![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
progenesДумаю, что стоит кое-что прояснить, а то туман. Экономические обозреватели волнуются: "
Давайте поговорим о лабораторной диагностике вируса гриппа.
Вирус гриппа можно определить двумя методами:
1. Детектировать его белки (грубый метод).
2. Детектировать его РНК (потоньше метод).
Оба метода имеют свои преимущества и недостатки.
Детекция вирусных белков. Суть метода заключается в том, что берется проба (мазок, или срез, или смыв), в любом случае ткань или "телесные жидкости", которые предполагается проверить на наличие белков вируса и к ним добавляют специфические антитела, которые узнают белки на поверхности вируса. К этим антителам есть еще одни антитела, к которым присобачена молекула, которую можно определить качественной реакцией (я очень грубо сейчас говорю, на самом деле это чуть потоньше, но это не важно). Если эта смесь "светится" (а мы можем померять интенсивность свечения), то мы предполагаем, что да, там вирус. Называется это иммунофлюоресценция.
Примерно это выглядит так:
Есть куча технических вариаций метода, но принцип всегда один и тот же. Если это ясно, переходим к преимуществам и недостаткам.
Преимущество: метод простой и быстрый.
Недостаток: мы можем детектировать белки, которые на поверхности вируса. Большая проблема заиметь действительно специфические антитела к очень конкретному вирусу. Потому что вирусы могут отличаться "внутренними белками", а "внешний", скажем, гемагглютинин, похож в разных вирусов, которые принадлежат к одной группе по этому "внешнему" белку оболочки. Это раз. Метод имеет низкий порог чувствительности и не определяет низкую концентрацию вируса. На сегодня иммунологические методы детекции актуального вируса свиного гриппа считаются как малодостоверные.
Сейчас на рынке целый ряд быстрых тестов, базирующихся на этом методе. С большой долей вероятности могу предположить, что именно этот метод используется в Украине. Поэтому когда мы говорим о лабораторно-подтвержденных случаях, помним, что статистика у нас слабенькая.
Детекция вирусной РНК.
Способ детекции РНК: ПЦР, причем не просто ПЦР, а РТ-ПЦР, а еще лучше кРТ-ПЦР (любите ли вы кРТ-ПЦР так, как люблю его я?).
Точно так же как метод детекции белков, метод детекции РНК имеет свои преимущества и недостатки.
Преимущество: метод куда более точный.
Недостатки: метод значительно сложнее и требует хорошо оборудованной лаборатории, правильных реактивов и очень высокой квалификации специалиста. В Украине есть приборы, но что касается второго и третьего у меня большие сомнения. Сейчас рассмотрим.
Суть метода и принцип метода я уже описывала, повторятся не буду. Проблема метода заключается в том, что точно так само, как сложно подобрать специфические антитела к вирусному белку, точно также сложно подобрать специфические праймеры к геномной последовательности, если речь идет о мутации в один-два нуклеотида. Насинтезировать легко, а вот подобрать - это целое искусство. Есть варианты, но над этим надо работать и над этим уже потрудились и специфические праймеры определены, можно работать. Как бы там ни было, все упирается в праймеры, потому как если даже есть хорошо оборудованная лаборатория, правильные реактивы и специалист, но нет праймеров, то и детекции никакой не получится.
Читаем информацию экономического обозревателя: "В понедельник председатель парламентского Комитета по вопросам здравоохранения Татьяна Бахтеева рассказала, что в Украину в рамках гуманитарной помощи от США поступили 200 тестовых комплектов. Но к ним не хватает особых деталей ("праймеров"), которые нужны непосредственно для идентификации "свиного гриппа"." (Праймеры это не особые детали, а короткие нуклеотидные последовательности ДНК). Это я пишу для того, чтобы мы все определили правильное место в системе координат. Загибаем пальцы: приборы есть, пару штук (я точно знаю, правда заняты тестированием ГМО, но с этим можно повременить, не так ли?), реактивов чуть-чуть судя по всему отстегнули, но это смешное количество тестовых комплектов. Праймеров пока нет. Про специалистов сами гадайте. Факт, что в Украине скорее всего нет второго метода лабораторной детекции вируса. Поэтому третий, самый надежный метод - секвенирование генома вируса, мы скромно упускаем.
