![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
progenesПоиски иглы в стогу сена или Найди то, сам не знаю, что.
Начало тут
Раз этот ген работает в тканях, которые дохнут естественным образом в процессе развития, то имеет смысл искать такой же в тканях гороха, о которых известно, что они тоже гарантированно исчезают. Причем не имеет смысла искать по большому сходству, надо искать по принципу аналогии.
Ну, как крыло летучей мыши и птицы. Если речь идет о гене (или его продукте), то большой вопрос, как эта аналогия должна выглядеть вообще. Особенно, если мы не знаем, как именно этот ген работает и как его структура обеспечивает функцию. И как искать вообще. Алгоритмов таких нет, а генов приблизительно 50 тыщ.
Тем не менее я решила искать иглу в стогу сена, причем не имея ни малейшего представления, что именно ищу. Я взяла ячменный ген из прошлого поста, как пример, и отправилась с ним в базу данных генов, которые прицельно извлекли из заведомо разрушающейся ткани фасоли. Говорю алгоритму, а ну-ка найди мне что-то очень отдаленно смахивающее на эту штуку в этой базе данных. Этот ген должен быть маленьким, с сигнальной последовательностью, а также кодировать штук шесть-восемь цистеинов, которые в белке делают сульфидные связи. Все. Буквально первый хит по похожести вселил надежду, но название гена утверждало, что это давно известный науке фермент бла-бла-блаза. Разочарование постигло меня.
Но я все же решила узнать, что это за фермент, раз уж я на него наткнулась. Случайно, разумеется, решила. Из чувства глубокого возмущения фортуной. Открыла статьи и давай читать. Первая же статья гласила: "В классификации ферментов бла-бла-блазы существует огромная путаница. Например вот этот ген, он никакая не бла-бла-блаза, а неизвестная науке фигня, а отнесен к бла-бла-блазам ошибочно". Сердце мое забилось, и я решила еще раз присмотреться к гену. И действительно, никакая это не бла-бла-блаза, потому что у него нет главного бла-бла-блазного комплекса. А что же это такое? Давай я искать по другим статьям. Об этом гене нашласть вообще одна непонятная статья, в которой между строк сквозило "у нас половина экспериментов почему-то не получилась. Все время непонятные проблемы с клонированием". И тут состав американских горок опять понесло ввысь. Эх, думаю, была не была. А попробую!
Беру этот ген и даю студенту с золотыми руками. Студент повозился и говорит, - знаешь, не клонируется, зараза. Бактерии дохнут. (Сердце так, тук-тук-тук, у глазах немного плыть начинает). А ну, -говорю, - давай мы его в табак, а? Только не будем возиться с алкоголем, долго и муторно. Давай мы просто в листок бактерию с вектором инфильтрируем. Сказано - сделано! Вы ж не сильно удивитесь, если сейчас узнаете, что листок покрылся некрозами? У меня застучали зубы и развился невроз.
Короче, долбим мы этот ген со всех сторон. Уже кучу всего про него знаем. Но все еще непонятно, как именно эта штука работает. Мы уже и в гороха его нашли. И вырубили его. На днях принесли садовники семена. Я даже всплакнула от умиления, настолько я подобный эффект ожидала. Тут я позволю себе лирическое отступление. В принцип финансирования науки встроена заглушка для эвристического подхода. Чтобы заполучить финансирование под проект, надо обосновать. Логично и последовательно. Как можно обосновать то, что я выше написала? Это чисто интуитивный подход, не могу же я обосновать "жопой чувствую". В общем это все сильно омрачает перспективы, скажу вам честно.
Начало тут
Раз этот ген работает в тканях, которые дохнут естественным образом в процессе развития, то имеет смысл искать такой же в тканях гороха, о которых известно, что они тоже гарантированно исчезают. Причем не имеет смысла искать по большому сходству, надо искать по принципу аналогии.
Ну, как крыло летучей мыши и птицы. Если речь идет о гене (или его продукте), то большой вопрос, как эта аналогия должна выглядеть вообще. Особенно, если мы не знаем, как именно этот ген работает и как его структура обеспечивает функцию. И как искать вообще. Алгоритмов таких нет, а генов приблизительно 50 тыщ.
