Генетическая структура европейской популяции.

[progenes]

Я уже писала о технических возможностях анализа человеческого генома. Совсем недавно завершился еще один масштабный проект анализа геномных различий у европейцев - Population Reference Sample POPRES: исследовались одновременно около 500 тыс отдельных различий в ДНК (single nucleotide polymorphism SNP) у около 3 тыс европейцев. После того, как эти различия были зафиксированы, ими занялись математики, которые с помощью метода главных компонент сгруппировали различия по двум координатам. В результате образовались паттерны "подобных различий". И что вы думаете? Они чудесным образом совпали с...

современной географической картой.


Большие цветные блямбы показывают медиану в национальной популяции. Буквами показано отдельных индивидуумов. Можно сравнить с географической картой и поразиться, что в некоторых случаях генетическое различие совпадает с предсказанным местом его географического местоположениея с точностью до 100 км.


Однако внимание, в случае Украины, Дании, Финляндии, Латвии и Словакии речь идет всего об одном представителе.

Выводы:

1.В Европе наблюдается относительная генетическая гомогенность, а те различия, которые мы наблюдаем, обусловлены определенной географической изоляцией.
2. То, что отдельные этнические группы попадают в различные кластеры, свидетельствует не только о культурном различии, но с определенной долей о биологическом различии.
3. Некоторые группы попадают в отдельный неперкрывающийся с другими кластер, как например испано-португальская группа не перекрывается со шведской. Некоторые перекрываются в равной мере как ирландия с британцами. Однако в некоторых случаях наблюдается ассиметричное перекрывание : югославы внедряються в греческий кластер, но не наоборот.

Источник Genes mirror geography within Europe в журнале Нейчер.

Comments

[orphanka.livejournal.com]

Статью могу прислать, но суть я уже изложила, а так там сплошные детали. Малоинтересные вне контекста патогенеза волчанки.

[progenes.livejournal.com]

Да нет, статью не надо. Ты уже все рассказала. Ну понимаешь, вот ты собираешь статистику снипов по человеческой популяции. У тебя на самом деле нет никакой другой информации, кроме как географический ориджин. Даже с болезнями ты не можешь в даном случае кореллировать, только разве если уже ЕСТЬ информация, что какой-то конкретный снип уже привязан к болезне. То есть ты только тупо сравниваешь снипы и в даном случае СНИПЫ для тебя сами по себе ФЕНОТИП (а то, что они и генотип, никакой роли не играет). Ну вот такой парадокс. Снип как фенотип. В этом смысле у нас имеет место простое сравнение фенотипов по единому известному нам фактору - происхождение. НО! Если мы зафиксируем какой-то трейт. Например во всех пробандов замеряем длину руки или цвет кожи, то мы можем попытаться привязать снип до этой длины руки или цвета кожи. (Это очень грубый пример) Это возможно при большой выборке.

Да понимаю. Но все расно жиденько ...

[orphanka.livejournal.com]

Вообще, конечно, я им все прощу за фразу "The results emphasize that when mapping the genetic basis of a disease phenotype, spurious associations can arise if genetic structure is not properly accounted for" - давно пора понять, что диабет у турка совсем не то же самое, что диабет у финна. Если такие публикации таки пробьют брешь в политкорректной медицинской уравниловке, будет нам всем счастье и радость.

И вот это порадовало, конечно "individual's DNA can be used to infer their geographic origin with surprising accuracy—often to within a few hundred kilometres." - народ смеется, да? За 300 километров в Европах можно три границы пересечь.