[personal profile] progenes
Десь в коментарях вже мені сповістили, що я слоупок, тобто новина буде без позначки "сенсація. терміново в номер". Власне, я загальмувала трохи з інших причин, але це таке слабке виправдання.

Отже, два дні тому в PNAS опублікована стаття про те, що в геномі культурного батату знайшли гени с агробактерії.Чим цікавий батат? Це одна з найдревніших одомашнених в Америці рослин. Геном культурного батату гексаплоїдний, з його дикими предками ще досі до кінця не ясно. Так ось, крім поліплоїдизації, до геному потрапили гени ще й з агробактерії, причому природнім шляхом. Звісно, не можна виключити можливості, що древні індіанці з околиць Перу володіли технологією генетичної модифікації. Але залишимо цю версію для фантастів, які вже прошляпили таку плідну ідею. Повернемось до ГМ-батату. Чужорідні бактеріальні гени включились і працюють, схоже, що вони контролюють ознаку, по якій людство добирало собі смачненькі бататини. Такий собі черговий приклад горизонтального переносу генів, причому з очевидним профітом для людства.


Насправді я зовсім не здивувалась цьому факту. Агробактеріальну ДНК знаходили в рослинних геномах і раніше. Наприклад в тютюні або в льонку звичайному. А от в їстівних одомашнених рослинах знайшли вперше (але, гарантую, що не в останнє). Що це все означає?

По-перше, це може мати юридичні наслідки. В багатьох, якщо не сказати, більшості законів по біобезпеці, ГМО визначають як "організм, генетичний матеріал якого змінено неможливим в природі способом". Це трохи смішне формулювання, бо для генетичної модифікації, принаймні за допомогою агробактерії, якраз і використовують природній спосіб. Але це все юридична маячня, нехай тепер юристи ламають голову.

По-друге, це ще раз говорить нам про те, що біологія одна з найцікавіших і найскладніших наук взагалі. Наразі в українських педагогічно-наукових колах точиться дискусія щодо реформи шкільної біологічної програми. Програму ніби полегшили, чомусь викресливши з неї різницю між коренем і коренеплодом, і виклали на обговорення до 6-го травня. Пропозиція щодо поліпшення програми від наукових кіл приблизно така: жгі, господі. Проблема в програмі одна і дуже суттєва.

В Україні освіта традиційно базується на трьох китах - знання, уміння і навички. З цього виділяють ряд компетенцій - учень розпізнає, називає, описує, наводить приклад, порівнює, пояснює, характеризує, робить висновок. Для біології це дуже обмежений набір інструментів, оскількі в природі можливо майже все. В природі ми спостерігаєм: 1) гігантське різноманіття, яке ще досі не вивчене і тільки приблизно можна розкласти по поличками і 2) дуже невелику кількість закономірностей - біологічних законів, з яких більше виключень, ніж правил. Тобто знати це все нереально, натомість ми мало не щодня конфронтуємо з купою якихось біологічних феноменів, явищ і парадоксів: від чого сьогодні болить голова, до того, як вдобрити город.

В Німеччині натомість принципово інше структурування компетенцій. В центрі: критичний розбір науково-природничих феноменів. Для цього використовують чотири компетеційних інструменти:
1) отримання і структурування знань (власне те, що начитує вчитель),
2) процес пізнання (розпізнати логіку природничого наукового процесу, застосувати його у власних логічних міркуваннях, сформулювати стратегію вирішення, збагнути ціль експерименту),
3) оцінка явища (застосування знань в повсякденному житті),
4) комунікація про явище (аргументування, наукова мова, використання джерел, дебати). Мені здається, що це взагалі принципово інший фундамент.

_____________________________________________________

Где-то в комментариях уже мне сообщили, что я слоупок, поэтому новость будет без отметки "сенсация. Срочно в номер". Собственно, я затормозила немного по другим причинам, но это такое слабое оправдание.

