Ну вот, например...

[progenes]

каждый нормальный биолог знает, что удвоение ДНК начинается с конкретной точки начала репликации. Для простоты возьмем геном кишечной палочки. Это одна кольцевая молекула ДНК длиной примерно 4 млн нуклеотидов. На этой кольцевой ДНК есть 1 (одно) место длиной точно 250 нуклеотидов, точно известно какое, точно известно где именно. Точно на это место - назовем его деталь oriC - садится белок инициатор репликации (известно какой), потом на него садится еще один известный белок - загрузки геликазы (третьего белка). Потому туда навешивается еще куча всего и эта вся штука начинает ехать по ДНК и удваивать ее.

Когда эта вся система собирается, то выглядит это примерно так



Но вернемся к этой точке начала репликации. С бактерией разобрались, она маленькая. Не забыли? Точка начала репликации одна штука. На человеческий геном этих точек дофигищи. Их поизучали, понаходили общие детали во всех точках. Создали базы данных известных точек начала репликации у дрожжей например например .

Эти точки начала репликации широко используются в генетической инженерии, как незаменимая деталь конструкции молекулярных векторов. Мы размножаем вектора в бактериях, стало быть нам надо точку, с которой будет проходить удвоение ДНК наших векторов.

Я к чему клоню. Мы как бы инженеры, разобрали клетку-машинку, нашли важную и нужную деталь, описали ее, назвали и даже научились использовать по назначению.

Теперь следите за руками. Взяли бактерию Haloferax volcanii. Бактерия, кроме всего прочего, примечательна тем, что живет в экстремально соленых водах, но сейчас интересна не этим. У этой бактерии на весь геном есть насколько точек начала репликации. А если точно, то четыре.

Если "выключать" каждую отдельную точку, то бактерия хиреет и плохо растет, как и следует ожидать. Не идет репликация. Ну в учебника ж написано, карты генома нарисованы, все ж ясно. А теперь внимание. "Выключили" все точки начала репликации. А бактерии хоть бы что, хотя вру, стала расти даже лучше!

Оказалось, что за неимением точки начала репликации, бактерия начинает удвоение ДНК с любого подходящего места "расплетенной косички" ДНК. Обычно это наиболее используемое место с которого как раз считывается РНК. В этом же месте происходит и активный обмен гомологичными участками. Авторы спекулируют, как такое могло произойти и что все это значит.

Это была всего лишь иллюстрация к неоднозначности и сложности биологических объектов. А еще недавно было ощущение, что мы вполне себе нащупали совершенную инженерную деталь.

Comments

[deforg.livejournal.com]

А чё, если у кишечной палочки выключить эту единственную точку, то она перестанет удваиваться? А у человеческого генома тоже всё повыключать - размножаться не будет? А у дрозофиллы какой-нибудь? Может это для всех так. Или не так? Или только для бактерий, а не для млекопитающих? Ведь это же важно, наверно. Взяли какой-то отдельный случай и выводы делают. Правда что - инженеры, не учёные.

[shao-s.livejournal.com]

Почему вы решили, что выводы делаются по одному случаю?

[deforg.livejournal.com]

Ну это progenes так говорит. Я сам статью не читал, но поверю ей на слово. Один случай подразумевается один вид бактерий. Подразумевается что авторы - люди честные и проделали кучу экспериментов хотя и с одним видом бактерий. Иначе бы я их не инженерами, а лаборантами обозвал :)

[geterogen.livejournal.com]

Есть два способа поиска закономерностей - сложный и простой. Сложный способ привели Вы - смотреть что будет в каждом организме, простой способ - это выяснить механизм работы явления и искать ключевые точки в геноме других организмов и проверять аналогичность их действия уже по факту обнаружения.

[deforg.livejournal.com]

Ну, мне кажется проще наоборот - проверить действует ли это в других организмах. По крайней мер, знаешь что делать. А то как ещё выяснять механизм работы? Даже если методом проб и ошибок найдёте какие условия для конкретной бактерии, когда это не выполняется или наоборот сильнее стимулируется, и что? Создадите теорию которую распространите на все остальные организмы? Может у неё карма такая у этой бактерии , вообще, спит она в тумбочке в солёной воде живёт - кому она нужна такая? Важнее, мне кажется, выяснить класс объектов, в которых это работает, а уже потом, выбрав типичного представителя, измываться над ним до посинения. Ведь в этот класс может там СПИД входить, например, или рак...

[metarattus.livejournal.com]

>А чё, если у кишечной палочки выключить эту единственную точку, то она перестанет удваиваться?
Да.

>А у человеческого генома тоже всё повыключать - размножаться не будет?
Им там несть числа - по одной на каждые несколько десятков-сотен нуклеотидов и поэтому возможно они не очень-то специфичные у эукариот.

[deforg.livejournal.com]

Ага, с палочками не проходит - значит это всё-таки не универсальное явление. Нужно выяснить в каких (микро-/макро-)организмах это действует, тогда может удастся понять с чем это связано.