедокументированных мучений с мощными методами. Тем временем смотрю на четвёртую дюжину запородых DIGE...

[progenes.livejournal.com]

Ого. Ну у меня еще не мучения. У меня РНК образцово--показательная и мечение получается, как в учебнике. А вот из микродиссектатов РНК да еще два раунда амплификации, да еще с навешением амилоалила, а уж потом краски. Я как вижу треки на биоаналайзере у коллег, то хочется прижать и пожалеть.

[geterogen.livejournal.com]

Что-то разработкой Сколково попахивает )))

[dritte-mal.livejournal.com]

Аджилент? А вы их осциллографы видели? ВООООТ такой щуп с вот таким наконечником и мааааааленькой петелькой, куда надо умудриться попасть нужным выводным контактом...