![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
progenesТехнология работы с генами подошла к такому рубежу, перед которым соображения об опасности "конвернциональных" ГМО выглядят как детский лепет.
Например, я сейчас занята анализом более чем 50ты тысяч генных последовательностей одновременно. Как это делается. Я выделила из растительных тканей РНК. Это несложно. Затем с помощью фермента обратной транскриптазы я "переписала" их в последовательности ДНК. Это называется кДНК. Это тоже несложно. Затем я отправила их на секвенаторную фирму для прочитки. На выходе я получаю обычный текстовой файл, который простой и незамысловатый. Выглядит вот так ) :
>Ps2001
CTTAATAAAACCCCTCGCGTTGATGAAACTTGAAGGGTAAAAATGAATTAACCCAGGCAA
CTCACCAATATTAGAAGCCTGAGTTGGTGAAAATATTCTACTATACACGTGAGGACAATA
>Ps2002
CCATCTGCCACTCATGTCAATCAGAATCAATTATTAAACCTTACATCCAGTGAAGGGAGG
CGAGAGCCATCTGGAAATTTGTCAACTACCAGCATGACTGATGCTCAAGCTGCAGGGAAG
>Ps2003
ACGGGGAAACGGGACGATTCAGAACTGTGTGACAAAGAGACTCCGAAAGAGTGAAACGGA
AAAATGGGAAGGAAGAAAGGGTAATGTCGAATTCGAGGAATCTCCACCGGACGATTTTGA
TCCGGCGAATCCTTACAAGGATCCGGTGGCTATGTTGGAGATGAGGGAACACATCGTCAG
AGAAAAATGGATCCAAATTGAAAAGGCTAAGATTATTAGGGAAAAGCTTCGTTGGTGTTA
>Ps2004
AATCTTGTTTGAAACAAAAAAGTAATCGCTAAATTCAAAATCAATCTTGTACCAGTACAA
TAAAAAGAACAAAAAATAAAACAAACTGCATAACAAGGTAAAAACAAAATACTCAAACAA
AAAAACAAAACTAAGGAAAAATAGCAACCCACGCCAGAGTTTGCCGGGAATGTAAGTTTT
Я немного пообрезала последовательности для удобства. Обычно они длиннее. Как мы видим, все последовательности разделены тэгами ">" и содержат какое-то условное название: одно название - условно говоря один ген. Как я уже сказала, в файле сейчас около 50 тыщ последовательностей, но сегодняшние возможности позволяют за раз получить пару миллионов. Что мне с ними делать?
Следующий этап работы с этими последовательностями называется сравнительная геномика: надо взять эти последовательности и сравнить с уже известными. Я могу сравнивать как поодиночке, так и все одновременно. Я могу также сравнивать как нуклеотидные последовательности, так и виртуально протранслировать эти последовательности в белок и сравнить с базами данных белков. Это все делается в полностью открытых для всех базах данных и называется это сравнение BLAST (аббревиатура от Basic Local Alignment Search Tool). На лабораторном жаргоне это называется "бластить". Это не просто, это очень просто. Каждый из вас может это сделать и узнать, на какой ген похожа последовательность >Ps2001.
Для этого надо зайти на эту страничку и скопировать в окно последовательность, которую охота пробластить, нажать внизу страницы большую кнопку BLAST и подождать. Можете для интереса попробовать с первой последовательностью и убедиться, что она похожа на некую последовательность из чечевицы. Практически все генные и геномные последовательности хранятся в этой базе данных и каждая из них имеет вот такую учетную карточку, где написано, что это за ген, кем и когда выделен, из какого организма и если известна его функция, то и это тоже указано. Там есть также практически все геномы, которые просеквенированы, а также геномные последовательности вирусов.
Когда я узнала побольше об этой последовательности и она оказалась для меня интересной, я могу выделить ее из генома в целом виде в помощью ПЦР. Это называется клонирование. Теперь эта последовательность у меня в виде материальной молекулы. Если мне лень возиться с клонированием, то я можу отравить последовательность на фирму и они мне насинтезируют. Я также на свое усмотрение могу изменить нативную последовательность, например с целью поизучать эффект от мутации. Вот тут начинается то, ради чего я пишу этот пост.
