Генетическая структура европейской популяции.

[progenes]

Я уже писала о технических возможностях анализа человеческого генома. Совсем недавно завершился еще один масштабный проект анализа геномных различий у европейцев - Population Reference Sample POPRES: исследовались одновременно около 500 тыс отдельных различий в ДНК (single nucleotide polymorphism SNP) у около 3 тыс европейцев. После того, как эти различия были зафиксированы, ими занялись математики, которые с помощью метода главных компонент сгруппировали различия по двум координатам. В результате образовались паттерны "подобных различий". И что вы думаете? Они чудесным образом совпали с...

современной географической картой.


Большие цветные блямбы показывают медиану в национальной популяции. Буквами показано отдельных индивидуумов. Можно сравнить с географической картой и поразиться, что в некоторых случаях генетическое различие совпадает с предсказанным местом его географического местоположениея с точностью до 100 км.


Однако внимание, в случае Украины, Дании, Финляндии, Латвии и Словакии речь идет всего об одном представителе.

Выводы:

1.В Европе наблюдается относительная генетическая гомогенность, а те различия, которые мы наблюдаем, обусловлены определенной географической изоляцией.
2. То, что отдельные этнические группы попадают в различные кластеры, свидетельствует не только о культурном различии, но с определенной долей о биологическом различии.
3. Некоторые группы попадают в отдельный неперкрывающийся с другими кластер, как например испано-португальская группа не перекрывается со шведской. Некоторые перекрываются в равной мере как ирландия с британцами. Однако в некоторых случаях наблюдается ассиметричное перекрывание : югославы внедряються в греческий кластер, но не наоборот.

Источник Genes mirror geography within Europe в журнале Нейчер.

Comments

[wolfgrel.livejournal.com]

Интересно.

[kondybas.livejournal.com]

Я бы предфинальный дисклеймер вынес бы в самое начало:

"..Однако внимание, в случае Украины, Дании, Финляндии, Латвии и Словакии речь идет всего об одном представителе.."

Статистика, снятая с одного-единственного образца - это профанация, а не статистика.

[progenes.livejournal.com]

тут надо не забывать, что этот единственный образец сравнивают с 3 тыс других. так что не совсем это и профанация.

[kondybas.livejournal.com]

Ой-ё-ёй...

Один образец позволяет судить лишь о самом образце, но никак не о множестве, которое он, якобы, представляет. В матстатистике совершенно не напрасно введено понятие репрезентативности некоторой выборки из генеральной последовательности, и совершенно не напрасно введены жесткие критерии этой самой репрезентативности.

Добросовестное исследование таких ляпов содержать не должно.

[yuretz73.livejournal.com]

***в случае Украины ... речь идет всего об одном представителе.

Эх, а я уж обрадовался, что генетика доказала, что Украина таки отдельна от России :)

[progenes.livejournal.com]

ну це цікавий зразок насправді. По-перше, він лежить окремо від російсько-польської групи, причому потрапляє разом з тим в географічні межі україни, що може бути і випадковістю. Крім того, він не потрапляє в жоден з інших кластерів, що наводить на думку на якісь серйозні генетичні "домішки", що робить його достатньо відмінним від решти 3 тис зразків ДНК. Наскільки вони типові для українців, тільки з одного зразку сказати доволі важко.

[yuretz73.livejournal.com]

Ну, те що зразок цікавий -- я бачу, але власне його типовість в данному випадку встановити неможливо. У физиків-експериментаторів є багато жартів про те, як точка "випала". Наприклад, як експериментально довести, що всі непарні числа -- прості? 1,3,5,7,9 -- ой, точка "випала" -- 11, 13...

[progenes.livejournal.com]

До речі, знайшла ваш журнал по пошуку по імені. Здається ви прокоментували десь в Нейчер якийсь цікавий експеримент з квантової фізики. Це так?

[pstas.livejournal.com]

Современные границы Европы - очень недавняя вещь. Неужели генетические маркеры подстраиваются под границы так быстро? Или государства образуются на основе генетических различий между людьми?

