Lviv IT Arena

[progenes]

Несподівано для себе отримала цікаве запрошення і так само несподівано для себе погодилась.

На початку жовтня, а саме з 2го по 4те, у Львові відбудеться вже традиційна найбільша ІТ конференція Західної України на стадіоні “Арена Львів”. І я там буду. Спитаєте, а я яким боком до програмістів і компьютерщиків? Пояснюю.

20 років тому, коли я починала свої перші біологічні дослідження, то 99% часу я проводила в лабораторії, а компьютер використовувася аби зручно набрати і роздрукувати результати. Сьогодні все виглядає навпаки: лише 1% часу проводиться на полях і в лабораторії, а решту часу - це компьютерне обчислювання. Аналітичні технології так рвонули, що біологи не встигають осмислити гігантську кількість результатів, тому без допомоги програмістів не впоратись.

На мій погляд біоінформатиці в Україні приділяється дуже мало уваги. Ніби читається спецкурс в Харківському універі (оглядовий курс переважно для біологів), в Національному університеті ім. Тараса Шевченка Льоша Нипорко викладає базовий курс , КПІ має свою кафедру (також більше для біологів) і може ще десь є, але це майже все.

Відверто кажучи, біоінформатика давно вже рвонула далі геноміки і протеоміки, про яку в Україні бодай в універах розказують (і то добре), але не роблять.

Отже, маю на меті розказати про місця застосування програмування в біології. Пробіжимось галопом по оміксам (геноміці,транскриптоміці, протеоміці, метаболоміці, феноміці). Дізнаємось, які сучасні вимірювальні інструменти є і що вони вже дозволяють робити: від секвенування окремих генів до дронів над полями і повністю автоматизованих фітотронів.

Покажу, де саме біологам треба обчислювальні інструменти і які конкретно. Розкажу, які програми і алгоритми вже є і їх розробка неактуальна, які є, але ще недосконалі і що в них треба поліпшити, а яких ще досі взагалі нема. Додам, що сучасна аналітична біологія продукує просто гігантську кількість інформації і тому бази даних наше все.


Отже, до зустрічі на Lviv IT Arena 2015.
Для мордокнижників лінк тут.

Comments

[elisapeyron.livejournal.com]

аж приїхати захотілося! =)

[progenes.livejournal.com]

та да. Там взагалі програма така, що я відчуваю, що треба вивчити ще дві лінуксові команди до тих трьох мені відомих, щоб зовсім не позоритись.

pstree

[lider.livejournal.com]

а яка друга?

[kondybas.livejournal.com]

# rm -rf /

[progenes.livejournal.com]

df -h

[kondybas.livejournal.com]

du -d 1 | sort -nr | less

[progenes.livejournal.com]

grep -v | wc -m

[lider.livejournal.com]

grep -i "dna"|more

[progenes.livejournal.com]

sed s/T/A/g "dna" > "GMO"

[progenes.livejournal.com]

ну? я вже поламала лінукс, чи ще нє?

[kondybas.livejournal.com]

Главне, оту першу, з rm, не запускай, то паскудство. А інші дуже корисні і недеструктивні.

[progenes.livejournal.com]

Нє. ну рімув це я знаю. а що таке -rf?

[kondybas.livejournal.com]

То "російська федерація", гггггг

recursive / forced. З ключами -rf видаляє усьо в заданому каталозі без зайвих дурних питань.

[progenes.livejournal.com]

:-))) ой.

rf

[lider.livejournal.com]

-recursive
-force

Re: rf

[progenes.livejournal.com]

Ви мене тут зараз научите, я бачу. Що адмін з лозиною прибіжить.

Один раз живемо...

[lider.livejournal.com]

Сакральна таємниця сисадмінів:

man <назва команди>
або для гуманітаріїв
<команда> --help

Re: pstree

[progenes.livejournal.com]

ls -al

[kondybas.livejournal.com]

От бач, вже приcтойна лінухоїдка з тебе!

Ще є прикольні команди cut/paste та rs, і, особінно, tr - коли треба з простої таблички зробить CVS.

[progenes.livejournal.com]

кул. я ще знаю cat > коли мені їх об"єднати тре.

[kondybas.livejournal.com]

Якшо треба обробляти текстові файли з чіткою структурою, то лінухові тулзи абсолютно поза конкуренцією. В одну-дві строчки можна робить неймовірні речі.

[progenes.livejournal.com]

Та да, я вже оцінила. У мене ексель заїкається і зависа, а лінукс ням-ням і готово. Це, звісно, коли все налаштовано, хороші скрипти і чітко зрозуміло, що мені від нього треба. Але якщо десь баг, або до кінця не зрозуміло, що цей скрипт робить і документації до нього нема, то таке буває, що святих винось.

[kondybas.livejournal.com]

То ти цеє... Єслі шо - маякуй. Я, правда, в силу геополітичних причин з телефона сиджу, але чим зможу - поможу.

[progenes.livejournal.com]

Ну я да, єслі шо, то поймаю і буду сльозно просить. І от шкода, що з геополітичних причин ти мабуть не будеш у Львові. Головне - бережи там себе.

Re: pstree

[permea-kra.livejournal.com]

find / -name "*" -print0 | xargs -0 -I {} du -hs {}

Re: pstree

[permea-kra.livejournal.com]

Ну и прекрасное :(){ :|: & };:

[elisapeyron.livejournal.com]

та мені пофіг. мені з тобою пива попити =))

[progenes.livejournal.com]

ну ти поняла

[lider.livejournal.com]

" застосування програмування в біології."
Застосування програмування чи математичних методів обробки даних?

[progenes.livejournal.com]

Ну скажімо я розкажу про ті алгоритми які знаю, то це буде програмування. А математичні методи то це гігантське поле. Точно буде коротко про моделювання метаболітичного нетворку, це де я трохи шарю.

[lider.livejournal.com]

"метаболітичного нетворку"
метаболічної мережі (https://uk.wikipedia.org/wiki/Метаболічна_мережа)

[progenes.livejournal.com]

Так-так, мережі.

[old_ufo]

Вот где-то после того, как tassadar_ha мне об этом сказал, я понял, что надо ехать :)

[tassadar-ha.livejournal.com]

Хоть тушкой, хоть чучелом :-)

[sie1over.livejournal.com]

«Льоша Нипорко» порадовал )
Его курс ну уж совсем простой. Хотя, с другой стороны, он читался только для магистров преимущественно без какого-либо биологического бэкграунда (с прошлого года в Институт наконец начали набирать бакалавров, так что ситуация должна измениться, хотя есть сомнения).
В любом случае, насколько я знаю, «Льошi» не удалось убедить никого из физиков в том, что БИ − это то научное будущее, в котором знания IT очень-очень помогут.

[progenes.livejournal.com]

нуууу:)

[svitovyda.livejournal.com]

дяк за піар, під шумок вирішила мотнутись додому за рахунок компанії =)