Перепись населения

[progenes]

Небольшой отрезвляющий пост для любителей транскриптома. Подобную информацию уже где-то раньше встречала, но не помню где и, кажется, неполную. А тут опять наткнулась в Genom express. Пусть теперь тут лежит.

Поситали, значит, мРНКу и белочки, которые с нее считываются. Вот что обнаружилось (прошу прощения за корявый перевод, некогда возиться):


Как мы видим, выраженная в цифрах скорость транскрипции в этой эпической картине занимает весьма скромное место: происходит медленно, быстро валится, а при этом трансляция разворачивается во всей своей красе. Самое вкусненькое, конечно же, происходит между тыщами белочков , которые находятся в один момент в клетке (не перестаю удивляться: куда это все помещается?!), что-то делают: синтезируют, передают сигналы и молекулы, строят комплексы, что-то разрушают, куда-то встраиваются, катализируют, связываются, транспортируются из клетки, в клетку, в разные части клетки и тыды и тыпы.

В этом смысле, регуляция трансляции привлекает все больше внимания.

По материалам Schwanhausser, B. et al. (2011) Global quantification of mammalian gene expression control. Nature

Comments

[crustgroup.livejournal.com]

Насколько я знаю, такие мРНК никто не хранит.
Многие антивирусные белки (те же интерфероны) напрочь отрубают у клетки программу "плодись и размножайся". Поэтому хранить такую дрянь иначе, нежели в неактивном гене собственного ДНК, себе дороже. :(
Кроме того, интерфероны ещё и мРНК гнобят своим присутствием, так что там процесс вообще с обратной связью.

С другой стороны, у прокариот "транскрипция-трансляция" - это вообще один процесс, поэтому там вообще никто мРНК не хранит - она сразу готова идти в рибосому и нести в цитоплазму "разумное, вечное, доброе".

[crustgroup.livejournal.com]

Наверно, скорее "деградация РНК".

[crustgroup.livejournal.com]

Я сравнивал время жизни мРНК и ДНК и белков.
По факту - самое "живучее" соединение ДНК.
Потом следуют белки, потом - связанная РНК, потом - свободная РНК.
Меньше всего живут всякие мелкие молекулы - навроде того же АТФ.
У него вообще время жизни минутами измеряется, пока её кто-то в АДФ не уконтрапупит ;)

[progenes.livejournal.com]

Вы сравнивали? А как вы сравнивали?

[crustgroup.livejournal.com]

Разумеется - по книжкам и источникам.
"Биохимию человека" Марри, Греннера и Родуэлла вот почитываю. :)
Я же писал - я не профессионал, а любитель. Просто любитель.

[progenes.livejournal.com]

Это похвально, но есть исключения из правил - очень стабильные белки. Опять таки, идея сохранения отдельных матричных РНК волнует умы уже давно.

[progenes.livejournal.com]

Во-во. Я как смотрю на растительные клетки, где 90% объема - вакуоля, то вообще не понимаю, как в тонюсенькой цитоплазме прижатой к мембране еще что может происходить.

[mininand.livejournal.com]

долгоживущие РНК запасаются в яйце, для этого специальные белки, которые их "охраняют" от деградации

[potan.livejournal.com]

Опечатался.

[progenes.livejournal.com]

Это не по максимуму, а среднее. В статье пишут, что есть белки по 100 копий и это на пределе измерения. Я вот еще прозрела на счет того, что трансляция это тожу бутылочное горло. Нашли какой-то перспективный мутант, ячмень кажется. Урожайность хорошая. Промаркировали регион на хромосоме, позиционным клонированием вычислили ген. Какой-то фактор элонгации оказался. Помню, пожала плечами, причем тут фактор элонгации. А оно вон что. Опять таки, какой транскриптом не возьми, там здоровенная порцайка рибосомальных белков с дифференциальными профилями. Я обычно даже и не пробую дискутировать о них, такой это мрак.