Итак, подводя неутешительные итоги: сегодня мы не можем сказать, сколько реально людей заболело "свинским" гриппом и чем они болеют конкретно. Мы также не можем сказать, от чего они на самом деле умирают. Озвученные цифры базируются на скромном и малодостоверном лабораторном методе. О том, что в Украине дело швах с диагностическим оборудованием я обращала внимание наших доблестных журналистов еще пол-года назад. Но, не смотря на то, что мы достоверно не знаем, что это конкретно за вирус, мы мужем утверждать, что (цитирую доктора Комаровского): "На Украине с максимально возможной вероятностью эпидемия ОСТРОЙ РЕСПИРАТОРНОЙ ВИРУСНОЙ ИНФЕКЦИИ.
Запомните самое главное: тактика ваших действий совершенно не зависит от того, как называется вирус. Это грипп сезонный, свиной, слоновий, пандемический, это вообще не грипп - это не важно. Важно лишь то, что это вирус, что он передается воздушно-капельным путем и что он поражает органы дыхания. Отсюда и конкретные действия. "
На завершение очередные полезные ссылки.
Супер-статья доктора Комаровского. Всем читать.
Правильный цикл Все, что вы хотели и не хотели про свиной грипп от![[livejournal.com profile]](https://www.dreamwidth.org/img/external/lj-userinfo.gif)
tanchik.
Также продолжайте читатьbotalex.
Будьте здоровы!
30 октября Тимошенко заявила, что в Украине лабораторно подтверждены 11 случаев заболевания гриппом А/H1N1.
Снова повторим вопрос - 11 человек это эпидемический порог для страны с населением 46 миллионов человек?
И еще одна цитата оттуда же " Получается, его определили на обычном микроскопе?" И действительно, как они его определили?Давайте поговорим о лабораторной диагностике вируса гриппа.
Вирус гриппа можно определить двумя методами:
1. Детектировать его белки (грубый метод).
2. Детектировать его РНК (потоньше метод).
Оба метода имеют свои преимущества и недостатки.
Детекция вирусных белков. Суть метода заключается в том, что берется проба (мазок, или срез, или смыв), в любом случае ткань или "телесные жидкости", которые предполагается проверить на наличие белков вируса и к ним добавляют специфические антитела, которые узнают белки на поверхности вируса. К этим антителам есть еще одни антитела, к которым присобачена молекула, которую можно определить качественной реакцией (я очень грубо сейчас говорю, на самом деле это чуть потоньше, но это не важно). Если эта смесь "светится" (а мы можем померять интенсивность свечения), то мы предполагаем, что да, там вирус. Называется это иммунофлюоресценция.
Примерно это выглядит так:
Есть куча технических вариаций метода, но принцип всегда один и тот же. Если это ясно, переходим к преимуществам и недостаткам.
Преимущество: метод простой и быстрый.
Недостаток: мы можем детектировать белки, которые на поверхности вируса. Большая проблема заиметь действительно специфические антитела к очень конкретному вирусу. Потому что вирусы могут отличаться "внутренними белками", а "внешний", скажем, гемагглютинин, похож в разных вирусов, которые принадлежат к одной группе по этому "внешнему" белку оболочки. Это раз. Метод имеет низкий порог чувствительности и не определяет низкую концентрацию вируса. На сегодня иммунологические методы детекции актуального вируса свиного гриппа считаются как малодостоверные.
Сейчас на рынке целый ряд быстрых тестов, базирующихся на этом методе. С большой долей вероятности могу предположить, что именно этот метод используется в Украине. Поэтому когда мы говорим о лабораторно-подтвержденных случаях, помним, что статистика у нас слабенькая.
Детекция вирусной РНК.
Способ детекции РНК: ПЦР, причем не просто ПЦР, а РТ-ПЦР, а еще лучше кРТ-ПЦР (любите ли вы кРТ-ПЦР так, как люблю его я?).
