Генетическая структура европейской популяции.

[progenes]

Я уже писала о технических возможностях анализа человеческого генома. Совсем недавно завершился еще один масштабный проект анализа геномных различий у европейцев - Population Reference Sample POPRES: исследовались одновременно около 500 тыс отдельных различий в ДНК (single nucleotide polymorphism SNP) у около 3 тыс европейцев. После того, как эти различия были зафиксированы, ими занялись математики, которые с помощью метода главных компонент сгруппировали различия по двум координатам. В результате образовались паттерны "подобных различий". И что вы думаете? Они чудесным образом совпали с...

современной географической картой.


Большие цветные блямбы показывают медиану в национальной популяции. Буквами показано отдельных индивидуумов. Можно сравнить с географической картой и поразиться, что в некоторых случаях генетическое различие совпадает с предсказанным местом его географического местоположениея с точностью до 100 км.


Однако внимание, в случае Украины, Дании, Финляндии, Латвии и Словакии речь идет всего об одном представителе.

Выводы:

1.В Европе наблюдается относительная генетическая гомогенность, а те различия, которые мы наблюдаем, обусловлены определенной географической изоляцией.
2. То, что отдельные этнические группы попадают в различные кластеры, свидетельствует не только о культурном различии, но с определенной долей о биологическом различии.
3. Некоторые группы попадают в отдельный неперкрывающийся с другими кластер, как например испано-португальская группа не перекрывается со шведской. Некоторые перекрываются в равной мере как ирландия с британцами. Однако в некоторых случаях наблюдается ассиметричное перекрывание : югославы внедряються в греческий кластер, но не наоборот.

Источник Genes mirror geography within Europe в журнале Нейчер.

Comments

[kondybas.livejournal.com]

Метод достаточно прост в задумке, но сложен в реализации.

Предположим, что мы попросим множество людей написать одностраничное сочинение "как я провел лето" на родном языке. Эта страничка некоторым образом характеризует человека. Теперь возьмем все сочинения и посмотрим - не группируются ли они по каким-то признакам. Здесь главная техническая сложность, потому что признаки могут быть самыми разными. Например, употребление в тексте артиклей "the" или "бля". Скажем, в некоторых сочинениях будут встречаться слова, оканчивающиеся на "-ться", "-тса", "-цца", а в других - нет. Мы-то понимаем, что это все один хрен, но для машинной обработки это не слишком просто.

Метод главных координат позволяет выделить из массива данных подмножества, объединенные ярко выраженными, типичными и массовыми признаками (чего нет для одиночных образцов). А остальные признаки отбросить, как несущественные. Скажем, из набора европейских сочинений удастся выделить подмножества, написанные латиницей и кириллицей. Внутри кириллических текстов удастся вычленить тексты, содержащие (Ы,Ё,Э,Ъ), (Ї,Є,І) и (І,Ў). Если наложить географию текстов на административное деление, то обнаружим серьезную корреляцию. Это связано с тем, что административные границы совпадают с границами выполнения обязательных школьных программ. Нередкие случаи проникновения языков на соседние территории вызваны миграцией.

То же самое и с генокодом. Только вместо обязательных школьных программ - генный материал, который обычно распространяется по месту жительства. Относительная свобода внутренней миграции по сравнению с миграцией трансграничной вызывает обособление и кластеризацию генокода. Исключения составляют только великие переселения народов и разной длительности периоды оккупации.

Собсно, все.

[progenes.livejournal.com]

Хорошо объяснили!

[kondybas.livejournal.com]

Ну, так если я хорошо объяснил, тогда должно быть понятно, что одна страница цельной картины не образует, и характеризует только себя саму.