Генетическая структура европейской популяции.

[progenes]

Я уже писала о технических возможностях анализа человеческого генома. Совсем недавно завершился еще один масштабный проект анализа геномных различий у европейцев - Population Reference Sample POPRES: исследовались одновременно около 500 тыс отдельных различий в ДНК (single nucleotide polymorphism SNP) у около 3 тыс европейцев. После того, как эти различия были зафиксированы, ими занялись математики, которые с помощью метода главных компонент сгруппировали различия по двум координатам. В результате образовались паттерны "подобных различий". И что вы думаете? Они чудесным образом совпали с...

современной географической картой.


Большие цветные блямбы показывают медиану в национальной популяции. Буквами показано отдельных индивидуумов. Можно сравнить с географической картой и поразиться, что в некоторых случаях генетическое различие совпадает с предсказанным местом его географического местоположениея с точностью до 100 км.


Однако внимание, в случае Украины, Дании, Финляндии, Латвии и Словакии речь идет всего об одном представителе.

Выводы:

1.В Европе наблюдается относительная генетическая гомогенность, а те различия, которые мы наблюдаем, обусловлены определенной географической изоляцией.
2. То, что отдельные этнические группы попадают в различные кластеры, свидетельствует не только о культурном различии, но с определенной долей о биологическом различии.
3. Некоторые группы попадают в отдельный неперкрывающийся с другими кластер, как например испано-португальская группа не перекрывается со шведской. Некоторые перекрываются в равной мере как ирландия с британцами. Однако в некоторых случаях наблюдается ассиметричное перекрывание : югославы внедряються в греческий кластер, но не наоборот.

Источник Genes mirror geography within Europe в журнале Нейчер.

Comments

[yuretz73.livejournal.com]

***в случае Украины ... речь идет всего об одном представителе.

Эх, а я уж обрадовался, что генетика доказала, что Украина таки отдельна от России :)

[progenes.livejournal.com]

ну це цікавий зразок насправді. По-перше, він лежить окремо від російсько-польської групи, причому потрапляє разом з тим в географічні межі україни, що може бути і випадковістю. Крім того, він не потрапляє в жоден з інших кластерів, що наводить на думку на якісь серйозні генетичні "домішки", що робить його достатньо відмінним від решти 3 тис зразків ДНК. Наскільки вони типові для українців, тільки з одного зразку сказати доволі важко.

[yuretz73.livejournal.com]

Ну, те що зразок цікавий -- я бачу, але власне його типовість в данному випадку встановити неможливо. У физиків-експериментаторів є багато жартів про те, як точка "випала". Наприклад, як експериментально довести, що всі непарні числа -- прості? 1,3,5,7,9 -- ой, точка "випала" -- 11, 13...

[kondybas.livejournal.com]

Однаково мислимо :) Я цей жарт теж навів трошки нижче :)

[progenes.livejournal.com]

Нічо, нічо.(мстітєльно) Я все одно подумала, що ви підглядаєте один у одного.

Але істіну ми щас будем устанавлівать в принудітєльном порядку. Автори статті сказали, про недостатню кількість екземплярів? Сказали. Цей окремий екземпляр не попав в кластер? Не попав. Автори сказали, що на основі одного екземпляру висновки про структуру української популяції сказати нічо не можна? Сказали. Я це також зауважила? Зауважила. Автори додали навіть, що і про структуру російської популяції тоже нічо не можна сказати. Але факт, що російські екземпляри падають і один кластер з польською при певних додатково вказаних умовах розрахунків? Факт. Всьо. Де претензії?

[kondybas.livejournal.com]

Претензія лиш одна :) Ви читали повний текст, а з мене там почали вимагать копєєчку, як якісь нємєсниє :)

[progenes.livejournal.com]

Ну прастітє! Взагалі я матєматіків люблю, поважаю і уважно прислухаюсь до зауважень. Це мабуть була дрібна помста за прідіркі, бо я якраз в даному конкретному випаду нічого некоректного і глупого не казала, як і автори статті. Не я ж про ліплення з гімна перша почала!

[kondybas.livejournal.com]

Мне-е-е... Не всі математики одінаково полєзни. Мені теорвер і матстат читав такий йолоп, що й досі з жахом згадую.

[progenes.livejournal.com]

а мені взагалі от ніхто матстат не читав! всьо шо знаю, з кров"ю впітано з "Intuitive Biostatistics" від Motulsky. але я свої границі компетентності вполнє осязаю і лишнього не болтаю де не розбираюсь. так шо мір-дружба-жвачка. якби оце всі у мене такі читачі були як кондибас, то я б горя не знала.

[kondybas.livejournal.com]

Пишіть, єслі шо. Поможу, покритикую.

[yuretz73.livejournal.com]

Great minds think similarly... But fools also seldom differ :)

[progenes.livejournal.com]

До речі, знайшла ваш журнал по пошуку по імені. Здається ви прокоментували десь в Нейчер якийсь цікавий експеримент з квантової фізики. Це так?

[yuretz73.livejournal.com]

Було таке. Дуже жаль було читати, що люди ставлять експерименти коштом в сотні тисяч євро, при цьому не розуміючи основ квантової механіки, які мусить знати кожний студент курсу "Загальна фізика" (хоча, звичайно "мусить" -- не значить "знає" :) Хоча, скоріше за все, вчені там були ні при чому, нездорову сенсацію про "експериментальне підтвердження передачі сигналів швидше за швидкість світла" їм було нав'язано піарщиками. Але ж і "Нейчур" -- теж не додаток до журналу "Мурзилка", теж мусить знати краще, ніж публікувати статтю з таким контекстом.

Дуже приємно познайомитись, я якраз нічого про генетику не знаю :)