Точно так же как метод детекции белков, метод детекции РНК имеет свои преимущества и недостатки.
Преимущество: метод куда более точный.
Недостатки: метод значительно сложнее и требует хорошо оборудованной лаборатории, правильных реактивов и очень высокой квалификации специалиста. В Украине есть приборы, но что касается второго и третьего у меня большие сомнения. Сейчас рассмотрим.
Суть метода и принцип метода я уже описывала, повторятся не буду. Проблема метода заключается в том, что точно так само, как сложно подобрать специфические антитела к вирусному белку, точно также сложно подобрать специфические праймеры к геномной последовательности, если речь идет о мутации в один-два нуклеотида. Насинтезировать легко, а вот подобрать - это целое искусство. Есть варианты, но над этим надо работать и над этим уже потрудились и специфические праймеры определены, можно работать. Как бы там ни было, все упирается в праймеры, потому как если даже есть хорошо оборудованная лаборатория, правильные реактивы и специалист, но нет праймеров, то и детекции никакой не получится.
Читаем информацию экономического обозревателя: "В понедельник председатель парламентского Комитета по вопросам здравоохранения Татьяна Бахтеева рассказала, что в Украину в рамках гуманитарной помощи от США поступили 200 тестовых комплектов. Но к ним не хватает особых деталей ("праймеров"), которые нужны непосредственно для идентификации "свиного гриппа"." (Праймеры это не особые детали, а короткие нуклеотидные последовательности ДНК). Это я пишу для того, чтобы мы все определили правильное место в системе координат. Загибаем пальцы: приборы есть, пару штук (я точно знаю, правда заняты тестированием ГМО, но с этим можно повременить, не так ли?), реактивов чуть-чуть судя по всему отстегнули, но это смешное количество тестовых комплектов. Праймеров пока нет. Про специалистов сами гадайте. Факт, что в Украине скорее всего нет второго метода лабораторной детекции вируса. Поэтому третий, самый надежный метод - секвенирование генома вируса, мы скромно упускаем.
Итак, подводя неутешительные итоги: сегодня мы не можем сказать, сколько реально людей заболело "свинским" гриппом и чем они болеют конкретно. Мы также не можем сказать, от чего они на самом деле умирают. Озвученные цифры базируются на скромном и малодостоверном лабораторном методе. О том, что в Украине дело швах с диагностическим оборудованием я обращала внимание наших доблестных журналистов еще пол-года назад. Но, не смотря на то, что мы достоверно не знаем, что это конкретно за вирус, мы мужем утверждать, что (цитирую доктора Комаровского): "На Украине с максимально возможной вероятностью эпидемия ОСТРОЙ РЕСПИРАТОРНОЙ ВИРУСНОЙ ИНФЕКЦИИ.
Запомните самое главное: тактика ваших действий совершенно не зависит от того, как называется вирус. Это грипп сезонный, свиной, слоновий, пандемический, это вообще не грипп - это не важно. Важно лишь то, что это вирус, что он передается воздушно-капельным путем и что он поражает органы дыхания. Отсюда и конкретные действия. "
На завершение очередные полезные ссылки.
Супер-статья доктора Комаровского. Всем читать.
Правильный цикл Все, что вы хотели и не хотели про свиной грипп от
tanchik.Также продолжайте читать
botalex.Будьте здоровы!
Tags:
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2009-11-03 01:30 pm (UTC)Їх є не пару штук, а пару сотень. Вони є в усіх обласних центрах та містах з кількістю жителів більше як 200,000. Переважно це приватні лабораторії. Крім того є кілька великих з кількома РТ-ПЛР машинами. Щодо діагностики ГМО, то їх теж зараз ставлять багато, мої руки просять автомата з набоями, але про це іншим разом, жартую.
