О карасях и томатах

[progenes]

Учусь рисовать табличку. Вы знаете, как убрать этот дурацкий пробел? Или это только я еговижу?

Ага, попались?! Будет про ГМО!

	ГМО	Селекция
Изменяет геном	Да	Да
Изменяет геном предсказуемо	Довольно предсказуемо	Слабо предсказуемо
Цели:
устойчивость к гербицидам	Да	Да
устойчивость к биотическим факторам	Да	Да
устойчивость к абиотическим факторамм	Да	Да
потребительски ориентированные качества	Да	Да
Патентование	Да	Да
Экологические риски	Да	Да
включая биоразнообразие	Да	Да
Потребительские риски	Да	Да
включая потенциальные аллергии и яды	Да	Да
Отслеживание сортов (генетических изменений)	Легко и просто	Сложно, но теоретически возможно
Текущий контроль безопасности	Максимально возможный	Иногда встречается

Это я посмотрела опять кое-какие комментарии. Кстати, попался один из редких примеров, когда опасения максимально четко и понятно сформулированы. По ссылке природа страхов ГМО почти полностью интуитивна.

Потребителем ощущается, что вторгаясь в геном, ученые
-нарушают какие-то естественные правила и законы, ( если ген "выработает" сам помидор (пусть это будет и случайная мутация), то есть он будет "родным")

-что неминуемо приведет к нарушению равновесия и стабильности (количество генов у организма постоянно..так что нельзя просто "добавить" ген. по логике... )

В этом смысле табличка может помочь кое-что разъяснить. Как видим, у нас есть разница в изменении генома в результате различных подходов и предсказательная сила в случае селекции немного ограничена. Она, разумеется есть, но заканчивается на законах Менделя. Но что там в этом черном ящике (геноме) произойдет в результате мутагенеза, мы можем определить разве что опосля.

В геноме томата нет ничего такого, что мы могли бы назвать "родным" (т.е. хорошим, полезным) для томата, кроме факта происхождения гена от папы и мамы томатов. "Родной" ген из томата при определенных условиях может стать для самого же томата смертельным. Есть ли какой высший смысл в том, что на этом отрезке эволюции этот именно ген принадлежит именно этому томату и не принадлежит карасю? На этот вопрос биология не отвечает.

Биология констатирует, что текущий томатный ген кодирует какой-то белок, который катализирует реакцию вторичного метаболизма, в результате которой образуется пигмент, которые придает томату определенный цвет.
Этот цвет может быть важен в процессе эволюции и давать преимущества в размножении.

Есть какой-то высший смысл в том, что ген из карася не может естественным путем попасть в геном томата? Пожалуй один из самых частых вопросов. Ответ на него - крокодилы летают, но очень низко ген карася может попасть естественным путем в геном томата.

Объясняю на примере. Птица поймала карася, несет в клюве. Карась выпал из клюва на томатное поле и сдох. Трупик разложился. Его ДНК освободилась из клеток и попала в почву. К ДНК (кускам) подплыла агробактерия, понюхала и захватила эту ДНК для своих нужд (у бактерии есть на это инструменты). После чего эта агробактерия попала на растение томата и заразила его. В процессе инфекции ДНК из бактериальной клетки проникла в растительную. Это естественный природный процесс, который используется в генетической инженерии как инструмент. Вуаля, ген из карася попал в растительный геном. Каждое отдельное звено этого рассуждения вполне теоретически и немножко даже практически возможно, но в целом картина стремится к очень низкой вероятности. К нулю.

Однако, я буду лукавить, если скажу, что нет никакой закономерности в геномных перестройках, мутациях, встраиваниях генов и все лишь случайность. В судьбе генома есть закономерности. Одни закономерности нам известны, как это примерно что в процессе эволюции растительные геномы удвоились, а то и утроились (до розид). Есть непонятные закономерности, вроде соотношения нуклеотидов или в интронно-экзонной структуре генома. Мы эту закономерность можем неплохо описать, но понятия не имеем, откуда она взялась и есть ли у нее смысл. Воможно, она последствие первой закономерности. Наверняка еще есть парочка закономерностей, о которых мы вообще еще не знаем.

Вот, месяц назад прочитали геномы дикого и домашнего томатов. Генов карася там не обнаружилось. Но за короткий период человеческого воздействия, геном томата претерпел довольно существенные изменения. Из 31,760 диких генов только 7,378 не изменилось, в 11,753 генах случились "незаметные" замены, которые не привели к изменениям в белковой структуре. И в 12,629 генов случились серьезные поломки, имеющие последствия для функции генов. Почти треть всех генов поменялась.

Фух, дописала. Третий день пишу. Но что делать с пробелом - не знаю. Странно, то вижу, то не вижу.

И что? Пока я тут с тэгами сражалась, neuraum намножко интереснее про томаты написал.