[progenes.livejournal.com]

Откровенно говоря, меня этот факт тоже сильно удивил. Это не генетические маркеры "подстраиваются". Это просто еще раз доказывает тот факт, что человечество продолжает эволюционировать, причем значительно быстрее, чем мы подозреваем. http://progenes.livejournal.com/19709.html#cutid1

[kondybas.livejournal.com]

Если взять в руку какашку и крепко сжать, то получится фигурка, точно соответствующая руке.

Если взять выборки и изначально их рассортировать по принадлежности к современному политическому делению, то в статистической картине обнаружится, что выборки привязаны к политическому делению. Что в данные заложишь - то и найдешь. Это не потому, что какашки непременно нужно брать в руки, или руки ни на что не годятся, кроме, как какашки мять задумчиво. Просто есть вещи, которые неминуемо приводят к определенным результатам.

[tahbko.livejournal.com]

а что такое эти самые две координаты PC1 и PC2?

[progenes.livejournal.com]

principal component axis. но тут я пас. я специально дала ссылочку на теорию principal components analysis, потому что своими словами объяснить не смогу.

[kondybas.livejournal.com]

Метод достаточно прост в задумке, но сложен в реализации.

Предположим, что мы попросим множество людей написать одностраничное сочинение "как я провел лето" на родном языке. Эта страничка некоторым образом характеризует человека. Теперь возьмем все сочинения и посмотрим - не группируются ли они по каким-то признакам. Здесь главная техническая сложность, потому что признаки могут быть самыми разными. Например, употребление в тексте артиклей "the" или "бля". Скажем, в некоторых сочинениях будут встречаться слова, оканчивающиеся на "-ться", "-тса", "-цца", а в других - нет. Мы-то понимаем, что это все один хрен, но для машинной обработки это не слишком просто.

Метод главных координат позволяет выделить из массива данных подмножества, объединенные ярко выраженными, типичными и массовыми признаками (чего нет для одиночных образцов). А остальные признаки отбросить, как несущественные. Скажем, из набора европейских сочинений удастся выделить подмножества, написанные латиницей и кириллицей. Внутри кириллических текстов удастся вычленить тексты, содержащие (Ы,Ё,Э,Ъ), (Ї,Є,І) и (І,Ў). Если наложить географию текстов на административное деление, то обнаружим серьезную корреляцию. Это связано с тем, что административные границы совпадают с границами выполнения обязательных школьных программ. Нередкие случаи проникновения языков на соседние территории вызваны миграцией.

То же самое и с генокодом. Только вместо обязательных школьных программ - генный материал, который обычно распространяется по месту жительства. Относительная свобода внутренней миграции по сравнению с миграцией трансграничной вызывает обособление и кластеризацию генокода. Исключения составляют только великие переселения народов и разной длительности периоды оккупации.

Собсно, все.

[user-mz.livejournal.com]

Иными словами:))
http://www.echo.msk.ru/programs/granit/535630-echo/

[progenes.livejournal.com]

замечательно! я смотрю, эхо держит руку на пульсе.

[gioconda.livejournal.com]

Ухты :) То есть, если я отлично переношу молоко (точнее, просто обожаю) в своем взрослом возрасте, то моими предками были "молочные скотоводы с севера Европы"?
А что, тоже неплохо. :)

[gioconda.livejournal.com]

/ехидно/ что-то слабо они Португалию исследовали. А то как на Евровидении голосовать - так у нас "12", а как генокод искать - так там сплошные ES :)))))))))

шучу, конечно. :) Комментарии очень интересно было читать.

[progenes.livejournal.com]

Да, политическую компоненту они как-то совсем не учли.

[kotyhoroshko.livejournal.com]

скрізь одні фальсифікації!

[progenes.livejournal.com]

грубіян! наука і фальсифікації? як ти можеш!!!

[progenes.livejournal.com]

Ну для меня выводы были не столь очевидными. Границы вроде как не очень древние, чтобы уж так сказаться на генотипах.

[orphanka.livejournal.com]

А сколько денег слили-то? Звучит как серьезный отмыв, ага. :)

[progenes.livejournal.com]

Отмыв? Денег? Ты серьезно полагаешь, что финансирование научных исследований в даном случае связано с сокрытием источника прибыли?