[personal profile] progenes
Я уже писала о технических возможностях анализа человеческого генома. Совсем недавно завершился еще один масштабный проект анализа геномных различий у европейцев - Population Reference Sample POPRES: исследовались одновременно около 500 тыс отдельных различий в ДНК (single nucleotide polymorphism SNP) у около 3 тыс европейцев. После того, как эти различия были зафиксированы, ими занялись математики, которые с помощью метода главных компонент сгруппировали различия по двум координатам. В результате образовались паттерны "подобных различий". И что вы думаете? Они чудесным образом совпали с...

современной географической картой.


Большие цветные блямбы показывают медиану в национальной популяции. Буквами показано отдельных индивидуумов. Можно сравнить с географической картой и поразиться, что в некоторых случаях генетическое различие совпадает с предсказанным местом его географического местоположениея с точностью до 100 км.


Однако внимание, в случае Украины, Дании, Финляндии, Латвии и Словакии речь идет всего об одном представителе.

Выводы:

1.В Европе наблюдается относительная генетическая гомогенность, а те различия, которые мы наблюдаем, обусловлены определенной географической изоляцией.
2. То, что отдельные этнические группы попадают в различные кластеры, свидетельствует не только о культурном различии, но с определенной долей о биологическом различии.
3. Некоторые группы попадают в отдельный неперкрывающийся с другими кластер, как например испано-португальская группа не перекрывается со шведской. Некоторые перекрываются в равной мере как ирландия с британцами. Однако в некоторых случаях наблюдается ассиметричное перекрывание : югославы внедряються в греческий кластер, но не наоборот.

Источник Genes mirror geography within Europe в журнале Нейчер.

Date: 2008-09-01 12:50 pm (UTC)
From: [identity profile] kondybas.livejournal.com
Я бы предфинальный дисклеймер вынес бы в самое начало:

"..Однако внимание, в случае Украины, Дании, Финляндии, Латвии и Словакии речь идет всего об одном представителе.."

Статистика, снятая с одного-единственного образца - это профанация, а не статистика.

Date: 2008-09-01 12:58 pm (UTC)
From: [identity profile] progenes.livejournal.com
тут надо не забывать, что этот единственный образец сравнивают с 3 тыс других. так что не совсем это и профанация.

Date: 2008-09-01 01:09 pm (UTC)
From: [identity profile] kondybas.livejournal.com
Ой-ё-ёй...

Один образец позволяет судить лишь о самом образце, но никак не о множестве, которое он, якобы, представляет. В матстатистике совершенно не напрасно введено понятие репрезентативности некоторой выборки из генеральной последовательности, и совершенно не напрасно введены жесткие критерии этой самой репрезентативности.

Добросовестное исследование таких ляпов содержать не должно.

Date: 2008-09-01 01:21 pm (UTC)
From: [identity profile] progenes.livejournal.com
В даном конкретном весьма добросовестном исследовании нет ни слова о том, что этот образец представляет множество. Не говорила об этом и я.


Date: 2008-09-01 01:31 pm (UTC)
From: [identity profile] kondybas.livejournal.com
Тогда на нем не должна красоваться надпись UA, DK, FI, LV или SK...

Date: 2008-09-01 01:35 pm (UTC)
From: [identity profile] progenes.livejournal.com
А как можно обозначить иначе географическое "происхождение" пробы ДНК?

Date: 2008-09-01 01:42 pm (UTC)
From: [identity profile] kondybas.livejournal.com
А какое отношение география пробы имеет к размещению на вот этой, скажем, схеме?

Image

"..Большие цветные блямбы показывают медиану в национальной популяции. Буквами показано отдельных индивидуумов. Можно сравнить с географической картой и поразиться, что в некоторых случаях генетическое различие совпадает с предсказанным местом его географического местоположениея с точностью до 100 км.."

Вот вы можете мне популярно объяснить, почему для Латвии (LV) одинокий экзэмпляр не совпадает с медианой, обозначенной "большой цветной блямбой"? Я-то понимаю, что блямба - географический центр территории, на которой делалась выборка. Но поясниловка-то этого не говорит...

Извините, даже на беглый взгляд - это либо сильно изуродованная "популяризаторами" работа, или работа, сделанная весьма немытыми руками.

Date: 2008-09-01 01:48 pm (UTC)
From: [identity profile] progenes.livejournal.com
ага. прошу прощения. Большие цветные блямбы с указанием страны это относится к первому рисунку. На втором рисунке Большие Блямбы просто привязывают цвет к стране. просто цвет. и просто к стране.

Date: 2008-09-01 01:56 pm (UTC)
From: [identity profile] kondybas.livejournal.com
Хорошо. А как пробы с метками RU оказались в Польше? Нам, гагарам, недоступно.

Date: 2008-09-01 01:57 pm (UTC)
From: [identity profile] progenes.livejournal.com
Ага. Я так полагаю, что именно этот факт вас взволновал больше всего, правильно?

Date: 2008-09-01 02:02 pm (UTC)
From: [identity profile] kondybas.livejournal.com
Нет, это лишь один из симптомов.

Вполне допускаю, что люди настолько увлеклись кореляцией между генотипом и ареалом обитания (очевидной, кстати), что не удержались от мелких подрисовок ради пущего эффекта. Этакая ненаучная фотожаба. Особенно это заметно из привлечения единичных образцов для восточных государств. Это бессмысленно, но красиво дополняет имеющуюся карту.

Date: 2008-09-01 02:07 pm (UTC)
From: [identity profile] progenes.livejournal.com
Хехе. То, что во многих случаях ареалы не совпали, говорит как раз о неподтасовке. А о чем говорит? А об этом написано в Supplementary Information.

Profile

progenes: (Default)
progenes

March 2025

S M T W T F S
      1
2345678
9101112131415
1617 1819202122
23242526272829
3031     

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jan. 8th, 2026 01:53 am
Powered by Dreamwidth Studios