Comments

[kondybas.livejournal.com]

Я в коді бачу багато тегів <br> підряд, вони й створюють пробіл між текстом та табличкою

В табличку варто б додати третю колонку - природній добір.

[progenes.livejournal.com]

Дякую. Треба подумати, як ще цю табличку поліпшити і конкретизувати прикладами. У мене є ще декілька ідей. Про природній добір цікаво, можливо треба дійсно така колонка.

[pogorily.livejournal.com]

В принципе, естественный отбор от искусственного отличается (помимо "целевых установок" - в естественном выживание в природной среде, в искусственном в тесном симбиозе с человеком) только количественными факторами.

Отбор "наиболее подходящих" - в обоих случаях есть, но в искусственном он куда более резкий. Включая выведение сорта из единственного растения или породы из единственной пары животных (ряд пород собак идут от единственной пары, да еще и брата с сестрой или отца с дочкой).

Подхватывание мутаций - есть в обоих случаях. Опять же в искусственном - более резко это делается, плюс искусственное повышение частоты мутагенеза применяют (радиационные или химические мутагены), что не принципиально, но удобно технически - за одно поколение получается то, что при нормальном темпе мутаций пришлось бы ждать, возможно, сотни-тысячи поколений (так ведь и ждали столько, см. выведение кукурузы из теосинте).

Скрещивание - тоже бывает и там и там. В природных условиях, видимо, реже - но и тут разница лишь количественная.

Так?

[mandragore.livejournal.com]

Пробелы формируются из-за переносов строк в таблице. Т.е. Хтмл-таблицу сейчас сделать без пробелов между тэгами, в строку - то все станет правильно. Вот такой вот жж, что даже переносы форматирования отображает.

[progenes.livejournal.com]

Спасиб, мне подсказали, что СУП пригорошню



тэгов отсыпал незаметно.

[nashev.livejournal.com]

В редакторе поста (не помню, только ли в режиме кода) есть галочка про автоматическое форматирование, отчасти этой щедростью управляет она.

[lada-ladushka.livejournal.com]

Спасибо, очень наглядно и познавательно.

[prokhozhyj.livejournal.com]

Табличка роскошная :). Но не уверен, что экологические и потребительские риски должны быть в разделе "цели", а сейчас выглядит именно так ;).

[progenes.livejournal.com]

Извините, я попробовала поредактировать, но у меня глаза от тэгов поломались. Некогда возиться.

[xelenka.livejournal.com]

а у меня вот такой вопрос: известны ли случаи, когда в результате селекции (когда по опытной делянке "ударили жестким излучением" или "отравили семена мутагеном") случайно возникала такая мутация, что растение становилось ядовито для человека?

[progenes.livejournal.com]

картофан постоянно "возвращает" соланин, например, Lenape potato. Или вот еще http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jsfa.2740680217/abstract

Интересно, что сорт Lenape пробовали "вырубить" синтез соланина с помощью генетической модификации. Получилось, кстати.

киви, кстати, известный продукт с сильным аллергеном. уже после интродукции определили, что там актинидин далеко не всми усваивается.

сельдерей доселектировали до повышенного содержания псоралена.

[xelenka.livejournal.com]

здорово.
и после этого люди боятся ГМО?

[progenes.livejournal.com]

я ж говорю, это какое-то интуитивное убеждение - вот в родном помидоре с его родными помидорными генами даже после радиоактивного мутагенеза ничего плохого получиться не может. Тем временем у томатов, кстати, тоже случаются алкалоиды http://en.wikipedia.org/wiki/Tomatine

[pogorily.livejournal.com]

Целый ряд культурных или употребляемых в пищу растений и грибов и так ядовиты.
Либо это не те части, что употребляются в пищу (у картофеля очень не рекомендуется есть плоды - маленькие зеленые "помидорчики").
Либо яд возникает при неправильном хранении - позеленевшие клубни картофеля содержат тот же соланин, что его плоды.
Либо ядовитые (или неприятного вкуса) вещества удаляются или разлагаются при вываривании, вымачивании, выбраживании и т.д.
Горький миндаль довольно ядовит (помнится, 5 ядрыщек достаточно для серьезных последствий), а отличается ядовитый от неядовитого ровно одной аллелью (разновидностью гена). Или, другими словами, одной мутацией.

Так что такая мутация, конечно, возможна.
Но надо понимать, что действительно ядовитое вещество вот так, случайной мутацией (тем более одной) получить маловероятно. Все что ядовитое, горькое, жгучее - получилось в природе далеко не случайно. Так растения (и не только они) защищали себя от поедания, постепенно наращивая защиту в течение долгого времени эволюции.

Вообще возможно много интересного. Обычный красный перец обладает жгучим вкусом, чтоб его не ели. А мы его именно за это выращиваем и употребляем как приправу.

