![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
progenesГде-то в праздничные дни, кажется у ![[livejournal.com profile]](https://www.dreamwidth.org/img/external/lj-userinfo.gif)
avva была смешная ссылка о том, как какой-то завод (фабрика или другое производство) утратили знания и понимание технологии и им пришлось восстанавливать по крупицам, как работает их оборудование.
У меня в прошлом году было нечто подобное. Несколько детективная история с подробностями из лабораторной жизни. Только не пугайтесь. В процессе съемок ни один мутантый табак в природу не вырвался. Кроме того, это еще один путь научного познания, хоть и нетрадиционный. Впрочем, когда дописала, поняла, что интересно будет специалистам. Если вам не чужды понятия праймеры, ПЦР, нозерн, саузерн и ДНК,
Началось все довольно буднично и неинтересно. Пришли ко мне биохимики-аналитики и просят - вот у нас тут есть табак. Трансгенный. Мы хотим написать о нем статью. Собственно статья уже готова. Дело за малым. Нам надо картинку, что он трансгенный и вообще, эту часть статьи, вашу молекулярную, надо сделать.
В общем, кто понимает о чем речь, тот уже на этом абзаце выкатил свои глазищи и отвесил челюсть. Какая такая статья научная о табаке, если вообще неизвестно, трансгенный ли это табак и вообще, что за табак и о чем, блин, статья?
Спрашиваю - а что хоть за табак? Какой ген туда встроили, что за конструкцию и нафига? Аналитики доверчиво хлопают глазами. Слово за слово вытягиваю информацию, вырисовывается такая картина.
Дело было давно. Много лет назад. Биохимики-аналитики ставили метод визуализации, качественного и количественного определения метаболитов в растении. Что-то у них получалось, что-то нет. Но метод многообещающий. Чтобы определить, получается ли у них это на самом деле и то, что они видят и измеряют действительно верно, кто-то придумал взять для контроля растение, у которого заведомо изменен метаболитический статус.
Что значит взять какое-то растение? И, главное, где?
Короче, уболтали биохмики-аналитики одну азиатскую коллегу, которая как раз тестировала на табаке свою генетическую конструкцию, которую затем собиралась встроить в другое растение с благими намерениям изменения метаболизма семян (спасибо, что дочитали это предложение до конца). Табак - это такой полигон для технологического налаживания, быстро и удобно. Вот коллега и отстегнула им семян табака, у которого заведомо изменен метаболитический статус, но который ей в общем-то не очень и надо был. И у них получилось измерение так, как и ожидалось. Вот собрали они, наконец, все результаты в кучу и собираются об этом поведать миру. Но вот беда. Азиатская коллега уже много лет как закончила проект, свалила в Америку и утратила интерес к прошлой работе.
Мне гордо вручили ступку лабораторных журналов коллеги, две коробки с пробирочками на минус 20 и пакетик с семенами табака и сказали - мы в тебя верим, ты разберешься. У нас есть подозрение, что этот ген из капусты.
Вы знаете, как выглядят лабораторные журналы? Это такая толстая тетрадь с пометками, протоколами и фотками. Очень личными пометками и фотками. Между листами журнала сотни записочек, клочков бумаги и прочих стикеров. Обычно сам владелец уже через год перестает понимать, что там написано.
Что за ген?
Так. Значит, какой-то ген из капусты. Перебираю фолианты. Нахожу упоминанине капусты. И гена. Правда, кроме аббревиатуры больше ничего нет. Первое, что приходит в голову - аминокислотная пермеаза. Может изменить метаболизм? Может. Ищу упоминание аминокислотных транспортеров из капусты в литературе. Не нахожу. Зато в фолиантах нахожу чье-то имя на полях возле аббревиатуры. Гуглю. Ага. Известный капустный генетик. Изучает хлоропластный метаболизм. Транспорт нуклеотидов, а вовсе не аминокислот. Открыл и описал ген с известной мне аббревиатурой. Прекрасно! Нахожу в сети генетическую последовательность.
Что за конструкция?
Ген есть. А что за промотор? Тщетно ищу плазмидные карты в журналах. Нахожу две стратегии клонирования, которые почерканы и красным дорисованы сайты рестрикции. Не получилось, стало быть. Попытка частичного переваривания. Ну-ну. И вот, наконец, ПЦР:
махонькая размытая поляроидная фотка на скрепке. Десять едва заметных полосочек. На той же странице праймерные последовательности. Один отлично узнается на гене, другой нет. Кручу-верчу, сравниваю с базами даных кДНК. Не нахожу. Решаю, что скорее всего трансгенность проверяли незамысловатым ПЦРом - праймер на гене, праймер на промоторе. Ищу праймер в известном мне промоторе. К бабке не ходи! Есть! Заказываю праймеры.
Где эта конструкция?
