progenes | сейчас что-то расскажу

Где-то в праздничные дни, кажется у

avva была смешная ссылка о том, как какой-то завод (фабрика или другое производство) утратили знания и понимание технологии и им пришлось восстанавливать по крупицам, как работает их оборудование.

У меня в прошлом году было нечто подобное. Несколько детективная история с подробностями из лабораторной жизни. Только не пугайтесь. В процессе съемок ни один мутантый табак в природу не вырвался. Кроме того, это еще один путь научного познания, хоть и нетрадиционный. Впрочем, когда дописала, поняла, что интересно будет специалистам. Если вам не чужды понятия праймеры, ПЦР, нозерн, саузерн и ДНК,

Началось все довольно буднично и неинтересно. Пришли ко мне биохимики-аналитики и просят - вот у нас тут есть табак. Трансгенный. Мы хотим написать о нем статью. Собственно статья уже готова. Дело за малым. Нам надо картинку, что он трансгенный и вообще, эту часть статьи, вашу молекулярную, надо сделать.

В общем, кто понимает о чем речь, тот уже на этом абзаце выкатил свои глазищи и отвесил челюсть. Какая такая статья научная о табаке, если вообще неизвестно, трансгенный ли это табак и вообще, что за табак и о чем, блин, статья?

Спрашиваю - а что хоть за табак? Какой ген туда встроили, что за конструкцию и нафига? Аналитики доверчиво хлопают глазами. Слово за слово вытягиваю информацию, вырисовывается такая картина.

Дело было давно. Много лет назад. Биохимики-аналитики ставили метод визуализации, качественного и количественного определения метаболитов в растении. Что-то у них получалось, что-то нет. Но метод многообещающий. Чтобы определить, получается ли у них это на самом деле и то, что они видят и измеряют действительно верно, кто-то придумал взять для контроля растение, у которого заведомо изменен метаболитический статус.

Что значит взять какое-то растение? И, главное, где?
Короче, уболтали биохмики-аналитики одну азиатскую коллегу, которая как раз тестировала на табаке свою генетическую конструкцию, которую затем собиралась встроить в другое растение с благими намерениям изменения метаболизма семян (спасибо, что дочитали это предложение до конца). Табак - это такой полигон для технологического налаживания, быстро и удобно. Вот коллега и отстегнула им семян табака, у которого заведомо изменен метаболитический статус, но который ей в общем-то не очень и надо был. И у них получилось измерение так, как и ожидалось. Вот собрали они, наконец, все результаты в кучу и собираются об этом поведать миру. Но вот беда. Азиатская коллега уже много лет как закончила проект, свалила в Америку и утратила интерес к прошлой работе.

Мне гордо вручили ступку лабораторных журналов коллеги, две коробки с пробирочками на минус 20 и пакетик с семенами табака и сказали - мы в тебя верим, ты разберешься. У нас есть подозрение, что этот ген из капусты.

Вы знаете, как выглядят лабораторные журналы? Это такая толстая тетрадь с пометками, протоколами и фотками. Очень личными пометками и фотками. Между листами журнала сотни записочек, клочков бумаги и прочих стикеров. Обычно сам владелец уже через год перестает понимать, что там написано.

Что за ген?
Так. Значит, какой-то ген из капусты. Перебираю фолианты. Нахожу упоминанине капусты. И гена. Правда, кроме аббревиатуры больше ничего нет. Первое, что приходит в голову - аминокислотная пермеаза. Может изменить метаболизм? Может. Ищу упоминание аминокислотных транспортеров из капусты в литературе. Не нахожу. Зато в фолиантах нахожу чье-то имя на полях возле аббревиатуры. Гуглю. Ага. Известный капустный генетик. Изучает хлоропластный метаболизм. Транспорт нуклеотидов, а вовсе не аминокислот. Открыл и описал ген с известной мне аббревиатурой. Прекрасно! Нахожу в сети генетическую последовательность.

Что за конструкция?
Ген есть. А что за промотор? Тщетно ищу плазмидные карты в журналах. Нахожу две стратегии клонирования, которые почерканы и красным дорисованы сайты рестрикции. Не получилось, стало быть. Попытка частичного переваривания. Ну-ну. И вот, наконец, ПЦР:
махонькая размытая поляроидная фотка на скрепке. Десять едва заметных полосочек. На той же странице праймерные последовательности. Один отлично узнается на гене, другой нет. Кручу-верчу, сравниваю с базами даных кДНК. Не нахожу. Решаю, что скорее всего трансгенность проверяли незамысловатым ПЦРом - праймер на гене, праймер на промоторе. Ищу праймер в известном мне промоторе. К бабке не ходи! Есть! Заказываю праймеры.

Где эта конструкция?
Лезу в морозилку, достаю коробку с пробирками. Открываю. Смотрю. Смотрю и молчу. Затем приставляю кулак к голове, тыкаю в висок оттопыренными указательным и средним пальцем и говорю - тыдыщ! Если в журнале еще можно что-то прочитать, то в коробке... Но я нахожу две, где написано, что это агробактерия с нужным мне геном. Высаживаю на среду с антибиотиками. На одной среде растет. Выделяю ДНК. ПЦРю. Бинго!

Наращиваю бактерию, выделяю плазмиду, пересаживаю в еколи, вырезаю из конструкции фрагментик для саузерна-нозерна. Прячу все в свою коробку, приклеиваю череп, пишу "не влезай, убью", коробку прячу в морозилку, вешаю цепи и амбарный замок. Хлопками вытираю ладошки друг о друга. Готово.

Что за табак?
Тем временем табак пророс. Три линии. Выделяю ДНК и ПЦРю табак известными мне праймерами. Одна линия - дает четкий недвусмысленный сигнал. Еще две - девственно пусты. Иду на митинг с биохимиками рассказать о промежуточных результатах. Биохимики говорят... Все, что сказали биохимики вымарано цензурой, но суть в том, что ~~фак~~ у них самые классные и жирные результаты на той линии ~~фак~~, которая девственно чиста ~~фак~~. От меня требуют достоверного объяснения, как могло такое случиться, что еще десять лет назад эта линия была трансгенна (со слов азиатской коллеги), а тепер уже нет ~~фак~~.
Я говорю, ото ж бо і воно!

Где ген, систер?
Говорю, что у меня есть несколько версий, куда подевался ген. Впрочем, самая достоверная такая: если принять за условие, что эта линия действительно была когда-то трансгенной, то исходя из одной единственно поляроидной фотки ПЦРа, она была скорее всего не гомозиготной. А поскольку линию пересаживали много раз, то выселектировался нетрансген. А трансген если и есть, то где-то в первых поколениях. У вас есть первые поколения семян? Биохимики сказали - фак и полезли в семенное хранилище. На другой день у меня на столе лежали два десятка невнятных пакетиков семян с годом рождения в районе миллениума.

Вот он ген!
Высаживаем, ждем табачного урожая, косим, ~~курим,~~ выделяем ДНК, тестируем ПЦРом. На третьем поколении находим все трансгены. Осталась техническая ерунда. Теперь надо посчитать количество вставок в геном и доказать, собственно, главное - что этот ген включился и работает.

Заняло такое удовольствие примерно пол-года, в основном за счет ожидания растительного материала. Делается между делом, у нас называется левая шарашка.