Растительные микро РНК и еда.

[progenes]

В третий раз меня просят прокомментировать вот эту статью в Cell Reserch. Четвертого раза ждать не буду, прокомментирую быстренько. Почему то считается, что там каким-то боком ГМО, ну хотя бы косвенно


Вот тут есть это в виде новости на русском, кому лень читать оригинал, а мне лень пересказывать. Но я перескажу грубыми мазками.
МикроРНК это такие РНК, которые считываются с ДНК, но никакого белка с них не синтезируется. Однако эти РНК узнают специфически другую РНК, с которой мог бы считаться белок, связываются с ней и все это потом режется в хлам. Таким образом, белок, который мог бы синтезироваться, не синтезируется. В растениях эти микроРНК регулируют синтез своих белков, но, как показали новые исследования, могут регулировать синтез белков у того, кто растение скушал. Караул, получается, что еда влияет на работу наших генов. О чем нам это все говорит? Внимание.

1. Первым делом предлагаю освежить наши знания вот тут, особенно вторую половину. Ключевое предложение "Разворачивание генетической программы происходит во времени в виде комплексного взаимодействия генов между собой при тесном взаимодействии с окружающей средой."

2. Фактически ВСЕ сигналы из внешней среды, и еда в том числе, влияет на работу наших генов. Выпили мы, скажем, молока. Это куча всяких молекул, которые распознаются клетками желудочно - кишечного тракта. Включаются ГЕНЫ, например, ответственные за переваривание молочного сахара. Если ген какой- нить лактазы капут - у нас непереносимость молока. Съели шоколадку, в кровь попадает сахар и, если наблюдается его избыток, включается куча генов, которые обслуживают сохранение питательных веществ из шоколадки в виде целлюлита.

3. Более того, вы сейчас прочитали этот текст. Ваш мозг получил сигнал, который конвертируется в работу каких-то генов. Сначала в мозгу, а потом и во рту, когда у вас потекли слюньки на шоколадку. Это все обслуживается генами.

4. Эта регуляция происходит в виде иерархических каскадов самыми различными механизмами. Это и регуляция синтеза РНК, это и модификация РНК, это регуляция синтеза белков, это регуляция активности ферментов и т.д. и т.п.

5. В этом смысле микроРНК из еды это один из видов молекулярного сигнала, который регулирует на одном из уровней наши непростые взаимоотношения с едой. Вот его открыли и описали.

6. А почем это столько шума, если это один из? А потому что такая регуляция показана впервые - это раз. А во-вторых, обратите внимание, какой именно ген регулирует эта растительная РНК? А это липопротеины низкой плотности. Да-да, те, которые атеросклероз. Это жирная такая заявка на новые препараты против атеросклероза, ждите скоро на ваших прилавках. А ГМО тут вовсе ни при чем.

Comments

[toman-k.livejournal.com]

Где-то с год назад я как раз пробовал делать приблизительную оценку того, какой длины последовательность должна быть, в среднем, чтобы можно было в рамках человеческого генома считать, что она совпала именно не случайно (например, чтобы представлять себе, насколько короткие (т.е. технически не совсем удачные) риды ещё можно пробовать использовать для сборки генома при секвенировании, точнее, короче какой длины заведомо отбрасывать как непригодные, чтоб не тратить вычислительное время и память). Так вот, цифра получилась где-то в районе 24-25 - это для достаточной уверенности в неслучайности. Это для последовательности именно такой, средненькой по сложности, конечно. Лучше такое оценивается, конечно, для конкретно взятой последовательности, достаточна она или коротковата для того, чтобы считаться неслучайно совпавшей. НЯП, я там по 4-буквенному словарю оценивал.
Т.е. 20 букв - это реально мало для неслучайности. Ну, только если не подобрать специально что-то очень злющее (из редких буквосочетаний), разве что. Хотя и то ХЗ, достаточно ли будет там редкости этих сочетаний...

...А вот что некоторые массовые среди запасных белки тех же злаков очень чётко рассчитаны на взаимодействие со вполне конкретными классами пищеварительных ферментов животных (в т.ч. и наших), это давно известный факт. Так что исключать-то ничего такого нельзя...

[crustgroup.livejournal.com]

Учтите, что потом из многих последовательностей сворачиваются вполне конкретные белки с чётко определёнными функциями и жёстко заданной пространственной структурой, чтобы выполнять все экзерсисы по типу "ключ-замок".
Так что - там процент неслучайности достаточно высок, выше, нежели у простой случайной комбинации.

[toman-k.livejournal.com]

Это влияние очень мало при сравнении нуклеотидной последовательности. Потому как, во-первых, априори конкретных вариантов белка для выполнения заданной функции очень много. Во-вторых, недавние дупликации генов или иного типа участков, конечно, мы и не хотим рассматривать как случайное совпадение. Разумеется, они с нашей точки зрения будут проходить как неслучайное сходство (как и должны, впрочем). В-третьих, то, что является тоже, в общем смысле, дупликациями, но, наоборот, давними - это всякие там мотивы или (при более близком уровне родства) семейства белков. Так на этом уровне сходства, чтобы его вообще хоть как-то почувствовать, надо сравнивать строго белковые последовательности, в нуклеотидных же там даже захочешь, никакого сходства выше случайного фона не найдёшь.
Ну и вообще, в данном случае это как раз не критично. Вопрос же стоит отбросить заведомо слишком короткие фрагменты, которые программа всё равно заведомо замучается отнести к конкретному участку генома. С теми фрагментами, которые действительно неслучайно повторяются несколько раз (или, например, много тыщ раз), разумеется, программе придётся разбираться на общих основаниях.