Тем не менее я решила искать иглу в стогу сена, причем не имея ни малейшего представления, что именно ищу. Я взяла ячменный ген из прошлого поста, как пример, и отправилась с ним в базу данных генов, которые прицельно извлекли из заведомо разрушающейся ткани фасоли. Говорю алгоритму, а ну-ка найди мне что-то очень отдаленно смахивающее на эту штуку в этой базе данных. Этот ген должен быть маленьким, с сигнальной последовательностью, а также кодировать штук шесть-восемь цистеинов, которые в белке делают сульфидные связи. Все. Буквально первый хит по похожести вселил надежду, но название гена утверждало, что это давно известный науке фермент бла-бла-блаза. Разочарование постигло меня.
Но я все же решила узнать, что это за фермент, раз уж я на него наткнулась. Случайно, разумеется, решила. Из чувства глубокого возмущения фортуной. Открыла статьи и давай читать. Первая же статья гласила: "В классификации ферментов бла-бла-блазы существует огромная путаница. Например вот этот ген, он никакая не бла-бла-блаза, а неизвестная науке фигня, а отнесен к бла-бла-блазам ошибочно". Сердце мое забилось, и я решила еще раз присмотреться к гену. И действительно, никакая это не бла-бла-блаза, потому что у него нет главного бла-бла-блазного комплекса. А что же это такое? Давай я искать по другим статьям. Об этом гене нашласть вообще одна непонятная статья, в которой между строк сквозило "у нас половина экспериментов почему-то не получилась. Все время непонятные проблемы с клонированием". И тут состав американских горок опять понесло ввысь. Эх, думаю, была не была. А попробую!
Беру этот ген и даю студенту с золотыми руками. Студент повозился и говорит, - знаешь, не клонируется, зараза. Бактерии дохнут. (Сердце так, тук-тук-тук, у глазах немного плыть начинает). А ну, -говорю, - давай мы его в табак, а? Только не будем возиться с алкоголем, долго и муторно. Давай мы просто в листок бактерию с вектором инфильтрируем. Сказано - сделано! Вы ж не сильно удивитесь, если сейчас узнаете, что листок покрылся некрозами? У меня застучали зубы и развился невроз.
Короче, долбим мы этот ген со всех сторон. Уже кучу всего про него знаем. Но все еще непонятно, как именно эта штука работает. Мы уже и в гороха его нашли. И вырубили его. На днях принесли садовники семена. Я даже всплакнула от умиления, настолько я подобный эффект ожидала. Тут я позволю себе лирическое отступление. В принцип финансирования науки встроена заглушка для эвристического подхода. Чтобы заполучить финансирование под проект, надо обосновать. Логично и последовательно. Как можно обосновать то, что я выше написала? Это чисто интуитивный подход, не могу же я обосновать "жопой чувствую". В общем это все сильно омрачает перспективы, скажу вам честно.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
бла-бла-блазы
Date: 2010-10-13 04:15 am (UTC)v mene taki pytannya
1 pro бла-бла-блазu- ce vsezhtaky yaka aza- uzh ne serin proteaza li? chytam yaka lipaznaya hydrolaza? bo pobachyla zavernyj GDS v N terminali.
2 Tam skilky introniv v genomnoj seq? 2 chy 1n? yak ya bachyla malen'ki?
3 Ostanne pytannya- vse sho tam otdalenno shozhe v rysi(oryza) transpazonnyj belok yakis'-to sho glyanul v blaste (lj user feniouk v poperednomu posti http://progenes.livejournal.com/103701.html?thread=4582165#t4582165 ) pytannya chy vy dyvylysya na okruzhenie vashogo gena v genome -chy nemae tam navkrugy vsyakyh repetative sequenses transpozonov retrotranspozonov. bo mozhe ceyakis' mozhlyvyj vertikalnyj perenos ?
4same ostanne pytannya a v bakterialnyh genom nichogo pohozhego?
5 oj ni she e narahunok 3D structure simulation priblyzno dyvylysya yakij vin tam mozhe buty?
sorry mozhe yakis' durni pytannya to probachajte :-)
Re: бла-бла-блазы
Date: 2010-10-13 05:24 am (UTC)Prochytala stat'yu posmotrela sequence,vzhe skriz' GDS mereshit'sya...sorry ale pytannya zalyshayut'sya.
Re: бла-бла-блазы
Date: 2010-10-13 06:20 am (UTC)