Лезу в морозилку, достаю коробку с пробирками. Открываю. Смотрю. Смотрю и молчу. Затем приставляю кулак к голове, тыкаю в висок оттопыренными указательным и средним пальцем и говорю - тыдыщ! Если в журнале еще можно что-то прочитать, то в коробке... Но я нахожу две, где написано, что это агробактерия с нужным мне геном. Высаживаю на среду с антибиотиками. На одной среде растет. Выделяю ДНК. ПЦРю. Бинго!
Наращиваю бактерию, выделяю плазмиду, пересаживаю в еколи, вырезаю из конструкции фрагментик для саузерна-нозерна. Прячу все в свою коробку, приклеиваю череп, пишу "не влезай, убью", коробку прячу в морозилку, вешаю цепи и амбарный замок. Хлопками вытираю ладошки друг о друга. Готово.
Что за табак?
Тем временем табак пророс. Три линии. Выделяю ДНК и ПЦРю табак известными мне праймерами. Одна линия - дает четкий недвусмысленный сигнал. Еще две - девственно пусты. Иду на митинг с биохимиками рассказать о промежуточных результатах. Биохимики говорят... Все, что сказали биохимики вымарано цензурой, но суть в том, чтофак у них самые классные и жирные результаты на той линии фак, которая девственно чиста фак. От меня требуют достоверного объяснения, как могло такое случиться, что еще десять лет назад эта линия была трансгенна (со слов азиатской коллеги), а тепер уже нет фак.
Я говорю, ото ж бо і воно!
Где ген, систер?
Говорю, что у меня есть несколько версий, куда подевался ген. Впрочем, самая достоверная такая: если принять за условие, что эта линия действительно была когда-то трансгенной, то исходя из одной единственно поляроидной фотки ПЦРа, она была скорее всего не гомозиготной. А поскольку линию пересаживали много раз, то выселектировался нетрансген. А трансген если и есть, то где-то в первых поколениях. У вас есть первые поколения семян? Биохимики сказали - фак и полезли в семенное хранилище. На другой день у меня на столе лежали два десятка невнятных пакетиков семян с годом рождения в районе миллениума.
Вот он ген!
Высаживаем, ждем табачного урожая, косим,курим, выделяем ДНК, тестируем ПЦРом. На третьем поколении находим все трансгены. Осталась техническая ерунда. Теперь надо посчитать количество вставок в геном и доказать, собственно, главное - что этот ген включился и работает.
Заняло такое удовольствие примерно пол-года, в основном за счет ожидания растительного материала. Делается между делом, у нас называется левая шарашка.
avva была смешная ссылка о том, как какой-то завод (фабрика или другое производство) утратили знания и понимание технологии и им пришлось восстанавливать по крупицам, как работает их оборудование.У меня в прошлом году было нечто подобное. Несколько детективная история с подробностями из лабораторной жизни. Только не пугайтесь. В процессе съемок ни один мутантый табак в природу не вырвался. Кроме того, это еще один путь научного познания, хоть и нетрадиционный. Впрочем, когда дописала, поняла, что интересно будет специалистам. Если вам не чужды понятия праймеры, ПЦР, нозерн, саузерн и ДНК,
Началось все довольно буднично и неинтересно. Пришли ко мне биохимики-аналитики и просят - вот у нас тут есть табак. Трансгенный. Мы хотим написать о нем статью. Собственно статья уже готова. Дело за малым. Нам надо картинку, что он трансгенный и вообще, эту часть статьи, вашу молекулярную, надо сделать.
В общем, кто понимает о чем речь, тот уже на этом абзаце выкатил свои глазищи и отвесил челюсть. Какая такая статья научная о табаке, если вообще неизвестно, трансгенный ли это табак и вообще, что за табак и о чем, блин, статья?
Спрашиваю - а что хоть за табак? Какой ген туда встроили, что за конструкцию и нафига? Аналитики доверчиво хлопают глазами. Слово за слово вытягиваю информацию, вырисовывается такая картина.
Дело было давно. Много лет назад. Биохимики-аналитики ставили метод визуализации, качественного и количественного определения метаболитов в растении. Что-то у них получалось, что-то нет. Но метод многообещающий. Чтобы определить, получается ли у них это на самом деле и то, что они видят и измеряют действительно верно, кто-то придумал взять для контроля растение, у которого заведомо изменен метаболитический статус.
Что значит взять какое-то растение? И, главное, где?
Короче, уболтали биохмики-аналитики одну азиатскую коллегу, которая как раз тестировала на табаке свою генетическую конструкцию, которую затем собиралась встроить в другое растение с благими намерениям изменения метаболизма семян (спасибо, что дочитали это предложение до конца). Табак - это такой полигон для технологического налаживания, быстро и удобно. Вот коллега и отстегнула им семян табака, у которого заведомо изменен метаболитический статус, но который ей в общем-то не очень и надо был. И у них получилось измерение так, как и ожидалось. Вот собрали они, наконец, все результаты в кучу и собираются об этом поведать миру. Но вот беда. Азиатская коллега уже много лет как закончила проект, свалила в Америку и утратила интерес к прошлой работе.