Реагенти - те саме, тобто нормальні реагенти. Переважно вони російські, бо дешеві. Дешеві тому що ігнорують патенти. Реагенти нормальні, тому що робляться з американських складових (Glen Research, Amresco, Lonza), американським обладнанням (Applied Biosystem), рорзливаються в американський пластик (MolecularBioProducts, SSI, Axygen). Щодо спеціалістів, то на це не потрібно надто великих спеціалістів. Вони є там де стоять лабораторії. Після інвестиції 200,000 доларів і більше в лабораторію, на спеціалістах не економлять. В Києві є навчальний центр, приватно, без зав*язок на державу.
Те що написали про нестачу праймерів, то виглядає на недостовірність, тому що тест-системи готові для вживання. Якщо ні, то це не тест-системи, а якийсь набір реагентів. Щодо праймерів. то дивно, бо вони дешеві як гній. За 100-200 доларів можна неасинтузувати пару на всю Україну на рік наперед...
no subject
Date: 2009-11-03 01:37 pm (UTC)Спеціалісти треба, щоб за пів-року залізти в літературу і знайти послідовність специфічних праймерів, щоб їх замовити. Якщо за пів-року цього не трапилось, то тут дійсно з спеціалістами щось не так.
no subject
Date: 2009-11-03 01:58 pm (UTC)Я пишу про клінічну - тобто лабораторія, що зроблена відповідно (роздільні кімнати, витяжні шафи і так далі, не буду описувати, ви знаєте краще за мене), і набори тестів в холодильниках, набори для виділення нуклеїнових кислот. І все. І нічого більше. Персонал чітко знає, послідовність дій. Вони не вчені, вони не ставлять експериментів і не маніпулюють методикою.
Тест - готова розкапана реагентами плашка чи пробірка, з готовими праймерами.
Тести мають лоти, вони стандартизовані. Будь-яке виготовлення власних тестів "на колінах" не прийнятне в медицині, тому що під сумнів ставиться достовірність.
В Україні є тільки одна лабораторія (Дубровського), яка пробує сама шукати індивідуальний підхід до синтезу праймерів, їх маркування і фактично вручну робити діагностику.
А РТ по Гепатитам - то взагалі вже рутина, бо роблять часто для відслідковування рівня вірусу у хворого.
no subject
Date: 2009-11-03 02:17 pm (UTC)no subject
Date: 2009-11-03 04:22 pm (UTC)Знову аналогія. Медицина - це як МакДональдс, а наука - ресторан з шеф-кухарем. Коли обмежений ресурс, а треба нагодувати мільйон людей, до того ж швидко, то на це є макдональдс, а для гурманів чи для імпрез - ресторан.
Україна зараз заточена під "Макдональдси":
- науково-дослідних лабораторій мало чи взагалі практично немає, але можна повстановлювати на 100 метрах квадратних лабораторії.
- шеф-кухарів теж немає, але можна навчити вчорашніх студентів-невдах розпаковувати з целофану і підпікати готові біг-маки, так само висипати з мішка в автоматичну фретюрницю заморожену почищену і порізану картоплю (ставити ПЛР-аналіз використовуючи готові наповнені реагентами пробірки).
- жахливе протиліберальне законодавство краще підходить під імпорт готових 20-ти видів наборів ніж під імпорт сотень компонентів для їх виготовлення. Полімеразу завезти в Україну одинаково важко як і партію наборів, в яких вже розкапана ця полімерназа.
Хочу нагадати, що ми говоримо про Україну з її відсутньою індустрією науки, з її неліберальним зарегулюючимим законодавством. Добре, що ви ставите акценти на те як воно має бути, але все набагато гірше.
no subject
Date: 2009-11-03 04:31 pm (UTC)no subject
Date: 2009-11-03 04:55 pm (UTC)В інституті МолБіології чи в Аграрній Академії все це можна зробити. Є кому зробити. Є на чому зробити. Буде проблема з витратними матеріалами. Щоб їм зібрати всі потрібні реагенти пройде щонайменше місяць.
Я сам все це можу зробити і організувати.
Але в чому сенс це робити? Це як виростити банан в ботанічному саді. Скільки це коштуватиме? Наскільки цінним буде результат?