Итак, два дня назад в PNAS опубликована статья о том, что в геноме культурного батата нашли гены из агробактерии.Чем интересен батат? Это одно из самых древних одомашненных в Америке растений. Геном культурного батата гексаплоидный, с его дикими предками до сих пор до конца не ясно. Так вот, кроме полиплоидизации, в геном попали гены еще с агробактерии, причем естественным путем. Конечно, нельзя исключить возможности, что древние индейцы из окрестностей Перу владели технологией генетической модификации. Но оставим эту версию для фантастов, которые уже прошляпили такую ​​плодотворную идею. Вернемся к ГМ-батату. Чужеродные бактериальные гены включились и работают. Похоже, что они контролируют признак, по которому человечество подбирало себе вкусненькое бататины. Это такой очередной пример горизонтального переноса генов, причем с очевидным профитом для человечества.


На самом деле я совсем не удивилась этому факту. Агробактериальную ДНК находили в растительных геномах и раньше. Например, в табаке или в льнянке обыкновенной. А вот в съедобных одомашненных растениях нашли впервые (но, гарантирую, что не в последний раз). Что это значит?

Во-первых, это может иметь юридические последствия. Во многих, если не сказать, большинстве законов по биобезопасности, ГМО определяют как "организм, генетический материал которого изменен невозможным в природе способом". Это немного смешная формулировка, потому что для генетической модификации, по крайней мере с помощью агробактерии, как раз и используют естественный способ. Но это все юридическая коллизия, пусть теперь юристы ломают голову.

Во-вторых, это еще раз говорит нам о том, что биология одна из самых интересных и сложных наук вообще. Сейчас в украинских педагогических научных кругах идет дискуссия о реформе школьной биологической программы. Программу как бы облегчили, почему-то вычеркнув из нее разницу между корнем и корнеплодом, и выложили на обсуждение в 6-го мая. Предложение по улучшению программы от научных кругов примерно такое: жги, господи. Проблема в программе одна и очень существенная.

В Украине образование традиционно базируется на трех китах - знания, умения и навыки. Из этого выделяют ряд компетенций - ученик распознает, называет, описывает, приводит пример, сравнивает, объясняет, характеризует, делает вывод. Для биологии это очень ограниченный набор инструментов, поскольку в природе возможно почти все. В природе мы наблюдаем: 1) гигантское многообразие, которое до сих пор не изучено и которое только приблизительно можно разложить по полочками и 2) очень небольшое количество закономерностей - биологических законов, из которых больше исключений, чем правил. То есть знать это все нереально, зато мы почти каждый день сталкиваемся с кучей биологических феноменов, явлений и парадоксов: от чего сегодня болит голова, к тому, как удобрить огород.

В Германии, например, принципиально иное структурирование компетенций. В центре: критический разбор научно-естественных феноменов. Для этого используют четыре инструмента:
1) получение и структурирование знаний (собственно то, что начитывает учитель),
2) процесс познания (распознать логику естественного научного процесса, применить его в собственных логических рассуждениях, сформулировать стратегию решения, понять цель эксперимента),
3) оценка явления (применение знаний в повседневной жизни),
4) коммуникация о явлении (аргументация, научный язык, использование источников, дебаты). Мне кажется, что это вообще принципиально другой фундамент.

Date: 2015-04-23 07:17 am (UTC)
From: [identity profile] kelavrik-0.livejournal.com
Самый писк это гены из других организмов хотя бы бактериальные, перенесённые сначала в агробактерии, а потом в культурные растения.

Date: 2015-04-23 07:43 am (UTC)
From: [identity profile] progenes.livejournal.com
Такое теоретически возможно, но доказать, что это именно агробактерия перенесла будет сложновато, разве что искать короткие бордерные последовательности Ti-плазмиды. Вот еще геномов начитают, может чего найдут.

Date: 2015-04-23 07:49 am (UTC)
From: [identity profile] kelavrik-0.livejournal.com
Это не так уж важно, кем именно был осуществлён горизонтальный перенос. Главное, что это нечто обычное в природе. А доказать горизонтальный перенос по гомологии или идентичности.