Мне гордо вручили ступку лабораторных журналов коллеги, две коробки с пробирочками на минус 20 и пакетик с семенами табака и сказали - мы в тебя верим, ты разберешься. У нас есть подозрение, что этот ген из капусты.
Вы знаете, как выглядят лабораторные журналы? Это такая толстая тетрадь с пометками, протоколами и фотками. Очень личными пометками и фотками. Между листами журнала сотни записочек, клочков бумаги и прочих стикеров. Обычно сам владелец уже через год перестает понимать, что там написано.
Что за ген?
Так. Значит, какой-то ген из капусты. Перебираю фолианты. Нахожу упоминанине капусты. И гена. Правда, кроме аббревиатуры больше ничего нет. Первое, что приходит в голову - аминокислотная пермеаза. Может изменить метаболизм? Может. Ищу упоминание аминокислотных транспортеров из капусты в литературе. Не нахожу. Зато в фолиантах нахожу чье-то имя на полях возле аббревиатуры. Гуглю. Ага. Известный капустный генетик. Изучает хлоропластный метаболизм. Транспорт нуклеотидов, а вовсе не аминокислот. Открыл и описал ген с известной мне аббревиатурой. Прекрасно! Нахожу в сети генетическую последовательность.
Что за конструкция?
Ген есть. А что за промотор? Тщетно ищу плазмидные карты в журналах. Нахожу две стратегии клонирования, которые почерканы и красным дорисованы сайты рестрикции. Не получилось, стало быть. Попытка частичного переваривания. Ну-ну. И вот, наконец, ПЦР:
махонькая размытая поляроидная фотка на скрепке. Десять едва заметных полосочек. На той же странице праймерные последовательности. Один отлично узнается на гене, другой нет. Кручу-верчу, сравниваю с базами даных кДНК. Не нахожу. Решаю, что скорее всего трансгенность проверяли незамысловатым ПЦРом - праймер на гене, праймер на промоторе. Ищу праймер в известном мне промоторе. К бабке не ходи! Есть! Заказываю праймеры.
Где эта конструкция?
Лезу в морозилку, достаю коробку с пробирками. Открываю. Смотрю. Смотрю и молчу. Затем приставляю кулак к голове, тыкаю в висок оттопыренными указательным и средним пальцем и говорю - тыдыщ! Если в журнале еще можно что-то прочитать, то в коробке... Но я нахожу две, где написано, что это агробактерия с нужным мне геном. Высаживаю на среду с антибиотиками. На одной среде растет. Выделяю ДНК. ПЦРю. Бинго!
Наращиваю бактерию, выделяю плазмиду, пересаживаю в еколи, вырезаю из конструкции фрагментик для саузерна-нозерна. Прячу все в свою коробку, приклеиваю череп, пишу "не влезай, убью", коробку прячу в морозилку, вешаю цепи и амбарный замок. Хлопками вытираю ладошки друг о друга. Готово.
Что за табак?
Тем временем табак пророс. Три линии. Выделяю ДНК и ПЦРю табак известными мне праймерами. Одна линия - дает четкий недвусмысленный сигнал. Еще две - девственно пусты. Иду на митинг с биохимиками рассказать о промежуточных результатах. Биохимики говорят... Все, что сказали биохимики вымарано цензурой, но суть в том, что
Я говорю, ото ж бо і воно!
Где ген, систер?
Говорю, что у меня есть несколько версий, куда подевался ген. Впрочем, самая достоверная такая: если принять за условие, что эта линия действительно была когда-то трансгенной, то исходя из одной единственно поляроидной фотки ПЦРа, она была скорее всего не гомозиготной. А поскольку линию пересаживали много раз, то выселектировался нетрансген. А трансген если и есть, то где-то в первых поколениях. У вас есть первые поколения семян? Биохимики сказали - фак и полезли в семенное хранилище. На другой день у меня на столе лежали два десятка невнятных пакетиков семян с годом рождения в районе миллениума.
Вот он ген!
Высаживаем, ждем табачного урожая, косим,
Заняло такое удовольствие примерно пол-года, в основном за счет ожидания растительного материала. Делается между делом, у нас называется левая шарашка.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2012-01-11 01:54 pm (UTC)Особенно прикольно в тех случаях, когда нужный синтез идет по две недели и один шаг по чужим абы как задокументированным граблям херит тучу времени.
no subject
Date: 2012-01-11 02:11 pm (UTC)no subject
Date: 2012-01-11 02:19 pm (UTC)no subject
Date: 2012-01-11 02:20 pm (UTC)no subject
Date: 2012-01-11 03:36 pm (UTC)А вообще, это ведь ценность на самом деле ого-го какая, лабжурналы. У нас как-то в институте было: из-за подозрения, что в ремонтируемом помещении забыли лабжурнал при выносе мебели, остановили ремонт и снимали свежеприкрученные стенные панели. Ибо без того журнала данные по протоколам опытов взять было неоткуда.
no subject
Date: 2012-01-11 06:21 pm (UTC)no subject
Date: 2012-01-11 11:20 pm (UTC)no subject
Date: 2012-01-12 12:57 am (UTC)