[carbophos.livejournal.com]

Мораль, наверное, такова, что в системе "живой организм" выбор итогового решения - на любом уровне уровне, включая мышление - осуществляется не строгими высокоэффективными алгоритмами, а суперпозицией одновременно принимаемых многочисленных решений ))) А критерий эволюционного отбора - достаточная критическая масса эффективных решений в "контрольном пакете" ситуаций.

[progenes.livejournal.com]

красиво сказали.

[crustgroup.livejournal.com]

... то ли у бактерий или архей!
Никаких тебе мучений с мРНК, никакого вырезания интронов, прилепления всяких "кэпов" и прочей муйни, чтобы рибосома-таки смогла захватить мРНК!
Всё в дело, всё сразу в белок!

Проблема только в том, что организм уж очень простой по факту получается, действует по принципу - "Бьют - беги, дают - бери". ;)

[carbophos.livejournal.com]

Спасибо. Вообще, это базовый принцип функционирования любых сложных самоорганизующихся систем ))))

стеснительно

[toi-samyi.livejournal.com]

в правом или в левом?

Re: стеснительно

[sliger.livejournal.com]

Вы не поверите, но в женском. Тобишь в ооците.

[shvarz.livejournal.com]

Именно что среднее. Как температура по больнице :)

[murrka.livejournal.com]

да, мрак однозначно. Хотя в принципе, если копнуть, любая из этих машин - мрак. Ты пробовала как-нить пересчитать компоненты сплайсозомы? Где-то посреди моего доктората вышла статья, где сплайсозому разобрали и засунули в масспек. Там туева хуча (с) белков. А вот того белка над которым я работала в списке даже намека не оказалось, даже среди неопознанных подходящей величины нет. Потом до меня дошло что они собирали сплайсозому, которая независима от деятельности моего белка (он сильно регуляторный), поэтому ни его, ни дальше по цепочке они не выудили. А он там есть, хотя бы иногда. А ведь сплайсозома завязана физически и на транскрипцию, и на каппинг, и даже рибозомы где-то там на горизонте. Все это очень сложно.

[murrka.livejournal.com]

Интерфероны хранятся в виде насплайсованого РНК, который параллельно душит собственную трансляцию. Как только механизм удушения оттягивается на антивирусную реакцию, в клетке случается интерфероновый взрыв и перекрывание всего возможного синтеза белка кроме cap-independent. Для этого существует фигня под названием IRES.
про прокариоты мы здесь вообще не говорим, там все проще, на то они и простейшие :)

[crustgroup.livejournal.com]

О как. Какой элегантный механизм.
Век живи, век учись.

А кроме интерферонов - кто ещё для себя хранит "в загашнике" свою мРНК?

[murrka.livejournal.com]

так на вскидку не скажу, просто интерфероны на соседнем столе гоняли. Но они неодиноки. Любой белок быстрого реагирования так или иначе хранится в виде РНК. Начинать бодягу с транскрипцией - слишком долго, держать в виде белка слишком накладно - в клетке и так не протолкнуться. А так вынимаешь из кармана РНКу и давай строчить транскрипцией.

[mfreidin.livejournal.com]

Есть такие ядерные спеклы. Так хранятся мРНК, которые затем по первому зову....

[snysmymrik.livejournal.com]

А ещё есть такая штука как proteome и его degradome. И между ними тоже прорва механизмов.

А ещё есть post-translational modifications.

Кошмар, в общем...

Щас прям.

[orphanka.livejournal.com]

Выбейте 1 (один) регулятров сборки актина и все, вся организованность валится нафиг, в лучшем случает клиент доживает до 10 лет, в худшем помирает в эмбриогенезе.
Клетка внутри не очень-то жидкая, цитоскелета там дофига и больше и он в постоянном движении.

[orphanka.livejournal.com]

Прекрасно. Спасибо. :)
Меня всегда колбасило от использования real time PCR в качестве показателя уровня экспрессии белка.