Пару слов о генетических анализах

[progenes]

Тут у нас докторант-бедолага бодается с чужими трансгенами. Вроде точняк трансгены. Проверили саузерном - вставка есть. В рамках кооперации решено отправить растения в дружественную лабораторию, а оттуда любезно запросили в довесок к растениям праймеры для проверки трансгенности ПЦРом. Праймеры, это такие короткие последовательности ДНК (можно даже на бумажке буковки). А ПЦР это ПЦР. Ну вот докторант придумал праймеры и тестирует ПЦР. Прогнал форез и жалуется на результаты.

Смотрю - маркеры на месте, контрольная полоска с плазмидкой - есть. Дальше начинается бардак. В диком типе - полоска (а не должно быть) , в двух трансгенах - полосок нет (а должны). Зато есть жирнющая полоска правильного размера в совсем негативном контоле, содержащем воду.

Да, -говорит. Для контроля воду брал отдельно, чтобы не загрязнить плазмидой, наносил на гель на расстоянии от плазмиды, чтобы из кармана не перетекло. Воду перед этим проавтоклавировал.Говорю, ну знаешь, бывает и фальш-позитивные, и фальш-негативные, но чтобы в одном эксперименте было и то, и другое, такого не видела. В воде вообще замечательно. Посоветовала попроситься на работу к Люку Монтанье.

Напомню, Люк Монтанье это нобелевский лауреат за ВИЧ. Говорят, последнее время спятил и, видимо, хочет еще одну премию - шнобелевскую. Утверждает, что вода помнит ДНКу. Вот,- говорю,- ты с этим ПЦРом это экспериментально и докажешь.

И в завершение бонус. Одно уважаемое издание попросило цитату о новых технологиях. Поскольку цитата не подошла - разрешу ее себе опубликовать здесь. Даже две.
"To live, to err, to fall, to triumph, to recreate life out of life" . "Портрет художника в юности" Джеймса Джойса, кто не в курсе. Спрашиваете, причем тут технологии? Ну это Вентер пошалил и процитировал Джойса в геноме бактерии микоплазма.

Еще одна цитата, оттуда же (из генома микоплазмы): "What I cannot build, I cannot understand" - Ричард Фейнман.
Ну тут Вентер оскандалился, потому что оригинальная цитата Фейнмана такая:
“What I cannot create, I do not understand."
Когда Вентеру указали на ошибку, он ответил следующее: "We agreed what was on the Internet was wrong, so we’re going back to change the genetic code to correct it".

Короче, поменял докторант праймеры, все получилось как надо.

Comments

[vitus_wagner]

До чего дошел прогресс! Теперь, когда "в интернете кто-то неправ" можно исправить ошибку в (его?) ДНК ко всеобщему удовольствию. Осталось чтобы эта технология распросттранились и стала доступна на уровне районных поликлиник.

[progenes.livejournal.com]

Вот да, я тоже примерно так размечталась.

[roman_sharp.livejournal.com]

От нашего ЖЖ Вашему -

http://www.bbc.co.uk/news/technology-15402552
Grow your own meat
- история и планы на "клеточное мясо из пробирки"


О планах на использование генетического кода в медицине, "к чему надо быть готовым"
http://www.bbc.co.uk/news/health-15428202
BBC News - NHS must prepare for the genetic revolution, report says

...
The government's chief genetics advisor, Sir John Bell, says: "[Genetics] will touch every single area of medicine for sure. For some it will have a very major effect, others it will be less dominant, but the contribution of genetics to all human disease is clear."

...
Sir John says a set of specialist hubs need to be set up to handle the information, but that there also needed to be a "restructuring of the whole operation" to bring genetics to specialists in cancer, heart disease, diabetes and public health.

[progenes.livejournal.com]

спасибо!

[kondybas.livejournal.com]

Ну, предположим, неправильными праймерами неоднозначно метился фрагмент ДНК, в результате получался коктейль. А в контроле-то откуда?

[sapsilma.livejournal.com]

докторантом неоднозначно метились пробирки с образцами по-моему. это все объясняет.

[stoshagownozad.livejournal.com]

вот у меня тоже сильное ощущение, что он пробирки перепутал

[progenes.livejournal.com]

С водой вряд ли перепутал.