Сегодня на рынке несколько фирм, предлагающие подобный сервис. Например DNA2.0 в Америке или Geneart в Германии, которые обслуживают всю Европу. Виртуально любой желающий может заказать там молекулу ДНК любого гена на свое усмотрение. И это может быть не добрый растительный ботан с геном гликозил гидролазы, который работает в наглухо зарегулированном научном учреждении, а злодей-биотеррорист с мутантным геном вруса оспы, который в конкурентной гонке за постоянную позицию в университете проиграл, но навыков клонирования не утратил, потому особенно зол.
В общем ситуация ясна и требует назамедлительного решения. Поэтому генные синтезаторы прикинули и решили создать security coalition, которая называется International Gene Synthesis Consortium (IGSC), а также выработать стратегию защиты. Таким образом, скоро лафа для хобби-бластеров закончится. Все заказанные гены на синтез будут проходить обязательную проверку на потенциальную опасность.
Например, я сейчас занята анализом более чем 50ты тысяч генных последовательностей одновременно. Как это делается. Я выделила из растительных тканей РНК. Это несложно. Затем с помощью фермента обратной транскриптазы я "переписала" их в последовательности ДНК. Это называется кДНК. Это тоже несложно. Затем я отправила их на секвенаторную фирму для прочитки. На выходе я получаю обычный текстовой файл, который простой и незамысловатый. Выглядит вот так ) :
>Ps2001
CTTAATAAAACCCCTCGCGTTGATGAAACTTGAAGGGTAAAAATGAATTAACCCAGGCAA
CTCACCAATATTAGAAGCCTGAGTTGGTGAAAATATTCTACTATACACGTGAGGACAATA
>Ps2002
CCATCTGCCACTCATGTCAATCAGAATCAATTATTAAACCTTACATCCAGTGAAGGGAGG
CGAGAGCCATCTGGAAATTTGTCAACTACCAGCATGACTGATGCTCAAGCTGCAGGGAAG
>Ps2003
ACGGGGAAACGGGACGATTCAGAACTGTGTGACAAAGAGACTCCGAAAGAGTGAAACGGA
AAAATGGGAAGGAAGAAAGGGTAATGTCGAATTCGAGGAATCTCCACCGGACGATTTTGA
TCCGGCGAATCCTTACAAGGATCCGGTGGCTATGTTGGAGATGAGGGAACACATCGTCAG
AGAAAAATGGATCCAAATTGAAAAGGCTAAGATTATTAGGGAAAAGCTTCGTTGGTGTTA
>Ps2004
AATCTTGTTTGAAACAAAAAAGTAATCGCTAAATTCAAAATCAATCTTGTACCAGTACAA
TAAAAAGAACAAAAAATAAAACAAACTGCATAACAAGGTAAAAACAAAATACTCAAACAA
AAAAACAAAACTAAGGAAAAATAGCAACCCACGCCAGAGTTTGCCGGGAATGTAAGTTTT
Я немного пообрезала последовательности для удобства. Обычно они длиннее. Как мы видим, все последовательности разделены тэгами ">" и содержат какое-то условное название: одно название - условно говоря один ген. Как я уже сказала, в файле сейчас около 50 тыщ последовательностей, но сегодняшние возможности позволяют за раз получить пару миллионов. Что мне с ними делать?
Следующий этап работы с этими последовательностями называется сравнительная геномика: надо взять эти последовательности и сравнить с уже известными. Я могу сравнивать как поодиночке, так и все одновременно. Я могу также сравнивать как нуклеотидные последовательности, так и виртуально протранслировать эти последовательности в белок и сравнить с базами данных белков. Это все делается в полностью открытых для всех базах данных и называется это сравнение BLAST (аббревиатура от Basic Local Alignment Search Tool). На лабораторном жаргоне это называется "бластить". Это не просто, это очень просто. Каждый из вас может это сделать и узнать, на какой ген похожа последовательность >Ps2001.
Для этого надо зайти на эту страничку и скопировать в окно последовательность, которую охота пробластить, нажать внизу страницы большую кнопку BLAST и подождать. Можете для интереса попробовать с первой последовательностью и убедиться, что она похожа на некую последовательность из чечевицы. Практически все генные и геномные последовательности хранятся в этой базе данных и каждая из них имеет вот такую учетную карточку, где написано, что это за ген, кем и когда выделен, из какого организма и если известна его функция, то и это тоже указано. Там есть также практически все геномы, которые просеквенированы, а также геномные последовательности вирусов.
