Intuitive Biostatistics

[progenes]

Попробуем теперь разобраться с задачками. В комментарии наведывались суровые статистики, у которых формулы математицкие. Я попробую объяснить логику рассуждений для тех, кто с формулами не дружит. Кое в чем и сама, наконец, разобралась.

Под катом таблички.

Задача 1


Задача 2


Задача 3


Задача 4


Поскольку я на переправе меняла коней, то некоторые по умолчанию считали количество фальш-позитивных 5%, пока я не уточнила, что фальш-позитивных как бы нет. Однако этот тупой пример позволяет распознать два важных параметра: чувствительность теста и специфичность теста.
Чувствительность - это какой % больных демонстрируют позитивный результат 95% (Задача 1-3) или 99,5%(Задача 4).
Специфичность - это какой % здоровых демонстрируют негативный результат (опять 95%, это 100%-5%), или 100%, как в последней задаче уточнено в процессе обсуждения. Мы можем, например, поиграться и предположить, что 3% здоровых почему-то продемонстрируют аномальный результат. Тогда финал будет выглядеть так:



За подготовку задачи и объяснение для чайников благодарность объявляется учебнику для дураков биологов от Harvey Motulsky "Intuitive Biostatistics", раздел 14 "Intrepreting Lab Tests: Introduction to Bayesian Thinking", страница 133.

Comments

[erdweibchen.livejournal.com]

Ну я, мягко говоря, обалдела, когда после заданного прямого вопроса "чему равна пенетрантность, если в задаче прямо указано, что она не 100%", увидела сегодня решение, исходящее из предположения именно что 100% пенетрантности. И обалдела еще раз от предложения предложить решение "из разных условий", при том, что решение с параметром "вероятнось развития болезни при наличии гена=x" там есть, и оно не было удостоено ни словом.

[progenes.livejournal.com]

Ну и как незнание % пенетрантности помешало решить тебе первую задачку, м?

[erdweibchen.livejournal.com]

Ты хочешь сказать, что и правда думаешь, что я ее не решила? :) Смысл-то постить n+1й раз решение? Чтоб в комментах было потяжелее ориентироваться? :)

А вот предложение по второй "предложить несколько несколько вариантов решений из разных условий" при том, что параметрическое решение (то есть исходя аж из континуума условий) в топике (заметим, до моего прихода) есть (http://progenes.livejournal.com/160077.html?thread=7870797#t7870797), оно правильное (положим, я на 500 сиблингов не пересчитывала, а оперировала вероятностями - но это дело вкуса, в конце концов) - и реакция на него равна нулю, меня изумило. И разозлило, да.

Мне интересно - ты его вообще читать не стала, прочитала, но не поняла, или прочитала, поняла, но не захотела комментировать?

[progenes.livejournal.com]

Ну как тебе сказать. В момент написания поста я аннотировала 867 генов вручную, одновременно заказывала праймеры для клонирования парочки конструкций и писала протокол для студента и злилась на тысячу глупостей в интерпретации одного эксперимента и еще одного, который у меня не получился, но я еще не знаю почему. Пока придумывала как так интерпретировать результаты эррея, вдруг увидела эту задачку и полезла в учебник кое-что уточнить. Наткнулась на целую кучу интересных задач с которыми мне захотелось поделиться с миром, причем с целью и самой разобраться. Я пишу пост, чтобы отдохнуть и развлечься. Разумеется, я не сижу постоянно в ЖЖ и не скриню все посты, а просматриваю время от времени мейл и, если у меня есть силы, время и настроение - отвечаю. И если натыкаюсь на какой-то комментарий разозленного кого-то с замашками бессервиссера, то только старое знакомство останавливает меня от того, чтобы тупо не забанить, а постараться объяснить, что я имела в виду.

Ты не первая и не единственная, кто не понял условия, и я тоже не всех понимаю, возможно, что и действительно неправильно формулировала, пробую уточнить и объяснить. Но злишься почему-то только ты.

[erdweibchen.livejournal.com]

Уточним - одна я сделала это вслух. :)

Не, я понимаю, что я неправа, что высказалась. "Люди, которые считают, что знают все на свете, ужасно раздражают нас, людей, которые знают все", причем взаимно. Не надо было. Но для "отдохнуть и развлечься" постановка вопроса была очень уж именно что besserwissermässig.
Я буду впредь сдерживаться. Но можешь и забанить, хозяин - барин.

[progenes.livejournal.com]

Даже комментировать это не хочу. Приходи, пиши, не соглашайся, спорь, доказывай, но просто доброжелательно и ты удивишься, насколько приятными могуть быть люди в общении.

[gegmopo4.livejournal.com]

Какой облом. Даже поругаться не получается, с такой доброжелательностью.

[progenes.livejournal.com]

После амнистии я как шелковая!

[vanilla-saffron.livejournal.com]

Да не надо злиться и изумляться.
Так уж сложилось, что именно математик при случае должен разбираться в посторонних для него дисциплинах. Эти задачи достаточно хорошо сформулированы, бывает и похуже =)

[erdweibchen.livejournal.com]

Математический снобизм разделить не могу - повидала немало ясно мыслящих и излагающих людей других дисциплин. :)

[vanilla-saffron.livejournal.com]

Это ни в коем случае не снобизм! Ни в коем случае! Вы совсем неправильно меня поняли!
Все дело в свойствах самой жизни, она же сложнее, чем математика. Попытка уместить жизнь в математику выглядит чем-то вроде прокрустова ложа. Поэтому математик должен подстраивать свои инструменты и самостоятельно соображать, с какой точностью это делать.