Для вас это откровение?

Date: 2015-05-05 10:38 am (UTC)
From: [identity profile] jescid.livejournal.com
Вв не знали почему, как и в чём открыли агробактерии и почему их стали применять для синтеза ГМО?
Edited Date: 2015-05-05 10:43 am (UTC)

Re: Для вас это откровение?

Date: 2015-05-05 10:56 am (UTC)
From: [identity profile] progenes.livejournal.com
Ба, какие люди! ГМО обычно конструируют или создают, но не синтезируют. Но это так, слегка придираюсь.

Re: Для вас это откровение?

Date: 2015-05-05 11:22 am (UTC)
From: [identity profile] kelavrik-0.livejournal.com
Я то прекрасно знаю почему и зачем. Речь не обо мне.

А это тупняк?

Date: 2015-05-05 11:51 am (UTC)
From: [identity profile] kelavrik-0.livejournal.com
Я это знаю ещё с 1993 года. Ещё вопросы?
А вот чего не знаю: бактериальный ген который перешёл в растения и активно используется. Не непонятный обломок в геноме, а рабочий ген.
From: [identity profile] jescid.livejournal.com
Агробактерии как организм собственно и отловили на патогенных случаях, что естественно — когда жизнедеятельность их в организме растения, включая экспрессию их генов, ведёт к болезни. Именно что способность встраиваться И экспрессировать потом свои гены за счёт растения и используется в технологии произ-ва ГМО. Ничего эдакого «неестественного» в технологии ГМО нет. Не знаю что за идиоты выдвинули то определение, которое цитирует хозяйка журнала.

В данной статье ребята, NB, из CGIAR, отмаппили известный геном бактерии против известного генома растения, имея соответствующие ресурсы.
Идеи маппить одно против другого давно в воздухе носятся, как только инструментарий подешевел. Но не всем это доступно.

Никакого откровения в их результатах нет: непатогенные случаи встраивания в геном даже более вероятны с эволюционной т.з., если организму это ни разу не мешает размножаться, а даже напротив — то почему бы не? В струю теории, что вирусы/бактерии так же участвуют в онтогенезе и эволюции видов.
Что не должно, однако, вселять легкомыслия в тех случаях, когда имеется таки патогенное вселение.

Скажу ужасное: агробактерии могут и в геном человека встраиваться. тоже необязательно сразу патогенно. Погуглите статьи с HeLa cell lines — там это уже маппили, насколько помнится.
From: [identity profile] kelavrik-0.livejournal.com
Так, секунду. Вы с кем воюете? С открытой дверью?

Да, агробактерии в принципе неспособны встраиваться в человеческий геном. Просто и тупо потому, что не живут с человеком. А искусственные конструкции на базе их плазмид можно создать.

ГМО неестественны так же как неестественен сад или поле. Да как почти все культурные растения и животные неестественны.
From: [identity profile] jescid.livejournal.com
Выше вы написали, что « вот чего не знаю: бактериальный ген который перешёл в растения и активно используется» — почему в том нет никакой эврики вам и отвечено. К тому же

1. Агробактерии могут встраиваться в геном человека естественным путём (например, см. Agrobacterium radiobacter, см на ПабМеде). Что значит «не живут с человеком» непонятно — они в земле живут. Случаи встраивания редки только из-за существующего надёжного иммуного ответа у человека (и это тоже интересный вопрос, как он таки выработался), но в редких случаях сей ответ не работает, потому эту бактерию и взяли на заметку.

2. Вопрос о собственно естественности/культурном введении тут уже вторичен. Всё естественно, что не безобразно :)

да, вы не читаете.

Date: 2015-05-06 06:25 pm (UTC)
From: [identity profile] kelavrik-0.livejournal.com
1) Угу, в культуре тканей, куда их естественно сведут. Кстати, если говорить грамотно, то не бактерии, а плазмиды из бактерий. И в человеке они как то галлы не образуют. Странно, да?