[xelenka.livejournal.com]

это понятно :)
интересны случаи, когда именно в результате экспериментов с селекцией вместо чего-то безобидного вдруг получалось ядовитое. в качестве иилюстрации к позиции "если что-то в помидоре намутировало,то это родные помидорные гены и есть такое не страшно".

[pogorily.livejournal.com]

Это надо у селекционеров спрашивать.
Мне известно только, что 90%, а то и 99% результатов ускоренного мутагенеза - такие уродцы, что кроме как на уничтожение никуда не годны. А вот малая часть - да, ценная.

Но еще раз повторяю - крайне маловероятно, чтобы хороший, сильный яд (или горечь, или жгучесть) получились просто так, случайно. В природе все это - результаты долгого отбора под давлением среды (т.е. направленного).

[levkonoe.livejournal.com]

Откройте пост для редактирования, но не в визуальной форме, а в виде html (вверху переключатель).

Вот кусок с таблицей:

<br>Ага, попались?! Будет про ГМО!<br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><table border="2" cellpadding="3" cellspacing="2" width="2"><tbody><tr><td></td><td>ГМО</td><td>Селекция</td>

вот эти вот

<br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br>
надо аккуратно удалить.

В любом нормальном редакторе это должно помочь убрать пробелы. Но я верю в то, что СУП может наставить их снова...

[progenes.livejournal.com]

О! Помогло! Но откуда эти брррррр? В семаджике никаких лишних тэгов не наблюдалось!

[levkonoe.livejournal.com]

это подарок от супа 8)))

[progenes.livejournal.com]

(проклинает СУП)

[progenes.livejournal.com]

Подумать только, какие щедрые. Дали мне авансом задаром половину пустого пространства. Да так, что фиг откажешься, если не знаешь, где искать.

[sharpc.livejournal.com]

Это HTML-переводы строк (line break), ЖЖ позволяет их вставлять просто переводом строки (в HTML строка c ними не была бы разорвана). Semagic глупее ЖЖ, поэтому при предпросмотре не понимает, что переводы строк на строку таблицы не надо преобразовывать в тэги, а рендер браузера отображает их, находящихся за пределами ячеек, перед таблицей, отсюда и переводы строки. Я бы починил, но я уже в пижаме :)

[progenes.livejournal.com]

:-)) спасибо. но есть плюс : зато разобралась где смотреть тэги.

[callis.livejournal.com]

Если имеется в виду пробел внутри границы, то bordercolor=black.

[edo-rus.livejournal.com]

насчёт предсказуемости модификации - как я понимаю, речь идёт друго говоря о том, что берут кучу кубиков с буквами, встряхивают их и ожидают получить нужное слово.
непосредственно о конструировании жалаемой ДНК речь пока не идёт, так?

и всё-таки про безвредность мутаций.
очевидно, что вредные изменения могут быть как при селекции, так и при ГМ.
однако при генной модификации разовые изменения заметнее, оценивать безопасность мы можем только в краткосрочной перпективе.
в общем не "ужас-ужас-ужас" конечно, но знак равенства по-моему неправильно ставить.

второй момент - я встречал мнение, что опасны именно конкретные технология модификации. мол могут спровоцировать незапланированный перенос кусков генов в организм человека или других видов.
тут я совсем профан, было бы интересно услышать Ваше мнение.

[progenes.livejournal.com]

Предсказуемость в контексте "добавить, размешать и что получится внутри кастрюли".

>вредные изменения могут быть как при селекции, так и при ГМ.
однако при генной модификации разовые изменения заметнее?

Это почему? Во, например, как выглядит промежуточный этап селекции, после воздействия мутагеном
http://www.academicjournals.org/ajb/full%20text/2011/30%20Nov/Yang%20e33.jpg



незапланированный перенос кусков генов в организм человека или других видов мало чем отличается от того сценария с карасем, который я описала. да, могут спровоцировать. Приблизительно так же, как ДНК карася может перенестись в томат. Ну может же действительно!

[edo-rus.livejournal.com]

а можно немного подробнее?

[martens.livejournal.com]

Из таблички вывод один — всё плохо!

[kondybas.livejournal.com]

Наоборот! Все чудово! Тільки ГМО іще й дешевше/смачніше :)

[martens.livejournal.com]

Нам ні з чим порівнювати, скрізь селекція і ГМО.
А у вас так и туалетнiй папiр без ГМО!

[odvbo.livejournal.com]

думаю, обыватель боится гмо приблизительно так же, как боится атомных электростанций - можно ли естественным путем заболеть раком от радиации? запросто! потому что риск начинается с нулевой дозы, а радиации вокруг нас полно

для непосвященного контроль в гмо такой же, как и в атомной станции - вроде все контролируется, а потом окажется, что всех нас модифицировали и будет уже поздно, станция взорвалась, все вокруг заразилось

[progenes.livejournal.com]

Нормальное, кстати, сравнение с атомной. Я вовсе не против, чтобы сравнивать с атомной. Но одновременно ГМО и продукты селекции.