Когда я узнала побольше об этой последовательности и она оказалась для меня интересной, я могу выделить ее из генома в целом виде в помощью ПЦР. Это называется клонирование. Теперь эта последовательность у меня в виде материальной молекулы. Если мне лень возиться с клонированием, то я можу отравить последовательность на фирму и они мне насинтезируют. Я также на свое усмотрение могу изменить нативную последовательность, например с целью поизучать эффект от мутации. Вот тут начинается то, ради чего я пишу этот пост.
Сегодня на рынке несколько фирм, предлагающие подобный сервис. Например DNA2.0 в Америке или Geneart в Германии, которые обслуживают всю Европу. Виртуально любой желающий может заказать там молекулу ДНК любого гена на свое усмотрение. И это может быть не добрый растительный ботан с геном гликозил гидролазы, который работает в наглухо зарегулированном научном учреждении, а злодей-биотеррорист с мутантным геном вруса оспы, который в конкурентной гонке за постоянную позицию в университете проиграл, но навыков клонирования не утратил, потому особенно зол.
В общем ситуация ясна и требует назамедлительного решения. Поэтому генные синтезаторы прикинули и решили создать security coalition, которая называется International Gene Synthesis Consortium (IGSC), а также выработать стратегию защиты. Таким образом, скоро лафа для хобби-бластеров закончится. Все заказанные гены на синтез будут проходить обязательную проверку на потенциальную опасность.
Tags:
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2009-11-19 03:21 pm (UTC)no subject
Date: 2009-11-19 03:30 pm (UTC)На мой взгляд, резоннее бояться тех, кто убивает во много раз больше.
Да еще и обосновывает это
http://www.newsru.com/religy/09nov2009/shapiro.html
===
Ицхак Шапиро рассматривает ситуацию, в которой разрешается убивать "детей злодеев". Он говорит, что это можно делать в том случае, если ясно: когда они вырастут, они не смогут укрепить еврейский народ. Разрешается убивать детей нееврейских лидеров для того, чтобы усилить давление на родителей, говорится в его книге.
===
no subject
Date: 2009-11-19 03:54 pm (UTC)Стыдно товарищ.
Я немного представляю, что есть разница между профессиональной армией, целбю. которой является защита гос-ва и его жителей (и которой потом приходиться отчитываться за кажде свое действие)и терорестической оранизацией. если нет - говорить дальше не о чем. У Израиля есть разработки в биологическом оружии, но смею вас уверить, применено оно не будет.
no subject
Date: 2009-11-19 04:00 pm (UTC)ну я смотрю у вас еще и новейшей историей ближнего востока плохо. Извините уж конечно.
Судя по тому факту, что вы считаете, что гос -во Израиль в своих действиях руководствуется религиозными воззрениями (которых вы тоже не знаете, судя по пред посту) то вообщем, давайте помолчим.
no subject
Date: 2009-11-19 04:05 pm (UTC)no subject
Date: 2009-11-20 04:34 am (UTC)Ицхака Шапиру, как вы заметили, пораженные газетчики вытащили на первую полосу, между тем приехавшие ваши друзья несколько лет, получили израильское гражданство, и совершенно безнаказанно убивали в переулках евреев, просто потому, что они евреи, и до сих пор называя себя русскими националистами прекрасно живут в Израиле.
"вы никогда не задумывались, почему в столкновениях их с господами,"
Потому, что палестинцы как и все гопники не ценят ни свою ни чужую жизнь.
no subject
Date: 2009-11-20 05:08 am (UTC)Полевые инструкторы умеют это собирать, что кстати не так тривиально. Но показал им как собирать именно ученый. И наверное долго над этим думал.
Роках тоже что-то интересное собрал
no subject
Date: 2009-11-23 09:26 pm (UTC)no subject
Date: 2009-11-23 09:40 pm (UTC)Я так понимаю, что без ацетона с пенополастом, смесь будет менее густая, и будет плохо прилипать к телу и транспортным средствам.
no subject
Date: 2009-11-23 09:49 pm (UTC)проще растворить в бензине гудрон/каучук, а вместо фосфора ампула с кислотой
no subject
Date: 2009-11-23 09:50 pm (UTC)no subject
Date: 2009-11-23 09:58 pm (UTC)П.С: дома лучше не пробуйте :)
no subject
Date: 2009-11-23 10:04 pm (UTC)no subject
Date: 2009-11-23 10:14 pm (UTC)no subject
Date: 2009-11-23 10:15 pm (UTC)no subject
Date: 2009-11-23 10:23 pm (UTC)