[progenes.livejournal.com]

Первая мысль действительно такая. Но есть нюанс. на форезе видно, где в пробах есть геномная ДНК, а где ее нет. Если для ПЦРа плазмиды надо следовые количества темплейт, то для ПЦРа трансгена надо хорошенечко ДНКи бухнуть, до 1 мкг. на форезе от такого количества заметно трек. В общем, если и перепутал, то точно не воду с ДНК.

Бывает контаминация, если первой в мастермикс раскапать плазмиду носиком без запора. Потом она всюду "лезет" куда не надо. В общем, я грешу на загрязнение, но как?

[annaslavna.livejournal.com]

Тема с ДНК и памятью воды забавна). Я как некоторые иммуногистохимиии у себя в холодильники вижу (после неаккуратного соседа по полке) так Нобель получать хочу) А теперь спрошу (тапками не закидывайте, я к ПЦР вообще отношения не имею) а в пробирки с праймерами с которым докторант работал все сотрудники лаборатории ТОЧНО разными наконечниками лазали?

[toman-k.livejournal.com]

В таких ситуациях, боюсь, если бы выяснилось, что какой-то ещё вообще сотрудник лаборатории лазил в пробирку с праймером, даже чистым наконечником, в чистых перчатках и т.д. и т.п., докторант бы этому сотруднику(ам) бошку(и) оторвал молча и моментально, в бешеной ярости. Ибо нех!

[progenes.livejournal.com]

В конкретном случае это его "личные" праймеры. Другое дело, что полимераза и буфера - общак.

[andrew korzhuev (from livejournal.com)]

И Лайнус Поллинг тоже спятил. Это закономерность?

[progenes.livejournal.com]

Черт его знает. Может эффект нобелевки?

[potan.livejournal.com]

Вспоминается "Глубина в небе" Винджа. Там увлечение крупного ученого эзотерикой оказалось совсем не случайным :-).

[maus-san.livejournal.com]

Руслана, "Эгоистичный ген" - полезная для обывателя книжка или ересь?

[progenes.livejournal.com]

Лично я считаю, что это книжки с разряда "маст рид". Потом можно будет решить самому, ересь или полезная.

[maus-san.livejournal.com]

Вопрос в том, можно ли верить всему написанному в книжке. Можно ли использовать ее в качестве основного источника для формирования своих представлений о предмете — человеку, у которого нет знаний, при помощи которых он мог бы судить об истинности написанного в книге.

Дело в том, что на пяток хвалебных отзывов об этой книжке приходится один резко отрицательный. И не односложный, а развернутый. Что, мол, это популистика и бред, а местами намеренное введение в заблуждение.

К тому же книжке уже десяток лет. Вышло юбилейное издание с какими-то правками, но его нет в Amazon Kindle. :(

[progenes.livejournal.com]

Ну что значит верить. Это не библия и даже не учебник. А если нет знаний, то можно использовать логическое мышление и сделать выводы. Можно также самому оценить силу аргументов Докинза, а они очень интересные. Геноцентристы сказали бы, что все там верно. А этологи часто не согласны, для них слишком холодно и спорно, они наблюдают не гены, а отношения. Это как спор физиков и лириков. Но книжку стоит прочитать.

[maus-san.livejournal.com]

Спасибо!

[voldemarych.livejournal.com]

Мне тоже очень интересно, как именно он поменял праймеры - другие сиквенсы взял, или другую партию тех же? :)

[progenes.livejournal.com]

Ну если бы была контаминация в праймерах, тогда бы и в трансгенах была полоска. А если в трансгенах пусто, то я грешу на специфичность праймеров. Заказал новые сиквенсы с другого участка.

[snysmymrik.livejournal.com]

У меня такое бывало. Я тупо предположил, что в негативный контроль затесался мой образец и попёр дальше... 8-)

[progenes.livejournal.com]

Да, бывает. А что делать с отсутсвием полоски у трансгенов? тут дальше не попрешь. Тупик.

[anatoly borodin (from livejournal.com)]

Стыдпазор! Немецкие биологи уничтожают факты, противоречащие теории! Низабудимнипрастим!

[misha-makferson.livejournal.com]

Некоторые коллеги истинно познавшие дао науки говорят, что правильная теория сама выбирает себе факты :-) "Не человек для субботы" (С)