[kodusass.livejournal.com]

Будет и атомное, физики подбираются: Нити ДНК можно использовать для регистрации тёмной материи
http://science.compulenta.ru/691208/. Теперь на ГМО генетиков будут вешать и темную материю (темная однако, светлая бы еще туда сюда :-) ) и бозон Хиггса. Главное ж обывателю - наслушаться обрывков, в ужастики в голове оно само сложится.

[shramkoa.livejournal.com]

Вы классно придумали в начале )))

[progenes.livejournal.com]

да я уже своего читателя знаю, как родного. Написала бы "под катом о ГМО", то от поста шарахнулись бы как от чумы.

[shramkoa.livejournal.com]

Шарахнулись бы как от ГМО )))

[molostoff.livejournal.com]

обожаю помидоры, сладкие.

[kodusass.livejournal.com]

Ученые прочитали полный геном домашнего яка Bos grunniens и нашли в нем гены, изменения в которых позволили животному приспособиться к обитанию в высочайших горах мира. Оказалось, что изменения в одном из них оказались общими для яков и их высокогорных хозяев.
http://lenta.ru/news/2012/07/02/yak/
Получившийся геном яка ученые сравнивали с уже известными геномами человека, собаки и, прежде всего, коровы (корова считается одомашненной формой дикого быка Bos taurus). Яки и дикие быки разошлись в своих эволюционных путях около 4,5 миллионов лет назад, примерно в то же время, как разделились ветви человека и шимпанзе.
Человек и бык разошлись еще раньше, но внешние условия на эволюцию их генома влияют одинаково - одни и те же гены претерпели мутации, которые были не случайны, а имели приспособительное значение.

[kodusass.livejournal.com]

Помидоры без вкуса: генетики доигрались
Генетический анализ множества сортов томатов, выращиваемых в промышленных масштабах в разных странах мира, выявил одну и ту же особенность – мутацию, инактивирующую ген SlGLK2. Исследователи считают, что эта мутация могла возникнуть множество раз в результате не связанных друг с другом селекционных процессов.

Однако эта полезная, на первый взгляд, мутация имеет неприятный побочный эффект – она ухудшает вкусовые качества томатов.
http://rnd.cnews.ru/natur_science/news/line/index_science.shtml?2012/06/29/494794

[progenes.livejournal.com]

последняя ссылка в посте именно об этом

[kodusass.livejournal.com]

Там сказано: "Грубо говоря, потому что покупатель хоть и уверен в том, что предпочтет вкусный плод красивому, но в магазине все равно берет красивые. Как селедствие, селекция с целью добиться равномерного краснения при созревании что-то поломала в генах"
так ли? голландские, испанские и прочие безвкусные плоды и овощи у нас в Эстонии круглый год. Никакого одновременного созревания/покраснения. Я так помидоры выбираю не по красоте, а по специфическому запаху. Если он есть - то и помидор вкусный. Есть тут хутор, помидоры которого круглый год в магазинах - тоже безвкусные и не пахнут. Но красоты....все одного цвета и размера.
Почему же селекция идет так однобоко? Есть альтернативный вариант - селекция по качеству вкуса, пусть хоть параллельно. Или уж пошевелить мозгами и улучшать вид не в ущерб вкусу.

[pogorily.livejournal.com]

Это уже явление скорее социальное, чем биологическое.

Худшего вкуса (или в каком-либо другом смысле худшее), но более дешевое в производстве получает распространение. И вытесняет лучшее.

Причем тут что-то у людей с психологией. Даймонд в "Ружья, микробы и сталь" (послесловие 2003 года) возмущается "неэффективностью" немцев, которые варят гораздо лучшее, но более дорогое, чем в США, пиво. Хотя казалось бы - США богатая страна, могли бы потреблять лучшее, а не дерьмо всякое, хоть и подешевле.

[kodusass.livejournal.com]

Руслана, а Вы свой горох в какую сторону мучаете? На вкус вообще внимание обращаете?

[progenes.livejournal.com]

С вкусностью гороха еще Мендель разобрался. Тот горох, который морщинистый, он "сахарный". Позже уже определили, что там поломка гена синтеза крахмала, пэтому сахар не идет на синтез крахмала, а накапливается в семенах, придавая им сладкий вкус. Больше сахара означает больше воды. Вот почему он после высыхания становится морщинистым.

Я на вкусовые качества внимания не обращаю. Я изучаю вообще, какие гены регулируют процесс развития семени.

[boozy-ar.livejournal.com]

В каком магазине можно купить продукты, содержащие ГМО (если они вообще существуют, а то, знаете ли, лысенковцы пишут что это всё - лажа, что никаких ГМО не существует).