Измеряем и "смотрим" ДНК!

[progenes]

Итак, сегодня как раз время достать пробирочку из коробки и продолжить с ней работу. Будем мерять, сколько у нас получилось ДНК и смотреть ее невооруженным .

После разморозки каждый уважающий себя молекулярный биолог рассмотрит пробирочку на свет, понюхает, причмокнет и, обнаружив нерастворимый осадок, попытается дать пробирочке пару щелбанов в надежде перемешать и растворить.



Затем пришло время измерить концентрацию ДНК. Измеряют ее на спектрофотометре, потому что известно, что ДНК поглощает излучение длиной 260 нм. Спектрофотометры бывают разные. Последний писк техники прибор нанодроп, который позволяет измерить концентрацию в 2 мкл (махонькая капелька)



Пик на графике показывает, что ДНК есть, а плавный график, что она вполне чистая. Теперь можно "разогнать" ДНК на форезе и посмотреть, не повалилась ли она. Электрофорез ДНК главный способ ее "рассмотривания". Про него чуть подробнее.



Фосфатные остатки у нуклеотидов придают всей ДНК негативный заряд. Это делает ее растворимой в воде и привлекает ее к позитивному заряду. Поэтому, если поместить ДНК в электрическое поле, то она будет двигаться к плюсу. Чтобы ДНК не шибко бежала к плюсам, ее можно перемещать в какой-нибудь вязкой среде. Для этого вполне подходит агарозный гель (что-то очень похожее по консистенции на холодец или лучше желе).


Делают это желе в специальной электрофоретической камере.


Растворяем обычную агарозу в буфере методом нагревания ее в обычной микроволновке и выливаем в камеру, куда предварительно вставлена гребенка.


После охлаждения и застывания агарозы мы вынимаем гребенку и видим на ее месте углубления, которые затем наполняем смесью раствора ДНК, краски для удобства (это то, что синеется на фотографии), глицерина для тяжести и этидиума бромида (зачем, скажу чуть ниже). Прикладываем к гелю электрическое поле и идем пить кофе.


Этидиум бромид нехимически цепляется к ДНК и имеет свойство светиться в ультрафиолете. Так что если по возвращению из курилки форез не "убежал", то можно взять гель и рассмотреть его под ультрафиолетом. То, что светится, это и есть ДНК.

Я сразу признаюсь, что на картинке ДНК у нас порезана на кусочки, поэтому видно разной величины фрагменты. А на самом деле хорошая геномная ДНК должна идти одной высокомолекулярной полосой, как показано ниже.


Слева видно маркер для определения молекулярного веса ДНК. Чем короче кусок ДНК, тем далне ему удасться "убежать". Гель можно сфотографировать и вклеить фотографию в лабораторный журнал, а гель выбросить в контейнер для особо ядовитых отходов, потому что содержащися в нем этидиумбромид сильный канцероген.

Пробирочку с ДНК прячем назад в коробочку. Теперь мы знаем ее концентрацию и качество. Дальше подумаем, что с ней делать. Например вырежем и проанализируем из нее какой-нибудь ген. Или узнаем, сколько копий гена мы туда встроили, если это генмодифицированный организм. Да мало ли чего прекрасного можно из нее сделать.

Хороших выходных!

Comments

[pani-grunia.livejournal.com]

ну от. виказала чергову державну таємницю.

[progenes.livejournal.com]

дайош ДНКу в кожний дім!

[erasehead.livejournal.com]

Наснилося, що я тобі пояснюю, чим хребет жінки відрізняється від хребта чоловіка, ну і картинки тобі показую для наочності. На картинці з жіночим хребтом – звичайний хребет, а на картинці з чоловічим – скелет від риби, тільки дуже великий.

Хороших вихідних :)

[progenes.livejournal.com]

Ой, яка красота! (роздивлюється скелет чоловіка) а що у нас з хвостовими плавцями?

[erasehead.livejournal.com]

Атрофуються під час занять фізкультурою :)

[progenes.livejournal.com]

А мені ще наснилось, що у тебе є знайомий, якого звати Валерій Зема (може я крізь сон не дочула?), якого знає мій інший друг, не з ЖЖ. І ніби-то мені сниться, що той мій друг просить у мене, що я попросила у тебе імейла Валерія для мого друга. Ну як мій сон?

[erasehead.livejournal.com]

Мені дуже складно уявити такі зв"язки, особливо через незнайомих людей, тим не менш чиста правда! :)
Зема минулого тижня поїхав з Любліна і зараз має бути або в Києві, або в Москві (бо там архів невдовзі закриють і треба скоро все перечитати).
zema11@lycos.com

Якщо тлефони, то теж є. Він любить, коли його знаходять. Сподіваюсь, це щось приємне :)

[progenes.livejournal.com]

Бач, часом щось як насниться, то навіть не знаєш, що думати. Телефони також можна, але я спочатку присню кому треба мейл, а там вже побачимо, як воно далі буде снитися. Я навіть переконана, що щось приємне.

[bibigosha.livejournal.com]

Вумный- аж страшно! :-0 (с)

Русланка, я тобой восхищаюсь! :)

[progenes.livejournal.com]

та ну, видишь, как все на самом деле просто. Каждый ребенок может.

[kotyhoroshko.livejournal.com]

УРРРРРРААААААА! я ДееНКу бачив!!!!

Русланка, а які ДНК на смак? :) Дуже кислі? Кисліші за вишні?

[progenes.livejournal.com]

сама не пробувала і тобі не раджу. Я, до речі, голосую за черешні. Вишня тільки у вигляді варення, або в варениках.

[diana k (from livejournal.com)]

спасибо! очень доходчиво