2) Мой комментарий совсем о другом, о чём вы не сказали ни слова. Я говорю о гене, который перешёл от бактерий к растениям и не просто болтается как не пришей кобыле хвост, а активно экспрессируется. Это и отвечает на вопрос о естественности.

3) Я нигде не говорил, что естественное прекрасно, а искусственное ужасно. Или наоборот. Это нужно не для ответа мне лично, а для ответа товарищам разделившим естественное от искусственного в законах.
From: [identity profile] jescid.livejournal.com
1. Вы понимаете, что плазмиды часть бактерий и когда говорится слово «встраивание», то речь о геномах, но вам стыдно за то, что вы уже сморозили выше. Вы не понимаете что такое галлы. Потому вам не надо пользоваться этим термином. К тому же вовсе не все агробактерии tumorigenic species. Ещё раз: человек у которого нет иммунного ответа на Agrobacterium radiobacter заболевает и проявление болезни именно такое: патогенез и экспрессия с посл. синтезом в организме того, что синтезироваться не должно. В виде бородавок он или нет — не суть.

2. Перечитайте мой ответ ещё раз. И осильте наконец тему. Ещё раз. Гены агробактерии, после того, как её плазмида встроилась в ДНК растения активно экспрессируются — именно потому агробактерии и открыли и стали исследовать: на патогенных случаях. Не все симбиозы ведут к патогенезу — это знает любой школьник.

3. Успехов. Извините, с вами неинтересно.
From: [identity profile] progenes.livejournal.com
Откуда у вас такой наглый тон при таких смешных знаниях, Катерина?
From: [identity profile] kelavrik-0.livejournal.com
Я тоже не знаю формулу фотосинтеза ))))))))) Окромя детской с глюкозой и кислородом на выходе )))))))
From: [identity profile] progenes.livejournal.com
Взять воду с бульбашками, посветить на нее фонариком и вуаля! Сиропчик.
From: [identity profile] kelavrik-0.livejournal.com
С вами не интересно тем паче. Наглости действительно много, знаний не шибко.

Ах да, гены в патогенных случаях могут экспрессироваться. Это не значит, что данные гены передаются растениями по наследству.
From: [identity profile] progenes.livejournal.com
Черт, что ж вы так быстро с передачей по наследству поторопились? Я только попкорном запаслась.
From: [identity profile] progenes.livejournal.com
Катерина, чисто для справки. Встраивание Ti плазмиды из агробактерии в человеческий геном пока еще наблюдали только в культуре ин витро на линиях HeLa. Происходит ли подобное при оппортунистической инфекции еще никто не показал. Феномен встраивания бактериальной ДНК в геном соматических клеток если и предполагают, то пока только для Acinetobacter и Pseudomonas.

Date: 2015-04-23 09:43 am (UTC)
ext_605364: geg MOPO4 (Default)
From: [identity profile] gegmopo4.livejournal.com
А це бачили? http://caenogenesis.livejournal.com/55195.html
Таким образом, внутри клетки дуринскии на правах хлоропласта живет эукариотный симбионт, внутри которого - еще один эукариотный симбионт, и уже только внутри того - прокариотный симбионт, который, собственно, и фотосинтезирует. Тут эндосимбиоз уже не вторичный, а третичный. В клетке дуринскии генетически объединены четыре организма. И это если не считать митохондрий, которые есть как у динофлагелляты, так и у диатомеи, причем и те и другие функционируют.

Date: 2015-04-23 09:50 am (UTC)
From: [identity profile] progenes.livejournal.com
Видела, конечно! (громко в зал) Этот журнал обязательный к прочтению и френжению.

Ну вот еще один пример, как все в биологии может быть запутано. Я, немного утрируя, вообще поостерегусь говорить, что какое-то естественное явление в принципе невозможно.

Profile

progenes: (Default)
progenes

March 2025

S M T W T F S
      1
2345678
9101112131415
1617 1819202122
23242526272829
3031     

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jan. 13th, 2026 03:03 am
Powered by Dreamwidth Studios